genome.fa.s9036.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009036.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112443_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1934717

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
523--565	20	2.1	21	87	8	63	18	13	0	67	1.23
522--571	20	2.5	20	75	15	59	18	18	0	64	1.30
1817--1852	14	2.6	14	100	0	72	22	27	36	13	1.92
4049--4129	42	1.9	42	89	0	126	30	28	4	35	1.78
4426--4586	81	2.0	81	93	0	277	29	22	14	32	1.94
6165--6248	39	2.2	39	95	2	152	30	10	7	51	1.64
9250--9316	20	3.3	20	79	4	89	41	17	23	16	1.89
9260--9335	21	3.7	21	80	3	100	40	18	25	15	1.90
9247--9335	41	2.2	41	100	0	178	41	16	24	16	1.89
9262--9396	41	3.3	41	84	4	148	38	20	20	20	1.94
9324--9417	20	4.7	20	80	2	89	34	24	17	24	1.96
9934--10014	19	4.5	19	73	16	73	46	24	17	11	1.80
10010--10174	19	9.1	19	74	17	136	12	22	22	43	1.86
10062--10149	33	2.6	33	92	1	140	11	25	25	38	1.89
10117--10174	20	2.9	20	80	10	64	13	24	18	43	1.87
12168--12289	42	2.9	42	78	9	115	22	34	18	24	1.96
12223--12289	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
13648--13683	14	2.6	14	90	0	54	30	2	22	44	1.67
13829--13979	19	8.7	19	63	21	71	15	21	20	42	1.89
13833--13959	33	3.9	32	85	8	184	14	22	19	43	1.88
13826--13958	66	2.0	66	95	0	239	16	21	19	42	1.89
16250--16274	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16449--16502	24	2.2	24	90	0	81	38	20	16	24	1.92
17562--17619	20	2.9	20	94	0	98	37	22	22	17	1.93
17643--17700	14	3.8	14	79	20	71	10	20	18	50	1.76
17625--17695	33	2.2	33	84	0	88	19	19	21	39	1.93
17638--17753	19	6.6	19	80	15	135	13	22	18	45	1.84
17638--17719	33	2.5	33	100	0	164	12	21	18	47	1.81
17841--17876	14	2.6	14	90	0	54	44	19	2	33	1.65
19746--19808	19	3.3	19	82	4	81	38	23	23	14	1.92
19797--19852	14	3.7	14	78	17	67	50	25	16	8	1.74
19781--19860	32	2.5	33	93	2	144	46	22	18	12	1.83
19860--19988	19	7.3	19	74	16	91	12	20	24	43	1.86
19877--19934	14	3.9	14	79	16	71	8	17	25	48	1.75
19860--19950	32	2.8	33	94	3	166	10	18	23	47	1.80
19935--19988	20	2.8	19	86	5	72	16	24	24	35	1.95
21831--21868	20	1.9	20	88	0	58	50	21	15	13	1.78
22343--22456	20	5.7	20	77	6	88	25	17	23	33	1.96
22445--22537	20	4.5	21	78	4	100	17	24	18	39	1.91
22384--22518	41	3.3	41	84	4	148	20	20	20	38	1.94
22445--22537	41	2.3	41	100	0	186	17	24	18	39	1.91
26812--26875	23	2.8	23	92	0	110	34	25	25	15	1.95
29021--29058	19	2.0	19	85	10	51	36	21	2	39	1.67
30428--30500	30	2.4	30	95	0	128	30	24	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32938--33001	2	32.0	2	100	0	128	50	0	0	50	1.00
35653--35725	30	2.4	30	90	0	110	32	24	17	24	1.97
40492--40566	31	2.4	31	80	4	89	45	13	10	30	1.77
42472--42524	20	2.7	20	74	11	63	28	33	15	22	1.94
42513--42559	20	2.3	20	96	0	85	34	25	19	21	1.96
42568--42890	20	16.2	20	83	5	368	41	23	15	19	1.90
42553--42890	119	2.8	119	85	5	459	41	24	15	19	1.89
43374--43435	20	3.2	20	88	2	90	12	17	20	48	1.80
43376--43446	20	3.5	20	82	0	70	15	15	18	50	1.78
45521--45581	19	3.0	20	80	7	79	27	11	21	39	1.88
47011--47065	2	27.5	2	100	0	110	50	0	0	49	1.00
53485--53523	20	1.9	21	89	5	62	43	0	0	56	0.99
63838--63935	43	2.3	43	81	11	112	52	8	1	38	1.38
64180--64234	30	2.0	29	86	13	80	36	20	21	21	1.95
67170--67237	31	2.2	31	81	2	73	64	0	2	32	1.08
67447--67479	3	11.0	3	93	0	57	66	0	3	30	1.06
69018--69450	123	3.6	122	81	9	462	27	18	14	39	1.90
69266--70468	113	10.7	112	88	4	1593	28	20	14	36	1.92
69266--70472	339	3.6	339	90	3	1843	28	19	14	36	1.92
70496--70668	76	2.3	76	90	0	274	34	20	19	25	1.96
71347--71401	22	2.5	22	90	0	92	41	12	10	34	1.78
73883--74106	114	2.0	114	91	0	367	30	20	16	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80449--80484	18	1.9	19	88	5	56	63	0	0	36	0.94
80449--80481	10	3.5	10	88	12	52	63	0	0	36	0.95
80459--80514	23	2.5	22	80	11	60	60	0	1	37	1.07
80730--80781	3	17.3	3	95	0	95	67	0	1	30	1.02
82669--82736	34	2.0	34	97	0	127	42	11	22	23	1.86
87284--87351	34	2.0	34	97	0	127	42	11	22	23	1.86
89588--89658	31	2.3	31	90	0	115	26	8	11	53	1.65
93087--93134	19	2.5	20	89	3	71	33	14	4	47	1.63
100755--100813	23	2.6	22	89	2	91	23	28	27	20	1.99
104484--104519	18	2.1	17	89	5	54	30	33	11	25	1.90
107393--107466	31	2.4	32	81	6	98	52	17	10	18	1.73
108573--108624	21	2.5	21	81	3	61	38	15	7	38	1.76
110105--110228	63	2.0	63	91	0	203	37	11	15	35	1.83
110907--111424	263	2.0	261	95	1	930	53	8	16	22	1.69
116830--116876	14	3.3	15	82	5	53	53	0	2	44	1.12
116852--116896	3	15.0	3	81	9	56	60	0	2	37	1.09
116832--116897	17	3.8	17	75	13	62	53	0	3	43	1.16
117069--117767	55	13.1	55	83	4	790	22	25	20	31	1.98
119969--120058	3	31.3	3	76	8	62	54	2	2	41	1.25
119969--120058	14	6.3	14	79	5	74	54	2	2	41	1.25
120228--120331	55	1.9	54	88	5	156	24	25	19	31	1.98
120463--120611	80	1.9	79	90	1	235	30	22	14	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120573--120644	37	1.9	37	91	0	117	23	22	20	33	1.97
125993--126151	55	2.9	54	85	5	221	22	21	12	44	1.85
129908--129992	3	29.3	3	74	7	50	54	3	2	40	1.31
129931--129996	14	4.7	15	76	9	59	51	1	3	43	1.26
129932--129987	23	2.4	23	81	0	67	53	1	3	41	1.29
130290--130334	23	2.0	23	83	8	58	53	11	22	13	1.71
130301--130345	23	2.0	23	90	0	72	46	6	26	20	1.75
131238--131282	23	2.0	22	82	8	54	40	0	4	55	1.20
136167--136234	19	3.7	19	74	20	72	38	0	0	61	0.96
136160--136239	30	2.7	29	82	3	79	37	0	0	62	0.95
138014--138055	21	2.0	22	85	4	59	21	33	21	23	1.97
138697--138733	14	2.6	14	91	4	56	51	13	5	29	1.63
138801--138928	63	2.0	64	90	1	204	37	21	1	39	1.63
138891--138946	23	2.4	23	96	0	103	35	17	0	46	1.49
138992--139651	117	5.7	115	90	2	980	31	21	23	22	1.98
138992--139651	348	1.9	348	89	1	1027	31	21	23	22	1.98
142679--142764	26	3.4	26	74	15	74	45	0	2	52	1.13
142710--142753	22	2.0	22	86	8	63	45	0	0	54	0.99
142739--142780	20	2.1	20	86	0	57	47	0	0	52	1.00
143251--143303	21	2.5	21	81	6	72	20	26	18	33	1.96
143321--143467	20	7.3	20	85	4	161	30	26	19	23	1.98
143621--143654	12	2.9	12	86	4	52	17	41	5	35	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
144209--144262	24	2.2	24	93	0	90	24	14	20	40	1.90
144437--144461	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
146763--146817	19	2.8	19	80	2	65	40	20	21	18	1.92
146837--146900	19	3.6	18	70	20	55	10	25	20	43	1.84
147007--147043	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
148203--148262	20	3.0	20	85	7	77	48	16	21	13	1.80
148231--148357	33	3.8	33	91	1	182	44	21	22	11	1.85
148252--148340	14	5.6	14	69	23	61	42	22	23	11	1.85
148203--148362	19	9.1	19	66	21	80	45	19	22	12	1.83
149199--149234	11	3.4	11	92	3	56	52	0	0	47	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9