genome.fa.s9065.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009065.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112488_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1198333

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2054--2358	19	17.4	19	78	18	342	46	18	21	13	1.83
2084--2358	90	3.1	89	84	11	187	46	17	22	13	1.82
2054--2380	52	6.3	54	86	11	285	46	18	21	14	1.83
2054--2380	33	9.5	33	79	16	264	46	18	21	14	1.83
2387--2487	19	5.6	19	85	12	142	14	23	17	43	1.87
2597--2631	14	2.5	14	90	0	61	45	20	0	34	1.51
4529--4592	19	3.3	19	80	10	67	48	25	15	10	1.77
4566--4660	33	2.9	33	91	0	163	46	20	21	12	1.83
4585--4641	14	3.7	14	75	20	51	45	21	21	12	1.83
4659--4769	19	6.4	19	71	21	109	7	18	28	45	1.75
4659--4749	32	2.8	34	90	6	143	7	18	28	45	1.77
4828--5287	92	5.1	93	96	2	832	46	18	12	21	1.82
6979--7068	14	5.7	14	74	23	81	42	23	25	8	1.83
6972--7085	33	3.5	33	93	1	203	44	21	24	9	1.82
6975--7090	19	6.9	18	72	24	94	43	21	25	10	1.84
7102--7156	14	3.6	14	73	21	56	9	25	23	41	1.83
7086--7156	33	2.2	33	94	0	124	8	22	25	43	1.81
7097--7178	33	2.5	33	89	2	119	9	25	21	42	1.84
7109--7197	20	4.8	20	72	19	75	12	24	19	43	1.85
7274--7344	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
7525--7579	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
7724--7897	20	8.6	20	83	5	217	19	19	26	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7726--7916	60	3.2	60	83	0	247	19	19	25	35	1.95
7972--8023	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
12837--12899	14	4.5	14	69	21	51	39	9	3	47	1.52
12830--12916	42	2.1	42	100	0	174	44	9	2	43	1.48
13223--13260	19	2.0	19	100	0	76	47	10	15	26	1.78
21711--21737	13	2.1	13	100	0	54	22	25	14	37	1.93
33724--33775	21	2.5	21	96	0	95	48	17	7	26	1.74
34673--34736	20	3.1	21	82	6	69	43	3	1	51	1.26
34922--34966	13	3.5	13	77	17	58	51	0	0	48	1.00
34935--34982	6	7.8	6	82	13	62	50	0	0	50	1.00
34918--34978	25	2.4	25	100	0	122	52	0	0	47	1.00
36540--36579	20	2.0	20	95	0	71	22	10	50	17	1.76
40523--40551	14	2.0	15	93	6	51	65	13	6	13	1.45
40547--40574	14	2.0	14	100	0	56	57	21	14	7	1.61
40521--40587	24	2.7	24	83	6	80	56	17	11	13	1.66
40741--40827	43	2.0	43	97	0	165	27	25	19	27	1.99
42211--42268	27	2.1	27	87	0	80	13	5	58	22	1.55
42232--42272	21	2.0	21	85	0	55	14	4	58	21	1.55
42602--42698	36	2.7	35	82	4	106	21	4	53	20	1.62
46090--46147	18	3.2	18	68	22	57	13	18	1	65	1.35
46074--46147	37	2.0	37	100	0	148	13	18	2	64	1.39
46074--46134	19	3.3	19	70	21	65	13	18	3	65	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46089--46148	19	3.2	19	68	13	61	13	18	1	66	1.32
46619--46645	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
48872--48920	18	2.6	19	87	9	73	44	0	10	44	1.37
48908--48952	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
51087--51119	13	2.5	13	95	0	57	33	3	0	63	1.10
51087--51134	13	3.8	12	81	15	53	37	2	4	56	1.30
56052--56212	77	2.1	76	85	6	218	36	6	3	53	1.44
60151--60217	24	2.8	24	75	11	64	16	17	11	53	1.72
61058--61092	14	2.6	14	90	4	54	57	0	0	42	0.99
61586--61629	1	44.0	1	95	0	79	97	0	2	0	0.16
63483--63524	22	2.0	22	95	4	77	28	0	16	54	1.42
67885--68093	81	2.6	81	84	2	242	32	13	16	37	1.87
68965--69009	18	2.5	18	92	0	72	31	15	35	17	1.92
69790--70148	192	1.9	192	87	3	535	38	11	11	38	1.77
74030--74077	24	2.0	24	95	0	87	20	18	29	31	1.97
77664--77731	21	3.2	20	73	21	57	70	0	5	23	1.09
78558--78607	3	16.3	3	76	19	50	64	0	0	36	0.94
78559--78768	5	39.8	5	67	24	71	55	5	2	36	1.35
78561--78628	26	2.7	26	80	17	81	63	1	0	35	1.04
78557--78648	29	3.2	30	82	14	97	61	3	0	34	1.12
78568--78762	7	28.1	7	70	20	92	55	5	2	36	1.35
82444--82586	71	2.0	71	98	0	277	38	24	6	30	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84802--84855	21	2.8	18	81	15	56	62	3	3	29	1.29
84806--84856	18	2.6	19	79	11	59	62	3	3	29	1.31
84863--84904	21	2.0	22	86	13	61	64	9	2	23	1.35
85032--85086	19	2.9	18	81	10	56	63	0	3	32	1.12
85570--85674	37	2.8	37	88	0	156	29	15	15	40	1.88
86386--88072	106	15.9	106	92	1	2734	23	17	24	34	1.96
88893--89009	22	5.3	22	94	0	189	21	11	26	40	1.88
89404--89750	172	2.0	173	92	3	583	25	17	20	36	1.95
94321--94352	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
94367--94420	21	2.8	18	81	15	56	62	3	3	29	1.29
94371--94421	18	2.6	19	79	11	59	62	3	3	29	1.31
94423--94464	21	2.0	22	86	13	61	64	9	2	23	1.35
95132--95232	37	2.7	37	87	0	139	30	14	13	40	1.85
95375--95428	23	2.2	25	90	6	85	51	3	1	42	1.30
97421--97470	20	2.5	20	73	20	52	18	10	0	72	1.12
103267--103354	46	1.9	46	95	0	158	22	21	12	43	1.86
103751--103885	45	3.0	45	85	3	182	27	22	11	38	1.89
103774--104086	45	7.0	45	88	2	378	26	20	7	45	1.78
104100--104349	81	3.1	81	92	0	401	30	22	11	36	1.89
109521--109580	11	5.1	11	70	21	50	43	0	10	46	1.37
109461--109603	37	3.7	37	85	7	171	45	1	7	45	1.40
109462--109607	75	1.9	79	83	8	194	45	1	7	45	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109569--109618	25	2.0	26	84	4	66	46	2	6	46	1.39
109459--109630	77	2.2	77	78	11	183	44	1	8	45	1.40
109605--109641	15	2.4	16	86	13	60	40	0	8	51	1.32
109459--109632	75	2.3	76	78	13	187	44	1	8	45	1.41
109644--109698	26	2.1	26	83	6	67	18	5	0	76	0.97
111975--112063	28	3.1	27	72	12	72	48	2	5	43	1.39
112938--113029	39	2.4	39	90	3	141	46	1	14	38	1.51
112938--113043	39	2.7	38	82	8	133	45	0	15	38	1.52
113066--113096	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
114805--114873	4	17.2	4	84	0	75	39	0	60	0	0.97
114799--114873	20	3.8	20	89	3	109	37	0	62	0	0.95
114799--114869	10	7.1	10	83	0	88	36	0	63	0	0.95
114797--114873	16	4.9	16	82	6	77	36	0	63	0	0.95
123618--123655	20	1.9	20	94	0	67	18	15	34	31	1.92
132223--132260	20	1.9	20	100	0	76	21	15	31	31	1.94
132757--132818	18	3.2	20	78	19	62	61	0	1	37	1.06
132814--132928	24	4.4	28	82	14	140	54	1	0	43	1.10
132814--132928	52	2.2	52	96	3	214	54	1	0	43	1.10
132918--132968	12	4.3	12	76	18	54	66	1	0	31	1.03
140882--140908	12	2.2	12	100	0	54	14	0	7	77	0.97
145406--145763	54	6.6	54	89	2	533	36	20	16	25	1.94
151035--151123	20	4.4	20	82	12	112	29	15	24	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153172--153479	60	5.4	52	83	8	149	39	10	23	26	1.87
153213--153534	60	5.4	60	88	2	443	38	12	23	26	1.89
158296--158348	17	3.1	17	88	0	79	37	13	7	41	1.72
161970--162451	59	8.2	60	85	5	655	35	13	23	27	1.92
163529--163595	34	2.0	34	97	2	127	28	29	8	32	1.88
165545--165585	22	1.9	22	85	5	57	43	29	4	21	1.73
165895--166079	94	2.0	91	96	3	343	26	24	18	30	1.98
167120--167159	19	2.1	19	100	0	80	52	17	15	15	1.75
174111--174227	59	2.0	59	89	0	180	35	23	16	24	1.95
175547--175592	22	2.1	22	84	8	58	39	19	2	39	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6