genome.fa.s9065.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009065.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112488_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1198333

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
765231--765305	11	7.0	11	79	11	93	40	0	0	60	0.97
766678--766722	25	1.9	24	82	13	58	44	0	0	55	0.99
773709--773762	21	2.6	21	100	0	108	20	16	33	29	1.95
773833--773940	20	5.3	20	81	6	101	33	24	17	25	1.96
773895--773947	20	2.7	20	90	0	79	24	26	20	28	1.99
774498--774541	19	2.4	19	80	3	54	54	22	15	6	1.65
774543--774719	19	9.8	19	75	16	153	11	21	22	44	1.85
774543--774719	37	4.9	37	79	12	154	11	21	22	44	1.85
774606--774694	34	2.6	33	91	3	133	11	25	24	38	1.89
774662--774719	20	2.9	20	80	10	64	13	24	18	43	1.87
776713--776837	42	2.9	42	79	2	115	22	36	17	23	1.94
776769--776837	21	3.2	21	67	6	57	23	36	20	20	1.95
778188--778223	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
778402--778528	33	3.9	32	87	8	193	14	22	19	42	1.88
778402--778527	66	1.9	66	98	0	243	15	23	19	42	1.89
780787--780811	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
781550--782042	246	2.0	246	99	0	970	26	15	28	28	1.96
782299--782336	20	1.9	20	94	0	67	39	23	21	15	1.92
782377--782420	19	2.3	19	100	0	88	15	20	15	47	1.82
784262--784377	20	6.3	19	75	13	91	41	23	19	15	1.90
784320--784394	32	2.3	33	86	6	100	45	21	18	14	1.85
784427--784484	14	3.9	14	79	16	71	10	17	24	48	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
784414--784500	32	2.7	33	94	3	158	12	18	21	47	1.82
784485--784528	20	2.3	19	80	7	52	18	25	18	38	1.92
785013--785057	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
786308--786349	20	2.2	20	91	4	68	52	19	19	9	1.72
786622--786670	22	2.3	21	80	10	55	24	14	40	20	1.89
786629--786672	22	2.0	22	90	0	70	20	15	43	20	1.88
786860--786953	20	4.7	20	80	2	89	23	18	24	34	1.96
786880--786957	41	1.9	41	86	0	111	21	16	21	39	1.92
786840--786954	20	5.7	20	78	5	88	23	17	23	35	1.95
786880--786975	41	2.3	41	80	3	104	20	19	21	37	1.94
786907--787055	20	7.3	20	78	8	140	16	21	18	42	1.89
786943--787055	41	2.8	41	87	2	129	15	23	18	42	1.88
786905--787055	61	2.5	61	88	5	216	16	21	19	42	1.89
790651--790704	22	2.5	22	81	0	63	42	22	12	22	1.87
790697--790757	22	2.8	22	79	0	68	34	21	18	26	1.96
791039--791087	20	2.5	20	93	0	80	26	18	24	30	1.98
791039--791106	20	3.5	20	82	7	79	26	17	23	32	1.97
796200--796240	21	2.0	21	95	0	73	48	19	14	17	1.81
807163--807204	19	2.2	20	91	4	68	33	9	7	50	1.62
813147--813190	23	1.9	23	85	0	61	29	20	13	36	1.91
813613--813651	13	3.0	13	92	0	69	25	23	20	30	1.98
813623--813787	85	1.9	85	85	2	224	31	20	18	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
819248--819277	15	2.0	15	93	0	51	6	0	30	63	1.20
819241--819313	24	3.1	24	80	7	78	19	0	20	60	1.37
824302--824336	18	2.1	16	89	10	52	20	25	0	54	1.45
826326--826361	16	2.2	16	90	0	54	72	5	5	16	1.23
835445--835493	22	2.3	21	80	13	55	55	2	4	38	1.31
839835--839871	20	1.9	19	89	10	58	21	21	10	45	1.82
840475--840520	24	2.0	23	91	4	74	58	17	13	10	1.62
840474--840522	13	3.9	13	71	17	50	59	18	12	10	1.60
840720--840780	29	2.1	29	96	0	113	44	21	3	31	1.68
846633--846695	32	2.0	32	90	0	99	47	4	12	34	1.63
851138--851176	18	2.2	18	85	0	51	38	2	25	33	1.70
851147--851203	18	3.2	18	82	0	69	40	3	28	28	1.73
851190--851253	15	4.3	15	85	0	74	39	1	45	14	1.54
851214--851248	18	1.9	18	88	0	52	42	2	45	8	1.49
852922--852952	11	2.9	11	95	4	55	25	19	29	25	1.99
853178--853208	16	1.9	16	93	0	53	48	0	16	35	1.46
854277--854347	20	3.5	20	88	3	99	28	15	29	26	1.96
854480--854510	15	2.1	15	93	0	53	22	22	22	32	1.98
860259--860315	22	2.6	22	88	0	87	22	33	26	17	1.96
862767--862950	42	4.3	42	94	1	314	20	20	22	36	1.95
862767--863011	21	11.7	19	72	18	150	21	20	22	36	1.95
862761--862966	21	9.8	21	74	16	153	20	19	22	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
863762--863884	21	5.9	21	75	11	101	32	22	20	24	1.98
863893--864063	41	4.1	42	79	10	174	22	22	22	32	1.98
863893--864042	62	2.4	62	95	0	273	22	22	21	33	1.97
863893--864063	21	8.2	21	81	7	206	22	22	22	32	1.98
867768--867827	21	2.9	21	77	2	77	25	31	28	15	1.95
873796--873879	29	3.0	28	75	23	77	42	1	1	54	1.15
873818--873908	41	2.2	40	81	14	105	45	1	1	52	1.15
873941--873990	23	2.2	23	82	7	57	54	0	4	42	1.19
874005--874060	24	2.5	22	80	13	69	44	0	0	55	0.99
874011--874060	24	2.1	24	88	0	73	44	0	0	56	0.99
875607--875827	45	5.0	45	87	1	293	23	18	11	47	1.81
875651--875834	89	2.1	89	87	7	266	23	18	10	47	1.79
876594--876649	20	2.8	20	97	0	103	48	21	16	14	1.81
876645--876697	20	2.7	20	82	2	63	20	13	20	45	1.84
878186--878324	42	3.3	42	90	0	206	27	34	18	19	1.95
878441--878490	21	2.4	21	89	0	82	20	14	32	34	1.92
878441--878556	21	5.5	21	70	6	60	22	14	32	30	1.94
878444--878603	63	2.5	63	77	9	148	21	13	33	31	1.93
879195--879269	21	3.6	21	75	7	64	24	24	17	34	1.96
879259--879324	20	3.3	20	91	4	107	39	19	19	21	1.93
879259--879334	20	3.8	20	87	3	100	36	19	21	22	1.95
879318--879384	20	3.3	20	93	0	107	29	26	19	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
879259--879385	40	3.2	40	80	6	116	33	22	19	23	1.97
882664--882757	20	4.7	20	80	7	102	37	22	21	19	1.95
882749--882802	14	3.5	14	73	22	54	44	20	24	11	1.83
882729--882822	33	2.8	34	90	3	145	43	18	23	14	1.87
882762--882848	19	4.8	19	77	16	94	47	16	21	14	1.82
882858--882953	33	2.9	34	90	3	149	13	23	18	43	1.86
883059--883095	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
884508--884557	21	2.4	22	80	10	59	22	14	38	26	1.91
885068--885252	20	9.4	20	77	11	177	37	22	20	19	1.94
885067--885268	96	2.1	96	90	1	318	38	21	21	18	1.94
885295--885383	20	4.4	20	95	0	133	23	20	21	34	1.96
885368--885411	14	3.1	14	76	0	52	11	15	22	50	1.76
887298--887385	20	4.4	20	85	0	104	44	22	14	18	1.86
887618--887683	22	3.0	22	88	0	96	22	15	37	24	1.92
887911--887955	21	2.1	21	91	0	72	40	17	24	17	1.91
889133--889170	20	1.9	20	94	0	67	44	21	15	18	1.86
891749--891837	22	4.0	22	100	0	178	26	26	26	19	1.99
892131--892200	29	2.4	29	92	0	113	38	12	10	38	1.77
892502--892652	68	2.2	67	85	3	196	17	27	25	29	1.97
892632--892673	21	2.0	21	85	0	57	16	26	28	28	1.97
893987--894038	24	2.2	23	86	6	77	42	17	19	21	1.89
894791--894830	16	2.5	16	83	0	53	67	0	5	27	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
894986--895155	20	8.4	20	69	16	84	35	12	22	28	1.91
894987--895122	60	2.2	60	81	8	143	38	12	22	26	1.90
894987--895114	40	3.2	40	80	2	123	37	12	23	26	1.90
895098--895179	41	2.0	40	85	2	110	28	14	25	31	1.95
895098--895343	20	12.0	21	68	14	104	31	15	25	28	1.95
895138--895298	61	2.6	61	80	12	161	34	14	24	26	1.94
895095--895280	102	1.8	101	80	11	227	34	14	23	27	1.94
895941--895984	15	2.9	15	80	12	54	52	13	0	34	1.41
896792--896841	17	2.9	18	85	8	70	48	0	0	52	1.00
897240--897294	19	2.7	20	78	21	60	50	5	0	43	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6