genome.fa.s9070.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009070.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112498_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2268343

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1838--1884	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
2561--2928	20	18.5	20	85	5	449	20	19	26	34	1.96
3408--3454	25	1.9	24	86	4	67	46	4	0	48	1.21
5010--5034	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
10956--11016	17	3.6	17	73	20	56	14	19	9	55	1.67
10956--11005	17	2.9	17	82	5	57	16	18	12	54	1.72
10416--11046	333	1.9	330	90	2	1005	26	17	7	48	1.73
11166--11353	65	2.9	63	84	4	223	34	20	11	34	1.88
11320--11390	35	2.1	34	97	2	133	33	21	18	26	1.96
11258--11445	99	1.9	100	88	1	288	34	22	13	29	1.93
11190--11509	164	1.9	165	88	0	480	34	21	13	30	1.91
11355--11509	65	2.4	64	89	1	229	34	21	13	29	1.92
13509--13552	18	2.4	18	81	7	54	50	27	4	18	1.66
18970--19365	132	3.0	132	98	0	756	20	20	21	37	1.94
21028--21094	33	2.1	33	88	2	100	44	11	0	43	1.41
23010--23068	29	2.2	28	82	11	70	37	18	18	25	1.94
24006--24087	41	2.0	41	100	0	164	29	12	19	39	1.88
24064--24105	14	3.0	14	89	0	66	28	14	7	50	1.69
30674--30720	19	2.5	19	85	0	67	29	10	34	25	1.90
39773--39804	14	2.3	14	94	0	55	25	21	15	37	1.93
52510--52539	2	14.5	2	93	6	51	50	0	3	46	1.18
63233--63272	16	2.4	17	87	4	55	40	0	2	57	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63249--63321	23	3.2	23	73	9	69	35	4	1	58	1.25
67055--67102	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
67484--67535	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
67494--67556	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
69096--70268	199	5.9	199	97	1	2172	31	16	15	36	1.90
70387--70433	19	2.6	19	90	6	71	57	10	2	29	1.44
72206--72270	33	2.0	33	87	3	96	23	47	0	29	1.52
72304--72368	21	3.1	21	80	6	69	15	29	15	40	1.88
74590--74634	19	2.4	18	80	20	65	22	17	11	48	1.78
74755--74800	20	2.3	20	85	10	67	17	17	8	56	1.65
74864--75308	225	2.0	225	91	4	736	39	7	7	45	1.61
81294--81417	30	4.1	30	91	3	196	30	25	20	22	1.98
81294--81417	61	2.1	59	90	3	194	30	25	20	22	1.98
81315--81503	61	3.1	60	79	8	168	31	20	20	27	1.97
81406--81503	31	3.2	30	75	13	108	31	18	19	30	1.96
81409--81504	32	3.0	32	76	13	117	33	18	17	30	1.95
85842--85964	30	4.1	30	95	1	212	30	26	21	21	1.99
85953--86050	31	3.2	30	76	13	108	32	17	19	30	1.95
85956--86051	32	3.0	32	78	13	117	34	17	17	30	1.94
87194--87238	21	2.1	21	84	8	56	20	24	22	33	1.97
107797--107849	21	2.5	21	87	0	70	30	32	18	18	1.96
107853--108080	21	11.3	19	67	19	104	21	20	22	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107845--108077	42	5.7	42	87	5	320	20	19	22	37	1.94
108755--109026	42	6.4	42	84	5	341	37	22	17	22	1.94
108835--109051	21	10.4	21	69	13	135	37	23	18	20	1.94
109039--109100	21	3.0	20	73	19	56	33	17	22	25	1.96
110105--110130	11	2.4	11	100	0	52	46	0	15	38	1.46
115385--115442	29	2.0	30	89	3	91	20	15	17	46	1.84
115517--115564	25	1.9	25	91	0	78	60	0	0	39	0.97
116443--116483	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
122902--123399	258	1.9	253	91	4	813	40	16	16	26	1.89
140285--140318	16	2.2	16	89	5	52	17	20	14	47	1.83
145612--145655	14	3.4	14	70	23	51	11	27	4	56	1.53
145606--145656	24	2.1	24	100	0	102	11	25	3	58	1.50
152978--153029	27	1.9	27	96	0	95	42	17	13	26	1.86
156209--156268	2	30.0	2	100	0	120	50	0	0	50	1.00
161940--162380	229	2.0	219	91	5	713	45	7	7	38	1.62
162449--162487	20	2.0	20	100	0	78	56	12	15	15	1.68
162610--162656	20	2.4	19	82	10	67	53	10	17	19	1.72
162619--162661	20	2.3	19	88	11	63	51	11	16	20	1.75
164884--164948	21	3.1	21	80	6	69	40	15	29	15	1.88
164982--165042	32	1.9	32	89	0	95	29	0	47	22	1.52
166834--166882	19	2.6	19	90	6	73	30	4	10	55	1.52
167004--167993	197	5.0	197	97	2	1875	35	15	16	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168134--168170	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
168126--168172	24	2.0	24	86	0	67	34	4	14	46	1.64
168417--168500	39	2.2	39	93	0	141	48	19	14	17	1.81
168908--168974	23	3.0	23	84	8	93	34	4	22	38	1.74
168910--168979	21	3.2	21	78	11	70	32	4	22	40	1.74
169326--169399	22	3.5	22	83	10	91	32	4	22	40	1.73
168707--169723	422	2.5	418	91	6	1657	40	7	12	39	1.72
169558--169599	22	1.9	22	85	9	59	50	4	0	45	1.23
171642--171690	21	2.3	21	85	0	71	30	16	14	38	1.88
173606--173670	23	2.8	23	84	9	80	44	0	0	55	0.99
173636--173714	35	2.2	36	86	13	110	44	0	0	55	0.99
173605--173737	58	2.3	60	88	10	206	44	0	0	54	1.05
174018--174067	23	2.3	22	80	16	59	62	2	2	34	1.18
174247--174306	31	1.9	31	89	0	93	46	8	5	40	1.56
182844--182873	14	2.1	14	93	0	51	50	6	0	43	1.28
183014--183064	7	7.3	7	90	0	84	49	37	0	13	1.43
185552--185616	12	5.6	12	69	7	53	33	20	23	23	1.97
185559--185637	23	3.4	23	94	0	131	35	18	22	22	1.96
185576--185646	11	6.3	11	72	6	61	33	19	23	22	1.97
205737--205784	24	2.0	25	84	12	64	58	8	6	27	1.51
207025--207132	19	5.5	18	69	23	58	32	7	0	59	1.31
207024--207160	60	2.3	59	82	5	168	32	8	1	58	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207317--207430	42	2.7	42	79	0	120	25	14	43	15	1.85
208773--208954	60	3.1	59	82	3	197	39	3	20	35	1.71
213570--213622	23	2.3	23	83	3	63	13	3	7	75	1.15
214721--214760	12	3.0	14	82	17	50	70	0	0	30	0.88
225302--225349	24	2.0	24	84	8	62	41	2	8	47	1.45
229286--229369	44	1.9	44	85	4	116	35	7	2	54	1.41
251890--251915	13	2.0	13	100	0	52	38	7	7	46	1.61
261107--261370	111	2.4	111	89	2	406	39	10	14	35	1.81
261892--261940	26	2.0	24	88	8	71	53	2	0	44	1.12
270794--270833	15	2.8	14	85	7	53	27	0	2	70	1.01
273495--273884	41	9.5	42	73	12	247	29	19	19	31	1.96
278559--278791	42	5.5	41	80	8	252	27	24	19	28	1.98
278547--278831	86	3.3	84	80	7	261	25	24	20	29	1.99
280318--280370	2	27.5	2	88	7	83	50	1	0	47	1.12
290483--290586	44	2.4	44	100	0	208	40	14	13	31	1.85
291970--292053	44	1.9	43	87	2	123	25	3	20	51	1.63
296781--296822	18	2.3	18	100	0	84	23	21	16	38	1.93
306547--306726	90	2.0	90	94	0	315	20	29	16	33	1.94
309443--309495	20	2.7	20	87	0	70	47	20	15	16	1.83
309504--309676	20	8.6	20	78	4	177	36	24	18	19	1.94
309504--309674	40	4.2	41	90	1	247	37	24	18	19	1.94
310234--310326	20	4.6	21	81	10	106	50	19	17	12	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
310234--310328	40	2.4	40	82	7	122	50	18	17	12	1.77
310380--310435	20	2.8	20	84	10	87	14	25	21	39	1.91
312133--312477	94	3.9	83	79	16	370	23	13	17	46	1.83
312199--312500	94	3.2	94	94	0	518	20	12	19	47	1.81
312588--312679	33	2.8	33	83	3	107	47	20	18	13	1.81
312729--312775	20	2.3	20	88	0	67	21	19	23	36	1.95
313259--313363	21	5.0	21	74	3	95	20	37	19	22	1.95
313257--313364	42	2.6	43	75	11	116	20	37	19	23	1.95
314867--314950	33	2.5	33	86	3	107	44	17	22	15	1.87
315574--315851	20	13.9	19	70	14	161	21	19	23	36	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9