genome.fa.s9141.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009141.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112649_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  919200

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2432--2465	17	2.1	16	88	5	50	76	0	8	14	1.01
4046--4119	22	3.5	22	87	9	118	37	14	12	35	1.84
6632--6922	108	2.7	108	85	12	390	32	18	15	32	1.92
9064--9126	7	8.9	7	78	18	60	1	14	0	84	0.71
9074--9124	5	9.8	5	80	16	59	0	15	0	84	0.63
9052--9119	28	2.4	28	85	9	77	1	17	0	80	0.78
9074--9125	10	4.9	11	86	13	74	0	15	0	84	0.62
9062--9126	28	2.3	28	87	10	96	1	13	0	84	0.69
11865--11892	12	2.3	12	100	0	56	53	7	14	25	1.66
14414--14463	11	4.7	10	80	11	55	70	2	2	26	1.09
14414--14479	33	1.9	32	85	11	87	68	3	4	24	1.23
15742--15787	3	15.7	3	86	13	69	65	0	0	34	0.93
15742--15789	13	3.5	14	83	11	64	64	0	0	35	0.94
15742--15790	16	3.1	16	91	8	82	63	0	0	36	0.95
16865--16927	31	2.1	30	84	3	81	33	14	28	23	1.94
19313--19374	31	2.0	31	87	0	88	35	14	24	25	1.93
25129--25170	16	2.6	16	96	0	75	26	23	16	33	1.96
31020--31128	2	54.5	2	100	0	218	49	0	50	0	1.00
45997--46170	41	4.2	41	92	3	296	21	21	25	31	1.98
46014--46124	20	5.4	20	67	19	77	20	22	24	32	1.98
46246--46282	6	6.3	6	96	3	67	32	51	16	0	1.45
46987--47024	6	6.5	6	96	3	69	0	15	52	31	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47108--47389	41	6.8	41	96	0	474	31	24	22	21	1.98
48570--48619	24	2.1	24	84	0	64	20	8	8	64	1.46
48752--48785	13	2.8	12	86	8	50	32	2	5	58	1.37
52488--52525	20	1.9	20	88	0	58	23	34	31	10	1.89
53005--53333	103	3.2	103	96	0	606	25	12	24	37	1.91
53344--53404	23	2.7	23	82	5	70	22	26	22	27	1.99
59473--59510	19	2.0	19	89	0	58	28	34	26	10	1.90
59987--60307	103	3.1	103	96	0	579	25	11	25	37	1.89
60323--60386	23	2.8	23	77	13	78	21	26	25	26	2.00
61630--61701	36	2.1	34	82	12	85	76	2	16	4	1.06
61645--61701	12	4.8	12	78	8	53	75	1	19	3	1.04
63881--64093	54	4.0	54	82	3	259	31	8	19	40	1.81
65495--65747	118	2.2	117	88	0	380	36	16	22	24	1.94
65199--66068	320	2.7	319	85	3	1183	35	16	20	26	1.94
67306--67370	27	2.5	26	76	14	69	72	1	18	7	1.17
69906--69934	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
70713--70741	15	1.9	15	100	0	58	55	13	6	24	1.63
74221--74268	11	4.4	11	86	0	60	27	27	18	27	1.98
74221--74277	22	2.6	22	91	0	87	26	24	19	29	1.98
74685--74855	89	1.9	88	85	3	236	33	21	6	39	1.79
74687--74863	44	4.0	44	86	2	221	33	19	6	40	1.77
75057--75539	117	4.1	117	85	5	575	27	23	11	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74945--75562	176	3.5	174	82	6	653	28	23	11	37	1.90
74945--75550	59	10.3	59	81	8	619	28	23	11	37	1.89
76378--76419	18	2.3	18	100	0	84	40	23	7	28	1.81
89354--89391	15	2.5	15	100	0	76	18	34	15	31	1.92
108899--108945	6	7.8	6	100	0	94	82	0	17	0	0.66
110284--110387	41	2.6	41	95	1	183	34	23	21	21	1.97
110139--110383	135	1.9	131	83	9	311	32	21	18	27	1.97
111872--111917	4	11.2	4	82	13	58	71	0	6	21	1.08
112205--112242	19	2.0	19	85	10	51	63	0	2	34	1.09
112762--112866	37	2.8	37	86	0	147	29	15	14	40	1.86
113599--115290	106	16.0	106	90	1	2502	23	17	24	34	1.96
115652--115713	30	2.0	32	87	9	92	35	19	14	30	1.92
115865--115922	24	2.4	24	94	0	98	37	1	20	39	1.63
116112--116188	22	3.5	22	90	0	118	20	11	25	41	1.86
116782--116843	19	3.1	20	76	19	58	1	14	4	79	0.98
116795--116856	19	3.2	19	80	15	65	1	14	4	79	0.98
116794--116871	24	3.2	23	71	20	68	1	12	5	80	0.93
116825--116872	16	3.2	14	86	13	69	0	12	6	81	0.87
116815--116872	31	1.9	30	89	10	91	0	13	5	81	0.86
116794--116871	19	4.2	20	71	25	64	1	12	5	80	0.93
116793--116877	8	10.9	8	69	13	52	1	12	5	80	0.96
121582--121640	2	31.0	2	76	21	56	52	0	3	44	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122154--122258	37	2.8	36	81	5	129	29	14	15	40	1.86
124282--124479	102	1.9	102	95	0	360	40	22	16	20	1.91
131255--131579	161	2.0	162	98	1	627	25	24	14	36	1.93
136766--136909	73	2.0	71	94	5	254	38	14	12	34	1.84
142597--142664	21	3.3	20	74	10	57	39	1	4	54	1.30
145444--145517	34	2.1	35	92	2	123	32	1	22	43	1.62
148576--148611	16	2.2	16	90	5	54	41	5	2	50	1.40
148579--148635	30	1.9	30	82	7	71	50	8	3	36	1.50
158371--158397	3	9.0	3	100	0	54	0	0	33	66	0.92
160636--160666	4	7.8	4	100	0	62	22	0	0	77	0.77
163705--163756	20	2.6	20	96	0	95	38	26	13	21	1.90
163746--163844	21	4.8	20	72	6	72	36	23	19	21	1.95
163811--164005	20	9.6	20	80	6	214	35	26	19	18	1.95
163811--164005	61	3.2	60	82	1	246	35	26	19	18	1.95
163810--164006	81	2.4	80	81	6	227	36	25	19	18	1.95
164385--164453	32	2.2	32	91	0	111	11	21	20	46	1.82
164385--164434	18	3.0	18	69	22	54	12	22	22	44	1.85
164577--164631	14	3.6	14	73	21	56	40	23	27	9	1.85
164577--164647	33	2.2	33	92	0	115	42	25	23	8	1.82
164643--164740	19	5.7	19	70	22	81	10	24	22	42	1.84
164665--164754	14	5.7	14	74	23	81	8	25	23	42	1.83
164648--164762	33	3.5	33	95	0	212	9	24	20	45	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166461--166839	92	4.1	93	97	1	726	22	12	18	46	1.83
166461--166841	185	2.1	185	97	1	728	22	12	18	46	1.83
166883--167011	19	7.3	19	75	17	125	45	28	17	8	1.77
166919--167011	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
166883--167011	52	2.5	52	74	14	140	45	28	17	8	1.77
167007--167125	19	6.8	18	74	19	110	8	19	25	47	1.77
167029--167085	14	3.7	14	72	20	51	7	19	28	45	1.76
167012--167104	33	2.8	33	91	0	159	8	19	24	47	1.77
167007--167141	19	7.6	19	73	20	105	9	18	25	45	1.80
168958--169030	38	1.9	38	97	0	137	28	1	16	53	1.51
168954--169017	19	3.4	19	64	10	51	25	1	15	57	1.47
169012--169047	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
169154--169255	19	5.6	19	84	13	151	44	17	23	14	1.86
169284--169679	19	22.4	19	81	15	503	14	20	17	47	1.82
169262--169679	52	7.9	49	82	10	352	14	21	17	46	1.83
169284--169679	71	5.6	71	85	10	518	14	20	17	47	1.82
172900--173270	20	18.5	20	87	4	480	21	18	25	34	1.96
173257--173308	20	2.6	20	90	6	79	13	19	25	42	1.87
178888--178915	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
180501--180718	44	5.0	44	91	0	355	25	22	10	42	1.84
182807--182855	16	3.0	17	85	5	66	26	0	0	73	0.83
184059--184102	17	2.6	16	82	13	52	20	29	22	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184455--184510	28	2.1	27	83	6	69	23	10	16	50	1.76
187838--187888	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
198962--199003	4	10.5	4	94	0	75	26	0	0	73	0.83
200297--200329	17	1.9	17	88	11	50	27	3	6	63	1.32
200786--201033	130	1.9	130	93	0	424	35	12	15	36	1.86
201430--201505	35	2.2	35	90	0	116	36	1	22	39	1.63
202064--202431	118	3.1	118	92	1	605	26	19	16	38	1.92
208111--208178	31	2.2	31	94	0	127	10	48	22	19	1.78
208142--208181	18	2.2	18	86	0	53	12	45	22	20	1.84
209772--209855	42	2.0	42	95	0	150	35	16	9	38	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6