genome.fa.s9141.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009141.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112649_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  919200

Tables:   1   2   3   4   5   6   

This is table  5  of  6  ( 623 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
760895--760940	21	2.2	21	92	3	76	32	26	28	13	1.93
760927--760966	9	4.2	9	81	12	53	37	32	17	12	1.87
760928--760966	20	2.0	20	94	0	69	38	30	17	12	1.88
760997--761078	32	2.6	32	98	0	155	29	24	36	9	1.87
761065--761130	29	2.3	29	91	0	105	13	30	33	22	1.93
761591--761680	45	2.0	47	86	8	132	40	0	12	47	1.41
761721--761796	33	2.3	32	82	12	93	40	0	11	47	1.40
761842--761888	16	3.0	16	84	9	53	29	0	10	59	1.31
761863--761893	15	2.1	14	94	5	53	38	0	6	54	1.26
764533--764608	8	10.2	8	68	21	58	46	9	3	40	1.54
764132--764768	149	4.3	149	96	2	1145	48	8	2	40	1.45
764132--764768	301	2.1	298	95	2	1145	48	8	2	40	1.45
764715--764881	25	6.9	24	71	20	84	44	7	3	43	1.50
764053--764889	14	60.3	14	72	19	331	47	8	2	41	1.47
766679--766739	26	2.4	24	76	15	59	42	1	6	49	1.38
767531--767579	21	2.3	21	82	3	62	51	18	0	30	1.47
768083--768107	12	2.1	12	100	0	50	24	60	0	16	1.36
768101--768171	29	2.4	29	100	0	142	18	35	25	21	1.95
768324--768388	31	2.1	31	100	0	130	35	32	29	3	1.73
770700--770756	21	2.7	21	88	0	78	36	24	15	22	1.94
771126--771169	22	2.0	22	86	0	61	40	15	6	36	1.74
776203--776248	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
776818--776858	16	2.5	17	76	7	50	21	7	0	70	1.11
776948--777034	36	2.3	38	84	7	108	35	6	1	56	1.34
777263--777308	18	2.5	19	82	7	58	19	13	0	67	1.23
778745--778892	15	9.5	15	84	11	181	47	0	2	50	1.12
778837--778937	22	4.5	22	71	7	94	39	0	8	51	1.33
778872--780487	54	29.4	54	73	15	1121	33	0	13	52	1.42
778917--780377	32	47.7	32	67	24	354	33	0	13	52	1.42
778949--778991	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
779003--779045	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
779132--779179	22	2.4	18	73	23	51	33	0	14	52	1.42
779221--779263	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
778872--780125	80	15.1	80	81	11	1144	33	0	13	52	1.42
779410--779483	22	3.2	23	72	14	62	31	0	14	54	1.41
779751--779793	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
780105--780147	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
780271--780313	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
779691--780423	300	2.4	302	90	5	1202	33	0	13	53	1.40
780435--780477	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
780073--780487	166	2.5	165	96	1	769	33	0	13	53	1.40
778917--780512	552	2.9	555	85	9	2171	33	0	13	52	1.42
780502--780560	31	1.9	31	89	0	91	44	10	5	40	1.60
784441--784622	95	1.9	95	93	4	314	31	18	19	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
786439--786521	36	2.3	36	93	0	148	28	21	12	37	1.89
786439--786508	21	3.6	21	69	21	62	25	20	12	41	1.88
788292--788336	15	2.9	15	80	6	54	20	8	0	71	1.12
788364--788484	2	62.5	2	70	18	60	38	5	0	55	1.30
788748--788793	18	2.5	19	82	7	58	19	13	0	67	1.23
790993--791026	18	1.9	18	88	5	52	20	8	5	64	1.43
791805--791834	13	2.2	14	94	5	53	20	26	13	40	1.89
793608--793662	20	2.9	18	74	12	56	12	1	5	80	0.97
793610--793668	18	3.3	18	79	13	50	10	3	5	81	0.96
793629--793673	23	2.0	22	87	12	65	4	6	4	84	0.87
801121--801285	82	2.0	82	91	0	267	33	16	13	36	1.88
803892--803978	29	3.0	29	96	0	156	36	16	10	36	1.82
805128--805156	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
806847--806887	16	2.4	18	92	8	68	29	0	0	70	0.87
812669--812746	35	2.2	35	82	8	88	62	15	1	20	1.39
816839--816880	19	2.3	19	87	4	59	14	33	30	21	1.93
820799--821017	117	1.9	116	83	6	282	29	14	9	47	1.75
823740--823787	16	2.8	18	78	12	57	62	2	0	35	1.07
824288--824327	17	2.3	18	86	4	64	47	0	0	52	1.00
828199--828249	19	2.6	19	79	14	50	21	5	1	70	1.18
828200--828262	21	3.0	21	73	17	67	22	6	3	68	1.27
831263--831315	18	2.9	19	78	16	58	50	3	0	45	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
833418--833442	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
834614--834667	21	2.6	21	93	0	90	20	24	20	35	1.96
834614--834698	21	4.2	21	83	4	77	24	24	18	31	1.98
834669--834759	20	4.7	20	85	6	82	36	24	13	26	1.92
834663--834744	20	4.2	20	84	7	98	35	24	17	23	1.95
835506--835539	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
835665--835718	24	2.2	24	90	0	81	22	18	18	40	1.91
837501--837536	18	2.0	18	94	0	63	55	25	2	16	1.55
837853--837894	20	2.1	20	100	0	84	19	21	26	33	1.97
838682--838770	39	2.3	39	94	0	160	47	19	14	19	1.83
839040--839097	20	2.9	20	86	0	89	17	17	22	43	1.88
841339--841370	13	2.5	13	94	0	55	75	15	6	3	1.14
841584--841634	22	2.3	22	86	0	75	21	9	43	25	1.83
841762--841823	20	3.0	20	92	2	97	20	17	25	35	1.95
841771--841823	21	2.6	20	93	3	88	20	18	28	32	1.97
841816--841867	20	2.6	21	84	6	72	32	9	30	26	1.89
843823--843854	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
846759--847233	265	1.8	256	88	5	729	28	12	19	38	1.89
847600--847682	43	1.9	43	92	0	139	36	20	15	27	1.93
847671--847716	18	2.6	18	89	3	67	28	21	8	41	1.83
848460--848519	20	3.0	20	85	4	77	36	18	20	25	1.94
848974--849062	20	4.4	20	82	2	117	34	24	22	17	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
849067--849173	19	5.8	19	78	12	125	46	15	21	15	1.83
849045--849173	38	3.7	35	77	13	122	45	16	22	15	1.84
849177--849278	20	5.8	20	70	24	86	13	22	18	45	1.85
849182--849311	34	3.9	34	91	2	199	14	23	19	42	1.88
849182--849311	67	1.9	68	88	1	199	14	23	19	42	1.88
849453--849548	33	2.9	34	85	3	131	14	22	19	42	1.88
849216--849656	237	1.9	237	98	0	846	31	20	13	34	1.91
849650--849686	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
851624--851671	20	2.4	20	85	0	69	33	25	20	20	1.97
851716--851765	20	2.5	20	93	0	82	24	18	22	36	1.95
853645--853698	20	2.7	20	88	0	81	38	25	18	16	1.92
853722--853810	20	4.4	20	92	0	142	25	21	19	33	1.97
854399--854455	20	2.8	21	89	5	82	22	14	19	43	1.86
854448--854494	21	2.2	21	88	0	67	31	17	27	23	1.96
857892--857920	15	2.0	15	93	6	51	41	0	6	51	1.28
858441--858479	12	3.0	13	88	11	62	58	0	2	38	1.12
859470--859497	13	2.2	13	100	0	56	10	0	35	53	1.36
861625--861694	9	7.4	9	75	20	63	60	1	2	35	1.21
861626--861695	19	3.7	19	76	19	65	58	1	2	37	1.22
866802--866849	24	1.9	26	83	8	64	12	8	25	54	1.65
868957--869014	28	2.2	26	81	12	64	48	12	15	24	1.79
869063--869115	23	2.2	24	93	3	90	37	16	24	20	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
870096--870135	21	1.9	21	94	0	71	30	15	7	47	1.72
870130--870228	33	3.0	33	94	1	164	32	7	15	45	1.73
870214--870268	13	4.2	13	75	13	58	36	3	10	49	1.56
870464--870520	21	2.7	21	86	0	87	21	26	24	28	1.99
873679--873703	10	2.5	10	100	0	50	60	0	8	32	1.26
873762--873980	72	3.2	69	78	14	236	44	6	4	44	1.49
873799--874012	34	5.9	35	75	18	174	43	6	5	44	1.52
873812--874039	108	2.1	105	78	12	248	44	6	4	44	1.48
874103--874144	2	20.5	2	86	13	59	47	4	0	47	1.23
874651--875285	250	2.5	246	80	6	654	25	19	23	31	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6