genome.fa.s9174.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009174.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112737_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1358226

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
423--551	60	2.2	59	80	6	136	32	24	4	38	1.76
870--898	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
871--896	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
870--901	15	2.1	15	100	0	64	46	0	0	53	1.00
2342--2373	14	2.3	14	94	0	55	3	15	28	53	1.57
3477--3508	16	2.0	16	93	0	55	6	9	25	59	1.52
5204--5243	9	4.3	9	93	3	62	0	20	0	80	0.72
5355--5458	42	2.5	41	80	9	113	34	22	20	23	1.97
5681--5719	20	2.0	20	94	0	69	28	20	23	28	1.99
5279--5862	258	2.3	257	87	2	830	34	17	15	32	1.92
6146--6184	17	2.4	17	86	4	53	38	0	5	56	1.22
6407--6514	42	2.6	42	75	10	121	32	21	18	27	1.97
6393--7169	258	2.9	258	84	6	920	35	17	15	31	1.91
6971--7018	22	2.2	22	96	0	87	35	18	18	27	1.95
10942--10984	19	2.3	19	88	8	61	39	4	4	51	1.44
10916--10973	8	6.6	9	74	14	50	34	1	8	55	1.41
11760--11808	19	2.6	19	96	0	89	48	14	0	36	1.44
16715--16760	3	15.0	3	90	4	74	34	2	0	63	1.07
25528--25717	93	2.0	93	88	6	278	30	13	19	36	1.91
27859--27970	54	2.1	54	87	0	161	39	16	22	22	1.92
28347--28401	22	2.5	22	81	0	65	34	10	14	40	1.81
29077--30256	76	15.6	76	96	1	2104	23	20	21	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30198--30303	47	2.3	47	98	0	203	24	23	21	30	1.99
30122--30379	123	2.1	123	99	0	507	23	22	21	33	1.97
30046--30455	199	2.1	199	99	0	811	22	21	21	34	1.97
30245--30564	76	4.2	76	97	0	588	22	21	20	34	1.97
30722--30756	3	11.3	3	87	6	52	34	2	0	62	1.10
33808--33855	5	9.6	5	100	0	96	60	0	0	39	0.97
35965--36006	17	2.7	15	79	20	50	57	0	2	40	1.12
36197--36239	22	2.0	22	100	0	86	55	2	0	41	1.12
36253--36295	2	21.5	2	95	0	77	53	0	0	46	1.00
41173--41225	2	26.5	2	100	0	106	50	0	0	49	1.00
41932--42040	37	2.9	37	95	0	200	40	13	12	33	1.83
42407--42469	3	21.3	3	76	20	62	31	3	0	65	1.09
42836--42901	29	2.3	30	82	10	75	15	7	3	74	1.17
46831--46879	19	2.6	19	84	9	57	24	28	20	26	1.99
53829--53869	16	2.6	16	92	0	64	39	2	17	41	1.62
54413--54450	19	2.0	19	89	0	58	18	28	23	28	1.98
56493--56656	81	2.0	81	98	0	319	36	13	23	26	1.92
57806--57844	19	2.1	19	100	0	78	43	15	20	20	1.88
57956--57983	14	2.0	14	100	0	56	50	21	0	28	1.49
57954--58003	18	3.0	18	86	13	72	46	22	4	28	1.70
60671--60723	19	2.8	19	94	0	88	49	11	7	32	1.67
62178--62224	12	3.6	14	75	18	57	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67295--67475	90	2.0	90	96	0	335	32	23	16	28	1.96
70981--71028	23	2.1	23	100	0	96	33	0	22	43	1.54
73960--74035	26	3.0	26	96	1	136	48	22	17	11	1.79
77085--77123	15	2.6	15	83	0	51	66	2	7	23	1.30
79381--79409	12	2.4	12	100	0	58	0	34	31	34	1.58
89415--89493	39	2.0	39	92	0	131	24	15	27	32	1.95
98965--99003	18	2.0	18	85	14	51	35	5	0	58	1.20
98964--99009	20	2.2	22	78	21	55	34	4	2	58	1.30
102658--102735	3	26.0	3	100	0	156	33	0	0	66	0.92
106215--106251	16	2.3	16	95	0	65	27	48	13	10	1.75
107753--107862	31	3.5	31	86	0	157	55	15	7	21	1.64
108547--108579	17	1.9	17	88	11	50	66	6	6	21	1.35
110062--110175	53	2.1	53	93	1	192	46	7	13	33	1.70
115044--115073	13	2.2	14	94	5	53	20	26	13	40	1.89
119740--119791	27	1.9	27	92	0	86	34	3	13	48	1.61
125595--125672	39	2.0	38	85	9	104	43	5	1	50	1.32
125674--125702	14	2.1	14	100	0	58	48	6	0	44	1.29
125677--125753	21	3.7	21	73	16	70	46	9	1	42	1.43
127280--127333	25	2.1	25	83	10	65	55	3	0	40	1.17
127286--127358	21	3.5	21	78	12	71	46	8	1	43	1.42
127319--127359	21	2.0	21	95	0	73	41	12	2	43	1.55
135111--135150	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140193--140275	20	4.1	20	69	17	62	18	25	32	24	1.97
147000--147034	17	2.1	17	100	0	70	40	11	5	42	1.65
150447--150491	17	2.8	16	87	9	65	44	6	0	48	1.29
154352--154777	59	7.2	59	80	6	393	34	11	24	28	1.91
154404--154503	31	3.3	31	63	13	82	32	13	28	27	1.93
154351--154791	118	3.7	117	79	6	437	34	11	24	28	1.91
154867--155112	44	5.6	44	91	0	384	39	6	20	33	1.77
157861--157907	24	2.0	24	100	0	94	46	14	17	21	1.83
170332--170393	23	2.7	23	79	18	67	50	0	0	50	1.00
171592--171752	64	2.5	63	84	5	198	34	18	19	27	1.95
172069--172104	18	2.0	18	88	0	54	30	8	16	44	1.77
173083--173152	18	3.7	18	78	14	77	20	24	30	25	1.99
175508--175546	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
176480--176640	64	2.5	63	85	7	191	34	18	21	26	1.96
176958--176993	18	2.0	18	88	0	54	30	8	16	44	1.77
178152--178221	18	3.7	18	80	14	86	20	24	31	24	1.98
179898--179953	28	2.0	28	96	0	103	39	23	10	26	1.87
181001--181040	21	1.9	21	89	0	62	27	15	20	37	1.92
181092--181150	21	2.8	21	81	2	73	23	15	18	42	1.88
182546--182596	12	4.2	12	72	7	50	33	27	0	39	1.57
183569--183605	13	2.8	13	100	0	74	54	0	21	24	1.45
189157--189227	34	2.1	35	94	2	126	45	18	2	33	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
190104--190142	15	2.6	15	100	0	78	48	0	17	33	1.48
190783--191170	51	7.6	51	79	2	375	30	13	19	35	1.91
191137--191329	51	3.8	51	79	9	207	32	3	22	41	1.69
192234--192456	36	6.2	36	82	4	243	31	13	16	37	1.88
192234--192456	72	3.1	72	79	3	270	31	13	16	37	1.88
192237--192438	108	1.9	108	89	0	314	32	14	15	38	1.87
200493--200523	15	2.1	15	100	0	62	38	29	12	19	1.89
201854--201882	15	1.9	15	100	0	58	58	0	0	41	0.98
202751--203136	102	3.8	102	83	1	432	30	12	20	35	1.91
202751--203105	153	2.3	153	84	1	453	31	13	20	34	1.91
202751--203109	51	7.0	51	83	2	389	31	13	20	34	1.91
206191--206243	22	2.4	22	80	0	61	28	18	18	33	1.95
209689--209735	20	2.3	20	82	13	53	53	4	14	27	1.60
210974--211440	232	2.0	232	100	0	934	36	14	16	32	1.89
211523--211563	21	1.9	22	85	5	57	36	19	19	24	1.95
211598--211636	19	2.0	20	85	5	53	33	41	12	12	1.82
212519--212595	31	2.5	31	78	2	82	27	32	25	14	1.94
213492--213549	5	10.8	5	75	14	53	6	20	51	20	1.70
213485--213539	17	3.2	17	97	0	101	10	21	47	20	1.80
213465--213495	7	4.4	7	100	0	62	25	29	29	16	1.96
213546--213634	9	9.3	9	75	9	61	29	25	26	17	1.98
213552--213634	19	4.3	18	77	11	60	30	26	25	18	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213578--213635	20	2.9	21	87	10	86	31	24	25	18	1.98
213573--213634	29	2.1	28	88	11	90	29	25	27	17	1.98
213578--213635	9	5.9	10	80	15	68	31	24	25	18	1.98
219857--219933	31	2.5	31	80	2	91	27	31	27	14	1.95
219810--219933	63	2.0	63	82	6	153	25	29	28	16	1.97
220822--220862	5	7.8	5	84	10	55	4	21	53	19	1.63
220859--220957	9	10.3	9	73	10	63	29	25	27	18	1.98
220865--220958	19	4.8	19	75	13	68	29	25	25	19	1.98
220884--220958	29	2.5	31	85	8	111	29	25	26	18	1.98
220920--220958	21	1.9	21	89	5	62	33	23	25	17	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7