genome.fa.s9174.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009174.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112737_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1358226

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

This is table  4  of  7  ( 802 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
714860--714896	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
715394--715463	26	2.6	26	77	4	68	34	1	0	64	1.03
715431--715480	20	2.4	21	87	9	68	30	2	0	68	1.01
715433--715499	21	3.2	21	81	10	59	31	2	1	64	1.18
717900--717992	34	2.6	34	79	5	96	21	12	10	54	1.68
717925--717969	20	2.2	20	84	0	54	17	11	11	60	1.59
717905--717981	14	5.6	14	72	14	61	19	12	12	54	1.70
720388--720451	1	64.0	1	77	0	56	87	4	7	0	0.66
720365--720457	9	9.9	9	76	11	80	81	3	15	0	0.81
720365--720450	8	10.4	8	73	13	59	82	3	13	0	0.79
720391--720451	26	2.3	26	91	2	95	86	4	8	0	0.69
725018--725096	22	3.6	22	89	0	131	32	12	12	41	1.81
725771--726635	76	11.4	76	96	0	1597	23	19	21	34	1.96
726769--726865	6	15.3	6	80	12	72	42	1	0	56	1.06
726773--726863	9	9.9	9	73	18	64	43	1	0	54	1.07
726799--726858	2	34.0	2	72	24	55	45	1	0	53	1.10
726783--726865	35	2.3	35	95	2	148	42	1	0	56	1.07
728190--728238	22	2.2	22	89	7	73	26	4	2	67	1.19
728169--728238	11	6.3	10	79	17	59	27	4	1	67	1.18
730422--730495	3	25.0	3	97	2	141	66	0	0	33	0.92
731734--731760	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
733716--733761	10	4.6	10	82	15	51	71	2	15	10	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
735924--736237	81	3.9	81	91	2	515	35	11	23	30	1.90
735924--736237	161	1.9	162	91	1	515	35	11	23	30	1.90
740523--740579	17	3.1	17	85	10	60	64	0	0	35	0.93
740524--740600	10	8.2	10	71	25	62	61	1	2	35	1.18
740617--740927	107	2.8	107	77	12	274	42	10	3	43	1.57
740617--740927	71	4.2	71	87	4	361	42	10	3	43	1.57
740916--740956	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
740938--741106	37	4.4	38	87	5	218	45	8	2	43	1.48
745393--745450	27	2.1	27	81	6	64	12	24	13	50	1.76
746680--746734	24	2.3	24	100	0	110	7	7	21	63	1.44
746679--746734	12	4.7	12	77	0	58	8	7	21	62	1.48
751700--752084	192	2.0	191	98	0	752	31	19	14	34	1.92
762691--762759	12	5.9	11	85	10	84	57	0	0	42	0.98
762703--762759	3	19.3	3	82	10	73	59	0	0	40	0.97
762691--762759	15	4.5	15	73	26	56	57	0	0	42	0.98
762691--762754	18	3.6	19	83	12	91	57	0	0	42	0.98
762936--763603	76	8.8	76	97	1	1243	34	22	20	21	1.97
762936--763603	151	4.4	152	97	0	1243	34	22	20	21	1.97
762940--763603	227	2.9	227	97	0	1249	34	23	20	21	1.96
764443--764497	22	2.5	22	93	0	101	40	14	10	34	1.81
766992--767438	114	3.9	114	93	0	732	31	19	15	33	1.93
774017--774072	29	1.9	28	86	13	78	75	0	1	23	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
776359--776417	3	20.3	3	80	13	70	59	0	0	40	0.97
776347--776421	20	3.7	21	81	15	104	57	0	0	42	0.98
776349--776412	9	6.7	9	76	16	58	57	0	0	42	0.98
778835--778888	16	3.5	16	73	14	51	35	1	0	62	1.06
778821--778891	24	2.8	25	80	18	69	30	4	1	63	1.22
778837--778891	11	5.0	11	76	14	60	34	1	0	63	1.05
778835--778888	27	2.0	26	86	10	74	35	1	0	62	1.06
778905--778930	13	2.0	13	100	0	52	23	7	0	69	1.14
779016--779146	22	6.0	22	69	17	78	29	3	1	65	1.19
779080--779146	14	4.8	14	74	17	59	28	2	0	68	1.04
779056--779145	44	2.1	43	81	10	103	27	4	1	66	1.18
792687--792713	12	2.2	12	100	0	54	22	11	22	44	1.84
801611--801654	22	2.0	23	86	4	63	40	2	4	52	1.34
803499--803540	22	1.9	22	100	0	84	23	23	26	26	2.00
804414--804457	12	3.8	12	76	11	56	25	11	13	50	1.75
804414--804457	22	2.0	22	90	0	70	25	11	13	50	1.75
804742--804984	120	2.0	120	95	0	441	31	22	18	27	1.97
813582--813700	37	3.2	36	92	3	193	66	4	7	21	1.35
820973--821002	16	1.9	15	93	6	51	13	26	40	20	1.89
821163--821222	3	20.7	3	81	13	72	70	0	3	26	1.03
821308--821513	38	5.5	38	86	7	271	45	6	3	44	1.45
821308--821537	75	3.1	76	84	5	290	46	6	3	44	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
822100--822255	84	1.9	84	95	0	285	19	19	25	34	1.96
822264--822336	34	2.3	31	83	11	85	36	10	16	35	1.84
822323--822494	36	4.7	35	89	5	236	38	13	21	26	1.91
822323--822494	73	2.4	73	90	2	276	38	13	21	26	1.91
823176--823608	110	3.9	110	91	0	661	23	18	22	35	1.96
827551--827616	30	2.2	30	86	0	87	34	25	30	9	1.87
827673--827798	27	4.7	27	96	1	218	23	29	25	22	1.99
829588--829657	3	23.7	3	81	13	83	70	0	2	27	1.02
829724--829811	31	2.9	30	86	6	124	50	5	2	42	1.38
829777--830051	38	7.2	38	80	14	291	46	5	2	45	1.41
829796--830050	75	3.3	74	83	11	307	45	5	3	46	1.42
829806--830050	121	2.1	118	88	6	361	44	5	3	46	1.43
830958--830986	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
834296--834334	16	2.4	16	86	4	51	71	2	2	23	1.10
836059--836084	11	2.4	11	100	0	52	42	7	0	50	1.31
837486--837532	18	2.6	19	80	10	53	61	6	8	23	1.48
839338--839369	14	2.3	14	94	0	55	6	12	28	53	1.62
840451--840496	16	2.9	16	93	0	74	8	10	19	60	1.55
840499--840559	31	1.9	31	86	3	86	47	14	9	27	1.76
840569--840600	16	2.0	16	100	0	64	6	12	25	56	1.59
843796--843826	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
845220--845290	19	3.7	19	98	0	133	32	16	29	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
846714--846806	18	4.9	18	77	7	87	24	21	29	24	1.99
846711--846807	20	5.1	20	76	8	103	25	21	27	24	1.99
846714--846808	38	2.5	38	80	10	122	26	21	28	24	1.99
849526--849567	22	1.9	22	100	0	84	14	21	45	19	1.85
849575--849653	10	8.3	9	78	9	59	30	25	25	18	1.98
849581--849647	19	3.5	19	80	6	73	32	25	22	19	1.97
856786--856824	17	2.3	17	95	0	69	15	23	43	17	1.87
856800--856848	24	2.0	26	88	8	75	12	22	42	22	1.86
856810--856857	24	2.0	24	83	0	60	14	22	41	20	1.89
856844--856942	9	10.3	9	75	12	90	32	27	24	16	1.96
856846--856943	19	5.1	19	79	8	108	32	27	22	17	1.96
856846--856893	10	5.0	10	87	7	73	29	31	22	16	1.96
856844--856942	29	3.4	28	82	8	110	32	27	24	16	1.96
860134--860174	19	2.2	19	100	0	82	31	17	29	21	1.96
860623--860652	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
861618--861712	38	2.5	38	84	0	145	23	21	29	26	1.99
861618--861710	18	4.9	18	83	7	105	21	21	30	26	1.98
869839--869878	18	2.1	18	86	13	53	25	12	5	57	1.55
875814--875896	34	2.4	34	83	0	103	37	3	16	42	1.66
876754--876846	21	4.5	21	75	4	91	39	17	24	18	1.91
876754--876846	41	2.3	41	96	0	177	39	17	24	18	1.91
876832--876969	41	3.4	41	78	6	145	34	24	16	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
876877--876949	20	3.7	20	92	0	119	26	28	19	26	1.98
877137--877180	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
877443--877501	20	3.0	20	87	0	73	16	18	22	42	1.89
878820--878864	18	2.5	18	85	0	63	28	42	15	13	1.85
879346--879391	20	2.3	20	85	7	58	39	26	19	15	1.91
879385--879480	19	5.7	17	72	20	69	45	21	19	12	1.83
879402--879458	14	3.8	14	78	17	69	47	24	17	10	1.79
879385--879468	32	2.6	32	96	1	150	46	21	20	11	1.82
879492--879549	14	3.9	14	79	16	71	8	17	25	48	1.75
879487--879557	32	2.2	33	97	2	135	8	19	23	47	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7