genome.fa.s9259.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009259.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112910_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1149570

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2423--2465	20	2.2	20	87	4	61	34	11	4	48	1.60
2808--2866	13	4.8	12	72	17	50	25	40	1	32	1.66
2807--2887	35	2.3	36	95	2	146	25	39	3	30	1.73
3257--3299	7	5.9	7	81	8	50	81	2	16	0	0.79
6695--6737	20	2.2	20	87	4	61	34	9	6	48	1.62
7082--7107	13	2.0	13	100	0	52	23	38	0	38	1.55
7081--7196	35	3.3	35	88	1	169	25	36	3	34	1.73
8089--8168	24	3.3	24	92	0	133	48	16	10	25	1.76
8101--8165	12	5.4	12	77	0	76	49	16	9	24	1.75
9289--9333	17	2.8	17	84	15	53	35	17	4	42	1.70
20905--20929	13	1.9	13	100	0	50	8	20	0	72	1.10
28805--28837	17	2.0	16	94	5	57	21	0	0	78	0.75
30055--30088	11	3.1	11	86	0	50	52	29	8	8	1.62
30073--30134	24	2.7	23	72	5	61	43	19	16	20	1.88
33165--33718	276	2.0	276	98	0	1081	38	9	28	22	1.86
34654--34705	27	1.9	27	84	7	70	53	0	3	42	1.19
38596--38640	18	2.5	19	82	10	58	40	15	11	33	1.83
40368--40440	11	6.5	11	71	20	53	60	1	2	35	1.20
40883--40964	35	2.3	36	85	4	103	35	14	10	39	1.82
41547--42017	109	4.4	109	88	4	618	21	20	26	31	1.98
41389--42017	218	3.0	209	81	8	695	21	20	26	31	1.98
42596--42754	67	2.4	67	88	2	230	34	10	21	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42713--42884	36	4.9	35	68	21	110	37	12	20	29	1.90
42797--43103	37	8.9	37	68	18	214	37	13	21	28	1.91
42629--43085	102	4.5	102	88	1	632	36	12	21	30	1.90
43001--43103	35	2.9	36	91	2	163	36	13	24	25	1.92
44589--44651	20	3.0	21	77	13	67	1	15	6	76	1.07
44607--44660	23	2.4	23	84	9	76	0	14	5	79	0.90
48655--48742	35	2.4	36	83	5	106	35	11	14	38	1.82
49148--49188	21	2.0	21	95	0	73	26	26	19	26	1.99
49505--49534	13	2.3	13	94	0	51	56	10	0	33	1.32
49881--49953	30	2.5	30	88	4	105	39	20	19	20	1.92
55898--55938	19	2.1	19	86	4	55	48	12	4	34	1.62
61588--61634	10	4.8	10	84	2	60	0	4	8	87	0.67
62923--63032	26	4.5	26	78	14	117	43	12	20	23	1.86
62923--63216	72	4.3	71	75	14	244	43	12	21	21	1.86
62994--63191	46	4.3	46	89	0	306	43	12	22	21	1.86
63066--63211	20	6.7	20	76	17	139	43	12	24	19	1.86
69736--70149	46	9.0	46	93	0	675	42	12	22	22	1.87
71379--71437	2	28.5	2	77	13	57	45	1	3	49	1.28
71493--71550	11	5.5	11	76	12	50	48	8	3	39	1.51
71532--71600	13	5.1	13	71	10	57	44	8	5	40	1.59
71634--71700	9	7.3	9	70	21	50	52	8	1	37	1.42
71643--71869	119	1.9	119	87	2	303	44	6	3	45	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71493--71891	20	20.2	19	64	21	85	44	7	5	43	1.53
71738--71934	73	2.8	72	78	11	162	42	4	4	48	1.44
71792--71868	27	2.9	26	86	7	102	41	3	2	51	1.34
71661--71873	2	102.5	2	64	23	68	43	6	3	46	1.47
72010--72071	18	3.3	18	82	8	54	46	8	3	41	1.49
72089--72170	18	4.7	18	72	14	73	43	3	7	45	1.49
72068--72164	33	3.2	28	79	12	95	45	4	7	43	1.50
72081--72196	51	2.3	51	90	1	180	43	5	6	44	1.53
72256--72395	61	2.3	61	87	3	212	49	7	9	33	1.64
72689--72896	101	2.0	102	90	2	330	34	29	5	30	1.80
72819--73029	112	1.9	111	81	7	248	31	27	6	34	1.83
73206--73270	18	3.6	18	80	2	76	43	43	7	6	1.58
74365--74403	19	2.1	19	85	0	51	58	0	10	30	1.31
75437--75493	30	1.9	30	92	0	96	40	26	24	8	1.84
78298--78330	17	1.9	17	100	0	66	48	12	3	36	1.56
78631--78677	3	15.3	3	78	12	51	38	0	0	61	0.96
80432--80473	17	2.6	16	78	10	50	33	0	4	61	1.17
87960--89163	256	4.7	256	85	3	1541	33	16	16	33	1.91
87960--89163	513	2.3	509	86	3	1627	33	16	16	33	1.91
91236--91278	17	2.6	16	86	13	61	30	0	4	65	1.13
93438--94332	258	3.5	256	86	4	1167	32	16	17	34	1.92
105778--105807	14	2.1	14	93	0	51	50	6	0	43	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106241--106274	16	2.2	16	89	5	52	50	2	2	44	1.32
106667--106712	7	6.6	7	79	0	56	15	0	41	43	1.46
106667--106712	14	3.3	14	87	0	65	15	0	41	43	1.46
109220--109293	23	3.2	23	98	0	139	37	24	20	17	1.93
109220--109281	12	5.3	12	69	7	56	40	22	20	16	1.91
118596--118641	11	4.0	12	77	8	51	71	4	10	13	1.27
118596--118638	23	1.9	22	90	4	68	69	4	11	13	1.33
123590--123667	31	2.5	32	80	2	86	32	11	6	50	1.64
124903--124952	23	2.2	23	85	0	64	42	8	10	40	1.68
127805--127839	18	1.9	18	100	0	70	11	22	48	17	1.79
127816--127859	13	3.4	13	96	0	79	13	22	45	18	1.84
135054--135086	13	2.5	13	95	0	57	15	21	48	15	1.81
135025--135076	18	2.9	18	97	0	95	13	21	48	17	1.81
135038--135097	31	1.9	31	86	0	84	16	21	45	16	1.86
135089--135172	10	8.6	10	73	13	77	35	26	20	17	1.95
135089--135172	19	4.3	20	72	14	77	35	26	20	17	1.95
135096--135173	29	2.6	30	91	4	140	37	24	19	19	1.94
139146--139187	16	2.5	17	81	14	52	54	4	7	33	1.49
148081--148118	16	2.5	15	87	12	51	52	0	0	47	1.00
148063--148120	15	3.9	15	72	22	50	48	0	1	50	1.11
148100--148147	23	2.0	24	84	4	62	41	2	0	56	1.11
153012--153086	3	25.0	3	94	0	132	64	0	0	36	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153543--153649	42	2.6	41	76	5	117	29	18	23	28	1.98
153653--154025	56	6.8	57	74	13	247	40	19	8	31	1.81
153889--153992	55	1.9	55	86	3	149	44	21	8	25	1.81
153909--154025	55	2.2	54	87	3	164	41	21	8	28	1.82
158336--158361	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
164175--164269	35	2.7	35	91	3	138	34	18	11	34	1.87
164210--164437	101	2.3	101	88	3	341	28	21	14	36	1.92
164285--164374	35	2.8	31	73	20	78	31	23	13	32	1.93
164338--164500	66	2.5	66	81	4	186	29	20	12	36	1.90
164588--165040	136	3.3	135	82	1	496	29	29	15	24	1.96
176868--176920	15	3.7	15	80	14	76	22	20	35	20	1.96
176868--176926	27	2.2	28	90	9	104	22	18	38	20	1.93
177317--177380	26	2.4	27	89	2	94	25	6	1	67	1.23
178781--178823	20	2.2	20	91	0	68	46	13	20	18	1.83
178787--178829	20	2.3	19	92	8	70	48	9	23	18	1.76
185645--185826	66	2.8	64	83	8	226	29	23	18	28	1.98
188479--188622	60	2.4	61	80	9	154	42	4	20	33	1.71
188792--188855	27	2.4	26	82	7	74	48	34	7	9	1.64
188798--188855	28	2.1	27	84	6	73	48	34	6	10	1.64
190094--190122	10	2.9	10	100	0	58	20	17	0	62	1.33
203173--203408	20	11.9	19	79	11	183	38	24	15	20	1.92
203173--203408	60	4.0	59	77	12	223	38	24	15	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203173--203383	80	2.7	78	75	17	218	39	24	15	19	1.91
203331--203403	19	3.7	19	90	5	101	34	24	10	30	1.90
204209--204242	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
204366--204419	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
206679--206713	17	2.1	17	94	0	61	54	25	2	17	1.57
207006--207059	20	2.6	21	85	11	76	16	20	20	42	1.89
207107--207250	66	2.2	64	91	2	234	50	16	2	30	1.57
208637--208735	21	4.7	21	80	9	103	25	19	34	21	1.96
208613--208735	42	2.9	41	82	7	131	25	20	34	20	1.96
209013--209062	21	2.4	21	82	0	64	30	28	20	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6