genome.fa.s9259.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009259.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112910_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1149570

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
801154--801217	3	21.3	3	100	0	128	67	0	0	32	0.91
803597--803671	33	2.3	33	95	0	132	33	40	6	20	1.78
804204--804302	32	3.1	32	82	2	119	39	2	30	28	1.68
807188--807268	38	2.1	39	90	2	128	16	27	22	34	1.95
810775--810807	12	2.8	12	95	0	57	9	21	18	51	1.73
812440--812530	23	4.1	22	77	7	76	20	21	26	30	1.98
818747--818827	35	2.3	35	89	0	117	33	17	22	27	1.96
819531--819578	23	2.1	23	88	7	71	16	18	22	41	1.90
821389--821488	31	3.3	31	81	6	98	64	23	7	6	1.41
829494--829622	46	2.8	48	82	6	149	29	21	6	41	1.79
833532--833648	16	7.1	15	71	17	65	5	17	4	73	1.18
833529--833589	33	2.0	30	87	12	88	9	14	0	75	1.04
833564--833633	34	2.1	32	86	10	95	4	18	5	71	1.23
840775--840807	15	2.2	15	94	0	57	72	12	3	12	1.23
845062--845086	13	1.9	13	100	0	50	68	0	24	8	1.16
845085--845147	26	2.4	27	81	5	85	65	1	23	9	1.31
845388--845429	22	1.9	22	85	9	59	66	14	0	19	1.25
845414--845451	13	3.2	12	85	10	51	81	0	0	18	0.69
845414--845451	6	6.3	6	91	8	60	81	0	0	18	0.69
853124--853149	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
853199--853249	18	2.9	17	83	11	59	72	0	25	1	0.95
853548--853628	37	2.2	37	90	0	126	37	1	11	50	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
853932--853983	20	2.5	21	84	3	61	46	1	0	51	1.12
854979--855006	14	2.0	14	100	0	56	50	0	0	50	1.00
855819--855860	21	2.0	21	85	0	57	30	4	47	16	1.67
856248--856318	32	2.2	32	82	5	81	54	1	4	39	1.28
856548--856640	30	3.1	28	79	10	96	47	1	8	43	1.41
856559--856633	30	2.5	30	82	6	98	50	1	4	44	1.29
856721--856791	34	2.1	34	86	0	97	47	5	5	40	1.50
856702--856764	23	2.9	22	75	18	60	53	4	1	39	1.31
857729--857764	2	18.5	2	88	5	56	47	0	2	50	1.15
859452--859498	18	2.6	18	89	0	76	21	10	36	31	1.88
860194--860268	23	3.4	22	81	3	80	24	16	25	34	1.95
864550--864633	9	9.6	9	81	13	70	73	1	5	19	1.10
864770--864803	16	2.1	16	88	0	50	73	0	5	20	1.04
872202--872241	20	2.0	20	85	9	55	20	32	25	22	1.98
872204--872263	23	2.7	23	80	7	72	20	35	25	20	1.96
885255--885503	123	2.0	122	90	2	392	27	12	20	40	1.87
885505--885552	22	2.2	22	88	7	71	29	20	27	22	1.99
885738--885888	36	4.2	36	89	0	194	33	11	23	30	1.91
885745--885879	72	1.9	72	90	0	216	30	12	23	33	1.92
887688--887747	25	2.4	25	97	0	111	56	3	6	33	1.42
887751--887856	38	2.8	38	90	5	169	26	12	24	36	1.91
888011--888059	25	2.0	25	91	0	80	57	2	6	34	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
888068--888155	45	2.0	45	93	0	149	23	10	27	38	1.87
887809--888561	299	2.6	294	85	7	989	41	6	15	36	1.73
888311--888366	25	2.2	25	93	0	94	53	3	7	35	1.46
888570--888623	29	1.9	27	85	14	74	40	1	1	55	1.21
891463--891737	27	9.5	27	73	13	154	38	4	14	42	1.66
891419--891620	90	2.2	90	87	1	280	37	4	13	44	1.66
891459--891737	117	2.4	117	91	0	450	39	4	14	41	1.66
891576--891755	90	2.0	90	85	2	245	40	4	13	42	1.64
893777--894381	327	1.8	324	84	5	824	51	12	3	32	1.56
894848--894899	25	2.1	25	92	0	86	32	17	17	32	1.93
895674--895737	27	2.5	26	82	12	71	40	3	4	51	1.38
895695--895757	26	2.4	27	83	2	74	42	1	3	52	1.27
900190--900268	8	9.4	8	73	23	56	74	3	0	21	0.97
900191--900263	19	3.5	21	77	19	82	75	4	0	20	0.97
900206--900269	15	3.9	16	75	18	60	78	3	0	18	0.89
900209--900269	5	11.2	5	77	16	52	78	3	0	18	0.88
900204--900269	22	3.0	21	78	14	71	78	3	0	18	0.87
900205--900277	32	2.1	36	85	9	100	76	5	0	17	0.97
901924--902116	59	3.3	59	78	5	167	26	18	27	27	1.98
902132--902538	39	10.6	38	88	3	548	35	16	16	31	1.92
902132--902538	77	5.3	77	87	3	561	35	16	16	31	1.92
902395--902494	19	5.2	19	64	20	55	34	18	19	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
902132--902561	116	3.8	113	85	5	471	35	16	16	31	1.91
904066--904283	64	3.4	64	80	5	201	33	20	18	27	1.96
904641--904714	29	2.6	29	97	2	141	43	16	21	18	1.88
904799--904831	15	2.2	15	94	0	57	15	21	33	30	1.94
911668--911810	60	2.4	60	75	1	151	35	16	13	34	1.88
917041--917159	55	2.2	55	84	3	150	35	9	17	37	1.82
917291--917922	81	7.8	81	88	0	915	34	10	23	31	1.89
919717--919762	21	2.1	22	84	11	60	43	0	6	50	1.28
919631--919796	86	2.0	84	82	7	201	48	2	8	40	1.47
920231--920270	16	2.5	16	83	0	53	12	15	25	47	1.80
927434--927477	20	2.2	20	84	8	54	15	18	15	50	1.79
930919--931060	37	3.9	37	85	4	171	32	19	9	38	1.84
931379--931548	67	2.5	67	77	6	184	30	17	13	38	1.88
931485--931595	51	2.2	52	93	1	188	29	18	11	39	1.87
931536--931682	67	2.2	66	88	1	213	28	18	14	38	1.90
931417--931651	118	2.0	119	87	2	339	30	17	13	39	1.87
931836--932032	40	4.5	42	68	21	129	26	35	17	21	1.95
931682--932210	134	4.0	134	81	7	587	27	31	16	24	1.96
934721--934776	23	2.4	23	84	3	76	41	1	3	53	1.29
936316--936354	5	7.2	5	83	16	51	25	0	0	74	0.82
936316--936357	17	2.6	16	96	3	75	26	0	0	73	0.83
938823--938864	21	2.0	21	95	0	75	47	7	14	30	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
942785--942814	14	2.2	13	94	5	51	13	6	16	63	1.50
943756--943813	20	2.8	20	82	17	66	48	8	5	37	1.56
943776--943820	22	2.1	21	84	8	56	53	6	4	35	1.47
951243--951280	19	2.0	20	89	5	60	39	15	28	15	1.89
951090--951302	47	4.6	47	89	1	313	43	11	21	23	1.85
955129--955157	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
955219--955442	81	2.8	81	93	0	367	29	23	9	37	1.87
955980--956155	20	7.3	27	62	27	92	20	24	11	43	1.85
955980--956178	47	4.3	47	91	3	321	21	25	11	42	1.86
955980--956178	93	2.1	94	91	2	321	21	25	11	42	1.86
956145--956190	20	2.3	20	88	0	65	23	32	10	32	1.90
956158--956198	20	2.0	20	95	0	73	21	31	9	36	1.86
956603--956658	22	2.7	20	86	10	85	25	32	14	28	1.94
956602--956821	94	2.3	92	82	7	239	26	28	15	29	1.96
956824--956877	26	2.1	26	100	0	108	20	14	29	35	1.93
961097--961148	20	2.5	21	85	14	65	50	7	3	38	1.50
962546--962610	29	2.3	28	78	5	78	36	20	7	35	1.81
967417--967476	27	2.2	27	85	5	77	73	0	15	11	1.10
967425--967561	49	3.0	44	72	20	118	75	0	17	7	1.03
967436--967550	9	12.4	9	73	17	69	76	0	16	6	0.99
967443--967561	37	3.1	38	80	9	118	75	0	17	6	1.01
969900--970006	42	2.6	42	78	10	112	25	21	20	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
969574--970516	232	4.1	233	87	2	1333	33	15	16	34	1.91
970132--970237	41	2.6	42	75	4	117	26	20	20	32	1.98
969587--970495	463	2.0	464	88	2	1360	32	15	16	34	1.91
970822--971300	134	3.6	134	84	4	556	34	20	15	29	1.94
971488--971527	15	2.9	14	85	10	55	35	0	0	65	0.93
972481--972543	12	5.4	12	75	7	67	50	15	9	23	1.73
972468--972545	24	3.3	24	89	7	124	51	15	10	23	1.73
976632--976702	24	3.0	24	80	0	79	50	19	8	21	1.73
985650--985682	15	2.2	15	89	10	50	39	6	9	45	1.61
987159--987336	46	4.1	44	87	6	247	49	1	8	39	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6