genome.fa.s9576.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009576.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116944_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1684752

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  5  of  10  ( 1108 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
786579--786643	16	4.1	16	95	0	121	7	12	23	56	1.61
786713--786745	16	2.1	16	100	0	66	6	12	24	57	1.57
787678--787703	13	2.0	13	100	0	52	53	7	7	30	1.57
792956--792982	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
793736--793787	26	2.0	25	81	11	59	53	0	1	44	1.11
793744--793800	25	2.3	26	82	11	77	52	0	3	43	1.18
793974--794015	16	2.7	16	85	3	59	64	0	4	30	1.14
795395--795453	3	20.0	3	83	10	77	62	0	0	37	0.95
795592--795884	124	2.4	121	83	7	346	23	18	15	42	1.88
795805--796177	113	3.4	110	83	6	439	30	18	14	36	1.90
795966--796363	186	2.1	186	85	0	519	31	17	14	36	1.89
796152--796589	113	3.9	113	93	0	707	28	17	15	38	1.90
795854--796473	299	2.1	296	87	3	886	30	17	15	36	1.90
795805--796621	412	2.0	407	91	2	1341	30	17	15	36	1.91
797308--797540	115	2.0	114	91	0	376	30	20	14	34	1.93
798813--798859	14	3.4	14	85	2	60	0	8	2	89	0.57
798813--798862	17	3.0	17	85	11	68	0	10	2	88	0.61
798812--798859	24	2.0	24	91	4	78	0	10	2	87	0.62
810065--810116	26	2.0	25	81	11	59	53	0	1	44	1.11
810073--810129	25	2.3	26	82	11	77	52	0	3	43	1.18
811703--811786	3	28.0	3	87	4	125	63	0	0	36	0.95
816226--816308	30	2.8	30	83	3	87	48	13	2	36	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
816268--816326	31	1.9	31	82	0	73	50	13	1	33	1.52
834868--834897	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
835845--835929	11	7.8	11	76	15	72	44	1	10	43	1.46
836158--836210	11	4.4	11	84	15	61	43	5	7	43	1.56
836158--836220	24	2.6	24	87	2	81	42	4	6	46	1.50
837716--837822	24	4.4	24	70	13	83	43	9	0	45	1.42
837784--837836	11	4.4	11	84	15	61	43	9	1	45	1.47
837774--837822	11	4.1	12	82	15	57	46	6	0	46	1.27
838079--838173	14	6.7	14	77	17	81	43	8	1	47	1.40
838063--838131	23	2.9	23	82	8	84	40	11	1	46	1.49
838153--838191	11	3.6	11	93	6	62	48	0	0	51	1.00
838136--838190	24	2.4	23	80	16	62	47	1	0	50	1.11
838079--838183	13	7.7	14	77	13	87	43	7	0	47	1.38
839147--839185	14	2.8	14	96	0	69	38	0	10	51	1.36
839227--839305	42	1.9	42	86	2	115	36	5	10	48	1.59
841674--841712	20	2.0	20	100	0	78	30	10	20	38	1.86
850938--851240	85	3.6	85	87	3	389	30	19	16	33	1.95
851301--851362	2	31.5	2	96	3	117	50	0	0	50	1.00
853309--853395	39	2.2	39	84	10	115	1	35	8	55	1.37
853329--853439	51	2.2	51	81	12	122	1	33	7	57	1.36
867504--867550	23	2.0	23	84	15	62	70	0	2	27	0.99
868806--870088	106	12.1	106	93	0	2066	22	18	25	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
871030--871106	22	3.5	22	94	0	136	20	14	27	37	1.91
871502--871848	172	2.0	173	92	3	583	24	18	21	35	1.95
871884--871939	23	2.5	22	80	13	60	1	10	7	80	0.97
871882--871955	7	9.7	7	72	25	53	2	10	6	79	1.01
871881--871958	30	2.4	32	81	8	88	2	11	7	78	1.06
871929--871961	16	2.1	16	88	5	50	3	12	6	78	1.04
875332--875368	18	2.1	19	90	10	60	70	0	21	8	1.13
876531--876576	19	2.5	17	83	13	56	73	0	8	17	1.07
876658--876733	29	2.5	30	83	10	84	64	1	5	28	1.23
876671--876756	29	2.9	27	76	11	73	63	2	4	29	1.26
876902--876926	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
876958--877004	23	2.0	23	84	15	62	70	0	2	27	0.99
877416--877517	37	2.8	37	87	0	132	31	13	14	40	1.85
882605--882632	14	2.0	14	100	0	56	50	14	7	28	1.69
883978--884082	31	3.3	30	71	17	86	40	2	8	48	1.49
883965--884087	66	1.9	65	85	8	169	39	3	9	47	1.53
885324--885398	30	2.5	31	82	4	91	30	16	6	46	1.72
885336--885398	31	2.0	31	84	6	83	31	14	7	46	1.73
885410--885473	31	2.1	31	84	0	83	43	10	3	42	1.55
891809--891834	11	2.4	11	100	0	52	46	11	19	23	1.82
902036--902103	27	2.5	27	100	0	136	29	13	20	36	1.91
902842--902902	25	2.5	25	97	2	115	29	31	0	39	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
916574--916665	46	2.0	46	100	0	184	28	19	26	26	1.99
917959--918015	27	2.3	26	82	11	66	22	10	22	43	1.84
918154--918192	17	2.4	17	95	4	71	43	0	5	51	1.24
931671--931727	2	29.5	2	92	7	100	47	0	0	52	1.00
932379--932422	17	2.5	17	85	7	52	54	0	22	22	1.45
933646--933763	20	5.8	21	70	16	70	29	28	13	27	1.94
933644--933762	41	2.9	42	81	9	122	29	29	13	27	1.94
933746--933893	20	7.5	19	73	16	99	27	22	12	38	1.89
933603--933833	61	3.8	61	76	8	163	28	25	12	33	1.92
933766--933874	40	2.7	40	84	2	130	29	21	11	37	1.89
934031--934068	16	2.5	15	84	12	51	28	5	0	65	1.14
934663--934696	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
937471--937506	16	2.2	16	95	0	63	69	11	0	19	1.18
938124--938158	11	3.2	11	91	0	52	14	57	17	11	1.66
938153--938211	15	3.9	15	81	0	73	13	62	15	8	1.53
940190--940244	21	2.6	21	94	0	92	20	16	40	23	1.91
941142--941196	21	2.6	21	97	0	101	20	18	38	23	1.93
939388--941284	952	2.0	943	97	0	3587	33	20	18	28	1.96
941510--941631	63	1.9	63	80	3	138	31	34	13	21	1.91
941582--941630	21	2.3	21	85	0	62	34	36	10	18	1.85
943284--943326	20	2.2	20	91	0	68	51	16	18	13	1.77
943290--943340	20	2.5	20	87	6	68	49	19	21	9	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
943880--943973	41	2.3	40	83	5	109	24	11	29	34	1.91
943902--943972	20	3.5	20	78	14	74	22	11	32	33	1.90
943878--943956	20	3.9	20	81	3	86	26	11	29	32	1.91
944841--944880	12	3.3	12	85	0	53	47	12	0	40	1.41
945529--945563	16	2.2	16	94	0	61	45	14	5	34	1.68
947797--947822	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
950688--950741	18	3.4	18	67	32	59	68	9	7	14	1.38
950688--950754	29	2.3	29	100	0	134	70	8	7	13	1.34
955463--956552	210	5.2	210	84	2	1262	28	21	15	34	1.94
955463--956511	420	2.5	417	87	3	1476	28	21	15	35	1.93
960718--961540	211	3.9	210	86	3	1070	28	22	14	34	1.93
967332--967390	31	1.9	31	89	6	93	42	13	18	25	1.87
973029--973341	6	52.5	6	98	1	612	33	0	16	50	1.46
975429--975468	21	1.9	21	94	0	71	32	12	12	42	1.80
981437--981493	27	2.1	27	87	12	82	80	5	8	5	1.00
982758--983058	113	2.7	113	87	2	417	36	24	13	24	1.92
983167--983496	46	7.6	45	70	13	174	24	30	18	26	1.98
983252--983444	42	4.5	43	71	15	159	24	31	19	24	1.98
983114--983582	128	3.7	128	85	3	561	24	30	18	26	1.98
983167--983404	40	5.6	41	70	14	135	24	32	18	25	1.97
983861--983891	3	10.3	3	92	0	53	32	3	0	64	1.09
983987--984020	17	1.9	18	94	5	61	32	35	0	32	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
989726--989759	5	6.6	5	90	6	50	82	0	17	0	0.67
991506--991535	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
1001610--1002255	210	3.1	206	79	5	687	35	15	21	27	1.93
1002667--1002778	62	1.9	60	89	10	178	25	16	8	49	1.74
1007409--1008107	210	3.3	209	84	3	841	34	15	20	29	1.94
1011065--1011713	210	3.1	208	84	3	809	35	16	20	27	1.94
1014057--1014092	2	18.5	2	94	5	65	50	0	0	50	1.00
1017930--1018001	21	3.4	21	78	0	90	37	26	15	20	1.92
1017953--1018058	56	1.9	56	82	0	131	35	26	15	22	1.93
1025446--1025499	23	2.5	22	82	8	65	25	24	27	22	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10