genome.fa.s9587.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009587.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116965_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6483253

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9613--9657	14	3.2	14	84	6	56	84	0	11	4	0.76
9623--9658	15	2.4	16	86	13	58	83	0	11	5	0.80
10618--11108	271	1.8	270	88	3	763	34	18	22	24	1.96
10618--11108	136	3.6	134	90	3	734	34	18	22	24	1.96
19274--19564	36	8.0	36	80	3	289	39	15	14	29	1.88
29690--29978	36	8.0	36	87	1	355	41	15	13	29	1.86
41752--41813	17	3.6	17	80	4	70	40	9	12	37	1.77
41767--41812	18	2.6	19	83	13	62	41	13	8	36	1.75
45464--45507	17	2.6	17	88	0	61	40	4	25	29	1.75
59929--59954	12	2.2	12	100	0	52	15	7	0	76	0.99
64193--64227	16	2.2	16	100	0	70	22	11	17	48	1.79
74072--74611	290	1.9	288	90	0	873	23	20	12	43	1.86
74361--74872	260	2.0	261	90	1	823	23	20	12	44	1.85
78830--78941	39	2.8	40	80	6	122	38	19	23	18	1.93
80488--80525	20	1.9	20	88	0	58	36	0	15	47	1.46
81638--81693	26	2.2	26	93	0	94	41	3	5	50	1.43
88034--88258	100	2.2	101	95	0	407	42	14	23	20	1.88
87971--88204	51	4.6	51	71	14	180	41	14	24	20	1.89
88085--88264	50	3.6	50	67	14	129	43	15	22	19	1.87
95062--95092	7	4.4	7	100	0	62	25	29	29	16	1.96
95075--95136	29	2.1	29	85	11	83	16	22	43	17	1.87
95099--95142	17	2.6	17	100	0	88	11	22	47	18	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95138--95216	19	4.2	18	81	10	79	24	31	29	15	1.95
95144--95226	10	8.7	10	81	7	93	25	31	26	16	1.97
95152--95225	29	2.6	29	93	2	123	25	31	27	16	1.96
95171--95226	19	2.9	18	82	10	67	25	28	26	19	1.99
102401--102438	12	3.3	12	78	14	53	13	23	44	18	1.85
102440--102518	19	4.2	18	80	13	88	26	30	29	13	1.94
105077--105491	182	2.3	181	89	2	616	40	14	16	28	1.88
107450--107505	24	2.4	23	80	8	69	42	0	7	50	1.30
107987--108034	19	2.5	19	96	0	87	33	2	10	54	1.46
108387--109397	200	5.0	200	87	2	1386	37	14	17	31	1.89
108387--109397	403	2.5	400	89	2	1499	37	14	17	31	1.89
110994--111037	3	14.7	3	85	0	61	40	0	31	27	1.56
110994--111037	12	3.7	12	93	0	70	40	0	31	27	1.56
112351--112387	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
112343--112395	24	2.2	24	86	0	70	35	3	13	47	1.61
112623--113597	203	4.9	197	82	5	1030	38	13	15	32	1.86
114524--114642	60	2.0	60	98	0	229	27	8	29	34	1.86
114540--114634	30	3.2	30	60	16	70	28	8	27	35	1.86
115981--116007	11	2.5	11	100	0	54	92	7	0	0	0.38
120833--120881	19	2.6	19	90	0	80	32	0	12	55	1.37
123487--123970	200	2.4	198	84	4	607	39	14	15	30	1.88
124916--124948	17	1.9	17	93	0	57	48	12	6	33	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125672--125736	33	2.0	33	87	6	96	32	10	21	35	1.88
127308--127344	18	2.1	18	100	0	74	51	21	5	21	1.68
127436--127472	18	2.1	18	100	0	74	48	16	18	16	1.81
142491--142534	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
142686--142724	16	2.3	18	86	8	55	46	2	7	43	1.46
146061--146141	40	2.0	40	100	0	162	53	12	7	27	1.65
153844--153910	3	22.3	3	100	0	134	34	0	0	65	0.93
165131--165177	21	2.3	19	82	17	51	63	8	14	12	1.50
166274--166322	26	1.9	25	87	4	71	14	12	4	69	1.33
175637--175707	35	2.0	36	88	2	108	16	30	32	19	1.95
175900--175940	19	2.1	20	90	4	66	53	9	0	36	1.34
182368--182427	2	30.0	2	100	0	120	50	0	0	50	1.00
182890--182947	20	2.6	22	89	10	84	25	22	20	31	1.98
186740--186765	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
187228--187265	20	1.9	20	94	0	67	21	26	21	31	1.98
190047--190120	31	2.4	31	84	2	96	28	28	10	32	1.91
191004--191052	21	2.3	21	92	0	80	36	20	6	36	1.78
192104--192171	31	2.2	31	86	0	100	30	10	32	26	1.90
193638--193753	59	2.0	59	87	3	171	32	12	16	38	1.85
200808--200884	17	4.6	16	74	16	59	18	7	0	74	1.06
200809--200881	19	3.9	19	70	17	55	17	8	0	73	1.06
200829--200893	34	1.9	34	87	3	96	20	7	1	70	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
200820--200894	34	2.2	36	80	9	93	17	8	1	73	1.14
202231--202282	21	2.5	21	81	6	61	17	11	1	69	1.27
216946--216994	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
227086--227187	34	3.0	34	88	1	152	42	13	4	39	1.66
231832--231926	30	3.1	30	92	1	145	57	12	10	18	1.63
234487--234633	19	7.4	20	83	8	160	35	24	12	27	1.91
234789--234827	16	2.5	15	84	8	51	28	5	0	66	1.12
235570--235622	24	2.2	24	86	3	72	20	16	18	43	1.88
237833--237868	18	2.0	18	94	0	63	55	25	2	16	1.55
238161--238199	20	2.0	20	89	0	60	38	17	23	20	1.93
238252--238308	20	2.8	20	89	0	87	19	26	17	36	1.94
238406--238563	64	2.5	64	95	1	280	50	17	1	30	1.57
239910--240028	21	5.7	21	82	6	125	24	19	34	21	1.96
239910--240028	42	2.8	42	85	0	166	24	19	34	21	1.96
242178--242259	20	4.1	20	91	0	128	48	20	18	12	1.79
242188--242272	40	2.1	40	86	0	116	55	17	15	11	1.69
242645--242695	22	2.3	22	93	0	84	21	15	43	19	1.88
242868--242919	20	2.7	20	75	3	61	25	7	19	48	1.75
242922--242980	20	3.0	20	77	7	66	23	10	28	37	1.88
246460--246508	21	2.3	21	96	0	89	48	22	12	16	1.79
247908--247957	24	2.1	24	85	7	66	60	14	2	24	1.45
258142--258191	24	2.1	24	85	7	66	60	14	2	24	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
280284--280556	135	2.0	136	99	0	539	35	10	21	32	1.88
286825--286888	6	10.7	6	87	0	83	67	10	21	0	1.21
286825--286888	12	5.3	12	88	0	92	67	10	21	0	1.21
286827--286879	9	5.9	9	86	0	79	67	11	20	0	1.21
287473--287510	18	2.1	18	95	0	67	15	21	15	47	1.82
287798--287860	33	1.9	33	87	3	92	57	7	1	33	1.37
288019--288071	26	2.0	26	92	0	88	58	9	1	30	1.40
288121--288173	4	13.8	4	84	15	60	0	28	1	69	0.99
288121--288173	14	3.8	14	94	0	97	0	28	1	69	0.99
288124--288170	10	4.9	10	75	19	55	0	27	2	70	0.99
290109--290146	16	2.3	17	81	4	51	26	5	7	60	1.46
290957--290995	19	2.1	19	85	0	51	10	10	2	76	1.10
293546--293582	2	19.0	2	94	5	67	48	0	0	51	1.00
293592--293624	16	2.0	17	88	5	50	63	0	6	30	1.18
293630--293662	16	2.1	16	88	11	50	60	0	0	39	0.97
294942--295000	3	21.0	3	83	13	72	66	1	0	32	1.02
294942--295004	19	3.3	20	82	6	78	66	1	0	31	1.01
294942--295003	22	2.9	22	83	9	83	66	1	0	32	1.02
294942--295010	25	2.8	25	84	4	88	68	2	0	28	1.04
294943--295011	22	3.1	22	80	12	79	68	2	0	28	1.04
295288--295521	84	2.8	84	94	1	389	29	16	16	37	1.91
295323--295452	41	3.1	40	64	33	94	31	13	16	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
295490--295792	112	2.7	111	92	3	509	28	19	12	39	1.88
295728--295822	35	2.6	36	91	8	147	20	23	10	46	1.81
295504--296049	260	2.1	263	90	5	847	27	19	13	39	1.89
295616--295936	148	2.1	148	91	5	513	26	20	12	40	1.88
295768--296078	113	2.8	112	91	2	488	27	19	14	37	1.92
295682--295968	148	1.9	148	86	2	407	28	19	14	36	1.91
296486--296539	22	2.5	22	87	0	81	35	14	14	35	1.88
298958--299015	31	1.9	30	89	3	89	32	12	17	37	1.86
301436--301528	10	9.6	10	80	14	65	6	19	0	74	1.03
301456--301545	16	5.3	16	75	18	76	6	18	0	74	1.03

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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