genome.fa.s9587.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009587.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116965_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6483253

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2563452--2563532	24	3.3	24	73	16	67	27	7	1	64	1.28
2563593--2563622	13	2.3	13	94	0	51	30	0	0	70	0.88
2568288--2568352	33	2.0	33	93	3	114	33	13	6	46	1.69
2569557--2569657	51	2.0	51	88	0	148	13	31	33	20	1.92
2580143--2580182	20	2.0	20	100	0	80	30	10	25	35	1.88
2592350--2592390	21	2.0	21	85	0	55	31	19	9	39	1.84
2593110--2593135	10	2.6	10	100	0	52	46	0	0	53	1.00
2593103--2593140	13	2.9	14	84	7	53	44	0	0	55	0.99
2595011--2595044	11	3.1	11	100	0	68	17	0	8	73	1.08
2601410--2601514	20	5.2	20	87	4	149	27	13	20	39	1.89
2603462--2603511	21	2.4	22	80	6	59	44	0	0	56	0.99
2604506--2606391	6	315.3	6	98	1	3680	33	0	16	49	1.46
2613276--2613324	21	2.5	19	87	9	64	30	14	20	34	1.92
2613979--2614182	111	1.8	111	85	2	284	31	16	18	33	1.94
2627657--2627717	12	5.8	11	80	18	60	70	1	0	27	0.97
2627643--2627717	8	9.9	8	83	13	63	73	1	0	25	0.91
2629046--2629708	120	5.5	121	82	3	771	24	17	25	33	1.96
2629052--2629708	241	2.7	241	89	3	948	24	17	25	33	1.96
2632616--2632717	36	2.8	36	85	5	116	26	28	8	36	1.86
2633551--2633575	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
2633685--2633709	12	2.1	12	100	0	50	84	0	0	16	0.63
2634723--2634762	3	12.7	3	94	5	62	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2635334--2635382	18	2.6	18	80	9	53	32	12	18	36	1.88
2636328--2636379	27	1.9	27	88	7	79	42	1	3	51	1.31
2636286--2636369	37	2.2	37	76	2	87	41	1	1	55	1.15
2636419--2636556	61	2.3	61	84	2	188	28	6	13	50	1.67
2639245--2639276	4	8.5	4	86	13	50	50	0	21	28	1.49
2639249--2639276	14	2.0	14	100	0	56	50	0	21	28	1.49
2650722--2650748	13	2.1	13	100	0	54	0	33	22	44	1.53
2657272--2657311	15	2.7	15	96	0	71	17	25	15	42	1.88
2658972--2659023	20	2.5	21	85	11	72	26	11	32	28	1.91
2659008--2659137	53	2.4	54	86	11	178	28	17	25	28	1.98
2659521--2659581	21	2.9	21	85	4	79	40	6	21	31	1.78
2659715--2659794	21	3.7	21	72	21	67	20	20	28	31	1.97
2659715--2659800	44	2.0	44	95	0	154	22	19	27	30	1.98
2666210--2666258	22	2.3	23	82	13	68	42	14	0	42	1.45
2666224--2666279	23	2.5	22	82	2	58	46	10	1	41	1.49
2669481--2669615	59	2.3	58	84	5	164	32	17	18	31	1.94
2669485--2669615	60	2.2	59	84	4	165	31	18	18	32	1.95
2669853--2669905	22	2.4	22	100	0	106	32	16	20	30	1.95
2676009--2676060	14	3.4	15	82	15	54	28	0	3	67	1.08
2675990--2676040	20	2.5	20	80	3	57	25	0	3	70	1.04
2680772--2680806	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2691163--2691199	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2692285--2692358	31	2.4	31	81	2	96	27	31	27	14	1.95
2692235--2692358	61	2.0	61	83	9	155	26	28	28	16	1.97
2693232--2693257	13	2.0	13	100	0	52	23	30	30	15	1.95
2693247--2693304	17	3.4	17	97	0	107	15	24	43	17	1.87
2693228--2693257	7	4.4	7	91	8	53	23	30	30	16	1.96
2693298--2693387	19	4.7	19	86	6	119	27	30	24	17	1.97
2693300--2693387	9	9.1	10	74	12	85	28	30	22	18	1.97
2702390--2702423	2	17.0	2	100	0	68	0	0	50	50	1.00
2709927--2709957	2	16.0	2	93	6	55	0	0	48	51	1.00
2712424--2712573	67	2.2	67	78	4	160	30	19	10	40	1.85
2712562--2712955	101	3.9	101	86	3	485	34	15	10	39	1.83
2713383--2713497	45	2.6	45	92	0	194	36	20	13	29	1.91
2715417--2715464	21	2.2	23	82	14	66	54	0	6	39	1.26
2715424--2715466	22	2.0	21	90	4	68	53	0	6	39	1.28
2717552--2717734	96	1.9	95	85	1	249	40	13	14	31	1.84
2722479--2722678	96	2.1	96	87	0	283	41	18	13	27	1.87
2729909--2729950	20	2.1	20	95	0	75	19	11	14	54	1.70
2733448--2733501	19	2.8	18	75	10	54	48	12	16	22	1.80
2735119--2735162	22	2.0	23	90	4	72	36	27	22	13	1.92
2735156--2735188	17	2.0	17	88	5	50	24	18	33	24	1.97
2737543--2737587	19	2.4	19	85	7	56	55	13	8	22	1.65
2739256--2739301	17	2.8	17	93	3	76	28	23	30	17	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2740070--2740133	22	2.9	23	77	13	80	32	15	17	34	1.91
2740748--2740822	29	2.6	28	85	10	91	42	13	21	22	1.87
2740748--2740822	28	2.6	29	83	12	93	42	13	21	22	1.87
2740806--2740873	29	2.4	27	81	13	82	41	19	17	22	1.91
2745484--2745546	20	2.9	21	79	9	65	15	25	34	23	1.95
2751064--2751143	10	6.8	13	71	21	70	52	3	0	43	1.19
2751064--2751143	23	3.5	23	100	0	160	52	3	0	43	1.19
2751741--2751907	29	5.9	27	79	12	140	40	15	22	20	1.90
2752493--2752546	26	2.1	26	86	6	74	50	14	14	20	1.78
2756190--2756227	19	2.0	19	100	0	76	31	5	26	36	1.79
2760735--2760766	16	2.0	16	100	0	64	50	0	6	43	1.27
2761634--2761671	20	1.9	20	88	0	58	47	18	15	18	1.83
2763350--2763404	21	2.6	21	76	0	56	27	23	20	29	1.99
2763551--2763575	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
2763613--2763672	23	2.7	23	82	10	70	31	0	0	68	0.90
2763720--2763800	33	2.5	33	91	4	128	39	14	13	32	1.85
2764186--2764237	27	2.0	27	92	3	88	32	0	0	67	0.91
2764173--2764237	13	5.0	13	85	10	89	32	0	0	67	0.91
2768063--2768388	110	3.0	110	88	0	454	35	21	17	24	1.95
2769497--2769553	3	19.3	3	82	13	66	29	0	0	70	0.88
2769602--2769683	33	2.5	33	86	4	121	41	20	10	26	1.86
2770106--2770191	33	2.6	33	92	3	138	27	11	19	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2770241--2770297	3	19.3	3	76	20	50	68	0	0	31	0.90
2770241--2770299	23	2.8	22	76	23	72	66	0	0	33	0.92
2770240--2770294	17	3.2	17	82	12	60	69	0	0	30	0.89
2770401--2770432	12	2.5	13	90	10	57	56	0	0	43	0.99
2770407--2770465	12	5.0	12	76	12	52	57	3	1	37	1.25
2770755--2770786	6	5.3	6	100	0	64	0	65	0	34	0.93
2782327--2782378	20	2.6	20	87	9	79	30	17	32	19	1.95
2782404--2782456	22	2.6	19	82	8	61	39	18	13	28	1.88
2782988--2783114	20	5.8	20	73	20	110	44	11	25	18	1.84
2783009--2783166	26	6.5	26	75	16	178	48	11	20	19	1.80
2782989--2783143	46	3.3	46	93	0	265	46	11	22	19	1.82
2783057--2783201	72	2.0	72	93	0	245	51	9	20	19	1.74
2786325--2786359	16	2.1	17	89	5	54	71	8	14	5	1.29
2788031--2788113	33	2.6	33	92	5	136	45	4	2	46	1.37
2788584--2788615	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2789382--2789436	16	3.4	16	80	9	60	38	0	3	58	1.16
2790699--2790781	15	5.5	15	88	0	85	48	19	6	26	1.72
2794016--2794078	22	2.8	23	75	22	62	61	0	0	38	0.96
2796350--2796471	43	2.9	43	83	1	138	32	16	20	30	1.95
2801773--2801809	7	5.4	7	93	6	67	24	29	29	16	1.96
2801773--2801809	13	2.7	14	91	8	67	24	29	29	16	1.96
2801799--2801839	17	2.4	17	91	0	64	19	24	39	17	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2801833--2801884	20	2.7	20	87	3	70	25	28	26	19	1.98
2809007--2809036	13	2.2	14	94	5	53	23	30	30	16	1.96
2809007--2809036	7	4.4	7	91	8	53	23	30	30	16	1.96
2809072--2809135	10	6.7	9	79	10	65	28	29	25	17	1.97
2809063--2809120	19	3.0	19	92	7	91	25	31	25	17	1.97
2809063--2809118	10	5.8	10	77	14	64	23	32	26	17	1.97
2811859--2811888	14	2.1	14	93	0	51	83	0	0	16	0.65
2813456--2813631	89	2.0	89	92	2	291	44	5	10	39	1.61
2824491--2824538	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
2824579--2824612	17	1.9	18	88	5	52	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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