genome.fa.s9587.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009587.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116965_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6483253

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1664079--1664126	19	2.5	19	96	0	87	52	10	6	31	1.60
1665725--1665772	20	2.4	20	100	0	96	39	14	4	41	1.65
1665745--1666458	199	3.6	199	86	4	944	30	15	13	40	1.86
1667716--1667752	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
1669150--1669183	12	2.8	12	90	0	50	20	32	2	44	1.67
1670308--1670364	18	3.4	17	75	22	57	31	5	40	22	1.76
1670319--1670368	15	3.1	15	83	13	64	24	6	40	30	1.79
1670716--1672058	201	6.7	201	90	1	2005	33	14	14	37	1.87
1670698--1672058	601	2.3	601	89	2	2083	33	14	14	37	1.87
1672260--1672324	20	3.3	20	68	12	62	30	24	3	41	1.70
1672254--1672332	39	2.0	39	97	0	149	29	22	2	45	1.66
1674147--1674177	14	2.1	15	94	5	55	12	22	0	64	1.27
1674354--1674420	33	2.0	33	97	0	125	23	46	0	29	1.53
1674624--1674668	18	2.6	18	92	3	74	11	44	6	37	1.66
1674897--1674952	24	2.4	23	80	8	69	50	7	0	42	1.30
1676874--1677306	182	2.4	182	92	1	708	26	17	15	40	1.89
1677275--1677326	20	2.6	20	96	0	95	9	21	23	46	1.80
1677534--1677583	21	2.4	21	89	0	73	26	10	18	46	1.80
1677991--1678095	37	2.7	39	88	5	169	35	5	27	31	1.80
1679585--1680031	77	5.8	77	81	2	513	35	9	18	36	1.84
1679585--1680031	154	2.9	154	84	3	596	35	9	18	36	1.84
1680036--1680073	20	1.9	20	84	10	51	36	13	13	36	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1680155--1680315	78	2.1	79	85	9	215	39	10	7	42	1.68
1680229--1680293	35	1.9	33	81	12	78	35	9	7	47	1.64
1680473--1680686	99	2.2	99	87	2	313	36	12	14	35	1.85
1681090--1681290	70	2.8	70	78	6	197	34	14	6	44	1.71
1681301--1681326	11	2.4	11	100	0	52	15	0	7	76	0.99
1681332--1681547	82	2.7	77	76	9	227	40	14	7	37	1.76
1692253--1692295	21	2.0	21	86	8	61	34	25	4	34	1.77
1694925--1694984	27	2.3	26	78	16	63	33	1	6	58	1.34
1694844--1695085	121	2.0	120	95	4	434	28	4	6	60	1.41
1696510--1696544	10	3.4	10	92	4	52	20	2	0	77	0.90
1706126--1706690	105	5.4	105	93	0	943	33	25	17	23	1.96
1708253--1708312	27	2.3	26	78	16	63	33	1	6	58	1.34
1708166--1708402	122	2.0	121	93	2	404	30	4	5	59	1.38
1708380--1708412	2	16.5	2	93	0	57	45	0	3	51	1.16
1710668--1710737	7	10.7	7	69	14	51	31	2	2	62	1.24
1710668--1710737	3	21.7	3	73	13	50	31	2	2	62	1.24
1710668--1710716	16	3.0	16	77	14	55	30	2	2	65	1.15
1710668--1710737	13	5.4	13	79	5	79	31	2	2	62	1.24
1714357--1714450	41	2.3	41	92	3	154	38	19	19	23	1.93
1714543--1714602	24	2.6	23	84	5	84	36	25	20	18	1.94
1716081--1716318	120	2.0	120	98	0	458	41	10	17	30	1.84
1719461--1719589	35	3.6	35	84	4	152	34	17	19	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1724072--1724135	19	3.2	20	72	14	53	43	1	1	53	1.19
1724081--1724130	20	2.5	20	78	12	59	40	2	2	56	1.22
1724048--1724134	31	2.8	30	79	10	95	41	1	3	54	1.25
1724858--1724944	31	2.8	30	81	10	95	54	3	1	41	1.25
1724853--1724920	19	3.5	20	73	15	54	54	1	2	41	1.24
1737743--1737781	16	2.4	16	91	0	60	28	7	25	38	1.83
1738850--1738888	16	2.4	16	91	0	60	28	10	25	35	1.89
1737397--1739161	736	2.4	735	82	3	2183	30	14	13	41	1.83
1737398--1739205	372	4.9	367	81	5	1963	31	14	13	41	1.83
1740187--1740234	22	2.1	23	88	11	73	45	2	0	52	1.12
1740185--1740240	21	2.7	21	78	13	62	50	1	0	48	1.11
1742622--1742664	24	1.9	24	86	13	65	44	16	20	18	1.87
1746309--1746485	45	3.9	45	94	2	302	31	23	7	37	1.82
1746367--1746440	25	3.2	25	62	31	63	29	22	8	39	1.83
1746614--1746679	22	3.0	22	100	0	132	40	22	13	22	1.89
1747019--1747067	24	2.0	24	100	0	98	42	12	12	32	1.79
1748920--1749029	24	4.6	24	82	4	116	51	16	11	20	1.75
1751343--1751383	20	2.0	20	90	0	64	12	21	48	17	1.79
1753231--1753257	13	2.1	13	100	0	54	48	0	0	51	1.00
1753426--1753476	24	2.1	24	85	0	66	49	17	13	19	1.80
1758011--1758045	17	2.1	17	88	0	52	31	14	14	40	1.86
1758052--1758110	17	3.5	17	68	13	50	28	16	8	45	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1758068--1758171	34	3.1	34	78	9	97	37	15	7	39	1.76
1758102--1758171	17	4.1	17	85	3	88	40	12	8	38	1.74
1765409--1765449	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
1767167--1767328	78	2.1	78	97	2	308	20	12	7	59	1.56
1778132--1778159	1	28.0	1	100	0	56	100	0	0	0	0.00
1778958--1779524	106	5.4	106	94	1	915	32	25	20	22	1.98
1781299--1781450	75	2.0	76	93	6	265	19	13	7	59	1.58
1783560--1783592	16	2.1	16	100	0	66	24	6	27	42	1.78
1793103--1793285	45	4.1	45	85	2	244	39	6	20	32	1.79
1798419--1798536	60	2.0	60	83	3	148	35	12	18	33	1.89
1798689--1798726	18	2.1	18	85	9	51	65	10	0	23	1.23
1798943--1799033	31	2.9	31	72	21	91	41	8	1	48	1.41
1801312--1801365	23	2.3	23	87	6	74	37	18	20	24	1.94
1802420--1802475	29	1.9	29	81	0	67	42	7	23	26	1.79
1802411--1803591	596	2.0	599	89	1	1836	38	7	18	35	1.79
1804878--1805119	121	2.0	121	95	0	430	35	9	15	39	1.80
1805233--1805312	21	3.7	21	76	12	90	23	12	25	38	1.90
1805230--1805318	44	2.0	44	91	0	142	25	12	25	35	1.91
1807164--1807242	24	3.5	24	69	13	85	32	15	18	32	1.92
1809328--1809379	22	2.5	21	84	9	70	40	17	15	26	1.89
1815329--1815368	20	1.9	21	85	10	55	30	17	22	30	1.97
1815511--1815551	18	2.3	18	86	0	55	51	2	7	39	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1822072--1822116	21	2.1	22	92	8	76	40	0	6	53	1.27
1825029--1825061	2	16.0	2	93	6	57	48	3	0	48	1.17
1837239--1837277	13	2.9	14	84	3	53	12	7	2	76	1.09
1838911--1838957	6	8.0	6	95	2	69	17	10	0	72	1.12
1841369--1841402	17	2.0	17	88	11	52	38	5	29	26	1.80
1850532--1850562	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
1850625--1850872	53	4.6	54	78	9	202	38	10	15	36	1.81
1850665--1850876	53	4.0	53	84	2	264	38	8	16	35	1.81
1864118--1864161	12	3.7	12	81	0	61	15	9	38	36	1.80
1864113--1864163	24	2.1	24	96	0	93	15	7	35	41	1.76
1869467--1869513	18	2.6	18	96	0	85	55	6	21	17	1.64
1872812--1872860	20	2.5	20	93	3	82	24	18	8	48	1.75
1874133--1874160	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
1880876--1880900	6	4.2	6	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1880897--1880952	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
1882318--1882374	29	2.0	28	83	10	71	42	8	3	45	1.52
1894317--1894352	16	2.2	16	100	0	72	83	0	11	5	0.80
1894433--1894550	45	2.6	45	87	1	157	36	17	28	16	1.93
1895832--1895869	14	2.8	14	84	4	51	39	5	5	50	1.48
1896028--1896065	14	2.8	14	84	4	51	39	5	5	50	1.48
1896098--1896131	18	2.0	17	88	11	52	38	2	5	52	1.41
1896056--1896156	53	1.9	53	83	4	132	41	5	5	46	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1896059--1896172	53	2.2	53	80	6	124	42	6	6	45	1.54
1898799--1898901	24	4.3	24	81	2	109	26	16	15	41	1.88
1900017--1900069	23	2.3	23	100	0	106	30	9	30	30	1.89
1908702--1908737	15	2.4	15	90	0	63	13	5	16	63	1.47
1913045--1913289	20	12.1	20	71	9	131	31	24	16	27	1.97
1913070--1913231	40	4.0	42	78	8	147	29	22	16	32	1.95
1913828--1913882	20	2.8	20	91	0	92	36	14	25	23	1.93
1915052--1915090	21	1.9	20	84	5	51	17	10	7	64	1.48
1922837--1922875	21	1.9	20	89	5	60	15	12	7	64	1.49
1924571--1924609	21	1.9	20	89	5	60	15	12	7	64	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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