genome.fa.s9587.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009587.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116965_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6483253

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   

This is table  10  of  29  ( 3457 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2252935--2253176	110	2.2	109	83	5	312	54	14	12	18	1.70
2254443--2255077	139	4.6	139	85	1	844	27	21	16	34	1.94
2265508--2265544	17	2.1	18	95	5	67	29	16	32	21	1.95
2265511--2265550	17	2.3	18	86	4	55	27	20	27	25	1.99
2274886--2274944	32	1.9	30	86	13	84	59	8	6	25	1.51
2283223--2283328	41	2.5	42	79	13	121	52	0	0	46	1.06
2299970--2300022	25	2.2	24	83	10	63	33	3	9	52	1.52
2300069--2300108	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2304778--2304881	36	2.9	35	81	7	120	30	19	15	34	1.93
2305168--2305210	16	3.0	13	78	21	50	41	4	9	44	1.57
2306706--2306758	25	2.1	25	89	6	81	32	39	15	13	1.85
2310129--2310223	36	2.7	35	80	11	122	29	20	18	31	1.96
2318731--2318769	20	2.0	20	89	0	60	20	23	23	33	1.97
2320785--2320836	19	2.8	18	73	21	54	9	5	5	78	1.07
2321198--2321464	132	2.0	132	97	0	507	31	10	24	33	1.90
2342461--2342504	23	2.0	22	82	13	54	50	0	4	45	1.22
2346906--2346949	20	2.2	20	84	4	63	65	0	15	18	1.27
2354412--2354484	3	24.7	3	82	8	60	56	0	1	42	1.08
2354399--2354462	27	2.4	27	86	0	83	54	0	0	45	0.99
2354412--2354484	21	3.5	21	79	5	69	56	0	1	42	1.08
2354932--2355503	113	4.8	114	78	12	600	28	19	13	38	1.90
2354817--2355503	238	2.9	238	94	2	1188	27	19	13	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2357061--2357091	10	3.1	10	100	0	62	0	9	0	90	0.46
2364421--2364452	15	2.1	15	94	0	55	46	9	18	25	1.79
2367769--2367819	23	2.2	23	82	6	59	60	0	3	35	1.15
2368604--2368659	2	28.5	2	78	10	62	51	1	0	46	1.11
2373584--2373633	24	2.1	24	92	0	82	34	20	30	16	1.94
2381046--2381107	22	2.8	22	92	0	106	29	27	24	19	1.98
2381615--2381709	28	3.4	28	98	0	181	37	0	15	46	1.47
2385145--2385191	19	2.3	21	82	7	62	48	6	0	44	1.28
2385335--2385374	2	20.5	2	89	5	64	52	0	0	47	1.00
2387856--2388011	64	2.4	65	86	3	208	27	19	22	30	1.98
2390617--2390696	23	3.6	23	76	10	94	27	23	23	25	2.00
2390615--2390715	44	2.3	43	85	8	134	26	21	24	26	2.00
2394530--2394569	21	1.9	21	89	0	62	30	7	7	55	1.56
2396849--2396906	26	2.2	26	84	0	71	53	0	1	44	1.10
2396852--2396906	13	4.3	13	75	11	51	54	0	1	43	1.10
2397669--2397713	17	2.5	19	79	17	60	71	0	0	28	0.87
2402314--2402372	29	2.0	29	83	0	73	8	23	13	54	1.66
2402748--2402789	21	2.2	20	87	12	61	57	0	0	42	0.99
2403960--2404020	32	1.9	32	86	6	88	40	9	19	29	1.84
2406630--2406692	28	2.3	27	81	8	65	26	4	7	60	1.45
2406758--2406838	23	3.6	23	89	1	110	25	18	17	38	1.92
2416454--2416521	30	2.2	30	84	2	82	35	11	4	48	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2422707--2422743	14	2.6	14	91	0	56	24	21	0	54	1.45
2424770--2425372	300	2.0	303	99	0	1185	33	16	19	29	1.95
2426695--2426719	12	2.1	12	100	0	50	60	0	16	24	1.36
2427628--2427673	24	2.0	24	83	8	60	47	6	0	45	1.28
2436710--2436970	43	6.0	42	76	9	222	23	19	6	49	1.72
2436672--2436970	44	6.9	42	76	9	228	23	18	7	50	1.71
2436807--2436921	42	2.7	41	84	9	133	24	19	6	50	1.70
2436710--2437006	43	6.8	43	75	9	124	24	18	6	50	1.69
2445164--2445355	41	4.7	41	67	12	115	32	18	18	30	1.95
2445155--2445352	82	2.4	82	84	5	240	31	18	18	31	1.95
2445843--2445904	28	2.2	28	100	0	124	35	35	11	17	1.86
2446608--2446721	42	2.7	42	91	0	174	16	15	17	50	1.79
2447012--2447089	25	3.0	26	81	12	72	42	0	1	56	1.07
2447020--2447096	28	2.7	28	80	13	95	42	0	1	55	1.07
2447112--2447281	90	1.9	86	81	9	200	50	4	0	45	1.23
2447425--2447474	20	2.5	20	100	0	100	34	16	10	40	1.81
2447457--2447531	15	5.1	15	78	3	80	34	20	9	36	1.84
2447457--2447532	30	2.6	29	87	4	107	35	19	9	35	1.84
2455900--2455933	11	3.2	11	95	4	61	8	23	8	58	1.56
2458948--2459034	23	3.8	22	73	14	70	26	20	24	28	1.99
2463356--2463404	22	2.2	22	100	0	98	4	30	12	53	1.57
2464835--2464990	64	2.5	63	84	7	201	31	16	20	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2464953--2465011	18	3.3	18	66	20	52	28	15	27	28	1.96
2464995--2465032	20	1.9	20	94	0	67	23	21	28	26	1.99
2474014--2474069	29	1.9	29	81	0	67	41	23	8	26	1.84
2474133--2474207	18	4.0	18	91	5	114	20	16	46	17	1.84
2474117--2474197	13	6.5	13	77	18	68	19	17	45	17	1.85
2474210--2474245	11	3.6	10	89	10	56	33	30	22	13	1.93
2478266--2478794	263	2.0	264	99	0	1051	34	10	15	39	1.82
2480238--2480299	24	2.6	24	82	2	81	38	22	17	20	1.93
2480238--2480303	23	2.8	24	81	4	82	37	21	18	22	1.94
2480318--2480392	23	3.2	23	92	1	123	34	24	20	21	1.96
2480243--2480392	47	3.2	47	75	6	137	35	22	20	22	1.96
2481105--2481156	20	2.6	20	93	0	86	26	21	13	38	1.90
2488638--2488668	13	2.4	13	94	0	53	38	6	38	16	1.74
2488927--2488961	18	1.9	18	88	11	54	82	0	14	2	0.77
2488885--2488961	29	2.7	29	76	13	79	76	0	14	9	1.01
2490239--2490722	133	3.6	132	80	1	457	32	20	15	30	1.94
2490942--2491020	3	26.7	3	97	2	151	31	0	0	68	0.90
2491959--2492174	109	2.0	109	82	3	265	18	13	19	48	1.80
2492515--2492567	24	2.2	24	81	12	65	13	7	15	64	1.49
2492508--2492581	30	2.4	30	78	13	78	16	5	12	66	1.42
2492526--2492575	24	2.1	24	88	7	75	12	6	16	66	1.43
2492737--2492796	30	2.0	30	93	0	102	38	13	11	36	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2493070--2493436	130	2.8	131	85	3	465	31	11	16	40	1.83
2496418--2496530	56	2.0	56	86	3	156	40	8	19	30	1.82
2496477--2496591	34	3.3	34	75	7	122	42	10	19	27	1.83
2496368--2496611	127	1.9	128	81	4	296	40	8	18	32	1.81
2496477--2496777	72	4.2	71	77	6	268	38	10	19	31	1.86
2496713--2496816	38	2.9	35	78	14	120	36	9	18	35	1.83
2496696--2496823	36	3.5	36	78	9	123	37	8	17	35	1.81
2505346--2505405	26	2.3	26	100	0	120	35	23	16	25	1.95
2513089--2513130	21	2.0	21	85	0	57	23	23	21	30	1.99
2513313--2513370	30	2.0	29	90	10	91	44	17	5	32	1.70
2513313--2513372	29	2.0	30	93	6	104	43	16	6	33	1.74
2513482--2513540	20	3.0	21	80	14	81	47	8	13	30	1.73
2515315--2515354	21	1.9	22	90	10	66	12	10	40	37	1.77
2515384--2515425	21	2.0	21	90	0	66	21	23	23	30	1.99
2515630--2515686	30	1.9	30	89	7	89	38	19	8	33	1.82
2516110--2516183	2	37.5	2	92	8	125	50	0	1	48	1.09
2516086--2516182	8	13.6	7	84	9	85	49	0	4	46	1.21
2516214--2516274	18	3.4	18	74	17	63	49	4	3	42	1.40
2517721--2517785	27	2.3	27	86	5	85	44	1	4	49	1.32
2521408--2521460	19	2.8	20	77	8	56	28	0	5	66	1.15
2521463--2521500	3	12.0	3	89	10	58	63	2	0	34	1.09
2522382--2522408	14	1.9	14	100	0	54	14	11	14	59	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2528588--2528626	20	1.9	20	84	5	51	43	17	2	35	1.63
2528789--2528832	21	2.1	21	86	0	61	31	11	2	54	1.48
2529906--2529950	2	22.5	2	100	0	90	51	0	48	0	1.00
2531022--2531060	20	2.0	19	95	5	69	35	10	30	23	1.88
2539124--2539224	49	2.1	49	100	0	202	38	7	20	32	1.82
2541311--2541354	23	2.0	23	82	13	56	52	6	2	38	1.41
2549327--2549386	22	2.9	21	87	7	95	28	30	23	18	1.98
2559835--2559940	45	2.3	47	82	6	119	42	17	23	16	1.88
2560012--2560059	20	2.4	20	92	0	87	27	12	27	33	1.92
2562030--2562070	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29