genome.fa.s9587.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009587.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116965_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6483253

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
735623--735840	20	9.7	20	66	21	85	40	13	25	20	1.89
735564--735944	46	8.3	46	86	0	438	43	13	21	22	1.87
737694--738029	166	2.0	168	98	1	658	34	14	26	24	1.94
742763--743125	46	7.9	46	85	0	492	42	12	23	20	1.87
742876--742991	20	5.2	20	63	22	52	42	11	25	20	1.85
742763--743125	138	2.6	138	90	0	548	42	12	23	20	1.87
744153--744184	16	2.0	17	88	11	50	62	3	0	34	1.11
771090--771127	9	4.2	9	96	0	67	31	2	7	57	1.41
776088--776118	16	1.9	16	93	0	53	61	3	0	35	1.12
776339--776387	25	1.9	26	84	12	66	69	0	8	22	1.14
780391--780428	19	2.0	20	89	5	60	47	15	10	26	1.78
781551--781605	19	2.9	19	74	15	60	65	1	9	23	1.31
781697--781771	21	3.5	22	77	12	59	65	0	4	30	1.11
781777--781864	26	3.1	27	73	18	74	64	2	4	28	1.25
781701--781831	26	5.1	25	69	21	85	64	1	3	30	1.21
782427--782519	37	2.5	37	85	3	116	29	13	13	43	1.84
783270--783519	106	2.4	106	86	1	340	22	18	23	34	1.96
783437--783599	80	2.0	80	95	0	290	18	21	25	34	1.96
783460--783601	43	3.4	43	66	21	122	19	21	23	34	1.96
783513--784529	106	9.6	106	91	1	1590	22	18	24	34	1.96
783331--783705	186	2.0	186	90	1	590	21	19	23	34	1.96
786128--786194	7	9.6	7	75	12	57	1	11	4	82	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
786127--786187	13	4.5	13	79	8	59	1	14	3	80	0.92
786136--786170	18	1.9	18	88	0	52	0	14	2	82	0.77
786129--786195	24	2.7	25	80	17	77	1	11	5	80	0.95
786127--786194	28	2.5	27	84	13	86	1	13	4	80	0.92
790651--790682	15	2.1	15	94	0	55	84	0	0	15	0.63
790620--790742	57	2.1	57	78	12	128	67	0	4	27	1.11
793500--793791	110	2.7	110	92	1	478	25	17	22	34	1.96
793802--793890	37	2.5	36	83	5	110	21	23	24	30	1.99
794830--794869	6	6.7	6	85	8	55	0	17	0	82	0.67
794829--794872	17	2.6	17	89	7	63	0	20	0	79	0.73
794908--794951	7	6.3	7	79	10	54	0	13	2	84	0.73
794829--794988	84	1.9	86	83	7	211	8	21	8	61	1.52
800029--800089	30	2.0	30	87	0	86	31	24	18	26	1.97
800452--800609	44	3.6	44	87	2	210	35	19	6	37	1.79
800453--800580	43	2.9	43	91	2	193	35	19	7	37	1.81
800685--800813	60	2.2	60	80	8	147	27	24	13	34	1.93
800699--801124	59	7.2	58	78	8	353	28	25	11	33	1.91
800742--801152	118	3.5	116	80	5	405	29	24	11	34	1.90
800973--801071	31	3.3	31	61	13	80	29	28	11	31	1.91
800742--801132	59	6.6	60	79	7	356	28	24	11	34	1.91
808746--808806	30	2.0	30	90	0	95	27	26	19	26	1.99
809124--809268	44	3.3	44	91	0	209	33	20	6	40	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
809365--809479	60	1.9	61	91	5	189	29	20	13	36	1.91
809308--809713	59	6.9	58	76	10	288	28	24	12	34	1.92
809408--809716	118	2.6	119	84	5	358	29	24	12	34	1.92
821253--821307	16	3.3	18	70	19	64	49	0	1	49	1.11
829835--830194	45	8.0	45	86	2	474	39	12	21	26	1.88
836257--837152	45	20.0	45	86	3	1184	40	10	22	26	1.87
843863--843900	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
845538--845584	23	2.0	23	84	8	60	63	0	4	31	1.13
848542--848621	24	3.3	24	87	0	106	20	18	16	45	1.86
848567--848630	12	5.3	12	74	7	58	15	15	15	53	1.74
856218--856258	19	2.2	19	86	8	57	68	0	12	19	1.21
856215--856262	20	2.4	21	83	13	66	68	0	10	20	1.18
856331--856360	4	7.2	4	92	7	51	73	0	0	26	0.84
856327--856359	13	2.5	13	95	0	57	75	0	0	24	0.80
856326--856360	17	2.0	18	94	5	63	74	0	0	25	0.82
859903--860300	105	3.6	108	83	8	425	23	21	16	38	1.93
860367--860573	105	1.9	111	87	6	309	22	23	15	37	1.93
876731--876838	5	20.8	5	67	14	58	70	2	5	21	1.21
876789--876838	21	2.4	21	89	0	73	76	4	6	14	1.13
882415--882448	17	2.0	17	88	0	50	73	2	0	23	0.97
883799--883830	16	2.0	16	100	0	64	12	0	25	62	1.30
886477--886504	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
891896--892010	41	2.8	40	81	7	115	26	16	22	34	1.95
891769--892002	123	1.9	124	80	4	276	30	15	18	35	1.92
896443--896489	13	3.5	13	85	14	60	61	0	0	38	0.96
896436--896490	19	2.8	19	82	15	60	63	0	0	36	0.95
896982--897032	24	2.1	24	100	0	102	27	13	11	47	1.78
898570--898609	14	3.1	13	82	10	55	60	0	0	40	0.97
899757--899802	19	2.4	19	88	0	65	19	19	45	15	1.85
899925--900002	3	26.0	3	86	0	111	60	0	0	39	0.97
899928--900013	15	5.3	16	77	13	70	60	0	0	39	0.97
900225--901457	451	2.7	451	94	1	2120	30	18	14	36	1.91
900225--901457	113	11.0	113	92	1	1809	30	18	14	36	1.91
902259--903002	83	8.9	83	94	1	1192	36	22	13	27	1.92
903679--903740	16	3.6	17	91	6	83	51	8	8	32	1.60
903697--903740	16	2.8	16	100	0	88	54	9	6	29	1.58
904072--904154	23	3.8	22	80	15	100	0	15	0	84	0.63
904078--904154	16	4.6	17	78	16	90	0	15	0	84	0.62
904084--904145	31	1.9	31	81	12	56	0	17	0	82	0.67
904072--904157	32	2.8	30	87	10	120	0	16	0	83	0.64
904071--904146	39	1.9	38	89	5	116	0	17	0	82	0.66
911413--911445	15	2.3	15	89	5	50	48	3	0	48	1.17
915487--915526	14	3.1	13	82	10	55	60	0	0	40	0.97
916674--916719	19	2.4	19	88	0	65	19	19	45	15	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
916842--916919	3	26.0	3	89	0	120	61	0	0	38	0.96
916820--916917	18	5.7	18	77	13	82	55	0	1	43	1.06
921544--921593	24	2.1	24	82	14	59	58	18	10	14	1.63
922309--922681	187	2.0	189	87	2	545	47	14	12	25	1.80
932164--932280	57	2.1	54	83	10	141	44	0	1	53	1.10
932202--932303	42	2.5	41	80	9	118	45	0	2	51	1.16
932268--932312	21	2.1	22	88	12	67	53	0	2	44	1.13
933423--933448	13	2.0	13	100	0	52	30	30	0	38	1.58
933861--933947	33	2.6	33	94	0	147	37	31	18	12	1.88
934763--934870	38	2.8	38	87	2	155	33	20	10	36	1.86
934777--935291	19	27.5	19	70	10	184	32	21	9	37	1.85
934826--935294	57	8.4	57	72	9	241	31	21	9	37	1.85
934984--935123	71	2.0	71	85	2	192	27	17	12	41	1.86
934949--935161	109	2.0	108	84	4	277	29	19	11	39	1.86
937939--937986	24	2.0	24	100	0	96	33	12	12	41	1.80
940127--940161	15	2.4	14	86	9	52	11	65	17	5	1.43
942740--942773	15	2.3	15	94	0	59	8	67	17	5	1.37
945329--945360	15	2.1	15	94	0	55	9	65	18	6	1.42
950258--950290	15	2.3	15	89	5	50	9	66	18	6	1.40
951259--951342	11	7.7	11	76	11	66	58	1	3	36	1.23
951388--951428	16	2.5	17	84	11	59	65	2	4	26	1.25
952425--953471	105	10.0	105	90	2	1585	21	18	26	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
954217--954375	67	2.4	67	89	4	241	36	11	20	32	1.88
954250--954522	36	7.9	35	70	17	196	36	13	21	28	1.91
954250--954505	103	2.5	101	82	4	309	36	12	21	28	1.91
954966--955001	18	2.0	18	88	0	54	41	30	8	19	1.81
955416--955486	22	3.2	22	87	0	106	29	12	22	35	1.91
956114--956157	22	2.0	22	86	4	61	2	18	9	70	1.24
956124--956213	8	11.7	7	73	15	63	1	14	7	76	1.06
956168--956219	16	3.2	16	79	12	54	0	13	7	78	0.94
959856--959897	17	2.5	17	84	3	59	66	2	4	26	1.23
962848--962881	15	2.3	15	94	0	59	8	67	17	5	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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