genome.fa.s9597.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009597.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116976_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1557931

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158--214	21	2.7	21	94	0	96	28	21	22	28	1.99
7477--7509	15	2.2	15	94	0	57	36	33	15	15	1.88
7620--7688	24	2.8	26	83	12	85	31	24	5	37	1.79
7653--7688	12	3.0	12	91	0	63	36	25	5	33	1.79
7994--8213	64	3.5	64	83	4	232	27	18	20	33	1.96
23431--23507	31	2.5	31	86	0	109	35	11	25	27	1.91
23737--23771	17	2.1	18	89	10	56	42	0	5	51	1.25
25140--25222	29	2.8	29	92	1	139	43	9	14	32	1.78
29906--29988	29	2.8	29	92	1	139	43	9	14	32	1.78
34686--34743	24	2.4	24	100	0	116	31	24	22	22	1.99
34746--34790	12	3.8	12	82	5	65	26	26	15	31	1.96
34734--34801	23	3.0	23	93	0	109	26	25	19	29	1.98
34735--34809	11	6.6	11	80	6	78	28	25	18	28	1.98
35330--35372	14	3.1	14	93	0	68	51	23	16	9	1.73
50277--50785	180	2.8	176	81	7	511	43	19	11	24	1.85
50638--51047	219	1.9	210	83	6	527	45	18	10	26	1.81
61400--61497	47	2.1	47	100	0	196	29	4	23	42	1.72
63302--63347	24	2.0	23	87	12	67	69	4	0	26	1.07
69457--69489	16	2.1	16	94	0	57	33	27	6	33	1.81
72328--72384	10	5.5	10	77	8	51	66	5	8	19	1.38
72328--72384	11	5.5	11	74	17	50	66	5	8	19	1.38
72328--72384	21	2.8	20	73	7	60	66	5	8	19	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72538--72596	21	2.8	21	73	2	55	66	6	5	22	1.36
78226--78257	2	16.5	2	93	6	57	50	0	50	0	1.00
79250--79435	93	2.0	93	100	0	372	24	16	16	43	1.87
81191--81475	141	2.0	141	98	0	552	30	15	19	34	1.93
86264--86299	16	2.2	16	90	9	56	58	0	5	36	1.22
93378--93421	14	3.0	15	87	12	65	40	0	0	59	0.98
96015--96049	17	2.1	17	100	0	70	28	31	22	17	1.96
99758--99818	24	2.6	25	78	17	69	44	0	0	55	0.99
99847--99880	12	2.8	12	90	4	50	11	17	50	20	1.77
111175--111212	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
121669--121737	16	4.3	15	68	17	50	40	0	0	59	0.97
121663--121742	31	2.4	34	83	10	103	40	0	0	60	0.97
121903--121941	17	2.4	16	83	8	51	41	0	2	56	1.13
123392--123494	42	2.5	42	79	3	100	24	34	16	24	1.95
123467--123518	21	2.5	21	84	12	79	17	34	26	21	1.95
124039--124145	34	3.1	34	91	0	178	53	5	4	36	1.45
124568--125072	127	4.0	126	92	2	818	33	20	23	22	1.97
124568--125072	252	2.0	253	92	1	843	33	20	23	22	1.97
128497--128542	24	2.0	23	82	4	56	60	0	0	39	0.97
132136--132194	29	2.0	29	93	0	100	33	8	13	44	1.74
133773--133853	22	3.6	22	96	1	144	24	29	27	18	1.98
133787--133849	10	5.5	13	65	27	52	26	26	26	19	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
134064--134140	30	2.5	30	91	2	118	31	23	5	40	1.76
134154--134225	29	2.5	29	90	0	108	37	13	9	38	1.78
134529--134679	68	2.2	68	90	1	232	18	27	26	27	1.98
134659--134701	21	2.0	21	90	0	68	18	25	25	30	1.98
140744--140824	22	3.6	22	93	1	135	25	29	25	18	1.98
140758--140820	13	5.5	13	68	27	61	28	26	25	19	1.98
141035--141111	30	2.5	30	91	2	118	31	23	5	40	1.76
141125--141196	29	2.5	29	90	0	108	37	13	9	38	1.78
141475--141625	68	2.2	68	91	1	241	17	27	27	27	1.98
141605--141647	21	2.0	21	86	0	59	16	25	27	30	1.97
143488--143550	33	1.9	33	90	0	99	20	33	25	20	1.97
143851--143888	20	1.9	19	89	5	58	21	21	52	5	1.66
149360--149387	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
150653--150707	2	27.5	2	100	0	110	50	0	0	49	1.00
153445--153566	49	2.5	48	78	6	138	25	29	28	16	1.97
155671--155703	16	2.1	16	100	0	66	24	45	18	12	1.83
157692--157733	19	2.2	19	100	0	84	21	9	9	59	1.57
159653--159683	11	2.7	11	95	5	53	83	6	9	0	0.79
159653--159688	12	3.1	12	88	8	56	83	5	8	2	0.89
159641--159688	23	2.2	21	85	7	60	83	4	10	2	0.87
159656--159712	29	2.0	29	82	6	71	80	7	10	1	0.96
159667--159729	30	2.1	32	80	17	80	76	6	14	3	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
161517--161580	23	2.8	23	75	13	69	34	23	23	18	1.96
163160--163281	64	1.9	64	84	3	165	24	23	17	34	1.96
164564--164960	110	3.6	110	93	0	679	34	23	16	25	1.95
167238--167271	2	17.0	2	93	0	59	47	0	2	50	1.16
168683--168769	43	2.0	43	88	0	129	43	5	14	35	1.70
170511--170543	3	11.3	3	87	6	50	72	0	27	0	0.85
171024--171101	21	3.8	21	68	13	72	35	20	20	23	1.96
171706--171733	7	4.0	7	100	0	56	42	0	14	42	1.45
172256--172282	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
175087--175128	16	2.6	16	92	0	66	52	4	19	23	1.65
176681--176738	30	2.0	29	83	9	75	60	13	13	12	1.60
187710--188039	164	2.0	166	98	1	646	31	16	15	35	1.91
194556--194584	6	4.8	6	100	0	58	34	0	31	34	1.58
200122--200373	128	2.0	126	96	3	465	21	33	16	28	1.95
201979--202072	48	2.0	45	93	6	161	34	12	29	23	1.92
205112--205193	29	2.8	29	94	1	137	32	14	9	42	1.79
210249--210319	37	1.9	37	94	0	124	42	2	7	47	1.45
216694--216732	19	2.1	19	100	0	78	20	35	0	43	1.52
217550--217598	21	2.3	21	96	0	89	42	12	18	26	1.85
222165--222374	75	2.8	77	83	4	264	20	23	32	23	1.98
222605--222865	132	2.0	132	100	0	522	32	19	5	42	1.73
225092--225174	21	4.0	21	77	9	71	15	24	37	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
225092--225179	20	4.2	20	77	8	61	14	26	35	23	1.94
230929--231136	75	2.7	76	87	2	283	21	23	31	24	1.98
232078--232125	21	2.3	21	92	0	78	39	12	20	27	1.89
232942--232974	4	8.5	4	93	6	59	72	0	0	27	0.85
232942--232974	11	2.9	11	95	4	57	72	0	0	27	0.85
233004--233054	23	2.1	26	85	10	72	21	29	5	43	1.76
234043--234107	26	2.4	27	82	7	87	30	1	3	64	1.18
234043--234109	9	7.6	9	69	14	50	31	1	2	64	1.18
244248--244551	168	1.8	168	82	5	398	32	11	23	31	1.91
248269--248320	21	2.5	21	87	3	70	38	17	25	19	1.93
248309--248422	20	5.7	20	83	6	113	31	25	18	24	1.97
248306--248422	61	1.9	61	85	0	162	33	24	17	23	1.97
248938--249004	19	3.5	19	81	2	80	49	25	16	8	1.74
249000--249150	19	8.1	19	79	10	150	12	22	20	44	1.85
251232--251434	42	4.8	42	78	1	201	22	35	18	23	1.95
251299--251414	21	5.5	21	65	8	56	22	32	21	23	1.98
251229--251404	84	2.1	84	97	0	343	21	37	17	23	1.94
251229--251434	84	2.5	84	91	1	288	22	35	18	23	1.95
252791--252826	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
252985--253135	19	8.7	19	63	21	71	15	21	20	42	1.89
252989--253115	33	3.9	32	85	8	184	14	22	19	43	1.88
252982--253114	66	2.0	66	95	0	239	16	21	19	42	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
255406--255430	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
255605--255658	24	2.2	24	90	0	81	40	20	16	22	1.91
256395--256445	20	2.5	20	100	0	102	29	19	31	19	1.97
256658--256707	19	2.5	20	90	3	75	32	24	24	20	1.98
256738--256791	14	3.5	14	75	22	54	11	22	20	46	1.82
256720--256790	33	2.2	33	81	0	79	19	21	21	38	1.94
256905--256941	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
258811--258864	20	2.7	20	80	11	65	37	22	22	18	1.95
258882--258932	18	2.8	18	81	3	57	43	23	19	13	1.87
258944--259001	14	3.9	14	79	16	71	10	17	24	48	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7