genome.fa.s9603.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009603.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116983_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1462390

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

This is table  7  of  7  ( 823 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1308331--1308395	23	2.8	23	80	0	85	29	23	26	21	1.99
1309911--1309987	21	3.7	21	89	6	120	20	23	24	31	1.98
1312003--1312041	18	2.2	18	86	9	53	46	2	0	51	1.14
1325929--1325979	21	2.4	21	96	0	93	15	3	35	45	1.65
1326073--1326131	17	3.6	17	81	9	86	27	3	16	52	1.60
1326064--1326132	32	2.2	32	100	0	138	23	2	20	53	1.59
1326064--1326114	15	3.3	15	78	10	66	21	1	19	56	1.51
1326157--1326244	40	2.2	40	89	0	131	26	3	14	55	1.55
1335762--1335802	18	2.3	18	91	4	66	65	0	4	29	1.13
1335844--1335884	10	4.1	10	96	0	73	41	0	29	29	1.56
1336862--1336906	23	2.0	23	90	0	72	24	26	26	22	2.00
1336874--1337188	149	2.1	149	94	2	553	34	21	17	26	1.96
1337822--1337846	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1337949--1337991	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
1338116--1338150	18	1.9	18	88	11	54	22	17	5	54	1.64
1338639--1338799	64	2.5	63	85	8	200	26	21	18	33	1.96
1342117--1342161	23	2.0	23	90	0	72	24	26	26	22	2.00
1342129--1342443	149	2.1	149	92	2	517	34	21	16	27	1.95
1343194--1343221	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
1343348--1343382	18	1.9	18	88	11	54	22	17	5	54	1.64
1343874--1344034	64	2.5	63	85	8	200	27	21	18	33	1.96
1345445--1345478	17	2.0	17	100	0	68	41	5	17	35	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1348709--1348745	19	1.9	19	88	0	56	13	27	35	24	1.93
1352815--1353251	217	2.0	218	87	2	628	36	19	17	27	1.94
1354058--1354089	15	2.1	15	94	0	55	15	6	40	37	1.73
1354927--1354971	16	2.8	17	74	19	51	40	24	2	33	1.68
1354927--1355001	32	2.4	31	84	8	89	36	21	4	38	1.72
1355061--1355120	30	2.0	30	83	6	77	43	16	11	28	1.83
1360294--1360324	6	5.2	6	100	0	62	16	35	32	16	1.91
1360294--1360330	18	2.1	18	89	0	56	21	35	29	13	1.92
1367690--1367726	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
1372408--1372462	14	3.8	14	77	15	58	54	1	9	34	1.43
1372407--1372464	29	2.0	29	93	0	98	53	1	8	36	1.42
1373838--1373889	22	2.3	22	83	3	59	46	0	1	51	1.12
1374557--1374600	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
1375393--1375779	183	2.1	184	91	2	629	45	8	3	43	1.49
1375685--1375709	13	1.9	13	100	0	50	40	4	0	56	1.18
1376581--1376630	18	3.0	17	74	8	50	66	2	6	26	1.26
1380319--1380352	16	2.1	16	88	0	50	64	0	17	17	1.29
1380941--1380995	19	2.7	21	86	13	87	70	5	16	7	1.28
1387424--1387505	23	3.6	22	77	8	85	25	26	23	24	2.00
1389446--1389503	28	2.0	28	83	9	73	18	3	22	55	1.58
1389681--1389707	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
1390213--1390357	65	2.2	64	79	8	152	32	20	17	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1391890--1392045	69	2.3	69	81	2	179	38	3	33	25	1.72
1391957--1392110	69	2.2	69	81	4	168	38	3	33	23	1.73
1393520--1393563	23	1.9	23	85	0	61	31	25	15	27	1.96
1393801--1393842	15	2.8	15	85	7	50	38	26	9	26	1.87
1394815--1394863	20	2.5	20	86	0	62	16	8	38	36	1.78
1395024--1395093	20	3.5	20	80	1	79	37	20	8	34	1.83
1397797--1397835	20	2.0	20	84	0	51	30	23	12	33	1.92
1402979--1403038	23	2.7	21	85	14	84	38	28	6	26	1.81
1403262--1403315	13	4.1	13	81	11	56	42	18	0	38	1.50
1407910--1407992	27	3.2	27	62	16	66	48	8	9	33	1.66
1407892--1407992	51	2.0	51	98	0	193	44	6	10	37	1.67
1413446--1413474	6	4.8	6	100	0	58	34	48	0	17	1.47
1414230--1414319	3	30.0	3	100	0	180	33	0	0	66	0.92
1419600--1419808	65	3.3	63	78	9	217	26	19	23	31	1.98
1422458--1422522	21	3.1	20	77	14	60	24	18	24	32	1.97
1428318--1428429	57	2.0	57	87	5	165	28	20	22	28	1.98
1429629--1429654	7	3.7	7	100	0	52	57	0	0	42	0.98
1429668--1429702	17	2.1	17	88	0	52	28	11	17	42	1.83
1436257--1436316	13	4.8	13	76	15	72	26	0	1	71	0.95
1436257--1436311	20	2.9	20	71	23	64	27	0	1	70	0.97
1436261--1436303	16	2.7	16	88	0	59	25	0	2	72	0.97
1436277--1436319	21	2.1	20	91	4	68	23	0	0	76	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1437019--1437070	24	2.2	24	100	0	104	38	17	17	26	1.92
1438921--1438987	7	9.6	7	93	0	116	46	14	25	13	1.82
1439619--1440252	314	2.0	314	98	0	1216	37	12	14	35	1.84
1441716--1442142	54	7.9	54	88	2	579	37	16	12	33	1.87
1441754--1442143	110	3.6	109	88	2	572	37	16	12	33	1.85
1445585--1445650	30	2.2	30	86	5	89	34	25	27	12	1.91
1449216--1449257	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
1449252--1449348	23	3.9	23	75	12	77	40	9	1	49	1.42
1449246--1449373	29	4.6	29	71	21	85	39	8	0	51	1.38
1449498--1449566	27	2.7	27	84	6	81	49	1	11	37	1.48
1449556--1449664	29	3.7	29	83	2	128	56	0	8	33	1.35
1449530--1449700	95	1.8	92	80	10	204	55	1	8	34	1.38
1449375--1449744	30	12.7	29	68	18	94	54	2	7	36	1.40
1450486--1450767	138	2.0	140	95	1	514	48	8	3	39	1.51
1451138--1451230	21	4.6	20	77	4	87	39	17	24	18	1.91
1451155--1451230	21	3.7	21	80	3	100	40	18	25	15	1.90
1451138--1451230	41	2.3	41	98	0	177	39	17	24	18	1.91
1451157--1451291	41	3.3	41	82	6	132	38	20	21	19	1.94
1451219--1451313	20	4.7	20	80	2	91	34	24	17	23	1.96
1451501--1451544	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
1453157--1453201	18	2.5	18	85	0	63	26	42	15	15	1.87
1453683--1453749	20	3.4	20	77	2	64	38	22	22	16	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1453810--1453916	19	5.9	19	77	13	109	13	21	22	42	1.87
1453859--1453913	20	2.8	19	89	5	83	16	25	23	34	1.95
1453810--1453932	39	3.4	37	70	16	112	13	20	23	43	1.86
1455893--1456041	33	4.4	34	79	15	132	44	18	22	14	1.85
1455922--1456041	19	6.8	19	81	16	161	47	16	21	14	1.82
1455893--1456041	52	2.9	52	94	0	253	44	18	22	14	1.85
1456060--1456117	20	2.9	20	94	0	98	17	22	22	37	1.93
1457171--1457224	24	2.2	24	90	0	81	24	16	20	38	1.92
1457399--1457423	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
1459706--1459828	33	3.7	33	86	6	178	43	20	21	14	1.87
1459706--1459832	19	7.5	19	64	24	77	44	20	21	14	1.86
1459706--1459835	66	2.0	66	93	3	226	43	20	20	16	1.88
1460011--1460047	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
1461393--1461459	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
1461393--1461515	42	2.9	41	80	7	113	22	17	36	22	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7

The End!