genome.fa.s9603.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009603.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116983_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1462390

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

This is table  1  of  7  ( 823 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2461--2510	2	25.0	2	95	0	91	48	2	0	50	1.12
13217--13262	21	2.2	21	92	0	74	21	21	45	10	1.82
18107--18137	16	1.9	16	93	0	53	19	16	25	38	1.92
18400--18449	26	2.0	26	84	4	66	44	4	0	52	1.20
18413--18477	26	2.5	26	80	7	78	41	3	1	53	1.25
18415--18480	27	2.6	26	79	11	75	39	3	1	56	1.24
18439--18515	28	2.7	29	76	10	77	38	1	3	55	1.26
18519--18576	30	2.0	29	89	3	89	56	0	1	41	1.09
21293--21340	24	2.0	23	84	12	60	56	2	0	41	1.11
30197--30288	30	3.0	30	79	14	109	36	18	16	28	1.92
30197--30288	31	3.0	31	85	7	125	36	18	16	28	1.92
30197--30315	31	3.9	31	80	7	102	36	19	15	27	1.92
32848--32881	17	2.1	16	88	5	50	14	8	0	76	1.01
39234--39282	20	2.5	20	80	3	55	16	18	0	65	1.28
43073--43106	17	2.1	16	88	5	50	14	8	0	76	1.01
48404--48482	23	3.5	23	81	5	90	24	29	27	18	1.98
48416--48480	23	3.0	22	88	6	96	21	30	27	20	1.98
52426--52473	20	2.4	20	100	0	96	41	20	0	37	1.53
56607--56645	20	2.0	20	90	10	62	35	17	0	46	1.49
56941--57090	31	4.9	31	86	4	171	37	18	18	26	1.93
58083--58203	65	1.9	65	82	1	154	19	17	21	41	1.90
62793--62822	16	1.9	16	93	6	53	66	0	3	30	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68607--69019	42	9.7	42	80	5	418	24	22	17	35	1.95
73234--73509	22	12.5	22	100	0	552	22	27	27	22	1.99
74277--74329	27	2.0	27	85	3	72	43	1	1	52	1.23
77340--77364	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
77820--77844	10	2.5	10	100	0	50	12	0	0	88	0.53
77885--77915	12	2.6	12	100	0	62	35	6	0	58	1.24
82014--82063	25	2.0	25	96	0	91	46	12	18	24	1.82
82150--82511	2	181.0	2	100	0	724	0	0	50	50	1.00
82922--83043	28	4.4	28	92	2	201	17	22	29	31	1.96
84152--84313	8	23.1	7	77	13	76	48	2	3	45	1.31
84210--84314	2	53.0	2	88	9	162	48	0	2	48	1.16
84824--84902	2	43.0	2	80	16	91	54	0	0	45	0.99
84795--84875	33	2.6	30	88	7	117	56	1	1	40	1.15
85091--85142	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
85267--85339	17	4.2	17	70	20	53	52	2	0	45	1.15
85339--85383	13	3.4	13	80	17	56	46	0	8	44	1.34
85476--85517	19	2.2	19	86	0	57	42	30	0	26	1.55
87509--87714	65	3.2	63	80	12	199	27	18	23	30	1.98
94236--94275	21	1.9	21	90	10	64	37	10	0	52	1.35
96204--96413	65	3.2	64	78	8	201	26	18	23	30	1.98
98354--98424	16	4.3	16	76	13	72	33	0	1	64	1.02
98361--98427	29	2.5	28	81	16	79	31	0	1	67	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101679--101722	19	2.3	19	100	0	88	36	18	15	29	1.92
108396--108445	18	2.7	18	82	14	66	36	14	6	44	1.69
115014--115072	25	2.4	23	75	11	55	25	5	3	66	1.28
117150--117195	16	2.7	17	86	10	67	50	4	4	41	1.42
119379--119417	19	2.1	19	90	0	60	53	0	5	41	1.23
120922--120973	26	2.0	26	88	0	77	40	7	7	44	1.62
121040--121275	33	7.6	31	71	11	121	42	3	7	46	1.49
121009--121099	2	45.0	2	73	18	73	49	2	3	45	1.30
121064--121388	20	15.9	20	68	19	106	40	4	8	47	1.54
121341--121388	11	4.5	11	74	10	55	37	4	8	50	1.52
121084--121461	207	1.8	206	79	7	435	40	7	7	44	1.60
121496--121548	17	2.9	17	83	8	52	50	3	1	43	1.30
121493--121548	26	2.2	26	83	6	78	50	3	1	44	1.29
121563--121767	20	9.9	20	70	17	91	46	4	4	44	1.44
121634--121767	2	65.5	2	66	17	53	47	3	4	44	1.41
121694--121727	15	2.3	15	94	0	59	38	0	8	52	1.33
121703--121736	13	2.6	13	85	0	50	47	0	2	50	1.16
121707--121773	11	6.3	11	74	19	61	41	2	4	50	1.37
122463--122515	27	2.0	27	96	0	97	24	35	16	22	1.95
123679--123720	19	2.3	18	87	4	57	47	7	2	42	1.43
123685--123729	20	2.3	19	85	11	56	44	8	4	42	1.56
123767--124173	2	206.0	2	64	20	119	46	3	2	46	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123706--123971	20	13.3	20	71	18	141	47	3	2	46	1.33
123697--124175	20	24.0	20	66	22	95	46	3	3	46	1.38
123706--124118	142	2.9	139	81	9	398	46	4	3	45	1.40
123924--124000	31	2.4	31	84	4	91	45	3	2	48	1.34
123693--124045	142	2.4	142	84	6	426	47	4	3	45	1.38
123949--124012	33	1.9	33	83	0	83	46	6	3	43	1.44
123947--124149	87	2.4	86	89	4	317	45	5	4	43	1.48
123693--124098	149	2.8	146	79	9	402	46	4	3	45	1.40
125497--125550	25	2.1	26	93	3	92	25	0	9	64	1.23
142024--142085	3	20.7	3	74	12	56	30	3	3	62	1.26
142588--142617	11	2.6	12	94	5	53	86	0	13	0	0.57
147536--147590	22	2.4	24	85	8	71	70	10	14	3	1.28
147539--147590	11	4.6	11	80	17	54	71	11	15	1	1.23
148743--148915	4	45.8	4	88	11	276	50	26	0	23	1.50
149371--149605	103	2.3	100	81	11	257	31	19	11	37	1.88
149567--149670	36	3.0	36	83	4	133	32	19	11	36	1.87
149608--150178	268	2.1	271	94	4	1021	35	17	11	36	1.85
150185--150271	27	3.2	27	86	4	113	32	9	14	43	1.77
150195--150281	28	3.1	28	85	4	106	29	9	14	45	1.76
150260--150380	37	3.5	37	67	19	105	33	11	11	43	1.77
150231--150381	67	2.3	66	93	2	250	33	11	11	43	1.77
151176--151315	64	2.2	64	84	6	176	25	19	13	41	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151306--151387	28	2.9	28	83	3	94	24	12	13	50	1.76
151406--151640	40	5.7	42	67	15	127	25	32	19	22	1.98
151416--151769	122	2.8	126	89	5	501	25	30	19	25	1.98
151400--151822	122	3.3	125	85	7	491	24	31	19	24	1.98
151961--152022	3	20.7	3	74	12	56	30	3	3	62	1.26
152529--152562	8	4.2	8	92	0	59	85	0	14	0	0.60
152526--152571	14	3.2	14	84	6	56	84	0	15	0	0.62
152524--152571	19	2.5	18	83	16	53	83	0	16	0	0.65
169300--169600	149	2.0	148	85	1	406	34	17	25	21	1.96
170211--170273	30	2.2	27	82	15	90	31	6	14	47	1.69
171192--171350	47	3.5	46	85	10	202	34	21	7	36	1.82
171181--171350	91	1.9	90	84	9	229	33	21	7	37	1.81
174167--174215	12	4.1	13	80	15	52	75	8	14	2	1.12
174164--174203	13	3.2	13	85	3	55	77	7	12	2	1.07
175163--175226	32	2.0	32	87	0	92	26	15	29	28	1.96
175374--175472	37	2.7	36	87	3	144	30	14	11	44	1.79
175467--175684	98	2.2	98	87	2	314	31	10	19	38	1.86
175679--175792	42	2.7	41	78	6	131	24	20	23	31	1.98
175900--175977	20	3.8	20	73	6	66	23	24	26	25	2.00
176282--176337	19	3.1	18	70	25	55	28	16	12	42	1.84
176247--176369	36	3.4	36	85	5	151	28	18	13	39	1.89
176322--176499	66	2.7	65	81	10	220	26	21	14	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
176469--176745	150	1.8	150	87	4	416	28	17	14	38	1.90
176469--176745	75	3.7	75	84	3	378	28	17	14	38	1.90
177031--177289	134	1.9	133	86	3	369	35	16	22	25	1.95
177293--177532	89	2.7	88	85	5	297	40	15	20	23	1.90
178844--178904	17	3.6	16	79	18	54	21	1	4	72	1.13
178864--178898	18	1.9	18	88	11	54	22	0	2	74	0.95
180087--180160	16	5.0	15	72	25	68	36	5	1	56	1.31
180086--180159	9	7.9	10	71	18	61	37	4	1	56	1.27
185929--186001	20	3.7	20	88	0	110	34	24	23	17	1.96
187080--187154	1	75.0	1	70	0	51	85	0	14	0	0.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7