genome.fa.s15020.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015020.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130064, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1341705

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
696775--696817	16	2.5	17	81	11	52	25	0	9	65	1.22
697701--697758	15	3.6	16	74	6	55	60	3	1	34	1.24
699242--699270	14	2.1	14	100	0	58	65	13	0	20	1.26
699256--699332	21	3.8	19	76	11	64	61	14	10	14	1.58
699699--699735	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
702056--702103	10	5.1	9	82	7	51	83	8	0	8	0.82
703756--704303	270	2.0	272	88	1	832	33	17	12	36	1.88
706106--706138	16	2.1	16	88	11	50	24	18	12	45	1.83
707032--707095	5	12.8	5	78	14	53	81	0	17	1	0.77
707030--707093	12	5.5	12	76	14	71	81	0	17	1	0.77
707987--708028	9	4.6	9	83	13	50	80	0	14	4	0.86
707992--708035	23	1.9	23	86	9	63	75	0	18	6	1.02
709008--709348	99	3.4	99	90	2	488	38	15	18	27	1.91
709026--709194	50	3.4	50	71	8	173	37	14	19	28	1.91
709028--709283	50	5.2	49	67	11	164	38	16	17	27	1.91
708895--709350	99	4.6	98	85	3	481	38	15	18	26	1.91
708898--709379	198	2.4	197	79	7	539	38	16	17	27	1.91
709421--709914	50	9.9	50	78	3	415	35	17	24	22	1.95
709421--709883	100	4.6	100	79	4	461	35	17	25	21	1.95
709446--709861	150	2.8	150	80	2	469	36	17	24	22	1.95
709986--710018	16	2.1	16	94	0	57	36	15	27	21	1.93
711483--711517	14	2.5	14	85	0	52	31	8	0	60	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
713268--713314	6	7.8	6	90	0	76	19	29	0	51	1.47
713268--713310	18	2.4	18	100	0	86	20	27	0	51	1.48
715598--715740	73	2.0	73	84	2	189	27	17	13	41	1.86
728568--728657	35	2.6	34	72	16	85	25	24	22	27	2.00
731275--731572	104	2.8	103	82	4	285	36	18	14	31	1.90
731732--731773	13	3.3	13	80	6	50	73	7	0	19	1.05
731927--732152	30	7.6	30	78	11	200	36	6	22	34	1.80
731927--732055	58	2.2	59	88	1	188	34	8	20	36	1.83
731945--732157	90	2.4	89	84	6	245	38	6	20	34	1.78
732755--732780	12	2.2	12	100	0	52	7	0	7	84	0.77
733199--733226	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
735640--735687	23	2.1	23	96	0	87	50	14	12	22	1.77
736902--736947	2	23.0	2	86	0	65	52	4	0	43	1.21
737489--737525	11	3.5	11	85	7	51	83	0	10	5	0.79
740198--740231	10	3.4	10	100	0	68	91	0	8	0	0.43
742758--742910	46	3.3	46	80	1	173	21	18	26	33	1.96
742830--743072	42	5.8	42	77	6	174	23	15	30	30	1.96
743061--743143	38	2.2	38	84	2	114	27	18	18	36	1.94
743124--743163	20	2.0	20	95	0	71	32	17	10	40	1.83
743144--743583	78	5.6	78	85	3	551	26	17	24	31	1.97
743144--743586	158	2.8	156	86	2	582	26	17	24	31	1.97
743155--743583	236	1.8	236	87	2	637	26	18	24	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
743895--744138	93	2.6	93	79	7	233	19	27	17	35	1.94
743877--744323	49	9.2	47	70	10	231	20	27	16	34	1.94
743988--744324	98	3.4	96	77	5	275	19	29	16	33	1.95
744022--744292	147	1.8	147	85	4	377	20	30	15	32	1.94
743983--744325	147	2.3	147	80	4	363	19	29	16	33	1.95
745250--745300	20	2.5	20	79	14	52	1	23	0	74	0.92
745232--745308	27	2.8	26	75	12	75	2	24	0	72	0.97
749747--749988	108	2.3	105	82	7	285	38	16	13	30	1.87
749849--750052	104	2.0	102	82	3	248	36	17	13	32	1.89
750439--750524	29	3.0	30	80	13	99	37	3	18	40	1.68
750439--750524	30	3.0	29	79	3	102	37	3	18	40	1.68
750530--750604	30	2.5	31	80	8	84	37	4	24	34	1.74
751316--751349	14	2.4	14	85	0	50	8	2	2	85	0.80
753388--753541	26	6.0	26	83	6	163	37	19	20	22	1.94
753379--753533	50	3.0	49	81	7	175	36	20	21	21	1.95
753388--753536	25	5.8	26	82	6	137	36	20	21	22	1.95
753391--753560	26	6.6	26	80	6	107	35	20	20	23	1.96
754509--754956	224	2.0	224	94	0	790	34	16	8	39	1.80
757226--757250	12	2.1	12	100	0	50	40	16	8	36	1.77
763867--764123	127	2.0	127	95	0	460	39	2	18	40	1.63
765769--765850	28	2.9	28	96	0	155	29	15	31	23	1.95
767143--767167	13	1.9	13	100	0	50	4	8	8	80	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
769386--769426	16	2.5	17	88	7	59	65	0	2	31	1.05
769385--769421	9	4.3	9	80	13	51	67	0	2	29	1.04
770279--770335	28	2.0	29	82	3	71	52	14	3	29	1.58
774509--774566	30	1.9	30	82	6	73	17	8	24	50	1.74
780910--781023	25	4.5	26	78	11	94	30	25	18	25	1.98
780928--781028	25	4.0	25	84	6	116	30	24	19	24	1.98
780958--781049	25	3.7	25	86	0	112	35	21	16	26	1.94
780943--781056	50	2.3	50	82	1	129	33	25	16	24	1.96
780994--781062	25	2.8	25	81	0	84	37	23	15	23	1.93
785790--785901	50	2.2	48	82	11	136	34	23	16	25	1.95
785790--785905	25	4.6	25	78	4	117	35	22	17	25	1.95
790729--790793	33	2.0	33	100	0	130	49	15	13	21	1.79
803517--803559	15	2.6	16	82	14	52	13	30	2	53	1.53
805318--805360	16	2.7	16	77	0	50	69	16	6	6	1.32
815210--815257	24	2.0	24	100	0	96	41	4	12	41	1.62
815399--815449	21	2.4	21	80	9	59	49	3	0	47	1.20
818836--819364	59	9.0	59	90	1	747	28	3	34	34	1.73
818836--819364	177	3.0	176	91	2	830	28	3	34	34	1.73
820705--820775	35	2.0	35	100	0	142	36	8	15	39	1.78
821191--821252	17	3.6	17	77	0	52	53	6	1	38	1.37
822203--822242	20	2.0	21	90	5	64	50	5	0	45	1.23
823332--823364	16	2.1	16	94	0	57	45	12	30	12	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
823620--823730	55	2.0	55	100	0	222	18	27	16	37	1.92
831235--831468	117	2.0	116	91	2	380	25	20	23	30	1.99
840929--840977	20	2.5	19	80	6	62	40	8	4	46	1.52
841018--841058	14	2.8	14	88	7	55	36	2	0	60	1.10
841610--841661	28	1.9	27	84	7	70	36	1	1	59	1.19
842059--842101	22	1.9	23	85	4	61	53	2	2	41	1.26
853850--853937	43	2.0	43	100	0	176	25	18	13	43	1.86
859048--859084	17	2.1	18	90	5	58	43	2	0	54	1.14
859080--859172	30	3.1	30	87	4	125	36	21	4	37	1.73
859275--859336	28	2.2	28	85	0	79	33	29	8	29	1.86
861093--861169	38	2.0	38	97	0	145	25	28	22	23	1.99
863021--863068	23	2.1	23	84	7	62	20	0	18	60	1.36
866990--867074	10	9.6	10	68	24	57	62	0	0	37	0.96
867011--867072	25	2.5	23	97	2	88	64	0	0	35	0.94
867011--867073	8	7.6	8	78	7	72	65	0	0	34	0.93
867003--867046	17	2.5	18	88	7	72	63	0	0	36	0.95
867082--867150	22	3.1	22	79	14	79	50	18	0	30	1.47
867199--867260	30	2.0	31	93	3	108	37	0	12	50	1.41
867383--867422	21	1.9	21	85	10	55	52	17	2	27	1.57
868270--868302	9	3.6	9	92	8	57	24	0	0	75	0.80
868760--868792	7	4.9	7	88	7	50	42	0	0	57	0.98
868760--868798	13	2.9	13	88	3	51	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
870031--870072	13	3.2	13	77	12	50	40	0	7	52	1.29
870461--870503	21	2.0	21	82	8	52	46	9	6	37	1.63
872088--872136	21	2.3	21	86	6	64	48	30	0	20	1.50
876248--876358	58	1.9	58	88	5	170	27	6	9	57	1.53
876251--876408	54	2.8	56	82	10	155	28	8	9	53	1.63
876607--876682	29	2.5	31	85	4	93	53	10	9	26	1.65
876568--876682	29	3.9	29	72	7	90	54	12	8	24	1.65
876562--876697	31	4.5	31	70	9	93	56	11	8	23	1.62
882869--882893	6	4.2	6	100	0	50	52	32	16	0	1.44
884259--884362	47	2.2	48	84	6	131	26	16	23	33	1.95

Tables:   1   2   3   4   5