genome.fa.s15254.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015254.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130299, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1276691

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1646--1750	43	2.5	43	88	1	158	43	13	10	32	1.78
2869--2927	18	3.4	18	70	27	56	37	3	6	52	1.45
3099--3132	3	11.7	3	93	6	61	32	0	0	67	0.91
3528--3567	21	1.9	21	89	0	62	55	12	2	30	1.50
3557--3584	5	5.6	5	100	0	56	64	0	0	35	0.94
3878--3908	12	2.6	12	94	0	53	67	3	0	29	1.06
3909--3998	45	2.0	45	97	0	171	25	17	1	55	1.49
5119--5231	46	2.5	46	98	0	217	41	12	13	32	1.81
5732--5766	18	1.9	18	88	0	52	40	5	11	42	1.65
8001--8038	19	1.9	20	89	10	60	34	7	0	57	1.28
8001--8039	20	1.9	21	89	5	62	33	7	0	58	1.26
20782--21380	30	20.2	29	77	12	481	29	3	33	34	1.73
20856--21383	60	8.9	58	85	5	566	28	2	32	35	1.71
22060--22112	28	2.0	25	85	10	70	37	18	0	43	1.51
22400--22443	14	3.0	15	87	12	65	38	4	0	56	1.20
23068--23123	15	3.7	15	90	0	94	16	10	26	46	1.79
23155--23236	17	5.2	17	76	18	61	51	6	0	42	1.26
23164--23223	30	2.0	29	90	3	93	51	3	0	45	1.17
24978--25051	22	3.4	22	86	3	96	35	21	27	16	1.94
25705--25758	28	1.9	28	88	0	81	61	16	1	20	1.44
25910--25972	20	3.1	20	77	20	60	69	19	1	9	1.24
25945--26016	3	25.7	3	75	10	55	72	22	2	2	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25923--26019	41	2.5	39	81	5	97	73	20	2	4	1.10
25924--26031	30	3.4	31	80	16	105	73	19	2	4	1.14
29697--29736	21	1.9	21	84	0	53	55	7	0	37	1.29
31699--31772	6	12.3	6	97	0	139	31	0	18	50	1.48
34432--34501	33	2.1	33	100	0	140	30	12	22	34	1.92
38823--38871	21	2.3	21	85	0	62	38	10	30	20	1.86
40302--40394	46	2.0	47	95	2	170	33	7	15	44	1.74
43964--43996	17	1.9	17	88	11	50	0	3	30	66	1.06
49457--49508	19	2.8	18	82	8	59	59	3	0	36	1.16
49481--49533	27	2.0	26	86	13	74	60	0	1	37	1.08
49483--49569	30	3.1	27	76	13	79	59	2	3	34	1.27
53064--53088	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
53519--53582	31	2.1	31	84	0	83	40	1	0	57	1.08
54768--54808	22	1.9	21	85	14	57	39	4	0	56	1.21
55203--55256	26	2.0	27	89	10	85	62	0	0	37	0.95
55203--55256	27	2.0	26	86	10	74	62	0	0	37	0.95
55206--55245	20	2.0	20	85	4	55	67	0	0	32	0.91
55451--55511	28	2.1	30	82	14	74	52	3	4	39	1.39
62845--63129	142	2.0	142	97	0	534	25	17	17	38	1.92
70441--70478	16	2.3	17	86	4	51	44	2	5	47	1.39
76342--76641	157	1.9	157	89	4	471	31	10	19	40	1.84
83698--83753	23	2.3	24	79	14	62	53	5	0	41	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83723--83775	21	2.6	20	82	11	63	52	5	0	41	1.25
84523--84556	17	2.0	17	88	0	50	47	0	5	47	1.26
87622--87667	19	2.4	20	89	7	69	67	0	0	32	0.91
92866--93053	95	2.0	94	87	3	270	39	2	10	47	1.52
105475--105543	27	2.6	25	73	19	59	53	0	0	46	1.00
108122--108207	46	1.9	45	82	15	108	66	2	8	23	1.30
109598--109726	65	2.0	66	92	1	215	29	28	10	31	1.91
113289--113338	14	3.6	14	76	10	50	40	4	2	54	1.31
114484--114606	61	2.0	61	98	0	237	28	26	14	30	1.95
120478--120525	20	2.3	21	82	13	55	29	4	6	60	1.40
126553--126578	4	6.5	4	100	0	52	0	23	0	76	0.78
134763--134800	15	2.6	15	87	4	51	81	0	0	18	0.69
134969--135142	90	1.9	89	82	5	217	37	9	16	36	1.81
135265--135313	23	2.1	23	92	0	80	40	20	0	38	1.53
136639--136715	39	2.0	39	86	0	109	32	28	6	32	1.83
139150--139200	23	2.3	22	83	12	61	49	5	0	45	1.26
139152--139201	21	2.4	20	78	18	57	52	6	0	42	1.26
171239--171310	32	2.2	32	87	0	99	41	23	16	18	1.89
172274--172368	47	2.0	47	95	0	172	29	15	20	34	1.93
185848--185902	27	2.0	27	96	0	101	20	18	25	36	1.94
186124--186327	61	3.3	61	83	1	212	31	13	24	30	1.93
186187--186295	29	3.7	29	71	7	83	31	14	26	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
186174--186353	61	3.0	61	81	4	150	30	13	24	31	1.94
192193--192251	15	4.1	14	77	16	59	0	30	1	67	1.00
192200--192257	12	4.5	12	79	14	62	0	32	1	65	1.03
202045--202083	19	2.1	19	95	0	69	20	17	20	41	1.91
212877--212904	3	9.3	3	100	0	56	35	0	0	64	0.94
213518--213561	23	1.9	23	86	9	63	56	0	4	38	1.20
214207--214279	25	2.9	25	78	11	62	26	6	2	64	1.32
227237--227283	21	2.2	21	85	7	60	61	10	27	0	1.29
229906--229976	35	2.0	35	100	0	142	29	22	16	30	1.96
234253--234290	20	1.9	20	84	10	51	18	21	31	28	1.97
238020--238048	15	1.9	15	100	0	58	20	0	3	75	0.94
242750--242780	15	2.1	15	100	0	62	38	12	6	41	1.69
251113--251161	15	3.4	14	76	18	55	14	0	22	63	1.30
251103--251161	29	2.0	29	90	6	93	15	0	23	61	1.34
251682--251715	17	2.0	17	94	0	59	20	5	11	61	1.50
257021--257059	17	2.3	17	86	0	51	17	10	25	46	1.80
257188--257291	49	2.1	49	92	0	172	26	13	9	50	1.72
257188--257322	49	2.8	49	86	4	166	26	12	12	48	1.77
259790--259824	17	1.9	18	88	11	54	11	11	5	71	1.30
261757--261785	5	6.0	5	92	8	51	20	0	0	79	0.74
261757--261785	14	2.0	15	93	6	51	20	0	0	79	0.74
262587--262742	79	2.0	78	89	1	240	28	14	17	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
262997--263114	48	2.5	48	90	0	182	51	13	9	25	1.70
268053--268210	79	2.0	78	91	3	255	28	14	17	39	1.89
268459--268576	48	2.5	48	88	0	164	50	12	9	27	1.70
272044--272087	22	2.0	23	81	4	54	43	11	15	29	1.82
277324--277365	13	3.2	13	77	12	50	2	14	0	83	0.75
277324--277379	29	1.9	29	82	13	71	5	17	0	76	0.96
277978--278011	17	2.1	17	88	5	52	58	14	8	17	1.61
278409--278453	21	2.1	21	84	15	58	4	28	0	66	1.11
280287--280325	21	1.9	21	89	5	62	66	7	12	12	1.43
288197--288226	15	1.9	16	93	6	53	66	10	13	10	1.44
293834--293863	15	2.0	15	93	0	51	76	6	6	10	1.15
297677--298122	23	19.3	23	86	1	615	46	13	4	34	1.64
299204--299273	32	2.4	30	74	11	74	27	18	8	45	1.78
299766--299837	30	2.4	30	78	0	81	44	8	16	30	1.77
301092--301193	32	3.4	30	76	11	100	38	8	12	40	1.75
301130--301233	55	1.9	55	80	11	124	38	8	10	42	1.70
303722--303804	30	2.6	33	81	12	93	53	1	0	45	1.08
303731--303804	30	2.3	32	86	9	98	52	1	0	45	1.09
310004--310039	3	12.0	3	93	0	63	30	33	0	36	1.58
310044--310081	3	12.7	3	94	0	67	0	2	31	65	1.06
310299--310377	31	2.6	30	78	6	86	48	11	7	32	1.68
310655--310689	18	1.9	18	88	11	54	60	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
312447--312592	52	2.8	52	87	0	202	26	15	24	33	1.95
315330--315372	18	2.6	16	85	7	50	48	4	2	44	1.36
321535--321608	29	2.5	30	89	4	116	48	6	2	41	1.44
329110--329134	12	2.1	12	100	0	50	28	16	24	32	1.96
330549--330584	17	2.1	17	89	5	54	63	0	0	36	0.94
330581--330618	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
341001--341074	24	3.1	23	81	9	85	74	1	24	0	0.90
350293--350328	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
353309--353341	6	5.5	6	100	0	66	18	18	48	15	1.81
359993--360049	28	2.0	29	83	6	73	57	1	0	40	1.09

Tables:   1   2   3   4   5