genome.fa.s15254.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015254.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130299, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1276691

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
659443--659489	20	2.3	20	100	0	94	25	34	6	34	1.81
663671--664057	79	4.9	79	83	5	496	32	26	19	21	1.97
668700--668751	21	2.5	21	87	0	77	28	15	28	26	1.96
688829--688865	6	6.2	6	93	0	56	51	0	27	21	1.48
689944--689977	16	2.1	16	88	0	50	47	2	2	47	1.32
690672--690746	11	6.7	11	79	13	73	58	0	1	40	1.06
690675--690743	17	4.1	17	86	0	102	55	0	1	43	1.08
690662--690736	6	13.0	6	77	18	70	52	1	2	44	1.23
693096--693178	31	2.7	32	78	12	93	34	4	12	48	1.62
693117--693175	29	2.0	29	86	3	82	30	3	13	52	1.57
694213--694382	58	2.9	57	83	9	202	47	12	14	25	1.79
694274--694382	57	1.9	57	88	5	148	49	10	13	26	1.74
694886--694925	15	2.9	15	82	14	50	35	5	0	60	1.19
695066--695181	56	2.0	57	96	3	216	52	6	8	31	1.58
696102--696141	15	2.7	15	82	17	57	67	5	10	17	1.37
696257--696408	29	5.2	28	75	9	142	34	5	24	35	1.78
696268--696427	59	2.7	57	76	6	151	37	5	22	34	1.78
696963--696992	15	2.0	15	100	0	60	73	6	0	20	1.05
698240--698271	16	2.0	16	93	0	55	18	6	15	59	1.57
698278--698323	17	2.7	17	86	0	65	52	6	2	39	1.40
698295--698346	23	2.3	23	90	3	79	50	5	1	42	1.37
698755--699028	78	3.5	77	77	4	248	28	18	27	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
698904--699145	39	6.2	39	70	7	132	28	19	28	23	1.98
698898--699145	117	2.1	117	83	3	302	28	19	29	23	1.98
699002--699344	78	4.4	78	79	2	321	27	18	29	25	1.98
699214--699336	39	3.2	39	74	13	126	27	18	30	23	1.98
699008--699344	156	2.2	155	77	3	370	27	18	29	24	1.98
700408--700432	9	2.8	9	100	0	50	0	28	0	72	0.86
703981--704084	54	1.9	54	90	0	163	28	16	16	38	1.90
710102--710411	29	10.8	29	78	5	200	36	2	25	35	1.69
710167--710233	27	2.5	27	85	0	89	35	4	25	34	1.76
710109--710328	112	1.9	114	85	1	300	36	2	26	34	1.71
710308--710411	30	3.5	29	78	10	95	36	0	21	41	1.60
710924--710960	17	2.2	16	90	4	56	54	10	5	29	1.57
712222--712319	6	16.8	6	71	13	62	56	3	0	40	1.15
712222--712320	11	7.9	13	67	18	50	56	3	0	40	1.15
712230--712315	17	5.1	17	85	2	120	56	3	0	39	1.16
716750--716798	24	2.0	25	88	4	73	63	4	0	32	1.13
716955--717004	22	2.3	22	82	0	55	64	4	0	32	1.12
717777--717810	17	1.9	17	88	5	50	61	0	0	38	0.96
724497--724568	27	2.7	26	81	10	74	20	30	16	31	1.95
724800--725255	69	6.6	68	78	7	327	23	19	22	34	1.97
724796--725255	138	3.3	138	78	5	475	23	20	22	34	1.97
724799--725261	207	2.2	207	77	4	493	23	20	22	34	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
725200--725372	93	1.9	93	91	0	283	21	16	21	40	1.91
737920--737959	20	2.0	21	85	5	55	65	0	0	35	0.93
739021--739146	58	2.2	58	87	2	184	34	0	18	46	1.49
740479--740503	8	3.1	8	100	0	50	64	0	0	36	0.94
747273--747322	22	2.3	22	92	0	82	18	20	8	54	1.68
755849--756205	87	4.1	85	78	12	330	35	26	1	36	1.67
755803--756209	116	3.5	116	80	9	454	35	26	1	36	1.67
755782--756205	30	14.5	29	78	9	362	35	25	1	36	1.66
765908--765939	3	10.7	3	100	0	64	68	0	31	0	0.90
768113--768716	208	2.9	206	82	3	690	38	17	21	22	1.93
782299--782555	30	8.6	30	81	4	234	34	26	3	35	1.75
782298--782554	59	4.3	60	79	3	243	35	25	3	35	1.75
782313--782547	89	2.6	90	79	4	235	34	26	3	34	1.74
789568--789770	101	2.0	101	100	0	406	32	13	14	39	1.86
792046--792072	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
794087--794658	210	2.7	210	86	2	783	36	16	22	25	1.94
796607--796797	30	6.4	30	85	3	215	36	23	2	37	1.67
796607--796872	60	4.5	60	80	6	247	35	25	3	35	1.72
796777--796855	29	2.7	28	80	7	95	35	27	5	31	1.79
796642--796877	90	2.7	89	79	9	241	35	27	2	34	1.71
798248--798355	45	2.4	46	77	10	116	40	16	3	38	1.66
805775--805820	21	2.2	21	84	0	56	43	2	0	54	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
805789--805831	21	2.0	21	90	0	68	39	4	2	53	1.34
805974--806015	18	2.3	18	76	8	50	69	4	4	21	1.26
806017--806059	14	3.1	14	80	12	61	34	6	2	55	1.39
806867--806897	16	1.9	16	93	0	53	32	0	29	38	1.57
806564--807068	252	2.0	254	82	5	621	36	13	13	36	1.84
813823--813972	75	2.0	75	100	0	300	17	6	20	56	1.63
815529--815621	45	2.0	46	91	2	152	25	10	23	39	1.87
815958--816003	20	2.3	20	85	10	60	43	15	8	32	1.77
816351--816392	8	5.1	8	91	5	66	9	4	0	85	0.72
817587--817650	17	3.6	16	72	27	58	1	18	6	73	1.12
817605--817664	18	3.3	18	65	21	52	3	15	13	68	1.34
817578--817664	37	2.4	37	100	0	174	2	14	13	68	1.30
829343--829388	11	4.3	10	81	13	56	80	0	19	0	0.71
829346--829378	17	1.9	17	88	11	50	78	0	21	0	0.75
831813--831852	19	2.1	19	95	0	71	52	15	17	15	1.75
832441--832470	14	2.2	14	94	5	53	36	10	23	30	1.87
835056--835107	24	2.1	25	82	10	63	1	36	1	59	1.19
842947--842976	14	2.2	14	94	5	53	36	10	23	30	1.87
844684--844915	115	2.0	115	89	1	358	25	18	18	37	1.93
845894--845933	19	2.1	19	100	0	80	20	17	15	47	1.83
849225--849264	18	2.2	18	90	0	62	15	12	12	60	1.60
849497--849539	18	2.3	18	92	4	68	18	9	16	55	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
848435--850254	270	6.7	269	76	7	1436	37	12	13	36	1.82
848435--850252	543	3.4	533	79	6	1765	37	12	13	36	1.82
850060--850682	254	2.5	253	86	2	848	38	10	11	39	1.77
852649--852679	13	2.3	14	94	5	55	48	6	3	41	1.45
852997--853445	213	2.1	213	81	6	516	34	12	13	39	1.82
853720--854702	328	3.0	321	85	5	1251	33	10	13	42	1.78
855617--855643	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
856756--856813	24	2.4	24	82	0	71	60	8	5	25	1.47
864536--864578	21	2.0	23	86	13	65	48	4	4	41	1.44
864748--864808	6	10.5	6	76	13	65	44	1	0	54	1.10
864748--864816	17	4.1	16	83	10	84	44	1	1	52	1.19
864739--864805	11	6.0	11	74	8	55	43	1	1	53	1.19
864739--864816	17	5.0	16	76	17	83	43	1	2	52	1.23
866675--866826	30	5.1	29	64	15	78	26	23	5	43	1.77
866670--866921	59	4.3	58	78	9	226	30	24	4	40	1.74
866724--866844	29	4.2	27	72	15	84	31	23	4	41	1.73
866779--866999	29	7.6	29	72	12	123	35	24	1	37	1.67
866779--867047	87	3.1	86	79	12	291	35	26	2	36	1.70
866862--866999	58	2.4	56	77	12	147	38	24	1	35	1.65
866968--867090	57	2.2	58	86	2	160	31	29	2	36	1.71
866836--867047	29	7.3	29	69	10	112	37	25	2	34	1.69
867006--867144	57	2.4	58	81	6	147	33	25	1	38	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
878785--879124	49	6.9	48	72	6	189	38	21	25	14	1.91
878788--879134	50	7.0	50	73	9	264	39	21	25	13	1.90
878788--879239	149	3.0	149	78	8	481	40	21	24	13	1.89
879463--879540	6	13.5	6	74	12	74	42	2	0	55	1.13
879463--879540	17	4.5	17	85	10	97	42	2	0	55	1.13
879463--879540	34	2.3	35	88	6	115	42	2	0	55	1.13
879454--879548	17	6.0	15	77	16	79	42	2	2	53	1.24
880234--880338	3	34.0	3	75	5	84	58	4	1	35	1.30
881430--881603	58	2.9	57	80	9	172	33	24	2	39	1.70
881507--881640	29	4.6	29	77	10	148	33	24	2	39	1.68

Tables:   1   2   3   4   5