genome.fa.s114.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold114
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3219552

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
642--738	25	3.8	24	76	14	79	75	4	4	16	1.12
3922--3994	36	2.0	36	97	0	137	26	8	17	47	1.75
13118--13176	27	2.2	27	96	0	109	42	13	8	35	1.75
17160--17856	228	3.0	229	90	2	1047	38	21	13	25	1.91
25331--25355	12	2.1	12	100	0	50	36	16	8	40	1.77
26387--26424	14	2.7	14	80	15	51	31	2	0	65	1.06
26453--26504	22	2.3	23	80	6	61	57	0	1	40	1.10
27192--27232	16	2.6	16	88	7	57	58	0	9	31	1.31
58044--58741	232	3.0	231	89	2	1051	38	21	14	25	1.91
60239--60265	9	3.0	9	100	0	54	44	33	22	0	1.53
66275--66299	12	2.1	12	100	0	50	36	16	8	40	1.77
66484--66509	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
67473--67529	29	2.0	29	86	6	80	63	3	3	29	1.28
82309--82334	13	2.0	13	100	0	52	76	0	23	0	0.78
83310--83351	19	2.0	22	86	13	63	64	14	0	21	1.29
84559--84588	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
92506--92531	13	2.0	13	100	0	52	92	0	7	0	0.39
92507--92538	16	2.0	16	100	0	64	93	0	6	0	0.34
94029--94070	18	2.3	19	87	4	59	61	11	11	14	1.56
94835--95289	229	2.0	221	85	6	608	38	21	13	26	1.91
105221--105264	21	2.1	21	82	0	52	31	2	0	65	1.05
105250--105289	20	2.0	20	85	9	55	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105326--105406	28	2.8	29	76	9	87	40	2	2	54	1.27
105899--105941	20	2.0	22	86	8	63	39	2	0	58	1.11
105898--105949	15	3.3	16	84	10	54	36	1	0	61	1.07
106740--106798	20	3.0	20	80	9	66	59	0	1	38	1.08
115909--115947	2	19.5	2	100	0	78	0	48	0	51	1.00
117767--118009	121	2.0	121	100	0	486	22	11	24	41	1.87
122667--122700	14	2.4	14	95	0	59	0	5	20	73	1.04
126314--126353	21	1.9	21	90	10	64	60	0	0	40	0.97
126332--126404	13	5.6	14	75	18	52	60	0	0	39	0.97
126290--126417	48	2.6	50	80	13	158	57	0	0	42	0.99
126333--126405	38	1.9	38	81	10	87	58	0	0	41	0.98
126698--126736	19	2.0	20	90	5	62	69	0	0	30	0.89
127185--127223	15	2.8	13	82	14	51	43	0	0	56	0.99
127467--127508	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
129173--129206	3	11.3	3	93	0	59	67	2	0	29	1.05
130142--130174	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
132475--132590	57	2.1	56	90	1	178	41	8	9	40	1.68
132775--132802	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
133307--133364	26	2.1	27	81	6	64	32	1	0	65	1.03
133832--133871	12	3.2	12	85	3	53	55	0	0	45	0.99
134518--134581	25	2.6	24	77	18	69	37	4	3	54	1.37
135100--135163	24	2.6	26	78	14	73	59	1	1	37	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135884--135932	22	2.2	22	81	3	53	53	2	0	44	1.12
136390--136436	14	3.1	16	82	11	55	51	0	0	48	1.00
138206--138241	17	2.1	17	89	0	54	33	8	8	50	1.63
144459--144498	21	1.9	21	85	10	55	62	0	2	35	1.09
144463--144501	18	2.1	19	85	4	53	64	0	2	33	1.08
146832--146859	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
148169--148199	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
153019--153078	27	2.3	26	97	2	111	46	11	3	38	1.57
153019--153064	15	3.3	15	76	17	62	47	13	2	36	1.54
153030--153079	12	3.9	13	76	19	52	44	10	6	40	1.63
157715--157747	9	3.7	9	95	0	57	3	33	18	45	1.65
157806--157857	27	2.0	26	92	3	86	44	9	3	42	1.55
158842--158873	12	2.4	14	90	10	50	65	0	0	34	0.93
162095--162123	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
165430--165469	3	13.3	3	94	0	71	32	2	0	65	1.06
165781--165807	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
166442--166473	15	2.1	15	94	0	55	50	0	0	50	1.00
168138--168192	29	1.9	29	81	3	67	47	0	1	50	1.11
169944--169980	3	12.3	3	100	0	74	67	0	32	0	0.91
173864--173909	23	2.0	23	100	0	92	34	4	21	39	1.73
178316--178378	31	2.1	30	82	8	76	9	6	6	77	1.11
183150--183193	2	22.0	2	95	0	79	50	2	0	47	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
183930--183982	26	2.0	26	85	7	72	56	0	1	41	1.10
184269--184302	3	11.3	3	93	0	59	32	2	0	64	1.08
184721--184754	3	11.3	3	93	0	59	32	0	2	64	1.08
201394--201439	3	15.3	3	100	0	92	34	0	0	65	0.93
205972--206028	17	3.3	17	79	15	64	26	0	1	71	0.95
206370--206416	21	2.3	21	79	17	62	55	0	8	36	1.31
206370--206419	20	2.5	20	84	12	66	54	0	8	38	1.30
206498--206557	22	2.7	22	80	17	61	55	0	1	43	1.10
206471--206546	22	3.3	22	75	14	64	55	1	1	42	1.16
206472--206555	24	3.5	24	71	15	66	53	1	2	42	1.21
211271--211296	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
214240--214283	15	3.1	14	83	6	54	43	0	0	56	0.99
214252--214301	23	2.2	23	85	7	66	34	0	0	66	0.92
214977--215009	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
216860--216936	36	2.2	36	92	2	129	11	12	18	57	1.65
220006--220087	25	3.2	25	65	27	62	40	4	28	26	1.76
227039--227080	21	2.0	21	86	9	59	40	0	0	59	0.97
230844--230908	13	5.5	11	71	18	51	32	1	0	66	1.01
230847--230904	21	2.7	22	79	10	59	31	1	0	67	1.01
237071--237101	16	1.9	16	93	0	53	67	0	0	32	0.91
240524--240553	6	5.0	6	100	0	60	83	0	0	16	0.65
240591--240637	15	3.2	15	80	20	55	55	0	2	42	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241018--241105	24	3.8	23	75	11	81	55	2	1	40	1.20
241040--241080	20	2.0	20	85	0	55	53	0	0	46	1.00
243792--243834	3	14.3	3	95	0	77	65	0	0	34	0.93
252839--252914	30	2.6	29	81	8	91	28	25	22	23	1.99
255961--255997	2	18.5	2	94	0	65	0	45	0	54	1.00
256703--256758	20	2.8	20	78	5	69	35	0	3	60	1.14
258697--258745	7	7.1	7	79	11	57	38	6	14	40	1.71
258700--258738	13	3.0	13	100	0	78	38	7	15	38	1.76
258866--258930	28	2.5	25	85	7	76	44	0	0	55	0.99
258883--258925	17	2.5	17	88	11	61	44	0	0	55	0.99
266843--266886	21	2.1	21	86	0	61	52	0	0	47	1.00
267024--267068	23	1.9	24	86	4	65	17	0	6	75	1.01
267143--267199	28	2.0	29	83	10	73	24	5	1	68	1.20
267143--267201	29	2.0	29	84	12	77	25	5	1	67	1.20
267237--267266	12	2.5	12	94	0	51	26	0	6	66	1.16
267294--267373	39	2.1	39	83	6	101	38	0	3	57	1.17
270772--270808	14	2.6	14	95	0	65	16	24	8	51	1.71
271293--271421	28	4.5	30	76	14	112	48	0	9	41	1.35
271738--271773	18	2.0	18	88	0	54	55	0	0	44	0.99
271759--271816	26	2.2	25	80	14	64	46	1	0	51	1.11
271857--271904	19	2.6	19	86	3	71	50	0	0	50	1.00
271813--271932	50	2.4	48	84	13	145	49	0	0	50	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
271852--271911	19	2.7	23	73	24	65	51	1	0	46	1.10
278963--279020	29	2.0	29	89	0	89	41	8	25	24	1.83
279892--279924	2	16.5	2	93	0	57	48	3	48	0	1.17
280350--280411	22	2.8	23	76	16	67	48	1	0	50	1.10
285367--285397	16	1.9	16	100	0	62	48	0	0	51	1.00
285703--285728	7	3.7	7	100	0	52	15	0	0	84	0.62
288616--288906	51	6.0	50	78	13	313	40	17	17	25	1.90
288659--288738	39	2.1	39	85	4	108	43	12	20	23	1.85
288616--288787	90	1.9	90	90	2	274	41	15	18	24	1.89
288698--288906	99	2.1	101	86	2	287	40	17	15	25	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13