genome.fa.s114.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold114
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3219552

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2372118--2372144	1	27.0	1	100	0	54	0	0	0	100	0.00
2373596--2373641	21	2.2	21	92	0	74	19	21	26	32	1.97
2385584--2385638	23	2.5	22	88	5	83	43	0	9	47	1.35
2386183--2386250	19	3.4	18	74	22	57	51	0	1	47	1.09
2386195--2386256	19	3.0	20	75	11	63	50	1	3	45	1.27
2386327--2386376	25	2.0	26	88	4	75	54	0	2	44	1.11
2386304--2386397	32	2.9	32	76	16	95	51	1	2	45	1.20
2386313--2386408	33	3.0	31	73	19	81	53	1	3	42	1.23
2387409--2387458	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
2387735--2387788	22	2.4	23	90	3	92	22	1	7	68	1.24
2388320--2388356	17	2.2	17	86	13	51	40	0	5	54	1.24
2390261--2390298	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2391083--2391121	12	3.2	12	82	10	53	0	33	0	66	0.92
2395443--2395491	16	3.2	16	68	26	52	57	8	8	26	1.56
2395443--2395512	29	2.4	29	100	0	140	57	10	7	25	1.57
2400765--2400793	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
2404874--2404904	11	2.8	11	95	0	53	0	25	22	51	1.48
2407310--2407347	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2408231--2408281	2	26.5	2	88	7	79	50	1	0	47	1.12
2408674--2408716	2	21.5	2	90	9	70	48	2	0	48	1.14
2426507--2426539	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2433519--2433565	16	2.9	16	87	9	69	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2433810--2433869	4	15.0	4	85	0	66	40	0	10	50	1.36
2433810--2433873	8	8.2	8	82	6	78	39	0	10	50	1.38
2433813--2433869	12	4.8	12	91	0	96	38	0	10	50	1.37
2434289--2434337	24	2.0	24	88	7	73	61	2	0	36	1.08
2435069--2435113	19	2.4	20	82	14	60	46	2	0	51	1.13
2442214--2442252	2	19.5	2	94	0	69	46	0	2	51	1.14
2448832--2448938	14	7.6	14	63	27	50	41	1	2	54	1.26
2450423--2450476	14	3.9	14	78	9	56	42	0	1	55	1.10
2450454--2450499	20	2.3	20	88	3	67	47	0	0	52	1.00
2450494--2450534	22	1.9	21	85	14	57	60	2	0	36	1.10
2451214--2451243	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
2465805--2465840	15	2.4	15	85	0	54	27	0	0	72	0.85
2467025--2467072	24	2.0	24	88	4	71	66	0	0	33	0.92
2467097--2467168	17	3.9	18	73	15	58	52	0	0	47	1.00
2467740--2467774	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00
2469118--2469154	19	2.0	19	89	5	58	62	0	0	37	0.96
2469288--2469329	17	2.3	19	88	8	61	35	0	2	61	1.09
2469789--2469826	2	19.0	2	100	0	76	0	50	0	50	1.00
2471417--2471514	42	2.4	41	83	5	117	39	1	1	58	1.12
2473475--2473522	20	2.4	21	86	6	64	39	0	2	58	1.10
2473492--2473558	20	3.5	19	74	12	66	43	0	0	56	0.99
2473471--2473581	57	1.9	59	81	7	138	39	1	0	57	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2474070--2474133	11	5.3	13	71	16	57	35	0	1	62	1.05
2474092--2474153	18	3.4	18	76	8	72	30	1	1	66	1.11
2474070--2474153	36	2.3	36	82	10	91	33	1	1	64	1.09
2478578--2478612	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
2481269--2481357	10	8.7	10	69	16	58	39	2	1	57	1.19
2481262--2481453	40	4.7	40	79	8	165	39	1	3	56	1.24
2481262--2481454	20	9.4	21	77	7	146	38	1	3	56	1.24
2481373--2481452	21	3.8	21	81	5	81	38	0	3	57	1.17
2486802--2486854	20	2.7	20	80	11	56	58	0	0	41	0.98
2489279--2489323	23	2.0	22	87	12	65	42	0	4	53	1.21
2489587--2489611	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2496855--2496887	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
2503886--2503914	12	2.5	12	94	5	51	31	3	0	65	1.09
2504118--2504151	18	1.9	17	94	5	59	35	0	11	52	1.38
2512780--2512825	6	7.7	6	95	0	74	36	10	34	17	1.85
2512780--2512825	18	2.6	18	92	0	83	36	10	34	17	1.85
2513197--2513229	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
2516238--2516264	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
2517335--2517367	15	2.2	15	89	10	50	30	0	12	57	1.35
2517710--2517785	37	2.1	37	92	0	125	46	2	3	47	1.35
2517722--2517796	37	2.0	37	84	0	96	45	5	5	44	1.49
2524983--2525011	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2525471--2525508	15	2.4	16	82	8	51	36	0	0	63	0.95
2526253--2526314	26	2.4	25	80	19	67	50	1	0	48	1.10
2527389--2527444	24	2.2	24	84	12	69	41	0	1	57	1.09
2528089--2528134	18	2.6	18	80	16	60	43	0	0	56	0.99
2528399--2528445	22	2.1	23	88	4	69	51	0	0	48	1.00
2534592--2534668	33	2.3	32	82	8	93	55	1	2	40	1.22
2534609--2534732	54	2.3	54	87	2	187	59	0	0	39	1.03
2534640--2534731	32	3.2	32	71	28	114	59	0	0	40	0.97
2534660--2534769	20	5.2	20	69	17	80	60	0	0	38	1.03
2534659--2534702	22	1.9	24	86	9	65	61	0	0	38	0.96
2534948--2534977	16	1.9	15	93	6	51	50	0	0	50	1.00
2537226--2537255	15	2.1	15	93	6	53	36	0	0	63	0.95
2541803--2541834	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2546231--2546256	6	4.3	6	100	0	52	15	15	34	34	1.89
2548423--2548470	9	5.0	9	80	14	60	2	52	0	45	1.12
2548430--2548470	18	2.3	18	95	0	73	2	51	0	46	1.14
2548430--2548515	9	9.6	9	82	5	57	12	46	2	38	1.55
2558372--2558420	2	24.5	2	100	0	98	0	51	0	48	1.00
2558781--2558841	31	1.9	33	90	6	99	57	4	0	37	1.20
2563290--2563328	17	2.3	18	82	13	55	51	0	0	48	1.00
2567819--2567845	1	27.0	1	100	0	54	100	0	0	0	0.00
2567996--2568098	54	1.9	53	86	5	145	43	4	2	48	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2570526--2570934	217	1.9	217	92	1	694	43	13	15	27	1.85
2584449--2585179	365	2.0	365	100	0	1462	43	13	19	23	1.86
2586909--2586981	8	8.0	9	72	21	55	61	0	0	38	0.96
2586917--2586989	20	3.8	19	75	13	69	63	0	0	36	0.95
2586904--2586981	28	2.8	28	81	18	99	60	0	0	39	0.97
2586909--2587004	8	12.4	8	71	20	53	61	1	0	37	1.03
2591569--2591611	18	2.4	18	92	0	68	48	9	9	32	1.67
2593002--2593026	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2593693--2593763	28	2.5	28	81	4	79	52	0	0	47	1.00
2594251--2594332	34	2.3	37	79	10	109	48	1	2	47	1.22
2594577--2594639	22	2.6	24	80	19	78	53	1	0	44	1.10
2595769--2595809	21	2.0	21	90	9	66	53	0	0	46	1.00
2599979--2600009	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2612304--2612344	2	20.5	2	100	0	82	51	0	48	0	1.00
2613575--2613660	25	3.4	26	76	9	70	53	2	3	40	1.31
2613686--2613715	14	2.1	14	93	0	51	53	0	0	46	1.00
2613886--2613940	21	2.7	21	75	13	60	36	0	0	63	0.95
2613999--2614044	19	2.3	20	80	20	53	73	4	0	21	1.00
2614396--2614430	3	11.3	3	93	6	61	37	0	0	62	0.95
2616180--2616216	10	3.5	11	85	7	51	70	0	0	29	0.88
2616179--2616216	11	3.9	10	83	16	53	71	0	0	28	0.87
2619384--2619425	20	2.0	21	86	4	59	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2621125--2621154	14	2.1	14	93	0	51	60	0	0	40	0.97
2621782--2621866	42	2.0	43	81	2	100	49	23	4	22	1.68
2623488--2623512	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2644041--2644069	11	2.5	12	94	5	51	0	20	0	79	0.74
2644400--2644460	31	2.0	32	84	12	83	63	1	1	32	1.13
2645964--2646020	13	3.5	17	75	24	61	59	0	0	40	0.97
2645964--2645999	19	1.9	19	88	5	56	55	0	0	44	0.99
2646231--2646268	18	2.2	17	90	4	58	42	0	0	57	0.98
2646420--2646445	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2646845--2646869	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13