genome.fa.s114.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold114
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3219552

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

This is table  9  of  13  ( 1458 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2125402--2125473	36	2.0	35	86	2	99	52	11	1	34	1.45
2125424--2125470	22	2.1	23	88	4	69	57	8	0	34	1.29
2125466--2125499	17	2.0	17	100	0	68	76	0	0	23	0.79
2125463--2125500	17	2.4	15	84	16	58	71	0	0	28	0.87
2125685--2125730	23	2.0	24	95	4	85	26	19	36	17	1.94
2126030--2126075	23	2.0	22	83	12	56	45	4	2	47	1.34
2127381--2127429	11	4.7	11	72	23	52	44	0	0	55	0.99
2127764--2127799	16	2.3	15	90	4	54	61	2	0	36	1.11
2129414--2129438	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
2130325--2130350	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
2135099--2135133	2	17.5	2	93	0	61	45	2	51	0	1.16
2136709--2136740	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
2138088--2138124	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
2139039--2139074	17	2.2	16	90	5	54	38	0	0	61	0.96
2139377--2139427	2	26.0	2	86	4	50	52	5	1	39	1.37
2139805--2139873	27	2.6	25	75	11	66	40	0	2	56	1.14
2140702--2140734	16	2.1	16	88	11	50	54	3	0	42	1.15
2142080--2142119	2	20.0	2	94	0	71	50	2	0	47	1.14
2142771--2142877	54	2.0	54	100	0	214	31	5	18	43	1.73
2145172--2145203	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
2145697--2145728	3	10.7	3	93	0	55	0	37	0	62	0.95
2147903--2147927	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2148810--2148857	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
2149727--2149768	22	1.9	22	85	9	59	45	0	0	54	0.99
2151670--2151700	6	5.2	6	92	0	53	35	0	0	64	0.94
2152712--2152771	3	20.0	3	89	0	66	56	0	40	3	1.16
2152712--2152770	24	2.5	23	89	8	91	55	0	40	3	1.16
2156872--2157147	141	2.0	141	97	0	525	31	20	22	25	1.98
2159828--2159852	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2161925--2161983	31	1.9	31	92	0	100	18	20	22	38	1.93
2169075--2169113	2	19.5	2	94	0	69	48	0	2	48	1.15
2177077--2177117	20	2.0	21	90	9	66	29	4	4	60	1.38
2183094--2183120	6	4.5	6	100	0	54	29	0	0	70	0.88
2183138--2183170	16	2.1	16	88	11	50	63	0	3	33	1.10
2183986--2184026	20	2.0	20	100	0	82	46	9	9	34	1.70
2188704--2188734	2	15.5	2	93	0	53	48	0	3	48	1.17
2191928--2191962	2	17.5	2	93	0	61	45	0	0	54	0.99
2198144--2198258	34	3.4	34	82	1	142	27	5	20	46	1.72
2201338--2201362	13	1.9	13	100	0	50	80	0	20	0	0.72
2201703--2201731	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
2206064--2206113	2	25.0	2	95	0	91	50	0	2	48	1.12
2214281--2214320	21	1.9	21	90	10	64	15	25	12	47	1.80
2223143--2223217	39	1.9	39	83	0	96	37	6	9	46	1.62
2223960--2224068	54	2.0	54	92	0	182	11	24	22	41	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2227562--2227603	20	2.1	20	95	0	75	40	16	7	35	1.76
2233468--2233494	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2233660--2233697	13	3.1	12	82	17	51	60	2	18	18	1.48
2237036--2237074	2	19.5	2	100	0	78	0	48	0	51	1.00
2238329--2238398	28	2.4	30	76	9	72	51	0	1	47	1.09
2239634--2239667	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2239898--2239961	31	2.1	31	100	0	128	60	0	3	35	1.12
2239908--2239964	12	5.2	12	78	20	70	56	0	5	38	1.22
2240494--2240568	37	2.0	39	85	12	104	45	0	1	53	1.08
2241621--2241659	18	2.2	18	100	0	78	33	0	15	51	1.44
2247912--2247956	24	1.9	23	86	4	63	40	0	0	60	0.97
2247917--2247965	14	3.8	14	76	17	52	38	0	0	61	0.96
2247911--2247961	11	4.3	12	77	20	54	41	0	0	58	0.98
2247947--2247988	22	1.9	22	90	9	68	45	0	0	54	0.99
2247912--2247960	25	2.0	24	84	7	64	38	0	0	61	0.96
2248149--2248205	26	2.2	25	82	17	73	52	3	0	43	1.18
2248165--2248212	12	3.8	12	78	8	51	54	2	0	43	1.12
2248752--2248809	2	29.5	2	80	16	68	48	3	1	46	1.29
2248752--2248815	32	2.0	32	96	0	119	46	4	3	45	1.39
2252331--2252374	2	23.0	2	90	9	74	47	0	0	52	1.00
2252775--2252829	26	2.1	27	86	10	78	34	3	0	61	1.13
2253028--2253139	23	5.2	22	68	19	67	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2253044--2253087	23	1.9	23	95	0	79	56	0	0	43	0.99
2253150--2253185	14	2.5	15	86	9	56	72	0	0	27	0.85
2253153--2253217	23	2.8	23	75	11	69	63	3	0	33	1.10
2255707--2255736	13	2.3	13	100	0	60	33	13	23	30	1.93
2259457--2259542	36	2.5	34	84	7	102	39	2	2	55	1.25
2259797--2259832	19	1.9	18	88	5	54	88	5	5	0	0.61
2261335--2261382	25	1.9	25	91	0	78	56	0	2	41	1.11
2265309--2265333	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2265407--2265460	6	8.5	6	76	11	54	53	3	1	40	1.29
2267601--2267627	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
2267875--2267913	20	2.0	20	89	0	60	41	0	0	58	0.98
2267916--2267952	14	2.7	14	91	4	58	29	0	5	64	1.15
2267889--2267950	4	14.8	4	78	6	52	32	0	4	62	1.16
2268219--2268294	7	10.9	7	76	10	75	35	0	0	64	0.94
2268218--2268294	36	2.1	36	86	9	104	36	0	0	63	0.95
2268223--2268291	11	6.0	11	74	22	54	33	0	0	66	0.92
2268480--2268504	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2268709--2268754	21	2.2	21	84	7	58	50	0	0	50	1.00
2269972--2270005	14	2.5	13	85	4	50	73	0	0	26	0.83
2282114--2282148	13	2.8	13	86	4	54	42	0	0	57	0.99
2288504--2288658	57	2.9	51	78	10	166	29	18	39	12	1.87
2288517--2288640	57	2.2	57	92	0	203	28	18	41	11	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2296251--2296296	21	2.1	22	84	4	58	30	19	30	19	1.97
2298175--2298242	27	2.5	27	87	0	91	26	5	19	48	1.71
2301646--2301686	2	20.5	2	94	0	73	48	0	0	51	1.00
2306107--2306160	23	2.3	25	78	12	60	31	0	7	61	1.24
2307106--2307144	5	7.6	5	82	5	51	58	2	2	35	1.25
2312376--2312409	17	2.0	17	94	0	59	23	8	23	44	1.81
2315349--2315393	13	3.0	16	82	17	53	55	0	0	44	0.99
2315349--2315382	16	2.1	15	89	10	50	52	0	0	47	1.00
2316042--2316079	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2321567--2321608	2	21.0	2	83	9	50	47	2	2	47	1.28
2323849--2323878	2	15.0	2	92	0	51	53	0	0	46	1.00
2324290--2324346	19	3.1	18	82	12	62	47	0	0	52	1.00
2324548--2324590	14	3.1	14	76	3	52	60	0	2	37	1.10
2324548--2324600	28	2.0	27	86	13	76	56	0	1	41	1.10
2325118--2325143	12	2.2	12	100	0	52	42	0	50	7	1.31
2328956--2328999	20	2.2	20	100	0	88	20	13	20	45	1.85
2328982--2329009	14	2.0	14	100	0	56	21	7	21	50	1.72
2329040--2329074	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2335407--2335445	20	1.9	21	85	15	55	51	0	0	48	1.00
2336913--2336963	21	2.4	21	81	12	59	29	3	0	66	1.09
2345542--2345626	42	2.0	42	100	0	170	21	9	45	23	1.80
2345542--2345609	23	3.1	23	64	23	65	22	8	47	22	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2345549--2345619	23	3.3	23	64	20	62	19	7	49	23	1.73
2346991--2347034	6	7.3	6	78	0	52	47	2	4	45	1.35
2346992--2347034	18	2.4	18	96	0	77	46	2	4	46	1.36
2348048--2348073	3	8.7	3	100	0	52	34	30	0	34	1.58
2353099--2353432	168	2.0	167	97	0	632	49	3	3	43	1.37
2358572--2358596	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
2363211--2363237	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2368773--2368804	2	16.0	2	93	0	55	3	46	0	50	1.17
2369206--2369263	27	2.1	28	81	12	68	44	3	0	51	1.18
2369279--2369317	20	2.0	20	89	0	60	64	0	0	35	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13