genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2382857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1935612--1935745	33	4.1	33	94	0	216	36	17	11	34	1.86
1935645--1935743	20	5.7	20	65	30	82	36	17	12	34	1.87
1935745--1935779	10	3.5	10	88	0	52	28	20	28	22	1.98
1936946--1937011	34	1.9	34	82	11	82	39	7	12	40	1.71
1939372--1939417	20	2.3	20	84	0	56	41	13	13	32	1.82
1939403--1939430	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
1939384--1939450	33	2.0	33	91	0	107	35	16	14	32	1.90
1939498--1939557	20	3.0	19	82	7	66	33	21	10	35	1.87
1941836--1941866	16	1.9	16	93	0	53	29	6	16	48	1.70
1942595--1942652	21	2.9	20	82	15	75	37	15	13	32	1.87
1944145--1944230	28	3.1	27	76	14	68	60	4	19	15	1.52
1944308--1944436	50	2.7	49	86	7	174	39	11	14	34	1.83
1944556--1945181	316	2.0	315	88	1	921	39	17	13	29	1.88
1946553--1946760	69	3.0	69	99	0	407	27	11	19	40	1.86
1948158--1948182	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1948135--1948202	33	2.1	32	86	2	91	32	13	17	36	1.89
1948255--1948305	20	2.5	20	90	0	75	35	13	15	35	1.87
1956468--1956539	28	2.6	29	82	6	85	59	9	18	12	1.59
1958010--1958062	19	2.7	20	88	2	72	30	16	18	33	1.94
1958112--1958137	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1958091--1958157	33	2.0	32	86	11	91	32	14	19	32	1.92
1961912--1962381	61	7.8	59	78	9	406	28	31	17	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1961912--1962364	120	3.8	118	80	7	479	29	31	17	22	1.96
1961912--1962381	90	5.2	88	79	8	477	28	31	17	22	1.96
1961912--1962396	29	16.2	32	79	10	417	29	30	17	22	1.97
1962464--1962572	45	2.3	47	84	6	132	23	26	17	32	1.97
1962967--1963033	20	3.3	20	76	0	71	35	13	8	41	1.76
1965261--1965320	24	2.5	24	81	7	70	21	0	23	55	1.44
1965578--1965622	22	2.0	22	82	8	54	28	20	0	51	1.48
1967945--1967970	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
1967958--1968009	20	2.7	20	87	3	70	30	19	19	30	1.96
1968059--1968084	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1973058--1973087	11	2.7	11	100	0	60	23	26	0	50	1.50
1976511--1976541	8	3.8	8	91	8	53	51	22	0	25	1.48
1978325--1979009	49	14.8	49	72	14	325	29	17	26	26	1.98
1978520--1978812	39	6.9	39	69	17	145	26	19	27	26	1.99
1978386--1978689	88	3.4	88	88	1	437	28	18	25	27	1.98
1978565--1978968	131	3.0	131	81	10	470	29	17	26	26	1.98
1978789--1978924	52	2.6	52	88	3	193	34	16	24	25	1.95
1978879--1978960	43	1.9	43	92	0	137	29	20	26	23	1.99
1979100--1979166	33	2.0	33	88	0	98	22	16	31	29	1.96
1979171--1979416	34	7.6	32	69	17	150	32	13	34	19	1.90
1979152--1979338	64	2.9	62	71	14	175	31	12	35	20	1.90
1979263--1979327	30	2.2	30	78	8	71	33	12	35	18	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1979158--1979421	129	2.0	129	97	0	492	31	12	35	20	1.90
1979174--1979421	65	3.8	67	74	11	246	32	13	34	19	1.91
1979173--1979416	33	7.5	34	69	15	119	33	13	34	19	1.90
1979470--1980189	62	11.5	61	80	8	671	32	15	29	23	1.95
1979476--1980193	95	7.6	94	83	6	628	32	15	29	23	1.95
1979476--1980192	30	22.9	29	76	11	405	32	15	29	23	1.95
1979471--1980189	157	4.6	158	81	9	748	32	15	29	23	1.95
1981485--1981524	6	6.8	6	86	13	57	0	0	15	85	0.61
1981485--1981524	11	3.4	12	86	13	57	0	0	15	85	0.61
1981483--1981539	25	2.2	26	84	9	73	3	1	12	82	0.87
1988557--1988582	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1988629--1988654	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1998513--1998553	21	2.0	20	85	4	55	51	14	9	24	1.72
1999470--1999495	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2000133--2000262	61	2.1	62	82	2	156	37	10	26	24	1.88
2000213--2000348	52	2.6	52	83	0	164	31	15	25	27	1.96
2000269--2000647	101	3.8	101	80	4	306	32	15	25	26	1.96
2000317--2000647	52	6.7	51	73	7	229	31	16	25	26	1.96
2000565--2000647	43	1.9	43	92	0	139	32	19	24	24	1.97
2000659--2000880	32	7.0	32	78	12	196	17	18	31	31	1.94
2000670--2000880	64	3.3	64	82	6	250	17	17	32	32	1.93
2000669--2000880	94	2.2	96	86	5	304	17	16	32	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2001067--2001120	28	1.9	28	88	0	81	25	20	27	25	1.99
2002982--2003046	33	2.0	33	87	6	96	35	16	12	35	1.87
2003076--2003126	19	2.6	20	87	3	68	37	17	13	31	1.89
2003764--2003789	13	2.0	13	100	0	52	30	23	7	38	1.83
2004982--2005290	165	1.9	165	88	1	476	28	13	25	32	1.93
2011147--2011201	20	2.8	20	88	5	76	32	14	12	40	1.84
2011164--2011269	50	2.1	48	77	14	117	33	15	14	37	1.87
2013082--2013136	28	1.9	29	88	3	85	36	20	23	20	1.95
2013014--2013215	79	2.6	79	80	1	208	28	16	30	24	1.97
2013229--2013404	52	3.4	52	82	7	230	31	10	26	31	1.90
2013323--2013451	52	2.5	52	86	6	156	33	12	25	28	1.92
2013435--2013509	27	2.7	28	89	2	107	21	20	34	24	1.96
2015917--2015942	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2015982--2016049	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
2016004--2016028	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2015985--2016047	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
2026943--2026995	21	2.6	21	85	5	74	41	11	15	32	1.82
2027049--2027074	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2032428--2032502	15	4.9	15	85	9	91	86	9	1	2	0.72
2032426--2032503	40	1.9	42	87	7	117	87	8	1	2	0.70
2032425--2032496	1	72.0	1	77	0	72	88	8	0	2	0.59
2032428--2032503	14	5.4	14	81	7	91	86	9	1	2	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2033939--2034438	29	17.4	29	87	5	646	29	31	17	21	1.96
2034458--2034595	43	3.1	43	80	11	177	23	23	18	34	1.96
2034458--2034743	52	5.8	49	80	6	226	25	24	16	33	1.95
2034504--2034691	52	3.7	51	85	3	236	24	25	17	32	1.97
2034744--2034777	18	1.9	17	88	5	50	17	32	0	50	1.47
2035357--2035382	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2039822--2039875	20	2.7	20	91	5	83	38	18	11	31	1.86
2041130--2041181	19	2.7	20	87	6	79	28	13	15	42	1.85
2045810--2045840	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2049814--2049852	19	2.1	19	85	9	53	33	7	15	43	1.75
2049905--2049930	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2049885--2049948	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
2050393--2050463	16	4.5	15	75	8	61	5	1	11	81	0.91
2050398--2050456	31	1.9	31	86	10	86	6	1	13	77	1.03
2055831--2055856	13	2.0	13	100	0	52	38	15	7	38	1.76
2056766--2056833	33	2.1	33	91	0	109	44	8	22	25	1.81
2058275--2058325	20	2.5	21	83	6	68	43	11	13	31	1.80
2058288--2058326	20	2.0	20	94	0	69	41	10	17	30	1.83
2058409--2058481	32	2.3	32	92	2	121	24	16	17	41	1.90
2068414--2068571	80	2.0	82	81	9	191	32	13	25	28	1.93
2068820--2069125	32	9.6	32	87	2	377	26	23	23	25	2.00
2069768--2069836	31	2.2	31	84	0	84	33	14	23	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2069805--2069937	37	3.6	36	84	6	151	26	18	23	32	1.97
2070174--2070231	15	3.9	15	73	10	57	32	12	13	41	1.82
2070907--2070931	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2071003--2071055	20	2.7	19	88	11	72	37	11	18	32	1.87
2078072--2078122	22	2.6	20	85	14	63	39	0	37	23	1.55
2078086--2078122	17	2.1	18	90	5	58	37	0	32	29	1.58
2078725--2078777	20	2.7	19	88	11	72	37	13	18	30	1.89
2083517--2083651	51	2.6	51	89	2	200	42	14	15	27	1.86
2085953--2086589	326	1.9	327	86	7	902	34	19	17	29	1.94
2087034--2087059	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12