genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2382857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

This is table  12  of  12  ( 1413 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2227348--2227428	19	4.4	19	77	14	80	55	0	3	40	1.17
2227337--2227384	11	4.6	11	71	23	50	60	0	0	39	0.97
2227617--2227657	21	1.9	22	85	5	57	39	2	2	56	1.26
2228424--2228459	16	2.2	17	90	5	56	41	2	0	55	1.14
2228826--2228878	25	2.1	26	85	3	72	52	0	1	45	1.11
2229159--2229245	26	3.4	25	74	12	77	58	2	0	39	1.11
2229195--2229245	25	2.0	26	88	3	77	58	1	0	39	1.09
2229195--2229260	25	2.6	25	82	2	69	51	1	3	43	1.26
2231161--2231203	2	21.5	2	95	0	77	48	0	48	2	1.14
2231978--2232132	75	2.1	75	84	7	199	40	12	14	33	1.83
2234791--2235017	112	2.0	113	93	2	386	33	11	23	32	1.90
2240612--2240637	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2240592--2240655	33	2.0	32	90	3	101	26	14	20	39	1.90
2240699--2240747	21	2.4	21	86	3	64	28	14	16	40	1.87
2243288--2243354	27	2.5	27	92	0	116	26	14	17	40	1.89
2243503--2243533	8	3.8	8	95	4	53	61	25	0	12	1.32
2246148--2246211	33	2.0	32	87	3	92	39	18	14	28	1.90
2250540--2250565	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2250520--2250583	33	2.0	32	90	3	101	26	14	20	39	1.90
2250625--2250676	21	2.5	21	84	3	70	26	15	17	40	1.89
2250664--2250689	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
2252572--2252611	20	2.0	20	85	0	53	20	10	5	65	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2252621--2253195	154	3.8	152	79	7	554	33	7	8	50	1.62
2255327--2255613	154	1.9	156	80	4	348	26	16	21	36	1.94
2257115--2257168	20	2.7	20	97	0	99	44	12	14	27	1.82
2258901--2259789	443	2.0	443	92	0	1476	26	15	29	28	1.96
2266348--2266403	19	2.9	19	83	2	67	35	12	19	32	1.89
2270311--2270392	28	2.9	28	83	7	96	26	17	31	24	1.97
2270375--2270920	51	10.4	51	70	11	311	30	11	26	31	1.91
2270527--2270601	27	2.8	26	84	8	80	21	20	33	25	1.97
2270316--2270920	212	2.9	212	91	2	961	30	12	27	30	1.92
2270301--2270865	109	5.3	108	70	12	416	29	12	27	30	1.92
2273264--2273290	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2274091--2274692	55	10.4	56	84	8	662	24	19	29	26	1.99
2274091--2274660	115	5.0	116	88	5	749	23	20	29	26	1.99
2287897--2288062	52	3.2	51	83	2	215	32	9	26	31	1.87
2289354--2289381	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
2289335--2289401	33	2.0	33	91	0	107	44	14	14	25	1.84
2289492--2289569	21	3.7	21	81	5	95	35	14	12	37	1.84
2290249--2290850	55	10.4	56	84	8	680	23	19	29	26	1.98
2290249--2290818	115	5.0	116	89	5	758	23	19	29	26	1.98
2304197--2304745	52	10.4	52	67	14	257	30	11	26	30	1.92
2304138--2304685	107	5.1	107	70	12	365	29	11	28	30	1.92
2304138--2304745	214	2.9	211	92	3	965	29	12	27	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2307111--2307138	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
2307092--2307158	33	2.0	33	91	0	107	44	14	14	25	1.84
2307178--2307314	19	7.9	18	78	20	159	37	14	11	35	1.83
2307200--2307256	13	3.9	13	76	24	60	33	15	14	36	1.88
2307181--2307312	32	4.0	32	91	6	201	37	15	12	35	1.84
2308058--2308108	20	2.5	20	93	0	84	39	19	11	29	1.87
2308178--2308202	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
2309050--2309078	11	2.7	11	94	5	51	72	6	20	0	1.07
2309142--2309334	65	3.0	65	83	7	257	36	17	19	26	1.94
2309221--2309815	128	4.8	117	75	14	460	34	17	23	24	1.96
2309342--2309815	66	7.3	66	85	6	567	33	17	23	25	1.96
2309342--2309841	194	2.6	191	84	5	605	33	17	24	25	1.96
2309342--2309853	128	4.0	126	83	6	616	33	16	24	25	1.96
2311895--2312004	42	2.6	42	89	0	175	40	2	46	10	1.53
2323822--2323916	41	2.3	41	82	8	113	30	17	11	40	1.86
2323846--2323916	20	3.5	20	94	5	117	30	19	9	39	1.84
2324902--2324929	13	2.2	13	100	0	56	32	14	14	39	1.86
2324883--2324947	32	2.0	33	90	3	105	36	10	12	40	1.78
2331720--2331775	20	2.8	20	83	0	67	37	14	16	32	1.88
2331764--2331788	13	1.9	13	100	0	50	24	16	16	44	1.86
2331778--2331830	20	2.6	21	84	3	72	39	15	16	28	1.89
2331882--2331907	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2331862--2331929	33	2.1	32	91	2	109	33	16	16	33	1.91
2338237--2338277	22	2.0	20	86	13	57	31	21	4	41	1.74
2341240--2341265	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2341972--2342015	21	2.1	21	83	8	54	27	31	2	38	1.69
2343818--2343856	13	3.0	13	100	0	78	38	15	15	30	1.88
2345919--2345949	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2347753--2347797	21	2.1	21	88	8	65	22	17	4	55	1.60
2350455--2350508	20	2.8	20	85	2	65	38	14	12	33	1.85
2354432--2354470	20	2.0	20	90	10	62	0	17	2	79	0.84
2354433--2354482	20	2.5	20	83	6	57	0	20	2	78	0.86
2354824--2355221	165	2.4	163	78	7	365	50	7	9	31	1.63
2356495--2356882	86	4.5	84	78	8	329	43	15	24	17	1.87
2356546--2356882	172	1.9	175	84	5	452	43	16	24	16	1.87
2356874--2357608	85	8.7	85	77	4	626	34	14	30	20	1.92
2356885--2357616	255	2.9	252	78	4	700	34	14	31	20	1.92
2357689--2358331	47	14.2	47	71	10	327	41	17	20	20	1.91
2358174--2358241	35	1.9	36	84	3	93	42	13	22	22	1.87
2357758--2358503	272	2.8	268	83	5	872	42	17	19	21	1.89
2358357--2358467	47	2.3	47	84	7	161	43	15	18	22	1.88
2357808--2358503	130	5.3	130	80	8	701	42	16	18	21	1.89
2364350--2364413	33	2.0	32	87	9	94	31	10	17	40	1.84
2364485--2364509	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2366993--2367030	13	2.9	13	92	0	58	34	15	15	34	1.90
2370175--2371628	724	2.0	724	98	0	2829	28	18	13	38	1.89
2373881--2373948	33	2.1	32	86	8	93	33	16	13	36	1.87
2376031--2376173	51	2.8	51	91	0	223	27	20	11	39	1.88
2377128--2377177	20	2.5	20	87	6	66	40	18	14	28	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12

The End!