genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2382857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1287--1366	28	2.9	28	77	1	90	32	25	17	25	1.97
1344--1878	30	17.4	31	78	8	524	23	28	15	32	1.95
1344--1878	62	8.7	61	77	10	466	23	28	15	32	1.95
1372--1878	92	5.5	93	80	9	538	23	28	15	32	1.95
1860--1902	22	1.9	23	90	4	70	23	25	11	39	1.88
1930--2103	33	5.7	27	74	16	78	22	31	12	33	1.91
1951--2141	33	5.9	33	79	8	196	21	30	10	36	1.88
1951--2083	67	2.0	67	82	1	160	21	30	10	37	1.87
2018--2138	60	2.0	60	86	0	170	24	32	10	32	1.90
2306--2406	39	2.6	39	88	0	148	32	26	17	22	1.97
2534--3023	39	11.5	39	67	19	232	27	27	18	26	1.98
2534--3073	87	6.3	87	86	2	768	26	27	19	26	1.99
2990--3366	49	7.6	49	78	5	382	24	27	16	31	1.97
2986--3366	150	2.6	148	83	5	448	24	27	17	31	1.97
4094--4119	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
4144--4198	20	2.8	20	88	5	76	32	14	12	40	1.84
7802--8218	166	2.5	165	78	4	428	28	11	9	50	1.69
9235--9528	157	1.9	157	86	1	419	29	12	21	36	1.91
10317--10670	155	2.3	153	80	8	376	24	15	21	38	1.92
21553--21652	20	5.3	19	77	13	82	46	9	25	20	1.79
21543--21652	37	3.0	37	95	0	202	44	8	26	20	1.79
21528--21650	37	3.5	32	87	6	104	46	6	26	21	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27778--27870	17	5.7	16	76	12	75	77	1	11	9	1.05
27777--27823	17	2.8	17	100	0	94	82	0	10	6	0.82
27813--27842	16	1.9	16	93	6	53	66	0	13	20	1.24
30047--31721	126	13.3	125	72	9	883	19	28	17	34	1.94
30504--31579	84	12.8	83	79	5	934	19	28	17	34	1.95
30035--31835	42	42.8	43	69	8	670	19	28	17	34	1.94
31548--31792	85	2.9	86	82	5	275	19	27	17	35	1.94
31908--32005	43	2.3	43	81	6	103	25	31	12	30	1.92
32197--32348	42	3.5	44	78	4	139	15	34	13	36	1.88
32186--32460	44	6.4	44	74	7	206	14	30	14	39	1.87
32235--32496	86	3.0	86	82	8	318	15	30	14	39	1.88
33058--33103	16	2.8	17	80	6	58	78	4	0	17	0.91
33050--33104	26	2.2	25	83	3	65	76	5	0	18	0.97
33166--33230	20	3.4	20	81	12	91	46	9	26	18	1.79
33157--33230	37	2.0	37	97	0	139	44	8	27	20	1.79
35596--35621	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
35574--35641	33	2.1	32	91	2	109	32	13	19	35	1.90
36295--36339	22	2.0	22	83	8	56	31	26	4	37	1.76
38009--38049	22	2.0	21	86	13	59	41	4	21	31	1.74
38348--38373	8	3.2	8	100	0	52	61	23	0	15	1.33
44282--44337	20	2.8	20	89	2	78	30	10	17	41	1.84
47622--47672	20	2.6	20	90	3	77	29	13	17	39	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47727--47776	20	2.5	20	86	0	64	38	16	16	30	1.90
48353--48441	35	2.5	34	83	7	99	26	31	1	40	1.64
50233--50271	13	3.0	13	88	0	60	38	15	15	30	1.88
56456--56480	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
56433--56500	33	2.1	33	91	2	111	33	14	16	35	1.89
56554--56603	20	2.5	20	90	0	73	36	16	18	30	1.92
63118--63178	6	10.0	6	79	12	54	24	1	3	70	1.11
69519--69972	154	2.9	155	79	4	452	40	19	15	24	1.90
70079--70421	165	2.1	164	85	3	458	39	14	12	32	1.84
71625--71678	27	2.0	27	82	7	65	66	0	3	29	1.09
71641--71681	12	3.2	12	83	16	55	60	0	0	39	0.96
72915--72939	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
74142--74195	20	2.7	20	85	5	74	38	18	11	31	1.86
74224--74281	19	3.0	20	85	7	84	34	17	15	32	1.91
74265--74289	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
74246--74310	32	2.0	32	85	8	87	40	15	13	30	1.86
82932--82982	20	2.5	20	87	6	68	35	15	13	35	1.87
85472--85519	13	3.7	13	91	0	78	37	16	12	33	1.86
91806--92143	167	2.0	163	81	9	382	50	8	10	30	1.66
93687--93740	25	2.2	25	96	0	99	38	9	22	29	1.85
95561--95617	28	2.0	28	96	0	105	45	10	14	29	1.78
98923--99111	103	1.8	105	82	4	249	30	14	12	42	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107663--107689	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
111220--111309	13	6.0	13	71	26	63	33	17	14	34	1.90
111234--111328	19	5.6	19	72	27	106	34	18	12	33	1.89
111221--111328	32	3.4	32	98	0	207	34	18	13	33	1.90
113337--113363	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
117168--117236	20	3.8	20	75	25	89	34	14	11	39	1.82
117190--117250	13	5.2	13	75	22	71	31	14	14	39	1.87
117170--117268	33	3.0	33	94	2	164	31	15	13	40	1.85
121060--121188	52	2.5	52	92	0	213	31	17	16	35	1.92
121197--121221	13	1.9	13	100	0	50	44	16	8	32	1.76
121262--121328	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
121284--121308	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
122206--122273	33	2.1	32	88	2	100	33	14	17	33	1.91
122311--122366	21	2.7	21	83	8	71	32	17	14	35	1.90
122354--122378	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
124841--124877	13	2.8	13	91	0	56	40	18	10	29	1.85
131023--131090	33	2.1	33	91	2	111	33	13	19	33	1.90
131128--131183	21	2.7	21	86	2	78	32	16	14	37	1.88
131171--131195	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
141882--141955	20	3.7	20	98	0	139	45	14	13	25	1.82
141882--141964	40	2.0	41	93	2	141	44	14	13	27	1.82
142909--143651	49	15.9	49	72	13	564	30	18	25	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
143204--143441	39	5.6	39	71	17	161	27	20	25	26	1.99
143155--143496	88	3.9	88	89	2	492	28	20	25	25	1.99
143156--143500	175	2.0	175	91	0	564	28	20	25	25	1.99
143513--143654	43	3.2	43	73	11	149	31	19	25	23	1.98
143463--143654	92	2.1	92	87	3	269	32	17	26	23	1.97
143331--143651	143	2.3	136	82	5	383	30	19	24	25	1.98
143660--143736	34	2.3	34	82	4	95	40	11	29	18	1.86
143712--144128	33	13.3	31	77	12	205	34	14	28	22	1.93
143771--144118	33	10.9	33	82	8	300	33	14	28	22	1.94
143743--144058	65	5.0	66	79	7	309	35	13	28	22	1.93
143742--144058	129	2.5	126	85	5	413	35	13	28	22	1.93
145363--145405	14	2.9	14	83	12	59	0	2	16	81	0.79
145355--145405	22	2.4	22	87	12	72	0	1	15	82	0.76
147321--148039	365	2.0	365	98	0	1393	21	21	25	31	1.98
152089--152115	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
158383--158413	15	2.1	14	94	5	53	90	9	0	0	0.46
159449--159533	37	2.3	37	95	0	152	27	16	15	41	1.88
159895--160277	28	13.5	29	84	6	439	32	27	17	22	1.96
159895--160277	85	4.5	86	85	5	485	32	27	17	22	1.96
159892--160277	113	3.4	114	86	4	521	32	28	17	22	1.96
160294--160572	43	6.0	45	75	10	260	24	26	18	30	1.98
160293--160865	49	11.8	49	73	10	394	24	24	18	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160293--160621	97	3.5	93	84	5	419	24	26	18	30	1.98
160388--160655	144	1.9	143	84	3	362	24	24	17	33	1.97
160355--160766	97	4.2	100	77	8	262	24	23	19	33	1.97
161695--161720	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
162712--163115	201	2.0	202	95	0	729	42	10	18	27	1.84
164200--164256	20	2.8	20	91	2	96	24	19	14	42	1.88
165153--165343	52	3.7	51	76	9	152	35	13	21	29	1.92
165182--165425	103	2.4	104	79	4	253	36	14	21	26	1.92
165847--165895	20	2.5	20	86	3	64	36	22	12	28	1.90
165958--166025	33	2.1	33	89	8	104	36	14	14	33	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12