genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2382857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2087014--2087077	33	2.0	32	87	9	94	29	15	17	37	1.91
2087993--2088017	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2086646--2088329	878	1.9	856	84	8	2223	32	15	15	36	1.89
2088574--2088618	22	2.0	22	83	8	56	33	28	0	37	1.58
2090711--2090736	8	3.2	8	100	0	52	61	23	0	15	1.33
2097031--2097056	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2097011--2097074	33	2.0	32	84	3	83	29	10	20	39	1.87
2100075--2100147	20	3.8	21	75	18	77	57	21	19	1	1.48
2100071--2100172	37	2.7	37	87	4	150	53	20	21	3	1.61
2100096--2100157	17	3.5	16	74	21	61	59	20	16	3	1.50
2102041--2102090	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
2105865--2105910	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
2108278--2108314	19	2.0	18	94	5	65	43	16	13	27	1.85
2108302--2108327	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2108283--2108348	32	2.0	32	88	5	96	43	15	13	27	1.84
2110136--2110188	19	2.7	20	85	8	72	43	15	13	28	1.84
2116345--2116383	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
2118852--2118906	20	2.8	19	86	5	65	41	14	14	29	1.85
2118977--2119002	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2123689--2123747	20	2.9	19	72	16	55	35	8	13	42	1.75
2123784--2123838	19	2.8	20	78	8	67	36	14	9	40	1.78
2125130--2125155	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2125110--2125173	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
2125797--2125877	39	2.0	40	83	6	103	33	27	6	33	1.82
2125879--2125932	27	2.0	27	100	0	108	37	25	0	37	1.57
2127747--2127785	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
2127771--2127850	20	3.8	20	76	15	79	42	13	13	30	1.83
2133955--2133980	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2133935--2133997	32	1.9	33	87	3	92	30	14	17	38	1.89
2134630--2135381	152	4.9	152	79	1	743	25	16	19	38	1.92
2138730--2138772	18	2.4	18	96	0	77	46	6	37	9	1.63
2139519--2139727	112	1.9	112	81	5	260	32	15	14	36	1.89
2140175--2140200	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2140157--2140193	19	2.1	18	90	10	58	32	16	16	35	1.91
2142372--2142423	21	2.4	21	78	9	61	63	3	9	23	1.41
2146326--2146363	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
2149950--2150340	87	4.5	86	76	7	315	24	17	13	44	1.84
2149942--2150316	175	2.1	175	81	3	434	25	17	13	44	1.85
2150533--2150720	89	2.1	89	83	4	236	28	25	14	30	1.95
2150522--2150720	90	2.2	90	82	4	260	29	24	15	30	1.96
2154666--2154814	52	2.9	51	88	4	226	31	17	18	32	1.94
2154890--2154914	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2154868--2154934	33	2.0	33	85	0	89	41	14	10	32	1.80
2157174--2157240	30	2.2	30	91	0	107	31	13	40	14	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2157520--2157593	22	3.5	22	74	7	89	37	12	10	39	1.78
2157516--2157613	42	2.3	42	96	0	187	39	11	9	39	1.73
2157542--2157616	20	3.7	20	75	7	87	37	10	8	44	1.69
2158455--2159736	93	13.9	93	75	8	886	22	21	15	41	1.90
2158489--2159377	325	2.7	325	80	7	982	22	21	14	40	1.90
2158455--2159454	465	2.1	462	81	5	1145	22	21	14	41	1.90
2158461--2159461	372	2.7	370	77	6	986	22	21	14	41	1.89
2158548--2159760	140	8.8	139	75	9	716	21	21	15	40	1.90
2158461--2159760	47	28.2	46	76	7	678	22	21	15	41	1.90
2159514--2159761	93	2.7	94	79	5	288	20	22	17	39	1.92
2159780--2160747	44	21.6	44	73	9	458	18	20	17	43	1.88
2159866--2160296	175	2.5	176	78	4	415	18	20	18	41	1.90
2160560--2160769	88	2.4	87	84	5	228	19	24	14	41	1.88
2161801--2161847	9	5.0	9	80	16	51	34	0	0	65	0.93
2162088--2162168	27	3.0	27	71	7	92	61	8	23	6	1.47
2162268--2162326	20	3.1	20	65	22	54	54	16	22	6	1.66
2163877--2164770	153	5.9	152	82	3	999	22	15	20	40	1.91
2163876--2164766	305	2.9	306	83	5	1104	23	15	20	40	1.91
2166022--2166066	23	2.0	24	82	8	58	40	22	8	28	1.84
2166546--2166600	19	2.8	20	83	5	76	38	12	14	34	1.84
2167290--2167429	44	3.2	43	66	11	122	29	21	6	42	1.77
2173747--2173784	3	12.7	3	94	0	67	28	34	0	36	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2175442--2175495	19	2.8	19	82	2	63	38	11	14	35	1.82
2176148--2176517	190	1.9	191	98	0	724	25	19	22	31	1.98
2178201--2178231	13	2.4	13	100	0	62	32	16	12	38	1.86
2178821--2178887	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
2179347--2179371	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2179324--2179391	33	2.1	33	89	8	104	32	14	16	36	1.89
2181026--2181064	9	4.3	9	93	0	60	41	0	33	25	1.56
2181028--2181062	3	11.7	3	93	0	61	37	0	34	28	1.58
2183155--2183643	79	6.2	79	81	3	493	32	13	25	28	1.94
2185953--2186063	51	2.2	50	85	7	145	42	13	18	26	1.87
2186049--2186076	14	2.0	14	100	0	56	35	21	14	28	1.92
2186688--2187553	44	20.3	43	74	9	612	41	13	25	19	1.87
2186705--2187553	130	6.6	126	74	9	573	41	13	25	19	1.88
2186683--2187554	298	2.9	296	84	3	1126	41	13	26	19	1.87
2187178--2187547	169	2.2	170	83	4	458	40	13	25	20	1.89
2187565--2187792	62	3.7	62	89	1	341	28	18	27	25	1.98
2188091--2188115	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2188179--2188203	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2188212--2188340	52	2.5	52	96	0	231	34	18	17	29	1.94
2191254--2191392	61	2.3	62	91	1	217	35	14	23	26	1.93
2197100--2197586	79	6.2	78	77	10	350	35	12	24	28	1.91
2197119--2197585	157	3.0	157	80	6	469	34	12	24	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2202605--2202630	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2202810--2202950	32	4.4	32	84	3	135	34	30	14	21	1.93
2202811--2203081	65	4.3	65	78	5	266	32	29	16	21	1.95
2202811--2203039	32	7.2	29	76	9	127	32	30	15	21	1.94
2202833--2203073	125	1.9	125	81	0	284	32	29	15	22	1.95
2203149--2203513	53	7.0	52	80	4	351	25	23	13	37	1.92
2204208--2204268	20	3.0	21	81	13	83	37	14	19	27	1.91
2204323--2204394	31	2.3	31	92	0	126	26	15	19	38	1.91
2204685--2204725	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
2204765--2204835	20	3.6	19	77	7	70	40	16	12	29	1.86
2204805--2204941	53	2.6	53	94	1	229	38	18	16	26	1.92
2204905--2204941	19	2.0	19	94	5	67	45	16	10	27	1.80
2204965--2205005	10	4.1	10	93	0	73	21	29	7	41	1.80
2204993--2205048	21	2.6	22	94	5	105	26	25	10	37	1.88
2208191--2208241	27	1.9	26	84	4	66	21	29	17	31	1.96
2210302--2210374	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
2210320--2210395	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
2210302--2210395	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
2210434--2210459	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2212671--2212715	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
2214518--2214548	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2217782--2217807	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2217764--2217827	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
2222040--2222253	105	2.0	105	100	0	428	43	2	27	26	1.68
2222851--2222876	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2222833--2222896	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
2223992--2224064	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
2224010--2224085	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
2223992--2224085	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
2224124--2224149	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2225441--2225486	22	2.1	22	95	0	83	26	23	15	34	1.94
2226820--2226860	21	2.0	21	95	0	73	24	14	12	48	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12