genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2382857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168708--168774	35	1.9	35	81	0	80	16	4	4	74	1.14
172601--172719	51	2.3	52	85	1	150	44	12	11	31	1.78
173543--173807	52	5.1	52	79	0	269	36	14	23	25	1.93
173526--173807	104	2.7	104	80	0	339	36	14	23	25	1.93
173877--174069	33	6.0	33	83	6	234	25	15	26	32	1.96
173881--174069	98	1.9	96	90	2	297	25	14	26	32	1.94
173882--174121	98	2.5	96	83	6	294	25	14	27	32	1.95
173875--174667	28	26.9	28	76	9	529	27	16	27	29	1.97
174654--174746	30	3.1	30	84	4	118	30	10	31	27	1.91
175571--175622	26	2.0	26	88	7	79	32	5	25	36	1.80
176194--176265	20	3.6	20	87	7	110	31	12	15	40	1.84
183082--183107	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
183850--183899	20	2.5	20	86	3	73	46	18	4	32	1.67
185669--185707	13	3.0	13	88	0	60	35	17	17	28	1.94
187787--187817	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
189515--189573	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
189844--189869	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
192434--192458	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
194540--194570	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
198307--198365	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
198646--198671	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
198626--198689	32	2.0	33	87	3	94	29	12	15	42	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
198719--198773	20	2.7	21	85	2	76	30	18	12	38	1.88
201829--201854	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
204250--204291	20	2.0	21	90	4	68	9	28	42	19	1.82
210909--210934	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
210887--210954	33	2.1	32	91	8	111	32	16	16	35	1.91
211035--211092	13	4.9	13	72	23	56	36	15	15	32	1.89
211035--211113	33	2.4	33	100	0	158	36	15	15	32	1.88
211048--211112	20	3.6	20	73	26	81	35	15	15	33	1.89
211567--211630	33	2.0	32	87	9	94	29	14	17	39	1.88
214190--214226	13	2.8	13	91	0	56	40	18	10	29	1.85
224945--225114	29	5.6	30	73	8	119	24	32	13	29	1.93
225065--225132	30	2.3	30	84	0	82	26	33	13	26	1.93
225173--225681	61	8.1	60	70	19	240	20	30	12	36	1.90
225188--225424	128	1.8	129	83	5	318	20	29	12	37	1.89
225343--225484	27	5.0	27	72	11	86	21	32	14	31	1.93
225451--225523	34	2.2	33	90	4	112	17	30	10	41	1.84
225349--225518	88	1.9	88	84	0	223	20	31	14	34	1.92
225237--225677	35	13.8	32	72	15	199	20	30	12	36	1.90
228892--228949	13	4.0	13	74	23	53	32	17	15	34	1.91
229687--230204	49	10.7	49	77	8	481	33	18	24	23	1.96
229668--230204	149	3.7	145	80	7	565	34	17	24	23	1.96
229934--230163	43	5.1	43	75	13	183	34	18	23	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
229742--230204	92	4.9	92	81	7	507	34	17	24	23	1.96
230280--230527	34	7.6	32	80	13	272	33	12	33	20	1.90
230280--230700	80	6.0	68	82	10	376	35	12	32	19	1.90
230444--230502	27	2.2	28	87	9	95	32	13	33	20	1.91
230626--230692	33	2.0	33	91	0	107	34	14	31	19	1.92
230700--230942	33	7.6	33	80	6	200	32	14	28	24	1.94
230645--230953	30	9.8	30	77	9	228	33	13	29	22	1.93
231308--231518	60	3.6	60	75	11	195	21	33	12	32	1.91
231372--231574	87	2.3	88	85	2	257	21	33	12	32	1.91
231308--231538	114	2.0	115	87	0	329	22	33	12	30	1.92
231347--231538	27	6.9	27	80	9	206	22	32	13	31	1.93
231515--231647	34	3.9	33	73	11	99	21	31	11	36	1.88
231617--231673	27	2.2	26	83	3	69	22	33	10	33	1.88
231677--231765	32	2.8	31	84	3	124	30	30	19	20	1.97
232118--232223	52	2.0	56	81	7	130	25	26	14	33	1.94
231985--232223	111	2.1	111	81	4	284	25	26	12	35	1.92
232021--232234	113	1.9	111	83	5	279	27	26	12	34	1.92
232156--232282	61	2.1	61	86	5	177	25	23	13	37	1.91
232065--232272	113	1.8	113	82	4	267	26	25	13	34	1.93
234933--234970	20	1.9	20	100	0	76	52	15	10	21	1.72
235194--235429	97	2.4	97	89	0	346	27	26	14	30	1.95
238096--238127	16	2.0	16	100	0	64	18	12	31	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241079--241119	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
241159--241229	20	3.6	19	77	7	70	39	16	14	29	1.88
241199--241335	53	2.6	53	94	1	229	37	18	17	27	1.93
244592--244632	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
244672--244742	20	3.6	19	77	7	70	39	16	14	29	1.88
244712--244848	53	2.6	53	94	1	229	37	18	17	27	1.93
244872--244901	14	2.1	14	93	0	51	23	23	10	43	1.83
244930--244968	13	3.0	13	88	0	60	30	12	17	38	1.88
246244--246383	52	2.7	52	84	5	169	39	14	16	30	1.88
248000--248676	156	4.4	155	80	6	622	39	19	16	24	1.92
248370--248398	12	2.5	12	94	5	51	58	6	20	13	1.58
248818--249573	341	2.2	340	89	4	1152	42	10	11	35	1.75
248792--249573	171	4.6	171	87	4	1095	42	11	11	34	1.77
250921--251030	55	2.0	55	100	0	220	5	16	29	49	1.68
251057--251097	14	3.0	14	89	3	57	2	12	31	53	1.51
251150--251203	20	2.7	20	78	16	67	7	20	29	42	1.79
251762--251791	13	2.4	12	89	10	51	0	10	0	90	0.47
253327--253356	15	2.0	15	100	0	60	40	0	20	40	1.52
255395--255448	19	2.8	18	77	20	63	38	11	18	31	1.86
255436--255461	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
259824--260001	68	2.8	61	80	13	169	37	12	24	25	1.91
259840--259997	68	2.5	61	82	13	217	36	12	24	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
259863--259999	68	2.0	68	94	0	238	35	12	24	27	1.91
262122--262732	79	7.8	78	77	8	522	35	11	23	29	1.90
265194--265260	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
265214--265238	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
266538--266675	51	2.7	51	88	4	190	44	12	13	29	1.79
266732--266785	20	2.6	21	91	2	83	35	18	7	38	1.79
274393--274862	233	2.0	232	97	0	888	39	16	17	26	1.91
274805--274841	18	2.2	18	85	9	51	72	0	10	16	1.10
276789--276814	9	2.9	9	100	0	52	23	0	23	53	1.46
276747--277005	125	2.1	125	97	0	484	24	14	20	40	1.89
280755--280818	32	2.0	33	87	3	94	28	17	14	40	1.88
282503--282533	12	2.6	12	94	0	53	41	0	32	25	1.56
290091--290129	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
290251--290297	21	2.3	20	82	10	60	34	19	4	42	1.70
292708--292733	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
298876--298945	20	3.5	20	82	7	88	34	11	12	41	1.79
299884--300043	80	2.0	80	96	0	293	29	17	13	40	1.87
301678--301703	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
303922--303966	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
305771--305801	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
307882--307917	13	2.8	13	100	0	72	33	16	13	36	1.89
310447--310472	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
310429--310500	28	2.4	31	86	9	96	40	15	15	29	1.88
312499--312524	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
312481--312545	32	2.0	32	84	6	85	44	15	12	27	1.82
315647--315843	80	2.5	80	81	3	218	16	17	39	26	1.90
319000--319064	27	2.4	27	100	0	130	26	41	12	20	1.87
322958--323034	20	3.8	20	79	6	75	31	14	14	40	1.85
323018--323134	31	3.5	31	69	22	92	27	18	14	39	1.90
322982--323133	71	2.1	71	95	0	268	28	18	14	38	1.90
326346--326398	19	2.7	19	76	2	52	33	20	16	28	1.95
326386--326412	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12