genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2382857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

This is table  4  of  12  ( 1413 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
485730--485774	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
487579--487609	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
489687--489712	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
489833--489878	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
492256--492281	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
493778--493852	29	2.6	28	81	4	87	25	25	18	30	1.98
493703--493927	108	2.1	106	82	5	267	26	24	14	33	1.94
493808--494420	157	3.9	158	78	6	607	27	23	13	35	1.92
493808--494399	79	7.5	80	78	6	491	27	23	13	35	1.93
496276--496306	12	2.7	12	95	5	55	38	25	9	25	1.86
501294--501349	21	2.6	22	75	13	64	55	7	14	23	1.63
505256--505290	13	2.7	13	95	0	61	37	17	14	31	1.89
505411--505456	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
511724--512210	49	10.0	49	80	8	521	31	17	26	24	1.97
511720--512210	92	5.0	101	89	4	694	31	17	26	24	1.97
514564--514617	20	2.7	20	97	0	99	37	18	11	33	1.86
515117--515169	22	2.5	22	96	3	99	26	32	0	41	1.56
516788--516891	51	2.0	51	96	0	190	47	15	16	21	1.83
517946--518013	20	3.4	21	85	4	79	35	14	7	42	1.74
518918--518958	21	2.0	21	90	4	66	19	12	17	51	1.76
523798--524143	172	2.0	172	97	0	647	31	18	15	34	1.93
526870--526925	20	2.8	20	94	0	94	28	12	12	46	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
526919--526976	20	3.0	20	84	2	73	37	13	13	34	1.85
527005--527057	20	2.7	20	88	5	72	33	13	18	33	1.90
529436--529481	4	11.5	4	83	0	56	56	0	19	23	1.42
530276--530345	2	35.0	2	94	0	122	47	1	0	51	1.09
531487--531534	2	23.5	2	87	12	71	50	4	0	45	1.21
532043--532084	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
532181--532230	2	25.5	2	91	4	84	48	2	0	50	1.12
722453--722479	10	2.7	10	100	0	54	77	22	0	0	0.76
726613--726736	52	2.4	51	94	1	212	28	17	18	35	1.94
726613--726756	52	2.8	51	88	5	202	29	17	18	34	1.94
726745--726769	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
726810--726876	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
726832--726856	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
736969--737032	9	6.9	9	78	10	67	82	10	4	1	0.88
736970--737044	8	8.9	8	70	21	55	82	10	4	2	0.90
736997--737044	11	4.5	11	82	7	55	85	10	2	2	0.77
738265--738866	28	20.9	28	80	5	603	29	30	16	23	1.96
738265--738869	85	7.0	84	81	6	631	29	30	16	23	1.96
738934--739057	49	2.7	46	81	7	133	20	25	19	34	1.96
739769--739844	20	3.8	20	96	0	134	35	15	6	42	1.73
739803--739943	51	2.8	51	77	15	166	28	14	9	48	1.74
744304--744542	127	1.9	130	86	4	351	41	10	10	36	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
744307--744550	128	1.9	129	83	5	296	42	10	11	36	1.75
745468--745501	11	2.9	12	82	8	52	11	17	0	70	1.16
745882--746555	166	4.1	166	77	7	516	49	9	12	28	1.72
745974--746555	166	3.5	168	80	6	601	49	8	12	29	1.71
753209--753283	20	3.8	20	87	0	114	32	14	13	40	1.85
756277--756337	19	3.1	20	79	9	72	40	13	16	29	1.86
768495--768734	97	2.5	97	92	0	390	28	13	30	28	1.94
771606--772783	28	40.8	28	79	8	989	24	17	28	30	1.97
772558--772667	31	3.5	31	85	4	143	20	17	30	31	1.96
772746--773459	27	26.1	27	83	4	815	29	14	32	23	1.94
772746--773459	55	13.1	54	83	4	826	29	14	32	23	1.94
779541--779752	97	2.2	97	92	1	345	28	12	30	29	1.93
779582--779790	97	2.2	97	85	3	260	33	11	26	28	1.90
780173--780246	19	3.7	20	83	8	89	27	16	20	36	1.93
780291--780321	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
780376--780413	20	2.0	20	94	5	69	36	10	15	36	1.82
782537--782583	20	2.3	20	85	0	58	2	23	0	74	0.93
788770--788922	65	2.3	65	77	5	157	16	23	15	45	1.85
788928--789059	66	2.0	66	82	2	158	16	25	15	41	1.88
790131--790164	17	1.9	18	88	5	52	20	2	5	70	1.21
792828--792870	22	2.0	22	95	0	77	60	0	6	32	1.23
794391--794520	56	2.3	56	92	5	226	37	6	16	39	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
800220--800333	51	2.2	51	83	6	142	31	7	28	32	1.86
800184--800466	130	2.2	129	79	5	286	34	12	24	29	1.91
800348--800514	51	3.3	51	84	1	219	32	10	25	31	1.90
800448--800872	79	5.4	79	78	3	417	34	12	24	28	1.92
800457--800873	158	2.6	157	82	6	502	34	12	24	28	1.92
803381--803407	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
806950--807179	78	3.0	78	81	7	263	25	25	15	33	1.95
807079--807134	28	1.9	29	86	13	80	21	23	21	33	1.97
807119--807275	51	3.1	51	81	11	198	29	23	10	36	1.88
813579--814534	61	15.6	61	83	6	1049	24	26	19	29	1.98
814526--815459	46	21.8	44	73	13	574	20	26	12	40	1.88
814530--815344	45	18.6	45	76	11	648	20	26	12	40	1.88
814530--815307	134	5.9	133	82	6	833	20	27	12	40	1.88
815272--815459	40	4.8	39	71	23	119	20	24	13	40	1.89
818420--818840	79	5.3	79	86	4	458	28	25	13	32	1.93
822730--822810	20	4.0	19	81	10	81	33	12	11	43	1.78
826263--826432	30	5.7	30	77	4	132	26	29	14	29	1.95
826260--826417	60	2.6	60	80	4	176	26	29	15	29	1.96
826367--826477	30	3.8	30	75	4	91	27	33	16	23	1.95
826367--826541	58	3.1	58	78	5	144	28	32	16	24	1.96
826441--826653	63	3.6	55	80	11	167	28	31	18	21	1.97
826547--826812	32	8.3	32	82	3	250	30	27	18	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
826454--826785	32	10.9	31	82	7	258	30	29	17	22	1.97
826531--826810	96	3.0	95	81	6	302	31	28	17	23	1.97
826824--826974	59	2.6	59	82	1	160	30	25	12	31	1.93
830440--830481	20	2.1	20	81	0	57	40	11	16	30	1.85
831327--831377	20	2.5	20	80	0	57	35	15	13	35	1.87
833810--833848	13	3.0	13	88	0	60	35	12	17	33	1.88
840033--840057	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
840010--840077	33	2.1	32	91	8	111	29	16	17	36	1.92
840466--840516	20	2.5	21	83	3	68	41	15	15	27	1.88
840569--840594	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
840549--840616	33	2.1	32	88	2	100	35	16	14	33	1.89
846757--846795	13	3.0	13	88	0	60	30	17	15	35	1.91
846927--846967	22	2.0	20	86	13	57	31	21	4	41	1.74
848843--848868	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
851083--851127	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
852931--852961	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
855039--855090	13	4.0	13	100	0	104	30	15	15	38	1.88
855211--855256	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
857645--857670	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
859176--859232	20	2.8	20	83	0	69	38	14	15	31	1.87
859236--859286	20	2.5	20	87	3	66	43	13	15	27	1.85
872756--872820	33	2.0	33	90	0	103	35	15	13	35	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
876289--876361	34	2.1	34	85	5	94	20	45	6	27	1.76
876716--876773	21	2.6	23	81	15	77	43	13	13	29	1.83
876796--876873	20	3.8	20	84	3	93	38	12	10	38	1.78
878558--878731	96	1.8	94	86	2	249	28	20	10	39	1.87
891185--891249	33	2.0	33	90	0	103	35	15	13	35	1.87
895145--895202	21	2.6	23	81	15	77	43	13	13	29	1.83
895225--895302	20	3.8	20	84	3	93	38	12	10	38	1.78
896979--897151	96	1.8	93	87	3	256	29	20	10	39	1.87
907040--907064	13	1.9	13	100	0	50	32	16	12	40	1.84
909617--909681	33	2.0	33	90	0	103	35	15	13	35	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12