genome.fa.s123.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold123
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1422801

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
531--564	9	3.7	9	96	4	59	55	8	0	35	1.31
1306--1346	21	2.0	21	85	4	57	12	7	4	75	1.16
1620--1679	14	4.4	13	74	14	50	51	1	8	38	1.42
2170--2203	16	2.1	16	100	0	68	64	11	5	17	1.45
6034--6068	15	2.2	15	90	10	52	20	0	2	77	0.90
7669--8335	164	4.0	165	76	6	437	49	8	12	28	1.71
7750--8302	164	3.4	164	78	7	509	50	9	12	28	1.70
12795--13027	118	2.0	119	84	2	308	36	14	16	32	1.89
21879--21920	3	14.0	3	89	0	66	30	30	0	38	1.58
23295--23322	13	2.2	13	100	0	56	39	14	14	32	1.86
30167--30725	79	7.2	78	76	7	512	35	12	23	28	1.92
30167--30735	155	3.7	154	75	9	528	36	12	23	27	1.91
30167--30781	234	2.6	231	82	6	738	36	12	23	27	1.91
33831--34114	148	1.9	148	84	7	380	42	12	8	36	1.74
37364--37408	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
39212--39242	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
41321--41346	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
45566--45650	20	4.6	20	66	24	60	32	22	9	35	1.86
45586--45615	13	2.3	13	94	0	51	40	13	13	33	1.83
45569--45687	53	2.2	53	98	0	229	31	21	10	36	1.87
45639--45668	13	2.3	13	94	0	51	40	13	13	33	1.83
45599--45683	20	4.6	19	68	21	65	32	22	11	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45713--45767	19	2.8	19	80	2	65	40	12	14	32	1.84
47137--47450	165	1.9	166	84	7	422	51	8	8	30	1.63
47956--47982	11	2.5	11	100	0	54	70	14	0	14	1.17
48051--48077	14	1.9	14	100	0	54	29	11	0	59	1.32
61536--61599	19	3.7	19	76	23	86	35	18	12	32	1.89
61529--61598	32	2.2	32	100	0	140	35	18	12	32	1.89
61555--61579	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
63586--63650	33	2.0	33	88	11	98	32	16	15	35	1.91
63681--63743	32	1.9	33	87	9	94	41	12	15	30	1.85
66143--66194	19	2.7	20	84	6	70	28	13	17	40	1.87
66143--66200	19	3.0	18	80	12	62	25	12	20	41	1.87
66853--66896	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
68705--68743	13	3.0	13	100	0	78	38	15	15	30	1.88
72654--72698	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
74914--74939	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
74894--74957	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
86310--86936	79	7.9	79	84	2	688	33	12	25	28	1.93
86311--86946	158	4.0	156	84	3	758	33	12	25	28	1.93
86359--86943	315	1.9	315	85	2	827	33	12	24	28	1.92
89213--89259	20	2.3	20	82	7	60	46	12	14	25	1.80
90694--90833	52	2.7	52	86	2	183	43	8	17	30	1.79
94477--94584	34	2.9	36	72	14	103	21	24	11	43	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94550--94628	41	1.9	41	82	5	97	18	20	16	44	1.87
94545--94709	40	4.1	41	72	6	120	20	23	13	42	1.88
94555--94774	80	2.7	79	82	1	242	20	22	14	43	1.87
96805--96869	33	2.0	33	85	11	89	38	13	15	32	1.87
101554--101684	52	2.5	52	89	0	208	30	14	18	36	1.91
101760--101854	19	5.7	18	71	27	84	35	17	13	32	1.89
101755--101887	32	4.1	32	94	0	221	36	17	12	34	1.87
101779--101867	13	5.9	13	71	27	61	34	17	13	33	1.89
102615--102797	49	3.7	49	79	9	201	31	19	24	25	1.98
102611--102805	98	2.0	96	86	4	266	31	19	24	24	1.98
102816--103058	28	8.4	29	86	4	323	19	16	33	30	1.94
102816--103063	58	4.3	57	86	4	320	19	16	33	30	1.94
102825--103053	86	2.7	87	92	3	374	19	17	33	30	1.94
104509--104596	1	88.0	1	70	0	59	2	3	9	85	0.80
104497--104594	23	4.2	22	77	19	94	2	3	11	83	0.84
104511--104598	43	2.0	44	86	6	126	2	3	10	84	0.84
104497--104598	24	4.3	23	78	12	109	1	2	11	83	0.84
118448--118576	52	2.5	52	93	0	222	28	16	17	37	1.92
118613--118713	32	3.1	32	92	1	166	34	17	10	36	1.85
118618--118714	13	5.7	19	70	27	83	35	17	11	36	1.86
121995--122049	19	2.8	19	83	2	65	32	20	10	36	1.87
121965--122029	32	2.0	33	84	3	87	29	15	15	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123724--123758	15	2.3	15	90	0	52	45	0	25	28	1.54
128262--128301	13	3.1	13	88	0	62	40	12	15	32	1.84
130135--130191	19	2.9	20	78	2	62	35	17	12	35	1.87
132858--132902	13	3.5	13	84	0	54	35	11	20	33	1.88
135209--135264	21	2.6	21	86	8	69	35	3	14	46	1.62
135402--135454	19	2.7	19	82	2	70	32	15	15	37	1.88
135655--136251	299	2.0	298	89	2	921	32	17	12	37	1.87
140233--140482	97	2.6	98	87	6	350	30	14	28	26	1.95
142677--142714	20	1.9	20	94	0	67	44	10	13	31	1.77
154248--154466	49	4.4	49	87	3	312	34	19	22	23	1.96
154208--154473	101	2.6	99	84	5	295	34	18	23	23	1.96
154393--154709	88	3.6	88	90	1	503	26	18	28	27	1.98
154703--155200	34	15.7	32	74	16	238	34	14	31	19	1.92
154799--154919	27	4.3	27	71	17	93	37	13	30	19	1.89
154766--154981	60	3.5	59	81	8	229	37	14	30	17	1.90
154919--154989	32	2.5	28	77	18	74	36	16	30	15	1.90
154730--155047	154	2.1	155	85	5	437	36	13	32	18	1.89
154765--155356	126	4.7	123	77	14	309	33	14	30	20	1.93
155086--155369	30	9.0	31	82	9	296	31	15	30	22	1.95
155086--155359	63	4.4	63	92	0	433	31	15	30	22	1.95
156636--156716	1	81.0	1	72	0	54	0	6	8	85	0.75
156636--156716	10	8.8	9	73	20	69	0	6	8	85	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156636--156716	25	3.3	24	80	14	94	0	6	8	85	0.75
161476--161534	19	3.4	18	73	26	65	33	13	16	35	1.88
161491--161515	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
161470--161542	32	2.3	32	95	0	128	32	12	19	35	1.89
161559--161600	21	2.0	21	100	0	84	42	9	19	28	1.82
161587--161612	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
163992--164377	79	4.9	79	84	4	451	27	25	15	32	1.95
171888--172004	51	2.3	51	86	2	155	32	14	26	26	1.95
171937--172115	78	2.3	79	82	3	218	32	13	26	26	1.94
171937--172300	79	4.6	79	77	6	290	34	12	25	26	1.92
173741--174062	43	7.5	44	75	11	185	42	13	24	19	1.87
173878--174067	85	2.2	87	81	10	232	44	10	26	18	1.82
174044--174133	28	2.8	32	78	15	98	36	16	23	23	1.94
174110--174226	43	2.8	42	79	10	139	44	9	24	21	1.82
174104--174244	43	3.5	40	76	14	137	39	12	24	23	1.90
174928--175022	30	3.5	29	73	26	109	27	17	9	45	1.80
174928--175040	50	2.3	50	95	4	203	27	17	9	45	1.80
177088--177132	20	2.2	21	88	4	65	4	15	11	68	1.34
182060--182175	50	2.3	51	86	1	153	35	9	25	29	1.88
182287--182569	157	1.8	157	85	1	397	33	12	25	29	1.92
182269--182569	78	3.8	78	76	5	284	32	13	25	28	1.93
184258--184289	15	2.1	15	94	0	55	12	15	6	65	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
185066--185299	128	1.8	126	86	1	333	34	9	13	42	1.77
189706--189742	13	2.8	13	91	0	56	35	16	16	32	1.91
190566--190748	77	2.4	76	77	12	176	34	10	25	29	1.89
191808--191859	22	2.4	22	96	0	95	46	0	13	40	1.43
201732--201794	27	2.3	27	91	0	108	26	31	12	28	1.93
207045--207086	15	2.6	17	77	11	52	73	2	0	23	0.94
207046--207095	21	2.4	21	83	6	57	70	2	2	26	1.09
207503--207813	150	2.1	149	84	4	401	24	21	18	35	1.95
208195--208220	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
208177--208240	32	2.0	33	90	3	103	39	18	14	28	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9