genome.fa.s123.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold123
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1422801

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

This is table  6  of  9  ( 1028 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
860716--860889	80	2.2	80	79	10	185	18	24	13	44	1.85
862688--862943	88	2.9	89	89	3	399	30	11	14	42	1.82
864048--864375	153	2.2	152	82	5	376	26	16	19	38	1.92
864546--864584	18	2.2	18	86	4	53	53	2	0	43	1.14
867042--867073	16	2.0	16	93	0	55	53	31	0	15	1.43
867647--867692	20	2.3	20	88	7	67	41	10	17	30	1.84
868513--868586	20	3.9	20	77	16	86	28	20	12	39	1.88
882282--882333	1	52.0	1	76	0	50	88	7	0	3	0.62
882274--882333	14	4.4	13	78	15	59	86	10	0	3	0.67
882284--882321	9	4.3	9	86	6	60	89	7	0	2	0.57
882285--882333	17	2.9	17	90	0	71	87	8	0	4	0.65
882274--882331	30	1.9	31	89	10	93	86	10	0	3	0.69
882284--882333	25	2.0	25	92	4	82	88	8	0	4	0.64
883563--883656	29	3.3	29	82	4	111	32	25	19	22	1.97
883549--884268	28	25.1	28	86	5	813	30	30	16	23	1.96
883615--884268	256	2.5	253	85	4	869	29	30	16	23	1.96
883615--884268	170	3.8	171	86	3	854	29	30	16	23	1.96
885433--885507	20	3.8	19	82	7	96	33	14	12	40	1.83
885476--885608	51	2.6	51	90	0	203	29	18	9	42	1.83
887998--888070	20	3.7	19	87	7	85	28	15	17	38	1.90
888099--888152	20	2.7	20	88	5	74	31	11	18	38	1.86
891284--891321	20	1.9	20	94	0	67	31	15	10	42	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
903775--903816	22	1.9	22	95	0	75	21	35	4	38	1.75
911884--911937	20	2.7	20	88	5	74	37	16	12	33	1.87
913521--913577	24	2.3	25	90	3	89	29	26	8	35	1.87
915889--916053	84	2.0	84	83	7	210	25	18	3	52	1.61
918105--918130	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
918086--918148	32	2.0	32	87	6	92	30	14	14	41	1.85
932633--932662	15	1.9	16	93	6	53	10	23	33	33	1.88
934799--934874	8	9.2	8	74	14	66	84	10	3	1	0.82
934799--934874	18	4.0	18	76	15	73	84	10	3	1	0.82
934797--934874	31	2.6	30	78	11	81	82	12	3	1	0.88
934801--934874	28	2.5	29	84	6	96	83	10	4	1	0.83
936089--936728	28	22.5	28	82	3	715	28	30	17	23	1.97
936089--936728	85	7.5	85	85	3	768	28	30	17	23	1.97
936097--936728	256	2.5	256	85	2	829	28	30	17	23	1.97
937599--937673	20	3.8	20	85	0	105	33	14	10	41	1.81
944220--944267	19	2.5	19	86	3	60	25	18	18	37	1.94
945918--945955	3	12.7	3	88	0	58	39	0	31	28	1.57
946269--946366	31	3.6	28	72	27	95	29	21	10	38	1.86
946244--946385	50	2.8	51	92	1	232	29	19	10	40	1.85
947217--947254	20	2.0	20	84	5	51	18	15	10	55	1.68
949599--949629	13	2.4	13	88	0	53	29	16	16	38	1.90
953504--953634	51	2.6	52	91	2	212	41	12	17	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
955671--955743	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
955671--955765	41	2.3	42	96	1	174	40	12	17	29	1.87
955804--955829	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
959891--959921	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
961937--962015	20	3.7	21	75	15	72	26	13	15	44	1.84
962002--962040	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
964483--964555	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
964501--964576	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
964483--964576	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
964615--964640	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
966909--967407	165	3.0	163	75	8	429	50	8	9	31	1.64
968867--968934	33	2.1	33	83	5	84	33	14	19	32	1.92
981759--981790	13	2.5	13	94	0	55	37	15	6	40	1.73
981780--981830	19	2.6	20	84	3	68	29	17	13	39	1.88
981859--981911	20	2.7	20	85	5	63	35	11	22	30	1.89
983010--983407	204	2.0	204	85	3	550	29	18	19	31	1.96
984353--984378	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
986597--986642	21	2.2	21	84	7	58	52	4	19	23	1.64
990544--990582	13	3.0	13	96	0	69	30	12	15	41	1.85
990703--990744	22	1.9	22	85	0	57	28	16	2	52	1.56
1003396--1003420	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1003507--1003536	13	2.3	13	94	0	51	33	13	13	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1009934--1010115	52	3.5	52	94	1	319	28	17	18	35	1.94
1009934--1010135	105	1.9	104	89	3	316	29	17	18	34	1.94
1010124--1010148	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1010211--1010235	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1010292--1010333	21	2.0	21	90	0	66	35	14	14	35	1.86
1011054--1011429	171	2.2	168	88	5	562	36	14	24	24	1.93
1011125--1011283	49	3.1	49	76	6	147	35	15	23	24	1.94
1011363--1011491	66	2.0	66	98	0	249	30	20	24	25	1.98
1011429--1011600	49	3.7	47	90	5	226	29	18	27	25	1.98
1011463--1011600	49	2.8	49	96	0	249	28	18	28	24	1.98
1011593--1011797	30	7.0	30	77	15	112	18	17	31	32	1.94
1011622--1011862	30	8.3	28	81	8	243	20	17	29	33	1.95
1011622--1011862	58	4.1	58	81	8	267	20	17	29	33	1.95
1011640--1012077	30	14.8	30	73	13	232	25	16	28	29	1.97
1011605--1011862	88	2.9	88	88	6	355	19	17	29	32	1.95
1011622--1012077	58	7.7	59	72	13	230	24	16	29	29	1.97
1011937--1012014	27	2.8	27	84	5	93	15	20	33	30	1.94
1013512--1013623	1	112.0	1	78	0	89	1	3	8	86	0.75
1013520--1013624	40	2.6	40	86	5	142	1	3	8	85	0.78
1013512--1013623	55	2.1	52	85	8	145	1	3	8	86	0.75
1013512--1013625	41	2.8	39	84	9	142	1	3	9	85	0.80
1023321--1023347	10	2.7	10	100	0	54	77	22	0	0	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1026211--1026261	27	2.0	26	85	11	70	25	27	15	31	1.96
1030441--1030641	52	3.9	52	94	1	332	29	17	18	33	1.94
1030630--1030654	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1030717--1030741	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1030799--1030840	21	2.0	21	90	0	66	35	14	14	35	1.86
1031560--1031954	171	2.3	171	93	1	673	36	14	24	24	1.93
1031631--1031789	49	3.1	49	76	6	147	35	15	23	24	1.94
1031908--1032140	43	5.1	43	83	12	295	30	16	26	26	1.97
1031952--1032019	21	3.2	21	66	25	61	27	17	27	26	1.98
1031864--1032135	49	5.8	47	87	7	326	30	17	25	26	1.97
1032175--1032608	30	14.8	30	76	10	310	24	17	28	29	1.97
1032156--1032608	58	7.7	58	74	9	339	23	16	29	29	1.97
1032175--1032396	88	2.6	87	94	3	385	20	18	28	33	1.96
1032318--1032599	121	2.4	116	79	6	300	26	17	29	26	1.97
1034045--1034156	1	112.0	1	78	0	89	1	3	8	86	0.75
1034045--1034156	53	2.2	49	85	9	145	1	3	8	86	0.75
1040904--1041487	30	19.8	30	80	8	558	30	29	17	22	1.96
1040904--1041468	88	6.4	89	82	7	586	30	29	16	22	1.96
1040877--1041481	324	1.9	326	98	0	1178	30	29	17	22	1.96
1041489--1041826	49	7.0	49	82	8	340	26	25	16	31	1.96
1041605--1041672	21	3.2	21	66	25	61	26	27	17	27	1.98
1041581--1041716	43	3.2	43	94	0	245	27	25	17	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1041670--1041823	52	2.9	53	80	4	184	24	24	16	35	1.95
1041670--1042052	67	6.7	55	73	14	280	24	24	14	37	1.93
1041670--1042064	171	2.3	171	93	1	664	24	24	14	36	1.93
1042883--1042907	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1042970--1042994	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1043003--1043183	52	3.5	52	97	0	335	34	18	17	28	1.94
1047905--1047934	10	2.9	10	95	5	51	50	0	13	36	1.42
1051958--1052207	124	2.0	124	93	0	428	26	19	12	40	1.88
1055172--1055403	112	2.0	113	95	2	412	26	18	13	41	1.87
1060816--1060860	22	2.1	21	83	4	54	4	15	0	80	0.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9