genome.fa.s123.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold123
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1422801

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210438--210482	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
212286--212315	15	2.0	15	93	0	51	50	13	23	13	1.77
214393--214418	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
214539--214584	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
216940--217002	32	2.0	32	87	6	92	39	19	14	26	1.90
217037--217075	20	1.9	21	94	5	71	43	10	10	35	1.73
221687--221737	13	4.2	12	87	12	77	80	0	19	0	0.71
221687--221737	11	4.5	11	88	9	75	80	0	19	0	0.71
221686--221734	24	2.0	24	96	4	89	77	0	22	0	0.77
230388--230450	31	2.0	31	84	0	81	26	28	19	25	1.98
230430--230593	87	1.9	86	87	1	238	22	30	12	34	1.91
230424--230656	43	5.4	43	76	1	205	21	30	13	34	1.92
230424--230648	87	2.6	87	82	0	236	21	30	12	35	1.91
230424--230683	86	3.0	85	80	3	243	21	28	13	36	1.91
230424--230683	43	6.0	43	69	13	142	21	28	13	36	1.91
230454--231148	43	16.2	43	74	8	210	19	27	16	37	1.93
230455--231207	86	8.8	84	71	7	289	19	27	16	37	1.92
230814--230925	41	2.7	41	83	5	127	18	31	17	32	1.95
231119--231210	43	2.2	43	80	5	98	19	28	17	34	1.94
232296--232635	169	2.0	170	82	5	420	30	14	9	45	1.76
233153--233190	12	3.0	13	84	7	51	73	0	23	2	0.95
233542--234309	28	26.3	28	82	8	831	29	29	17	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
233548--234309	88	8.7	87	85	5	868	29	29	17	23	1.97
233542--234309	148	5.2	145	86	4	955	29	29	17	23	1.97
239004--239487	162	3.0	159	80	5	510	35	10	13	40	1.79
242035--242065	10	3.1	10	95	0	53	22	29	6	41	1.78
242043--242149	52	2.1	52	89	3	162	32	19	13	34	1.90
244110--244169	21	2.9	21	79	16	79	51	1	28	18	1.55
247542--247566	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
250114--250232	52	2.3	52	91	0	202	27	15	14	42	1.86
258172--258214	8	5.7	7	79	15	50	0	13	0	86	0.58
259151--259182	14	2.3	14	94	0	55	43	15	28	12	1.83
261011--261176	80	2.1	81	85	5	221	30	22	10	36	1.88
262836--262875	21	1.9	21	89	0	62	45	12	15	27	1.82
265200--265374	53	3.3	53	78	1	154	35	18	17	28	1.94
265360--265437	39	2.0	39	92	0	129	26	20	8	43	1.81
267236--267263	6	4.7	6	100	0	56	0	14	0	85	0.59
267580--267621	22	2.0	21	81	13	50	16	23	2	57	1.51
270194--270223	3	10.0	3	100	0	60	0	33	33	33	1.58
270859--270886	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
274907--275016	52	2.1	51	96	1	202	37	0	0	62	0.95
275835--275881	22	2.2	20	85	7	58	65	2	2	29	1.15
277723--277753	13	2.4	13	94	0	53	38	9	19	32	1.84
277700--277769	33	2.1	33	84	5	88	35	17	14	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
277839--277863	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
280644--280693	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
284590--284628	13	3.0	13	100	0	78	30	15	15	38	1.88
284754--284793	22	2.0	20	85	14	55	25	20	5	50	1.68
287183--287208	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
290763--290983	35	6.2	35	70	8	119	36	11	19	33	1.87
290783--290951	35	4.9	35	74	7	139	34	10	19	34	1.86
290842--290981	71	2.0	72	86	1	201	35	11	18	35	1.87
292441--292856	165	2.5	164	80	8	443	31	10	9	49	1.68
292441--292860	164	2.5	165	80	7	471	31	10	9	49	1.68
292844--292870	14	1.9	14	100	0	54	29	11	0	59	1.32
293017--293049	17	1.9	17	88	11	50	24	0	3	72	0.98
293674--293929	31	8.1	31	83	7	291	17	16	32	34	1.92
293674--293929	129	2.0	124	84	8	329	17	16	32	34	1.92
293931--294022	27	3.1	27	78	12	85	38	11	28	21	1.89
293731--293961	129	1.8	128	81	10	296	19	16	32	31	1.94
293931--294333	34	12.8	32	71	15	243	39	11	27	21	1.88
293926--294056	61	2.1	61	90	0	199	38	10	27	23	1.88
293931--294147	95	2.3	93	83	3	272	39	11	27	22	1.87
294052--294270	60	3.6	60	79	9	237	39	12	26	21	1.89
294073--294270	62	3.3	59	82	6	225	38	12	26	22	1.90
294324--294409	29	2.9	30	79	6	95	38	16	18	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
294312--294576	59	4.5	60	77	7	254	33	14	26	25	1.95
294312--294578	89	3.0	88	81	2	320	32	14	27	25	1.95
294322--294574	30	8.6	29	74	8	163	32	14	26	26	1.94
306132--306356	104	2.2	104	85	1	290	25	20	15	38	1.92
306132--306356	52	4.3	51	75	5	191	25	20	15	38	1.92
306331--306394	22	2.9	23	88	6	96	23	25	23	28	2.00
306392--306774	52	7.3	52	76	5	270	26	22	14	37	1.92
306392--306697	53	5.8	53	78	6	228	25	21	14	38	1.91
306392--306590	105	1.9	105	89	0	308	25	20	14	39	1.91
306404--306635	105	2.2	105	81	3	270	25	22	14	37	1.92
307645--307815	51	3.3	51	82	3	225	27	15	14	42	1.85
311593--311622	13	2.3	13	94	0	51	40	13	13	33	1.83
319340--319380	21	1.9	22	85	5	57	46	12	2	39	1.54
323028--323073	21	2.2	20	82	14	58	21	17	19	41	1.90
333562--333633	28	2.6	28	84	2	92	25	30	20	23	1.99
333589--334024	79	5.6	79	80	5	463	27	24	14	34	1.94
341412--341436	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
341479--341576	19	5.8	18	70	28	81	35	17	12	34	1.87
341474--341574	32	3.1	32	95	1	175	34	17	11	35	1.87
341498--341555	13	4.0	13	76	23	62	32	17	13	36	1.89
342298--342631	119	2.8	119	86	4	440	37	14	23	25	1.92
342405--342512	52	2.1	52	83	0	135	36	12	24	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
342681--343387	49	15.1	49	81	11	831	32	17	24	25	1.97
342747--343388	92	7.0	86	85	11	719	32	18	24	25	1.97
342690--343388	233	3.0	231	89	5	1033	32	18	24	24	1.97
343393--343811	33	12.8	33	89	4	568	18	18	34	28	1.95
343393--343811	65	6.4	66	90	3	577	18	18	34	28	1.95
343393--343811	98	4.3	98	90	3	641	18	18	34	28	1.95
343816--344485	67	10.1	67	78	10	639	35	12	32	19	1.90
343816--344466	99	6.5	98	79	9	535	34	13	32	19	1.90
343906--344427	198	2.6	195	82	9	612	34	13	32	19	1.90
345883--346139	78	3.3	78	77	5	252	31	23	14	31	1.94
345853--346139	156	1.8	156	80	7	350	31	22	12	33	1.92
346548--346604	21	2.7	21	88	0	87	38	17	12	31	1.87
346633--346684	20	2.6	20	84	0	59	40	13	13	32	1.83
346723--346777	20	2.8	20	85	0	74	32	14	10	41	1.81
348317--348344	14	2.0	14	100	0	56	28	28	21	21	1.99
350013--350504	35	14.1	35	82	1	531	18	21	15	44	1.87
352746--352789	23	2.0	22	90	4	70	79	2	15	2	0.93
353659--353695	17	2.2	17	90	9	58	78	0	0	21	0.75
353710--354142	147	2.9	148	87	3	611	36	11	7	44	1.70
355549--355623	21	3.6	21	92	3	116	33	17	14	34	1.90
359416--359472	20	2.8	20	94	0	96	43	10	15	29	1.80
363190--363317	51	2.5	52	93	1	222	28	18	18	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
363326--363350	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
363392--363489	19	5.8	19	73	26	112	35	18	12	33	1.88
363413--363469	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
363394--363488	32	3.0	32	100	0	190	34	18	12	33	1.89
364974--365564	165	3.6	161	76	8	453	30	13	8	48	1.71
365136--365573	165	2.6	165	78	6	456	29	13	9	48	1.73
365761--365856	48	2.0	48	100	0	192	27	31	10	31	1.90
367012--367284	140	2.0	139	81	4	327	35	11	9	42	1.74
372837--372880	15	2.9	15	82	3	61	77	0	13	9	0.99
376564--376706	50	2.8	51	88	2	225	42	9	18	30	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9