genome.fa.s123.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold123
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1422801

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
722101--722172	24	3.0	22	79	16	65	66	1	0	31	1.00
735302--735348	21	2.3	21	76	23	55	42	4	19	34	1.70
735469--735507	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
735493--735571	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
737587--737617	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
739419--739463	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
741681--741706	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
744026--744089	33	1.9	33	90	6	103	37	17	10	34	1.85
744022--744103	20	4.4	20	72	21	70	35	15	13	35	1.87
744131--744191	21	2.9	22	81	13	83	39	14	14	31	1.87
749241--749294	20	2.7	20	88	2	81	35	18	9	37	1.83
750006--750127	61	2.0	61	83	3	156	38	11	23	26	1.89
750123--750271	61	2.4	61	91	2	237	36	11	25	26	1.90
749950--750332	174	2.2	174	83	2	484	37	11	24	26	1.90
750123--750301	61	2.9	61	85	4	227	37	10	25	26	1.88
750475--751166	33	21.5	33	81	5	582	21	16	30	31	1.95
750509--751177	129	5.2	129	79	6	605	21	16	30	30	1.96
750529--751168	63	10.0	63	78	5	443	22	17	29	30	1.96
751241--751388	34	4.4	33	79	9	122	41	11	26	20	1.87
751232--751388	67	2.3	67	79	4	174	39	11	27	21	1.88
759348--759401	20	2.6	21	85	8	67	40	9	14	35	1.78
760176--760295	61	2.0	61	81	0	141	33	11	26	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
760242--760461	52	4.1	52	72	13	165	36	11	24	27	1.90
760181--760567	112	3.4	111	82	3	391	36	12	23	26	1.91
760620--761196	33	17.9	32	79	5	488	21	18	30	29	1.97
761212--761401	61	3.0	62	78	10	188	37	10	30	22	1.87
761269--761430	33	4.8	33	75	10	139	39	10	29	20	1.86
761269--761430	68	2.4	67	85	4	209	39	10	29	20	1.86
767731--768401	335	2.0	335	98	0	1306	36	18	17	26	1.94
777368--777469	51	2.0	51	98	0	195	39	8	27	24	1.85
779791--779815	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
787991--788066	20	3.7	20	80	13	100	31	13	19	35	1.90
787978--788060	42	2.0	42	95	0	148	31	15	16	36	1.91
787977--788040	20	3.0	21	71	15	60	29	17	15	37	1.91
792185--792229	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
794033--794063	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
796080--796191	20	5.7	20	72	23	94	25	15	14	45	1.83
796144--796215	13	6.0	13	76	18	84	27	16	13	41	1.87
796125--796202	33	2.4	33	100	0	156	25	15	12	46	1.81
796336--796382	21	2.3	21	79	20	55	34	19	4	42	1.70
796338--796380	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
798756--798781	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
802896--803020	52	2.4	52	91	0	196	31	19	10	39	1.85
802998--803030	10	3.3	10	100	0	66	21	30	9	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
802946--803062	62	1.9	62	90	0	189	32	18	10	38	1.85
805432--805488	26	2.2	26	80	0	60	38	26	7	28	1.82
805733--806234	28	17.6	28	80	7	494	30	26	16	26	1.97
805732--806234	145	3.5	140	82	8	579	30	26	16	26	1.97
806760--806793	17	1.9	18	88	5	52	70	0	8	20	1.13
807493--807540	20	2.5	19	93	3	78	77	0	22	0	0.78
812220--812326	48	2.3	47	85	1	133	28	16	18	35	1.93
814166--814196	16	1.9	16	93	0	53	35	3	12	48	1.58
814852--814897	20	2.3	20	85	7	58	41	15	15	28	1.87
814866--814931	33	2.0	33	88	5	98	34	15	13	36	1.87
814886--814910	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
814899--814952	20	2.6	21	79	2	65	37	16	12	33	1.87
815427--815499	19	3.7	19	85	3	92	35	12	16	35	1.86
816440--816489	21	2.2	24	86	10	70	20	20	18	42	1.90
820066--820151	43	2.0	43	95	0	154	26	24	19	29	1.99
821081--821105	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
821061--821126	32	2.0	33	88	2	98	34	12	13	39	1.82
821170--821194	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
821203--821323	52	2.3	52	94	0	215	33	19	18	28	1.95
829560--830131	61	9.0	61	80	12	493	20	34	13	30	1.92
829542--830202	34	20.8	32	78	13	445	20	34	13	31	1.92
829718--829796	27	2.9	27	98	0	149	22	39	17	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
829563--830165	165	3.7	158	81	10	631	20	35	13	30	1.92
829560--830192	131	5.0	127	81	11	602	20	34	13	30	1.92
830133--830186	27	2.0	27	92	0	90	22	40	14	22	1.90
830191--830465	49	5.8	49	82	11	349	25	24	17	32	1.97
830196--830423	43	5.0	44	83	9	289	25	25	18	31	1.98
830196--830466	92	2.9	92	96	1	479	25	24	18	32	1.97
831352--831376	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
831332--831397	32	2.0	33	88	2	98	34	12	13	39	1.82
831441--831465	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
831474--831594	52	2.3	52	94	0	215	33	19	18	28	1.95
836195--836516	90	3.6	90	84	2	369	27	24	14	33	1.95
836195--836598	90	4.5	90	82	3	368	26	24	15	34	1.95
836195--836576	180	2.1	180	80	3	428	26	24	15	32	1.96
837243--837478	84	2.8	83	79	3	222	19	31	17	32	1.95
837201--837444	126	1.9	126	82	3	303	20	29	15	35	1.93
837190--837459	42	6.4	42	73	4	168	19	30	15	34	1.93
837187--837459	126	2.2	126	78	5	300	19	29	16	34	1.93
837342--837478	42	3.3	41	74	10	125	18	32	16	32	1.93
837198--837512	126	2.5	126	79	3	294	19	29	16	34	1.94
837285--837499	84	2.6	84	81	1	252	17	30	17	34	1.93
838068--838133	20	3.4	20	78	12	66	69	0	0	30	0.88
838053--838130	30	2.5	31	82	12	90	67	1	0	30	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
838052--838127	10	7.5	10	71	14	57	65	1	0	32	1.01
838053--838130	25	3.1	26	80	10	74	67	1	0	30	0.98
838473--838546	23	3.3	23	64	11	62	50	20	20	9	1.76
838458--838554	45	2.2	45	98	0	185	47	20	20	11	1.81
844391--844515	52	2.4	52	95	0	223	28	17	18	36	1.94
844391--844535	52	2.8	51	89	4	211	29	17	18	34	1.94
844524--844548	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
844614--844638	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
845524--846130	49	12.7	49	85	7	795	30	18	25	25	1.98
845515--846130	92	6.5	92	90	4	804	31	18	25	25	1.97
845524--846130	141	4.3	141	87	5	796	30	18	25	25	1.98
846130--846299	33	5.2	34	88	7	239	18	16	35	29	1.93
846130--846299	32	5.2	33	88	4	249	18	16	35	29	1.93
846281--846969	34	20.3	35	84	9	733	32	12	34	20	1.90
846570--846629	27	2.2	27	84	0	75	30	15	36	18	1.91
846949--847031	31	2.7	31	98	0	157	21	19	31	27	1.97
847980--848011	16	2.0	16	93	0	55	0	6	9	84	0.78
848249--848295	7	6.9	7	87	2	69	0	0	12	87	0.55
848264--848305	21	2.0	21	85	0	57	2	2	11	83	0.84
848249--848305	28	2.0	28	86	0	78	1	1	12	84	0.79
851946--851988	21	2.0	21	95	0	77	30	20	20	27	1.98
855234--855410	52	3.4	52	96	0	309	29	15	18	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
855234--855430	104	1.9	104	88	2	297	30	15	18	36	1.91
855419--855443	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
855509--855533	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
858146--858219	20	3.6	20	85	3	76	32	16	13	37	1.87
859344--859399	23	2.4	23	82	11	71	75	8	1	14	1.13
860318--860422	40	2.7	40	75	12	108	23	20	12	42	1.86
860460--860768	79	3.9	78	69	13	204	21	21	12	45	1.84
860433--860571	39	3.5	38	71	14	104	20	19	11	48	1.80
860640--860830	40	4.8	39	73	7	143	17	21	15	45	1.85
860696--860847	80	1.9	80	83	2	198	17	21	15	46	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9