genome.fa.s123.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold123
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1422801

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
566954--567029	28	2.8	27	82	11	84	40	3	0	55	1.18
567034--567076	14	2.9	14	83	13	50	41	2	2	53	1.26
571047--571120	20	3.7	20	92	3	114	36	17	13	32	1.89
571150--571213	31	2.0	33	87	6	96	42	14	15	28	1.86
571787--571828	22	1.9	22	90	0	66	21	33	4	40	1.74
573711--573750	13	3.1	13	96	0	71	40	17	12	30	1.86
576266--576291	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
576351--576423	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
576330--576423	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
576330--576405	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85
577880--577936	20	2.8	20	97	0	105	24	12	15	47	1.80
577963--578049	20	4.7	19	71	23	71	25	20	14	39	1.91
577980--578049	33	2.1	33	94	5	124	25	21	14	38	1.91
578000--578030	13	2.4	13	94	0	53	29	19	16	35	1.93
580507--580626	51	2.4	51	84	0	159	30	26	11	31	1.92
582849--582891	21	2.1	21	87	12	63	27	13	4	53	1.60
585114--585182	33	2.1	33	89	5	104	36	18	14	30	1.91
585114--585166	13	4.5	13	77	22	64	35	16	15	32	1.90
585232--585283	19	2.7	20	84	3	70	46	13	11	28	1.78
589680--589729	21	2.4	22	83	9	61	32	20	0	48	1.50
591364--591403	18	2.2	18	100	0	80	47	0	10	42	1.37
591437--591480	21	2.0	23	91	8	74	34	4	20	40	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
592054--592078	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
592063--592100	20	1.9	19	94	5	67	36	15	18	28	1.92
592086--592186	43	2.3	43	94	0	175	29	22	18	28	1.98
592193--592217	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
592173--592235	33	1.9	32	87	12	92	33	14	19	33	1.91
593409--593433	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
594138--594184	15	3.1	15	71	17	51	51	14	0	34	1.43
596014--596063	20	2.8	17	77	16	64	38	16	14	32	1.88
600542--600579	3	12.7	3	88	0	58	28	31	0	39	1.57
602224--602277	19	2.8	20	85	2	74	40	14	14	29	1.86
610607--610661	19	2.8	20	77	5	67	40	12	14	32	1.84
611300--611340	21	2.0	20	95	4	73	39	24	0	36	1.56
611305--611349	21	2.1	21	83	0	54	42	17	2	37	1.62
613744--613769	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
613724--613787	33	2.0	32	90	3	101	28	12	20	39	1.89
614449--614538	22	3.9	21	72	22	81	32	32	0	35	1.58
615865--615907	20	2.1	20	86	4	59	4	30	48	16	1.66
616349--616386	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
622629--622681	20	2.6	21	82	8	65	30	16	15	37	1.90
622669--622693	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
623100--623147	21	2.3	20	79	10	53	39	0	20	39	1.53
626652--626719	28	2.4	28	83	9	77	22	16	38	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
626711--626886	52	3.4	52	81	7	212	30	11	27	30	1.91
626767--626930	52	3.2	52	85	6	156	34	10	25	29	1.90
629374--629399	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
629353--629419	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
629439--629506	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
629461--629485	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
629442--629504	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
629562--629619	21	2.8	21	97	0	107	37	18	10	32	1.85
633737--633789	20	2.7	20	81	0	61	30	18	13	37	1.89
633818--633873	19	2.9	19	86	2	76	35	14	19	30	1.91
634201--635495	156	8.3	155	80	5	1187	38	21	18	22	1.94
634203--635495	311	4.2	308	79	7	1224	38	21	18	22	1.94
636905--636942	20	1.9	20	88	0	58	2	21	0	76	0.91
637035--637076	22	1.9	22	85	0	57	7	21	21	50	1.72
637277--637330	21	2.7	20	78	13	58	1	22	5	70	1.18
638459--638489	14	2.2	14	100	0	62	0	6	12	80	0.89
638644--638679	14	2.7	13	86	4	54	66	0	2	30	1.06
640379--640691	84	3.7	83	85	5	391	35	16	29	19	1.93
640494--640631	41	3.3	41	67	7	107	34	14	30	20	1.92
640356--640691	168	2.0	167	85	6	457	35	15	28	20	1.93
640814--642734	43	45.4	42	73	9	753	32	18	28	20	1.96
640814--642734	85	22.7	84	72	8	773	32	18	28	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
640817--642561	128	13.7	127	73	8	654	32	18	29	19	1.96
641391--642539	171	6.7	171	74	8	711	32	18	28	20	1.96
641957--642733	128	6.1	128	73	9	373	32	17	28	20	1.96
642264--642565	125	2.4	124	78	4	309	33	19	29	17	1.95
642710--642757	25	2.0	24	84	12	62	33	16	29	20	1.95
642672--642800	67	1.9	67	84	6	172	31	16	29	23	1.96
642744--642854	43	2.6	43	79	9	120	33	16	29	20	1.94
643512--643712	89	2.2	89	86	0	285	30	15	28	25	1.96
645495--645557	6	10.3	6	76	20	51	3	9	3	84	0.85
645511--645557	16	2.8	16	82	17	60	0	8	2	89	0.57
645476--645557	24	3.3	24	80	8	92	3	10	3	81	0.94
645463--645557	30	3.2	30	73	8	88	4	12	3	80	0.98
645901--645957	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
646013--646112	19	5.9	19	74	25	107	35	12	15	38	1.84
646034--646090	13	3.9	13	76	24	60	35	14	15	35	1.88
646015--646109	32	3.0	32	98	0	181	34	12	15	36	1.86
646152--646177	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
646133--646198	33	2.0	33	87	0	96	25	15	16	42	1.87
648632--648704	27	2.6	28	84	2	94	26	30	20	23	1.99
648580--648971	107	3.7	104	73	9	317	27	27	14	31	1.95
648687--648857	52	3.3	52	80	10	188	29	26	12	31	1.93
648840--648916	28	2.8	28	83	0	91	23	32	19	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
648516--648965	212	2.1	210	86	3	609	28	26	13	31	1.94
648870--649051	79	2.3	78	81	3	204	23	28	17	31	1.96
661395--661464	8	9.7	7	74	21	56	84	4	11	0	0.76
661395--661438	13	3.3	13	87	3	61	88	4	6	0	0.62
661395--661449	14	3.9	14	85	9	76	85	5	9	0	0.74
662431--663179	55	13.5	53	87	6	924	28	29	20	22	1.98
662431--663170	110	6.7	110	86	6	1028	28	29	20	22	1.98
667933--669194	156	8.1	155	78	5	953	38	21	16	22	1.93
685619--685675	15	3.5	17	75	15	66	84	3	12	0	0.75
685620--685685	27	2.3	27	89	10	96	83	4	12	0	0.79
685620--685737	10	11.9	10	73	19	70	81	8	9	0	0.92
685618--685685	15	4.6	14	73	22	59	83	4	11	0	0.78
685618--685726	33	3.3	30	80	13	110	82	7	9	0	0.88
685617--685736	38	3.1	37	80	12	109	82	8	8	0	0.88
685617--685727	1	111.0	1	67	0	51	82	7	9	0	0.87
687164--687247	28	2.9	29	78	7	82	28	33	16	21	1.95
687158--687245	29	3.1	27	78	10	79	28	35	15	20	1.94
687222--687386	34	4.8	33	75	11	145	20	29	11	38	1.87
687215--687386	68	2.5	69	82	6	204	19	30	11	38	1.87
687354--687425	27	2.6	28	84	8	85	25	31	15	27	1.95
687374--687481	28	3.8	28	75	7	94	31	28	16	23	1.96
687387--687481	29	3.3	26	78	11	82	34	29	15	20	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
687590--687779	98	1.9	100	86	6	271	24	27	18	28	1.98
687609--687784	49	3.5	50	83	4	223	23	27	19	28	1.98
707223--707254	3	10.7	3	100	0	64	34	0	34	31	1.58
715773--715820	18	2.6	19	80	6	55	10	43	2	43	1.50
717724--717758	13	2.7	13	95	0	61	37	17	14	31	1.89
719575--719639	33	2.0	33	96	0	121	33	4	21	40	1.74
720794--720837	23	1.9	23	86	9	63	29	9	20	40	1.83
722101--722158	24	2.4	25	86	11	84	67	0	0	32	0.91
722102--722162	20	3.0	21	81	11	74	68	0	0	31	0.89
722101--722160	16	3.7	16	77	8	59	66	0	0	33	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9