genome.fa.s132.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold132
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2458301

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

This is table  13  of  15  ( 1722 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2062765--2062802	12	3.1	12	88	7	58	39	2	0	57	1.12
2062806--2062859	24	2.2	24	80	6	65	64	1	0	33	1.04
2067515--2067547	2	17.0	2	87	6	50	45	0	3	51	1.16
2068402--2068704	103	3.0	103	95	0	527	36	16	13	33	1.87
2069276--2069360	40	2.1	40	88	0	125	56	8	4	30	1.49
2073407--2073441	16	2.2	16	94	0	61	22	0	8	68	1.16
2075378--2075414	11	3.5	11	92	7	60	13	8	0	78	0.96
2076105--2076143	18	2.2	18	86	9	53	58	17	0	23	1.38
2077124--2077176	9	5.6	9	84	8	52	81	0	7	11	0.88
2077130--2077167	10	3.6	11	89	10	62	78	0	7	13	0.94
2087204--2087234	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2088914--2088947	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
2090166--2090229	22	2.9	22	81	9	76	48	0	4	46	1.23
2092135--2092164	14	2.1	14	93	0	51	33	0	0	66	0.92
2093887--2093913	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2100406--2100555	74	2.0	74	96	0	273	26	18	15	39	1.90
2101298--2101338	21	2.0	20	85	4	55	56	0	2	41	1.13
2101933--2102011	37	2.2	38	80	13	94	46	3	3	45	1.39
2102188--2102252	22	3.0	21	71	20	55	56	0	0	43	0.99
2106859--2106886	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2115365--2115405	2	20.5	2	85	9	57	48	2	2	46	1.28
2117211--2117257	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2118361--2118394	12	2.8	12	87	12	52	41	0	0	58	0.98
2118461--2118492	15	2.1	16	88	11	50	28	0	0	71	0.86
2118994--2119251	50	5.2	50	84	1	293	29	15	19	35	1.93
2118994--2119251	100	2.6	100	85	0	336	29	15	19	35	1.93
2124736--2124760	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2125865--2125902	12	3.2	12	85	7	51	47	0	0	52	1.00
2125864--2125898	12	2.8	13	86	4	54	42	0	0	57	0.99
2126434--2126463	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
2127689--2127742	22	2.5	21	84	6	72	44	0	3	51	1.19
2127690--2127762	21	3.4	21	81	9	76	43	1	4	50	1.29
2129040--2129078	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
2130406--2130435	13	2.2	14	94	5	53	0	0	13	86	0.57
2130553--2130587	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2132266--2132299	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
2133522--2133584	22	2.8	22	83	7	74	46	0	6	47	1.28
2133545--2133591	22	2.2	21	84	3	58	51	0	4	44	1.21
2134698--2134756	12	4.8	13	77	12	54	50	0	0	49	1.00
2134711--2134762	25	2.1	24	86	10	70	57	0	0	42	0.98
2134772--2134810	15	2.6	15	87	0	60	33	2	7	56	1.41
2136571--2136642	27	2.7	27	91	2	110	48	19	9	22	1.77
2136858--2136913	24	2.3	24	96	0	103	25	25	5	44	1.75
2141109--2141197	27	3.3	26	80	10	99	52	11	3	32	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2142227--2142285	29	2.0	29	83	0	73	55	3	1	38	1.26
2144004--2144223	34	6.5	33	81	5	226	41	24	6	27	1.80
2144004--2144223	68	3.3	66	81	6	253	41	24	6	27	1.80
2144004--2144223	102	2.2	101	84	3	298	41	24	6	27	1.80
2146281--2146343	19	3.3	19	88	0	81	33	19	19	28	1.96
2146648--2146864	34	6.4	34	76	8	210	41	24	6	27	1.80
2146647--2146864	68	3.2	68	85	1	278	41	24	6	27	1.80
2146647--2146864	102	2.1	102	85	0	294	41	24	6	27	1.80
2148136--2148173	16	2.4	16	95	0	67	42	0	0	57	0.98
2148559--2148601	14	3.1	13	87	12	59	58	0	0	41	0.98
2148567--2148601	7	5.0	7	89	10	54	57	0	0	42	0.99
2148781--2148819	18	2.3	16	83	12	51	25	2	0	71	0.98
2151453--2151480	14	2.0	14	100	0	56	64	14	7	14	1.48
2151476--2151515	21	1.9	21	84	0	53	57	0	2	40	1.12
2151660--2151695	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2154679--2154732	21	2.6	21	88	2	74	44	3	1	50	1.30
2160133--2160178	11	3.9	11	81	13	56	2	10	2	84	0.79
2162720--2162790	27	2.6	27	88	6	99	46	23	7	22	1.76
2164673--2164718	21	2.1	22	84	4	58	19	30	19	30	1.97
2167292--2167372	28	2.9	29	85	10	116	48	22	8	20	1.77
2167292--2167366	27	2.8	27	86	10	100	48	22	8	21	1.76
2168239--2168285	2	23.0	2	86	4	58	53	2	2	42	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2170193--2170380	50	3.8	50	90	0	295	28	20	18	31	1.97
2174765--2174950	50	3.7	50	88	0	273	30	19	16	33	1.94
2177281--2177339	31	2.0	31	81	15	72	45	0	1	52	1.10
2181000--2181067	34	2.0	34	91	0	109	25	22	22	30	1.99
2181112--2182385	269	4.8	262	74	12	748	37	9	10	42	1.72
2181642--2181682	18	2.3	18	80	20	50	41	0	0	58	0.98
2181647--2181687	21	2.0	21	85	0	55	41	0	0	58	0.98
2181693--2181737	14	3.1	14	90	6	63	31	2	0	66	1.04
2181704--2181742	14	2.9	14	92	3	62	28	0	0	71	0.86
2181112--2182272	268	4.4	265	77	10	933	37	9	10	42	1.70
2181540--2182257	269	2.7	264	79	7	750	38	10	10	40	1.73
2182185--2182225	21	2.0	21	85	0	55	41	0	0	58	0.98
2182866--2182906	18	2.3	19	80	16	52	36	0	0	63	0.95
2182863--2182983	40	3.1	36	74	18	109	39	0	0	59	1.03
2183485--2183538	24	2.1	24	83	10	63	57	12	0	29	1.36
2183876--2183966	45	2.0	47	82	6	116	35	8	20	35	1.84
2186811--2186880	32	2.2	32	86	0	95	37	12	12	37	1.82
2188154--2188180	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
2190118--2190208	48	2.0	46	85	8	123	50	2	3	43	1.30
2190443--2190528	43	2.0	43	86	8	122	53	0	0	46	1.00
2190443--2190542	43	2.3	42	83	10	121	53	0	0	47	1.00
2190598--2190648	19	2.7	19	81	6	68	52	1	0	45	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2191207--2191231	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2191406--2191451	23	2.0	25	87	12	71	54	0	0	45	0.99
2192346--2192379	17	1.9	17	94	5	59	52	0	0	47	1.00
2192568--2192643	40	1.9	40	94	0	134	31	17	25	26	1.97
2192841--2192877	2	18.5	2	94	0	65	51	2	45	0	1.15
2193094--2193141	18	2.8	18	90	6	73	31	0	6	62	1.20
2193112--2193158	22	2.2	22	85	11	62	34	0	4	61	1.15
2193157--2193239	28	3.2	26	80	11	89	61	0	3	34	1.13
2193160--2193217	28	2.0	29	90	3	91	62	0	3	34	1.12
2193192--2193239	24	2.0	25	84	12	64	62	0	4	33	1.14
2193168--2193256	38	2.3	39	77	14	94	59	0	4	35	1.18
2196438--2196486	25	2.0	25	88	4	73	53	0	0	46	1.00
2196857--2196955	50	2.0	50	97	0	189	46	16	2	35	1.58
2197024--2197089	35	1.9	34	84	9	89	50	0	0	50	1.00
2197061--2197100	21	1.9	21	90	10	64	60	0	0	40	0.97
2199978--2200015	12	3.1	12	88	7	58	39	2	0	57	1.12
2200019--2200072	24	2.2	24	80	6	65	64	1	0	33	1.04
2205596--2205899	103	3.0	103	95	0	536	36	16	13	33	1.88
2206474--2206558	40	2.1	40	88	0	125	55	9	5	29	1.55
2216364--2216405	22	1.9	22	90	9	68	59	0	0	40	0.97
2217689--2217713	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2217767--2217834	19	3.6	18	72	14	57	45	1	0	52	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2233859--2233889	14	2.2	14	94	0	53	45	6	3	45	1.45
2239969--2240016	7	6.6	7	76	9	51	43	2	0	54	1.12
2240323--2240410	30	2.8	31	76	11	90	46	2	1	50	1.21
2252470--2252520	15	3.5	15	79	15	54	49	0	0	50	1.00
2252469--2252590	16	7.9	15	67	14	70	54	0	1	43	1.16
2253242--2253289	20	2.4	21	80	13	57	39	0	2	58	1.10
2253901--2253926	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2254495--2254538	22	2.0	21	87	12	63	15	18	0	65	1.27
2254973--2255044	38	2.0	37	83	8	94	48	0	0	51	1.00
2255062--2255107	19	2.3	19	85	7	56	58	0	2	39	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15