genome.fa.s132.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold132
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2458301

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
648831--648857	13	2.1	13	100	0	54	40	22	7	29	1.81
653609--653646	11	3.6	11	82	13	53	36	0	0	63	0.95
653611--653652	20	2.1	20	90	0	66	42	0	0	57	0.99
663296--663335	20	2.0	20	100	0	80	20	20	20	40	1.92
665937--665962	13	2.0	13	100	0	52	15	7	30	46	1.74
665878--666017	73	1.9	73	92	1	237	25	8	20	45	1.80
667852--667878	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
667999--668023	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
669015--669071	8	7.5	8	74	18	50	59	1	0	38	1.08
678483--678520	18	2.1	18	95	0	67	50	0	23	26	1.50
679044--679077	18	1.9	17	88	5	50	58	2	17	20	1.51
679152--679197	19	2.4	19	83	16	60	54	0	0	45	0.99
680479--680533	20	2.6	22	77	8	62	58	1	0	40	1.09
682312--682337	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
683149--683181	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
684639--684668	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
684781--684834	2	27.0	2	84	0	72	42	5	0	51	1.25
684524--684808	142	2.0	141	94	0	498	37	13	10	37	1.80
685246--685279	18	1.9	18	88	5	52	52	2	0	44	1.16
692940--692992	23	2.3	23	93	0	88	43	15	1	39	1.57
694819--694856	15	2.4	16	91	4	60	34	0	0	65	0.93
697698--697747	18	2.7	18	78	3	55	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
698355--698387	15	2.1	17	88	11	52	42	3	0	54	1.15
698357--698397	21	2.0	20	90	4	64	41	2	0	56	1.13
699761--699795	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
699932--699979	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
700575--700613	20	2.0	20	94	0	69	5	46	25	23	1.73
700677--700714	20	1.9	20	100	0	76	42	15	10	31	1.81
702304--702545	121	2.0	121	92	1	405	30	23	16	28	1.97
702426--702825	146	2.8	143	89	3	605	28	24	17	29	1.97
703096--703125	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
703930--703966	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
708787--708822	15	2.4	15	90	0	54	52	0	0	47	1.00
717397--717488	1	92.0	1	75	0	67	85	4	8	1	0.76
717397--717488	32	3.1	29	87	7	125	85	4	8	1	0.76
717396--717488	37	2.5	37	87	5	136	84	4	9	1	0.79
725404--726760	300	4.4	307	78	7	1084	39	16	15	28	1.89
726247--726271	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
726804--726840	3	12.3	3	94	0	65	64	0	2	32	1.07
726247--727342	569	1.9	560	84	5	1429	40	15	14	29	1.87
726544--727051	269	1.9	271	85	3	711	41	15	14	27	1.86
728036--728078	3	14.3	3	95	0	77	65	0	2	32	1.06
731556--731601	21	2.1	22	84	15	60	45	0	0	54	0.99
731692--731722	2	15.5	2	93	0	53	45	0	3	51	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
737059--737111	3	17.7	3	96	0	97	66	0	1	32	1.03
740070--740117	25	1.9	25	83	8	62	58	0	0	41	0.98
740082--740117	15	2.5	15	95	4	65	58	0	0	41	0.98
741018--741052	13	2.6	14	86	4	54	65	0	0	34	0.93
741870--741916	3	15.7	3	95	0	85	31	0	0	68	0.90
745107--745174	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
745109--745171	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
745128--745152	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
745214--745239	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
745194--745260	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
747593--747717	51	2.4	50	81	6	160	34	24	9	32	1.87
747701--747777	28	2.8	28	87	0	100	23	33	19	23	1.97
754930--755685	271	2.8	270	91	3	1177	36	17	15	30	1.91
755670--755724	3	18.3	3	100	0	110	67	0	0	32	0.91
758279--758306	3	9.3	3	100	0	56	64	0	35	0	0.94
759261--759332	33	2.2	32	78	9	74	33	5	1	59	1.29
759379--759422	20	2.2	20	83	0	52	27	2	4	65	1.23
759378--759436	21	2.8	20	78	14	57	30	3	3	62	1.28
759479--759513	8	4.1	8	89	10	52	34	0	0	65	0.93
759622--759659	17	2.2	18	90	4	60	47	0	0	52	1.00
759613--759670	29	2.0	30	86	3	82	51	0	0	48	1.00
760722--760762	18	2.2	19	86	4	57	0	39	2	58	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
760849--760898	23	2.2	22	79	6	55	2	34	2	62	1.18
761034--761072	9	4.2	9	83	6	51	30	0	2	66	1.05
761142--761178	18	2.1	18	89	0	56	37	0	0	62	0.96
761455--761482	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
762130--762190	3	18.7	3	75	21	52	62	3	0	34	1.12
762213--762252	22	1.9	21	90	10	64	75	2	0	22	0.93
762213--762266	18	2.9	18	79	20	58	75	1	1	20	0.98
762213--762268	19	2.9	19	78	21	64	75	1	1	21	0.99
767105--767146	21	2.0	21	86	9	59	66	0	16	16	1.25
774527--774605	4	20.0	4	76	7	72	74	1	24	0	0.89
774528--774578	24	2.1	24	92	0	84	76	1	21	0	0.88
774533--774605	32	2.3	32	86	9	96	73	1	24	0	0.90
774549--774608	17	3.7	16	78	10	59	76	1	21	0	0.87
774619--774714	27	3.5	25	77	21	86	32	0	1	66	0.99
775600--775648	12	4.2	12	75	21	50	26	2	2	69	1.10
775604--775645	22	1.9	22	85	0	57	23	2	2	71	1.10
776472--776514	17	2.7	15	83	16	52	32	0	0	67	0.91
776477--776533	21	2.5	22	86	8	71	35	1	0	63	1.05
779693--779836	73	2.0	73	91	0	234	30	15	18	36	1.91
786181--786226	25	2.0	23	84	16	60	43	2	0	54	1.12
786525--786565	11	3.6	12	80	9	50	51	0	0	48	1.00
786918--786952	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
787484--787523	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
788139--788207	28	2.5	27	77	11	68	50	1	0	47	1.09
788800--788836	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
794067--794097	3	10.3	3	92	0	53	64	3	0	32	1.09
802761--802805	23	1.9	24	86	4	65	57	0	0	42	0.98
802794--802826	17	2.0	17	94	5	59	66	0	0	33	0.92
810874--810933	30	2.0	30	100	0	120	23	10	20	46	1.80
814598--814675	42	1.9	40	82	10	95	58	3	0	37	1.16
820029--820077	19	2.8	18	75	24	52	57	0	0	42	0.99
820367--820433	34	2.0	34	82	5	82	50	0	0	49	1.00
821606--821630	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
822279--822377	17	5.3	19	71	13	80	54	0	1	44	1.06
822279--822326	19	2.8	17	84	12	55	54	0	0	45	0.99
823066--823091	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
825158--825206	18	3.0	16	77	11	55	67	2	0	30	1.02
825302--825347	16	2.9	16	81	12	58	65	0	0	34	0.93
825284--825359	27	2.7	27	76	15	75	59	1	0	39	1.06
828603--828645	22	2.0	22	86	9	61	44	0	0	55	0.99
829347--829396	21	2.4	21	80	3	57	54	0	0	46	1.00
838855--838880	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
839597--839631	17	2.2	16	90	10	54	57	0	0	42	0.99
839677--839706	11	2.6	11	94	5	51	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
839679--839726	13	3.6	13	78	13	53	64	0	0	35	0.94
840660--840690	12	2.6	12	94	0	53	80	3	12	3	0.95
840998--841023	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
843972--843998	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
844052--844102	28	2.0	26	81	14	61	54	1	1	41	1.22
844330--844398	16	4.4	17	67	22	51	53	0	0	46	1.00
844884--844913	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
849489--849543	17	3.4	16	78	14	60	50	1	0	47	1.11
849557--849609	17	3.1	17	81	10	63	50	1	0	47	1.12
854585--854651	31	2.2	31	91	0	107	59	8	4	26	1.47

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15