genome.fa.s143.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold143
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1221646

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
982--1006	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
962--1028	33	2.0	33	91	0	107	32	17	13	35	1.89
1073--1152	21	3.8	21	84	15	96	38	16	15	30	1.89
4776--4827	20	2.7	19	85	5	68	34	13	19	32	1.90
4855--4908	20	2.7	20	83	11	67	33	14	18	33	1.92
11055--11091	13	2.8	13	91	0	65	32	18	13	35	1.90
13597--13623	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
13609--13664	19	2.9	19	86	5	76	35	12	16	35	1.86
13609--13663	20	2.8	20	88	2	76	34	12	16	36	1.87
13692--13745	20	2.7	20	83	11	67	33	14	18	33	1.92
14850--14892	16	2.7	15	82	10	50	55	4	2	37	1.33
15480--15509	15	2.0	15	93	0	51	23	20	20	36	1.95
16198--16448	125	2.0	125	96	1	459	31	13	16	39	1.87
16826--16891	28	2.5	24	74	23	62	34	6	21	37	1.78
16830--16883	28	1.9	28	96	0	99	33	5	22	38	1.77
16954--17150	82	2.4	82	97	0	367	41	7	15	36	1.74
20509--20624	52	2.2	52	94	5	209	33	6	20	38	1.80
21464--21530	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
22000--22025	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
22096--22173	22	3.6	22	94	3	140	35	11	24	28	1.90
22205--22340	53	2.6	53	96	0	254	27	16	19	36	1.93
22311--22380	20	3.5	20	75	12	65	31	14	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23060--23084	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
30152--30191	21	1.9	21	84	0	53	22	30	2	45	1.66
31286--31352	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
31822--31847	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
31835--31927	34	2.7	33	79	12	98	34	11	21	32	1.90
31895--31951	22	2.6	22	97	0	105	35	12	24	28	1.91
31983--32118	53	2.6	53	97	0	254	27	17	19	35	1.95
32089--32158	20	3.5	20	77	12	74	30	14	17	38	1.89
32198--32238	21	2.0	21	90	9	66	36	9	14	39	1.79
32516--32540	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
33584--33609	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
33563--33627	32	2.0	34	90	6	107	29	13	18	38	1.89
36181--36205	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
41815--41840	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
46641--46979	28	11.7	29	85	7	356	28	32	16	22	1.96
46647--47025	28	12.9	29	80	10	314	29	31	18	21	1.97
47931--48054	20	5.8	20	75	17	106	29	14	12	42	1.83
54554--54610	29	2.0	29	92	0	96	26	33	19	21	1.97
54623--54781	33	4.7	34	82	7	189	18	31	12	37	1.88
54612--54775	67	2.4	68	85	9	226	19	31	12	36	1.89
54749--54820	27	2.6	28	84	8	85	25	31	15	27	1.95
54769--54876	28	3.8	28	77	7	103	30	31	17	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55212--55276	19	3.8	18	75	24	77	32	12	16	38	1.86
55214--55281	32	2.1	32	97	0	127	33	11	17	36	1.86
55233--55257	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
55341--55465	52	2.4	52	97	1	234	36	18	20	25	1.95
56322--56360	20	2.0	20	89	0	60	23	17	12	46	1.83
62015--62298	28	9.6	28	82	10	246	29	32	16	21	1.96
62015--62311	58	5.0	57	76	12	258	29	31	17	21	1.96
62057--62353	32	9.7	31	79	8	114	29	29	17	22	1.97
63189--63264	31	2.5	31	91	2	118	27	19	10	42	1.84
67002--67184	46	4.0	46	76	2	152	22	23	14	39	1.90
67319--67460	41	3.4	41	72	4	131	18	21	11	49	1.78
67261--67712	85	5.3	85	79	7	456	19	23	11	45	1.83
67279--67588	42	7.3	42	70	10	184	20	22	11	45	1.83
67254--67670	170	2.5	169	83	4	504	19	23	11	45	1.83
68467--68884	181	2.4	175	78	11	412	41	9	8	40	1.68
71896--72031	52	2.6	53	81	9	136	29	6	16	47	1.71
76405--76472	33	2.1	32	86	2	91	33	13	16	36	1.87
76504--76558	20	2.7	21	85	2	76	29	16	12	41	1.85
77124--77167	21	2.0	21	86	4	61	31	29	2	36	1.70
78547--78586	20	2.0	21	90	5	64	7	27	42	22	1.80
78850--78890	22	2.0	21	86	13	59	41	4	21	31	1.74
85216--85241	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85195--85261	33	2.1	32	88	2	98	34	13	16	35	1.88
85293--85347	20	2.7	21	85	2	76	27	16	14	41	1.87
85334--85358	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
85347--85395	20	2.5	20	86	0	62	32	14	16	36	1.89
89731--89814	20	4.6	19	70	28	67	35	14	17	32	1.90
89751--89816	32	2.0	33	94	2	116	34	13	16	34	1.88
92403--92456	20	2.7	20	100	0	108	46	18	11	24	1.81
101267--101292	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
101782--101854	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
101800--101875	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
101782--101875	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
101914--101939	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
106001--106031	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
108045--108124	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
108110--108148	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
110591--110663	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
110609--110684	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
110591--110684	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
110723--110748	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
111050--111092	22	1.9	22	81	13	52	18	16	9	55	1.67
117041--117065	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
122507--122607	28	3.6	28	88	5	141	27	30	16	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122591--122622	15	2.1	15	100	0	64	28	34	6	31	1.82
122563--122646	43	2.0	43	87	0	123	27	28	15	28	1.96
122535--122678	71	2.0	71	89	2	218	28	28	15	27	1.97
122507--122706	99	2.0	99	87	3	287	28	29	17	25	1.97
122609--123078	28	16.3	28	73	11	332	27	29	18	24	1.98
122966--123074	33	3.4	32	80	13	118	25	28	18	27	1.98
122962--123074	30	3.6	32	79	12	117	25	28	18	27	1.98
123971--124041	20	3.5	20	84	0	97	32	11	12	43	1.78
127782--127842	21	2.8	22	78	7	72	39	13	16	31	1.87
128270--128404	34	4.0	34	87	3	191	33	14	22	28	1.94
130976--131030	20	2.7	21	83	8	69	40	16	16	27	1.89
131083--131115	13	2.4	14	85	15	50	42	15	15	27	1.86
131090--131115	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
131072--131136	34	2.0	32	88	11	96	38	16	15	29	1.90
137223--137258	13	2.8	13	95	0	63	33	16	16	33	1.92
139727--139781	20	2.7	21	83	8	69	40	16	16	27	1.89
139695--139759	33	2.0	33	84	6	87	38	18	15	27	1.91
139822--139875	21	2.7	20	83	13	67	38	16	12	31	1.87
140860--140911	26	2.0	26	100	0	104	26	15	7	50	1.71
141302--141326	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
141314--141366	20	2.6	21	82	8	65	37	15	15	32	1.88
141426--141451	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141408--141471	33	2.0	32	90	3	101	39	20	14	26	1.90
142374--142422	19	2.7	18	81	6	55	51	4	2	42	1.32
143172--143205	7	5.0	7	89	7	52	47	0	0	52	1.00
143172--143205	13	2.5	14	85	9	52	47	0	0	52	1.00
145059--145093	17	2.0	18	88	5	54	54	2	2	40	1.30
145121--145160	20	2.1	20	86	9	57	50	0	0	50	1.00
147993--148046	15	3.5	15	80	12	56	79	3	5	11	1.02
162081--162122	21	2.0	21	95	0	75	45	0	26	28	1.54
162049--162241	102	1.9	102	95	1	352	43	2	17	36	1.63
162172--162218	21	2.1	21	84	7	58	48	2	19	29	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8