genome.fa.s143.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold143
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1221646

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162182--162224	21	2.0	22	90	4	70	44	0	25	30	1.55
162059--162265	102	2.0	101	87	1	299	44	5	15	34	1.69
164546--164679	50	2.7	50	82	6	173	28	17	11	43	1.83
176281--176324	22	2.0	22	100	0	88	31	27	4	36	1.77
176383--177273	62	14.3	62	84	3	891	24	24	19	31	1.98
176384--177273	125	7.1	124	84	2	1003	24	24	19	31	1.98
176384--177273	187	4.8	186	83	3	973	24	24	19	31	1.98
177562--177586	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
177633--177670	20	1.9	20	100	0	76	39	13	15	31	1.86
177657--177682	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
177669--177735	20	3.7	20	66	25	67	29	14	14	40	1.87
177657--177736	33	2.4	33	93	0	142	30	15	15	40	1.87
181755--181779	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
181767--181819	20	2.6	21	76	8	56	39	16	15	28	1.89
181880--181904	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
181861--181925	34	2.0	32	88	11	96	36	16	16	29	1.92
187842--187872	8	3.8	8	95	4	53	12	0	25	61	1.32
188059--188096	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
188539--188583	20	2.1	22	88	8	67	17	48	28	4	1.66
189920--189978	29	2.0	29	96	0	109	38	3	33	23	1.72
189983--190024	22	1.9	22	90	9	68	30	0	30	38	1.58
190584--190608	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
190596--190646	20	2.5	20	100	0	102	37	19	15	27	1.92
190710--190772	32	1.9	34	87	12	96	36	14	17	31	1.90
201542--201592	20	2.6	20	87	3	68	39	19	13	27	1.90
207767--207805	13	3.0	13	92	0	60	30	15	15	38	1.88
209425--209468	22	2.1	20	83	8	52	15	11	15	56	1.66
209601--209909	169	1.8	169	99	0	609	36	4	25	33	1.77
210485--210509	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
210465--210532	33	2.1	33	88	2	102	35	17	14	32	1.91
213530--213657	52	2.5	51	96	1	229	32	17	16	33	1.92
213666--213690	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
213731--213797	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
213753--213777	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
214588--214790	49	3.9	50	83	5	221	34	16	23	25	1.95
216286--216413	1	128.0	1	74	0	112	87	7	5	0	0.67
216285--216412	35	3.7	33	83	10	157	86	7	6	0	0.70
216286--216411	44	2.9	45	79	10	147	87	7	5	0	0.67
216286--216413	59	2.2	58	82	12	163	87	7	5	0	0.67
217895--218891	49	20.8	49	84	6	1077	24	26	18	30	1.98
218094--218161	22	3.1	22	60	19	52	23	27	20	27	1.99
218042--218891	92	9.0	92	83	8	862	24	27	18	29	1.98
217895--218842	141	6.6	141	87	6	1213	24	26	18	29	1.98
218235--218302	22	3.1	22	60	19	52	23	27	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
218495--218562	21	3.2	21	65	19	59	27	26	19	26	1.99
218554--218624	22	3.2	23	65	19	60	23	28	19	28	1.99
218559--218632	22	3.4	21	65	18	53	24	28	17	29	1.97
218581--218648	21	3.2	21	63	19	50	25	29	17	27	1.97
218610--218897	52	5.7	52	83	4	177	24	27	17	30	1.97
219675--219741	20	3.7	20	74	25	85	26	14	17	40	1.89
219695--219721	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
219675--219742	33	2.1	33	100	0	136	26	14	17	41	1.88
222885--223804	62	14.8	62	82	2	970	23	23	19	33	1.97
222885--223804	125	7.4	124	83	2	988	23	23	19	33	1.97
223807--224187	41	9.0	43	72	17	217	19	27	11	41	1.86
223820--224317	86	5.9	84	77	10	408	18	26	11	42	1.85
223820--224317	130	3.9	127	80	7	453	18	26	11	42	1.85
223831--224317	44	11.4	43	72	14	341	19	26	12	42	1.86
224942--225065	30	4.5	30	74	19	106	25	14	19	40	1.90
224922--225035	50	2.3	50	89	0	165	27	15	14	42	1.87
224940--225046	50	2.1	50	87	0	151	25	14	18	41	1.89
225020--225076	30	1.9	30	82	7	71	26	12	21	40	1.88
226036--226060	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
232243--232280	13	2.9	13	92	0	58	31	15	15	36	1.90
234826--234850	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
234806--234873	33	2.1	33	89	8	104	36	16	14	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
237410--237662	79	3.2	77	79	7	267	27	27	12	32	1.93
245613--245669	15	3.9	15	81	4	62	80	3	0	15	0.84
245627--245676	26	1.9	26	88	8	75	76	2	0	22	0.89
245610--245672	11	5.7	11	75	17	60	79	3	0	17	0.86
245629--245686	30	1.9	31	85	3	82	72	1	0	25	0.94
245610--245686	34	2.3	33	82	10	95	75	2	0	22	0.93
245785--245846	17	3.6	17	86	0	88	20	20	9	48	1.78
245997--246026	12	2.5	12	94	0	51	16	26	10	46	1.78
248447--248477	10	3.1	10	90	0	53	22	29	6	41	1.78
249016--249082	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
249337--249454	36	3.5	34	77	12	109	30	14	22	32	1.94
253750--253800	20	2.5	20	87	6	68	33	19	7	39	1.81
256143--256456	79	4.0	79	84	7	354	27	25	13	33	1.94
272951--273030	42	1.9	42	84	0	106	11	45	2	41	1.53
272984--273050	12	5.9	11	78	18	66	8	50	1	38	1.43
272975--273021	24	2.0	24	86	0	67	10	44	2	42	1.51
272979--273060	33	2.5	33	91	0	128	8	46	1	43	1.42
272979--273036	21	2.8	21	80	15	66	10	46	1	41	1.48
274900--274925	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
274912--274949	20	1.9	20	100	0	76	31	15	13	39	1.86
274969--275020	13	3.5	13	73	26	50	34	19	13	32	1.90
280609--281057	61	7.4	61	87	3	584	26	27	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
281057--281287	42	5.8	41	75	10	185	20	24	14	40	1.90
281186--281323	34	3.8	35	72	16	120	18	26	18	37	1.93
281187--281323	35	3.8	34	73	11	121	18	26	18	37	1.93
281149--281321	73	2.3	75	87	2	226	19	25	16	38	1.92
281907--282041	50	2.7	49	85	3	182	25	17	14	42	1.87
284414--284673	79	3.3	79	87	0	367	26	26	15	31	1.96
284603--284700	51	1.9	52	83	6	128	31	24	8	35	1.85
297196--297235	8	4.8	8	87	3	53	87	10	2	0	0.63
297196--297237	16	2.5	17	88	7	59	88	9	2	0	0.61
297196--297237	20	2.0	21	90	4	68	88	9	2	0	0.61
298256--298483	55	4.0	56	85	8	302	27	27	20	25	1.99
298517--298698	61	3.1	60	76	15	191	24	28	19	26	1.99
298702--298810	54	2.0	55	90	1	175	28	28	22	21	1.99
298287--299358	212	5.1	211	90	4	1516	24	28	20	26	1.99
298287--299360	423	2.6	414	88	5	1563	24	28	20	26	1.99
298914--299107	58	3.5	55	84	7	250	26	28	21	23	1.99
298968--299261	152	1.9	151	85	8	398	24	29	21	25	1.99
299029--299206	94	1.9	93	90	1	284	23	28	21	26	1.99
299127--299322	61	3.3	60	86	8	253	23	27	22	25	2.00
299303--299498	42	4.7	43	77	11	185	19	27	15	37	1.92
299324--299489	87	1.9	85	83	8	210	18	27	14	39	1.90
300123--300299	20	8.8	20	74	20	120	26	18	14	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
300212--300279	33	2.1	33	94	0	118	26	19	13	41	1.88
300232--300259	13	2.2	13	100	0	56	28	14	14	42	1.84
300190--300299	53	2.1	53	87	3	159	27	20	12	40	1.88
302590--302709	51	2.4	50	81	4	141	27	25	12	34	1.92
302694--302767	28	2.6	28	89	4	114	22	32	20	24	1.98
302801--302877	28	2.8	28	83	0	100	20	31	22	25	1.98
302862--302979	51	2.3	51	91	0	191	31	27	10	30	1.90
302643--302924	110	2.6	107	82	4	386	26	25	14	32	1.95
302963--303035	28	2.6	27	89	8	103	21	30	17	30	1.97
302914--303114	107	1.9	107	83	4	262	26	29	13	30	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8