genome.fa.s143.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold143
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1221646

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
872310--872621	85	3.6	86	82	6	357	33	29	16	20	1.95
872306--872617	28	10.9	29	81	7	201	33	29	16	20	1.95
872621--872843	87	2.5	87	81	6	234	24	23	20	31	1.98
872626--872892	136	2.0	130	80	4	291	24	22	19	32	1.97
873795--873850	20	2.8	20	89	5	78	32	14	12	41	1.83
877592--877633	21	2.0	21	95	0	75	35	28	9	26	1.88
878330--878375	21	2.2	20	85	7	65	21	17	17	43	1.88
891353--891424	15	4.7	15	81	13	60	84	6	8	0	0.77
891350--891424	17	4.6	16	82	12	64	85	6	8	0	0.75
891370--891423	14	3.9	13	83	9	63	87	9	3	0	0.67
891373--891437	28	2.3	29	79	15	73	83	12	4	0	0.80
891384--891436	15	3.2	16	89	10	81	84	15	0	0	0.61
891384--891430	18	2.6	18	87	12	62	85	14	0	0	0.61
891388--891436	13	3.5	14	81	18	50	83	16	0	0	0.64
891350--891424	1	75.0	1	70	0	51	85	6	8	0	0.75
892851--892904	28	2.0	27	92	3	90	37	29	16	16	1.91
892885--893126	34	7.6	34	79	9	162	22	31	13	32	1.92
892980--893051	27	2.7	27	97	0	135	23	34	13	27	1.93
893106--893200	29	3.3	29	78	14	108	34	33	15	15	1.90
893277--893611	48	7.6	47	66	17	205	25	25	20	28	1.99
893325--893572	39	5.9	39	68	15	154	26	25	20	27	1.99
893287--893620	87	3.8	87	94	0	533	25	25	20	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
894094--894152	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
894312--894488	90	2.0	90	97	0	336	31	12	15	40	1.86
894522--894547	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
895085--895234	52	2.8	52	76	3	147	24	24	13	38	1.91
895927--895987	28	2.1	28	87	9	86	32	11	18	37	1.86
896011--896065	20	2.8	20	88	5	76	32	14	12	40	1.84
896082--896110	15	1.9	15	100	0	58	34	13	20	31	1.92
908197--908238	21	2.0	21	95	0	75	33	11	14	40	1.82
908275--908328	19	2.8	19	100	0	108	33	11	18	37	1.86
914806--914852	14	3.3	14	80	14	51	68	2	4	25	1.19
916631--916680	18	2.7	19	72	12	59	48	24	22	6	1.73
916662--916721	21	2.9	21	79	0	75	46	18	23	11	1.81
916923--916970	24	2.0	24	88	8	71	77	2	20	0	0.88
918779--919142	189	1.9	190	85	3	511	23	16	22	37	1.93
918960--919354	155	2.5	156	84	2	510	21	16	24	36	1.94
924895--924923	13	2.2	13	100	0	58	31	17	13	37	1.89
924878--924940	33	1.9	32	87	9	92	28	17	15	38	1.91
924907--924969	19	3.3	19	73	6	65	34	15	17	31	1.92
925026--925200	72	2.4	72	97	0	323	36	16	15	32	1.90
932652--932720	33	2.1	33	88	0	102	21	18	23	36	1.95
933676--933773	51	1.9	51	93	0	169	32	19	15	32	1.93
934576--934765	88	2.1	90	80	4	208	20	19	14	45	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
942686--943052	152	2.4	154	81	7	415	23	15	20	39	1.91
946368--946434	26	2.6	26	81	6	73	28	19	26	25	1.99
946379--946434	27	2.1	27	83	3	69	30	23	25	21	1.99
948769--948820	20	2.5	21	84	3	70	32	13	13	40	1.83
949644--949789	60	2.4	60	87	2	222	32	15	21	29	1.95
949797--950348	52	10.7	52	75	6	422	34	15	23	25	1.95
950503--950569	32	2.1	32	86	5	91	29	22	23	23	1.99
950701--950813	59	1.9	59	85	3	156	31	15	25	26	1.96
950987--951047	32	1.9	32	82	0	77	29	19	24	26	1.99
951018--951166	60	2.5	59	80	2	145	24	22	26	25	2.00
951087--951267	96	1.9	97	88	4	278	24	23	26	25	2.00
951208--951305	32	3.2	30	78	15	94	25	22	29	22	1.99
951255--951589	179	1.9	179	81	5	408	28	15	32	24	1.95
951254--951594	29	11.6	29	80	5	292	28	15	32	23	1.95
957645--957706	20	3.1	20	83	0	88	32	14	12	40	1.84
957595--957769	91	1.9	90	89	1	269	28	15	11	44	1.81
963913--963955	20	2.1	20	86	4	59	9	30	44	16	1.79
964230--964276	21	2.3	21	82	10	62	46	4	17	31	1.67
964398--964433	13	2.8	13	95	0	63	33	13	19	33	1.91
964599--964641	13	3.2	13	78	12	50	46	23	0	30	1.52
966508--966548	15	2.7	15	84	3	55	17	19	17	46	1.85
970612--970637	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
974480--975308	70	12.1	69	75	11	593	25	24	15	34	1.94
974494--975339	139	6.2	136	76	12	686	25	24	14	34	1.94
975064--975355	69	4.2	68	83	6	313	25	25	15	33	1.95
976049--976100	20	2.6	20	96	0	95	32	15	11	40	1.83
989218--989272	20	2.8	20	88	0	83	40	14	12	32	1.84
990308--990346	13	3.0	13	92	0	69	35	17	15	30	1.91
990404--990501	43	2.3	43	100	0	196	36	11	24	27	1.89
990404--990501	21	4.5	22	94	5	182	36	11	24	27	1.89
990489--990519	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
990543--990680	53	2.6	54	91	2	233	28	17	17	36	1.92
990650--990720	20	3.5	21	79	7	76	29	14	16	39	1.88
990668--990726	20	3.0	20	82	0	73	30	13	15	40	1.86
990760--990800	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
996033--996198	63	2.6	63	83	6	176	22	18	29	29	1.97
996033--996198	32	5.3	31	80	8	165	22	18	29	29	1.97
996900--996965	20	3.7	20	73	26	83	24	18	18	39	1.92
996919--996945	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
996900--996997	33	3.0	33	92	1	153	27	17	15	39	1.89
1001872--1001913	13	3.2	13	100	0	84	28	14	16	40	1.88
1004367--1004393	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1004377--1004434	19	2.9	19	82	5	71	32	13	17	36	1.89
1005811--1005929	51	2.3	51	82	0	139	32	11	26	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1005873--1006107	79	3.0	79	77	2	231	31	13	26	28	1.94
1005980--1006127	79	1.9	79	83	5	192	35	12	23	28	1.92
1008940--1009110	74	2.3	74	82	2	191	40	14	23	21	1.90
1009046--1009268	41	5.4	41	85	5	281	39	15	22	22	1.92
1009331--1009638	61	5.1	61	90	1	442	27	18	27	25	1.98
1009260--1009638	122	3.1	122	85	4	496	29	17	27	25	1.98
1009260--1009641	183	2.1	185	87	6	553	29	17	27	25	1.98
1010607--1010652	17	2.6	17	86	6	56	4	13	0	82	0.81
1010607--1010661	9	6.1	9	80	6	58	3	10	1	83	0.84
1010607--1010668	8	7.1	8	81	15	52	3	9	3	83	0.86
1010607--1010666	26	2.3	26	83	11	77	3	10	3	83	0.88
1013535--1013611	31	2.5	31	84	2	100	25	22	24	27	2.00
1014353--1014418	20	3.7	20	73	26	83	24	18	18	39	1.92
1014372--1014431	13	5.1	13	69	22	60	26	16	16	40	1.90
1014353--1014450	33	3.0	33	93	1	162	26	17	16	39	1.90
1020344--1020372	13	2.2	13	100	0	58	27	13	17	41	1.87
1022992--1023029	20	1.9	19	89	5	58	39	15	7	36	1.77
1024274--1024392	51	2.3	51	82	0	139	32	11	26	29	1.92
1024336--1024569	79	3.0	79	79	1	254	31	14	26	27	1.95
1024363--1024593	79	2.9	78	79	6	241	33	14	25	25	1.94
1027401--1027571	74	2.3	74	83	2	200	40	15	23	19	1.90
1027507--1027729	41	5.4	41	84	5	272	38	15	22	22	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1027792--1028099	61	5.1	61	90	1	433	28	18	27	25	1.98
1027721--1028099	122	3.1	122	84	4	487	29	17	27	25	1.98
1027721--1028102	183	2.1	185	86	6	544	29	17	27	25	1.97
1029076--1029129	8	6.4	8	85	10	54	1	7	3	87	0.74
1029076--1029129	17	3.2	17	84	5	65	1	7	3	87	0.74
1029068--1029122	9	6.1	9	85	6	67	1	10	1	85	0.75
1034859--1034974	51	2.3	50	85	7	153	31	10	27	31	1.90
1034908--1035193	79	3.6	78	82	6	326	32	13	27	25	1.94
1034813--1035052	130	1.8	130	84	5	333	32	12	27	28	1.93
1037523--1037650	50	2.6	50	87	2	195	43	13	15	27	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8