genome.fa.s143.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold143
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1221646

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
716631--716687	13	3.9	13	76	24	60	35	15	14	35	1.88
718668--718697	11	2.7	11	94	0	51	6	10	23	60	1.52
718779--718803	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
718965--718989	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
721934--721994	20	3.0	20	83	9	70	37	11	14	36	1.83
722824--722910	20	4.3	20	77	8	95	2	3	12	81	0.91
722825--722907	5	16.8	5	75	21	52	2	3	12	81	0.91
722816--722910	41	2.3	40	81	10	113	2	5	11	81	0.95
725481--726039	165	3.4	163	79	8	508	30	11	10	47	1.73
725494--726039	166	3.3	160	77	10	494	30	11	10	47	1.73
726220--726249	14	2.1	15	93	6	53	33	3	0	63	1.11
726546--726578	12	2.8	12	86	13	50	72	0	24	3	0.98
727939--728642	154	4.5	154	74	7	417	23	16	20	39	1.91
731935--732210	79	3.5	79	78	3	250	31	12	25	30	1.92
732115--732317	109	1.9	109	82	3	257	33	11	25	29	1.92
732219--732513	80	3.7	79	81	4	317	33	10	25	30	1.90
735955--736399	156	2.9	154	84	2	568	38	21	15	24	1.92
739619--739919	84	3.6	83	79	4	311	42	13	26	16	1.86
740005--740119	42	2.7	43	86	4	153	33	20	26	18	1.96
740180--741009	41	20.4	41	71	3	402	41	13	26	18	1.88
740124--740891	81	9.4	80	77	5	623	41	14	26	18	1.88
740124--740891	244	3.1	241	80	5	789	41	14	26	18	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
740613--741019	204	2.0	203	82	4	498	41	13	26	18	1.87
740129--741009	163	5.4	163	79	5	715	41	13	26	18	1.88
740859--741028	82	2.1	82	80	2	189	43	13	24	18	1.86
741130--741428	108	2.8	108	85	5	394	40	10	24	25	1.86
741130--741441	36	8.7	36	83	3	344	40	10	24	25	1.87
741639--741893	89	2.9	87	81	10	291	28	14	29	27	1.96
742026--742155	65	2.0	65	98	0	251	43	14	23	19	1.87
742158--742376	44	4.9	46	69	18	162	45	14	16	23	1.85
742158--742389	88	2.7	88	81	5	292	44	15	16	22	1.86
743254--743317	33	2.0	33	87	3	94	26	12	17	43	1.84
746853--746878	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
749438--749476	13	3.0	13	92	0	60	35	12	17	33	1.88
755648--755673	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
764188--764278	13	7.0	13	88	0	137	32	15	20	30	1.94
764188--764277	26	3.5	26	96	0	162	32	15	21	31	1.94
770465--770490	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
770445--770508	33	2.0	33	90	3	103	26	14	17	42	1.87
773607--773645	20	1.9	21	94	5	71	41	20	17	20	1.91
773748--773817	33	2.1	33	84	5	88	35	10	18	35	1.84
774399--774434	18	2.0	18	100	0	72	27	16	11	44	1.82
779938--779977	13	3.1	13	88	0	62	35	12	17	35	1.88
781054--781109	29	1.9	29	92	7	96	26	19	19	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
781742--781767	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
790284--790504	13	17.0	13	86	0	307	31	15	22	30	1.95
790284--790503	26	8.5	26	98	0	422	31	15	22	30	1.95
796694--796719	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
796674--796737	33	2.0	33	90	3	103	26	14	17	42	1.87
799835--799873	20	1.9	21	94	5	71	41	20	17	20	1.91
799976--800045	33	2.1	33	84	5	88	35	10	18	35	1.84
800626--800661	18	2.0	18	100	0	72	27	16	11	44	1.82
806158--806197	13	3.1	13	88	0	62	35	12	17	35	1.88
806284--806361	31	2.5	31	78	16	79	33	20	0	46	1.51
807262--807317	29	1.9	29	96	0	103	25	19	19	35	1.95
808482--808590	54	2.0	53	94	5	193	40	9	12	37	1.76
811381--811429	22	2.2	22	96	0	89	24	20	22	32	1.98
811433--811654	61	3.8	61	76	10	192	39	13	22	25	1.90
811448--811654	113	1.8	113	87	0	306	39	14	21	25	1.90
811688--812303	52	11.4	51	69	14	208	35	14	24	25	1.94
811728--812303	111	5.3	109	73	10	418	34	14	24	25	1.94
812040--812151	59	1.9	59	84	0	152	35	16	22	25	1.95
812301--812374	32	2.4	31	80	8	89	21	14	32	31	1.94
812361--812529	61	2.8	61	87	3	241	34	12	29	23	1.92
812376--812577	33	6.4	32	67	18	138	37	13	29	19	1.90
812565--812643	30	2.7	30	92	2	124	36	16	25	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
813607--813642	16	2.3	16	90	4	56	0	0	13	86	0.58
813607--813642	14	2.7	13	83	8	54	0	0	13	86	0.58
813859--813921	18	3.3	19	72	18	60	4	9	7	77	1.10
819169--819712	79	6.9	79	84	1	619	27	26	12	33	1.92
827248--827727	238	2.0	238	99	0	942	33	23	17	25	1.96
831456--831564	8	13.0	8	76	17	82	81	12	3	1	0.90
831457--831565	20	5.5	19	73	16	87	81	11	4	1	0.91
831456--831564	28	3.9	27	78	12	121	81	12	3	1	0.90
831456--831564	37	3.0	36	81	15	118	81	12	3	1	0.90
832327--832801	28	16.5	28	83	5	538	30	32	15	21	1.94
832327--832801	85	5.5	84	82	5	538	30	32	15	21	1.94
832354--832769	229	1.8	227	91	1	688	30	33	15	20	1.94
833677--833752	20	3.8	20	80	0	98	31	13	15	39	1.86
837309--837346	15	2.5	15	83	8	51	81	5	7	5	0.98
837303--837338	15	2.3	15	85	4	54	80	8	5	5	1.01
838334--839001	61	11.0	60	80	6	722	25	28	19	27	1.98
838335--838999	122	5.5	121	85	5	835	25	28	19	27	1.98
839010--839157	78	1.9	75	86	4	206	18	25	15	40	1.90
838982--839275	118	2.5	118	88	1	419	20	24	15	39	1.92
838989--839275	40	7.2	40	72	16	195	20	24	16	39	1.91
839128--839312	78	2.4	75	79	8	214	16	25	17	39	1.91
839251--839323	34	2.2	33	83	7	87	15	31	17	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
839132--839330	75	2.6	75	75	12	192	15	27	16	40	1.89
839898--839951	20	2.7	20	91	0	81	27	11	12	48	1.76
839867--840002	70	1.9	70	80	5	159	26	13	15	44	1.84
845633--845678	9	4.8	9	82	15	56	0	0	15	84	0.62
845635--845675	21	2.0	21	90	9	66	0	0	17	82	0.66
845805--846110	111	2.7	111	84	1	360	37	16	16	30	1.90
846699--846743	10	4.4	10	80	2	54	4	11	2	82	0.91
849660--849924	52	5.3	49	72	9	153	23	26	16	32	1.96
849708--849892	99	1.8	101	80	3	221	24	25	16	32	1.96
850641--850703	19	3.6	19	74	24	75	33	12	19	34	1.89
850639--850709	32	2.2	32	94	0	124	35	11	18	35	1.86
850733--850770	20	1.9	20	100	0	76	36	13	10	39	1.79
854340--854430	29	3.2	28	84	6	94	85	8	4	1	0.77
854343--854430	21	4.2	20	79	13	81	85	9	4	1	0.79
854339--854421	18	4.6	17	81	11	94	85	8	4	1	0.78
854340--854421	1	82.0	1	72	0	65	86	7	4	1	0.75
855854--856148	57	5.2	57	84	4	364	32	30	16	20	1.94
855854--856148	85	3.4	85	81	8	332	32	30	16	20	1.94
856077--856158	28	2.8	29	82	14	98	34	28	18	19	1.95
856170--856252	42	2.0	43	92	2	141	27	24	20	27	1.99
856218--856387	87	1.9	87	84	3	225	25	22	21	30	1.99
856300--856437	49	2.8	49	81	1	152	23	21	21	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
856353--856489	52	2.7	49	79	4	148	22	24	18	35	1.96
857364--857388	13	1.9	13	100	0	50	32	20	8	40	1.81
858309--858354	21	2.2	20	82	14	58	26	17	15	41	1.88
870828--870868	12	3.4	12	78	21	50	85	9	0	4	0.73
870827--870886	9	6.8	9	77	11	70	85	11	0	3	0.72
870826--870886	20	3.1	20	81	11	72	85	11	0	3	0.72
870830--870886	19	2.8	19	84	7	69	84	12	0	3	0.75
870828--870886	8	6.9	8	78	17	57	84	11	0	3	0.73
872305--872558	28	8.9	29	81	7	297	31	29	16	21	1.96
872310--872621	57	5.4	57	83	5	371	33	29	16	20	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8