genome.fa.s148.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold148
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1464219

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173727--173769	23	2.0	22	86	9	61	37	2	6	53	1.41
174007--174051	23	2.0	22	83	12	56	48	4	0	46	1.22
174105--174150	20	2.2	21	85	14	69	34	4	2	58	1.30
180259--180314	28	2.0	29	89	3	87	30	1	0	67	1.01
180947--180977	2	15.5	2	100	0	62	51	48	0	0	1.00
180977--181011	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00
182881--182968	40	2.2	40	87	2	124	28	26	15	29	1.96
192942--192980	21	1.9	20	85	15	53	61	0	0	38	0.96
193037--193068	7	4.9	7	85	14	50	56	0	0	43	0.99
195742--195781	20	2.1	19	85	4	53	12	17	0	70	1.18
195915--195965	17	2.7	19	79	8	61	27	0	1	70	0.98
195920--195982	27	2.2	28	81	15	69	31	0	3	65	1.09
197676--197714	19	2.1	18	85	4	51	38	2	0	58	1.12
197706--197810	29	3.6	29	73	14	97	43	9	0	46	1.36
198102--198170	30	2.4	28	80	15	79	59	2	5	31	1.36
198365--198438	37	2.0	37	94	0	130	51	13	0	35	1.41
199525--199566	21	2.0	21	100	0	84	4	19	9	66	1.38
202248--202280	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
203438--203481	18	2.5	17	81	3	52	61	0	0	38	0.96
203748--203802	18	3.0	18	76	5	65	43	0	0	56	0.99
203721--203815	37	2.6	36	81	8	111	48	0	0	51	1.00
203747--203792	19	2.5	18	82	3	56	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206158--206196	21	1.9	20	85	15	53	61	0	0	38	0.96
206253--206283	12	2.5	13	94	5	55	54	0	0	45	0.99
208939--208974	18	2.0	18	88	0	54	13	16	0	69	1.19
209105--209154	19	2.6	20	82	14	61	22	0	6	72	1.07
210856--210894	19	2.1	18	85	4	51	38	2	2	56	1.27
210881--210990	29	3.8	28	71	18	71	43	10	0	45	1.43
211281--211349	30	2.4	28	80	15	79	59	2	5	31	1.36
211544--211617	37	2.0	37	94	0	130	51	13	0	35	1.41
212704--212745	21	2.0	21	100	0	84	4	19	9	66	1.38
215425--215461	2	18.5	2	100	0	74	51	0	48	0	1.00
216931--216985	18	3.0	18	76	5	65	43	0	0	56	0.99
216904--216998	37	2.6	36	81	8	111	48	0	0	51	1.00
216930--216975	19	2.5	18	82	3	56	45	0	0	54	0.99
219347--219385	21	1.9	20	85	15	53	61	0	0	38	0.96
219442--219473	7	4.9	7	85	14	50	56	0	0	43	0.99
222307--222357	20	2.6	20	85	11	70	21	0	5	72	1.05
224068--224106	19	2.1	18	85	4	51	38	2	0	58	1.12
224098--224202	29	3.6	29	73	14	97	43	9	0	46	1.36
224494--224562	30	2.4	28	80	15	79	59	2	5	31	1.36
224757--224830	37	2.0	37	94	0	130	51	13	0	35	1.41
225916--225957	21	2.0	21	100	0	84	4	19	9	66	1.38
227037--227067	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228641--228671	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
233650--233758	50	2.2	49	81	14	125	49	0	0	50	1.00
233509--233782	141	1.9	142	92	2	462	51	2	2	43	1.29
234380--234450	26	2.6	28	73	10	76	45	0	1	53	1.09
243251--243280	8	3.8	8	90	0	51	30	0	3	66	1.07
243499--243531	17	1.9	17	88	11	50	63	0	3	33	1.10
243465--243532	30	2.3	29	76	2	73	58	1	1	38	1.16
244208--244254	14	3.4	14	73	8	51	57	0	0	42	0.98
244249--244277	14	2.0	15	93	6	51	55	0	0	44	0.99
244873--244903	6	5.2	6	100	0	62	83	0	0	16	0.64
245266--245356	25	4.1	22	68	22	57	41	0	2	56	1.12
246207--246252	12	3.8	12	83	8	58	54	2	0	43	1.12
247827--247852	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
247807--247877	19	4.0	18	72	25	53	26	12	21	39	1.89
250194--250240	21	2.3	21	82	10	62	44	4	19	31	1.70
250361--250399	13	3.0	13	96	0	69	38	12	15	33	1.85
252472--252501	15	2.0	15	93	0	51	13	20	16	50	1.78
256577--256601	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
256554--256621	32	2.1	32	86	8	93	32	14	17	35	1.91
256557--256627	19	4.0	18	72	25	53	28	12	21	38	1.90
257466--257533	18	4.0	18	70	14	63	42	17	0	39	1.50
257944--257975	13	2.3	15	89	10	50	28	6	6	59	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
259445--259512	22	3.1	22	89	4	93	22	17	11	48	1.79
260543--260602	31	2.0	30	87	6	86	65	11	0	23	1.26
260936--260960	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
261025--261054	14	2.1	14	93	0	51	26	26	10	36	1.88
260988--261046	22	2.8	21	75	10	57	28	23	10	37	1.88
261111--261153	22	2.0	22	95	0	77	27	20	13	37	1.91
261190--261228	20	2.0	19	90	5	60	33	12	15	38	1.85
263181--263341	84	1.9	84	83	5	209	54	3	16	26	1.57
264271--264312	20	2.1	20	100	0	84	28	4	14	52	1.62
266457--266481	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
266617--266659	22	2.0	22	95	0	77	27	20	13	37	1.91
266698--266744	20	2.3	21	76	23	64	36	12	14	36	1.85
272663--272709	3	15.7	3	100	0	94	68	0	0	31	0.90
273075--273136	29	2.1	31	82	11	78	59	9	1	29	1.38
274968--275045	38	2.1	38	97	0	147	47	15	16	20	1.83
274975--275035	19	3.2	19	66	25	56	49	11	19	19	1.78
278134--278160	10	2.7	10	100	0	54	44	14	18	22	1.86
279657--279763	48	2.2	49	90	5	164	30	16	15	36	1.91
279752--279781	15	2.0	15	100	0	60	40	13	13	33	1.83
286079--286138	26	2.3	26	91	0	102	10	25	20	45	1.81
286079--286166	26	3.4	27	83	7	71	9	22	20	47	1.78
286163--286222	23	2.6	23	100	0	120	26	21	13	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
286390--286503	54	2.1	54	90	0	174	21	23	17	37	1.94
287470--287525	27	2.1	27	100	0	112	32	33	7	26	1.84
287652--287789	7	18.6	7	71	19	68	76	5	1	17	1.05
287658--287790	8	16.6	8	72	12	69	76	5	1	16	1.04
287653--287769	17	6.6	17	68	22	55	76	5	0	17	1.02
288185--288317	41	3.3	41	79	2	151	38	34	15	12	1.84
288210--288356	40	3.7	40	81	7	154	36	37	15	10	1.82
288174--288452	81	3.4	81	81	5	285	36	33	17	11	1.86
288210--288562	40	8.7	39	69	15	146	37	34	16	11	1.85
288344--288638	123	2.4	124	83	2	369	38	31	17	12	1.87
288174--288519	81	4.2	83	79	6	278	37	33	17	11	1.86
288673--288838	71	2.3	71	83	2	199	24	36	17	21	1.94
288753--288808	22	2.5	22	82	0	58	19	41	19	19	1.91
289211--289237	12	2.2	12	100	0	54	92	7	0	0	0.38
300604--300630	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
300615--300671	19	2.9	19	92	5	87	29	15	17	36	1.91
300716--300746	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
300703--300766	33	1.9	32	87	12	94	37	14	17	31	1.89
303376--303445	20	3.6	19	77	9	70	38	17	14	30	1.89
303418--303551	53	2.5	53	96	0	241	36	19	17	26	1.94
303682--303720	13	3.0	13	84	0	60	30	12	17	38	1.88
304190--304256	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
308341--308369	13	2.2	13	100	0	58	27	13	17	41	1.87
310208--310312	34	3.0	34	95	2	183	33	2	27	36	1.72
310254--310321	18	3.7	18	70	14	59	32	1	32	33	1.67
310864--310907	13	3.1	13	77	22	52	27	13	15	43	1.85
310974--311037	13	5.4	13	76	17	68	37	14	15	32	1.87
310958--311057	33	3.0	32	94	5	157	37	13	18	32	1.88
310992--311057	20	3.7	20	73	26	83	39	12	18	30	1.87
314793--314817	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
314773--314840	33	2.1	33	89	8	104	36	16	14	32	1.89
315264--315330	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9