genome.fa.s148.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold148
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1464219

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
675878--675917	12	3.3	12	80	13	55	87	2	2	7	0.71
675870--675917	15	3.2	14	78	21	53	87	4	2	6	0.73
675854--675917	10	6.3	10	74	13	51	84	7	1	6	0.84
677167--677235	31	2.4	28	82	7	84	24	37	11	26	1.89
677253--677795	64	8.5	62	75	13	296	20	29	12	37	1.90
677223--677795	34	17.7	32	75	13	430	20	28	12	38	1.89
677223--677803	127	4.5	128	77	12	484	20	28	12	38	1.89
677348--677569	32	6.8	30	80	14	157	22	29	13	34	1.92
677513--677576	28	2.3	29	89	8	105	21	28	12	37	1.90
677348--677708	197	1.8	196	81	7	455	20	28	12	38	1.89
677677--677734	26	2.2	26	90	0	89	20	31	12	36	1.89
677644--677757	58	1.9	60	89	7	180	21	29	12	36	1.90
677930--678167	43	5.2	43	73	14	197	25	29	16	28	1.97
677906--678167	92	2.8	94	86	3	357	25	29	16	28	1.97
678065--678433	52	7.0	52	76	9	243	24	27	15	32	1.96
678028--678374	101	3.5	99	81	8	330	24	26	17	31	1.97
678313--678449	61	2.2	61	90	0	220	21	29	11	36	1.89
678501--678532	11	2.9	11	90	0	55	28	43	3	25	1.69
686249--686475	78	2.9	77	82	5	285	34	12	24	28	1.92
686411--686527	51	2.3	51	83	2	137	32	12	25	29	1.93
688910--689041	49	2.7	49	88	2	185	39	15	16	28	1.90
690305--691025	155	4.6	154	77	6	632	39	19	14	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
690332--691025	310	2.2	312	80	5	744	40	19	14	25	1.90
691565--691601	20	1.9	20	88	5	58	24	2	2	70	1.14
692432--692480	11	4.6	10	82	9	53	2	16	2	79	0.92
692797--693541	166	4.5	165	74	7	487	50	7	11	31	1.66
696526--696565	21	1.9	21	84	0	53	40	17	7	35	1.78
696703--696744	21	2.0	21	95	0	75	38	9	11	40	1.75
697329--697366	19	2.0	19	85	10	51	55	2	2	39	1.28
698214--698260	16	3.1	16	76	17	55	34	0	0	65	0.93
700507--700539	14	2.2	16	89	10	52	39	0	0	60	0.97
700524--700579	18	2.9	19	84	10	62	42	1	1	53	1.21
700537--700586	18	2.7	18	84	12	57	44	2	2	52	1.24
700677--700727	22	2.2	24	80	13	63	25	3	7	62	1.40
701708--701738	16	1.9	16	93	0	53	19	9	22	48	1.78
702163--702200	2	19.0	2	94	0	67	50	2	0	47	1.15
702453--702491	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
706832--706895	11	5.6	11	74	18	60	32	0	1	65	1.02
706828--706895	10	7.2	10	69	27	51	33	0	1	64	1.02
706941--707113	88	2.0	88	91	0	283	28	17	19	34	1.95
707248--707280	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
707624--707651	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
708250--708293	16	2.8	16	75	3	54	22	11	4	61	1.48
708470--708509	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
710967--711028	29	2.2	29	82	8	74	25	9	1	62	1.35
712338--712382	16	2.8	16	83	6	56	48	4	0	46	1.22
713837--713892	12	4.9	11	75	14	51	33	0	3	62	1.12
713975--714017	20	2.1	21	86	4	61	60	0	0	39	0.97
717658--717762	48	2.2	48	79	3	113	35	16	13	35	1.87
722557--722591	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
724635--724668	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
724798--724835	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
727629--727675	23	2.0	23	84	8	60	29	4	19	46	1.68
729026--729060	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
738899--738980	18	4.5	17	71	19	58	42	1	0	56	1.07
738943--739008	32	2.0	33	85	8	91	48	0	0	51	1.00
745943--746067	52	2.4	52	97	0	232	28	18	18	35	1.94
745943--746087	52	2.8	51	90	4	220	29	17	18	33	1.95
746076--746100	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
746162--746186	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
746141--746206	32	2.0	33	91	2	107	36	16	10	36	1.84
755674--755794	52	2.3	52	88	5	174	32	18	18	31	1.95
755697--755814	52	2.3	52	82	5	141	33	17	19	28	1.95
755803--755827	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
755870--755941	19	3.7	19	92	3	117	40	15	12	31	1.84
756274--756330	13	3.9	13	76	24	60	35	14	15	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
756255--756351	32	3.0	32	96	0	176	34	11	16	38	1.84
756233--756349	19	6.7	19	74	22	114	33	11	17	38	1.85
756392--756416	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
770278--770341	23	2.8	22	88	11	85	84	9	6	0	0.78
771790--771848	29	2.0	30	87	9	86	25	30	15	28	1.96
771880--772008	34	3.8	34	82	6	163	18	34	13	33	1.90
771820--772008	67	2.9	65	86	6	260	19	34	13	32	1.91
772043--772170	32	3.9	33	88	3	206	29	34	17	17	1.94
771784--772084	128	2.4	125	78	10	315	21	34	14	29	1.93
772237--772304	21	3.2	21	63	19	50	25	27	17	29	1.97
772220--772490	43	6.0	43	80	10	326	24	25	19	30	1.98
772176--772534	92	3.9	92	91	2	549	25	25	18	31	1.98
779405--779440	17	2.1	17	89	0	54	52	5	0	41	1.24
779954--780037	32	2.5	34	82	7	100	54	0	0	45	0.99
779945--780036	41	2.4	37	75	18	89	57	0	0	42	0.98
780019--780073	23	2.4	24	81	9	78	63	0	0	36	0.95
780162--780214	7	7.2	8	73	26	55	39	0	0	60	0.97
780163--780214	14	3.6	14	82	14	70	38	0	0	61	0.96
780163--780222	14	4.2	14	75	12	59	41	0	0	58	0.98
780232--780282	18	2.8	18	77	22	61	58	3	1	35	1.28
780394--780451	17	3.2	17	75	17	55	39	0	1	58	1.08
780383--780441	17	3.4	18	76	19	63	40	0	1	57	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
780450--780500	7	7.1	7	78	12	50	56	0	1	41	1.10
784220--784288	23	2.6	28	78	17	85	47	2	0	49	1.16
784231--784282	25	2.2	25	89	6	81	50	3	0	46	1.20
785414--785440	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
786784--786822	19	2.1	19	90	0	60	64	5	0	30	1.15
798231--798419	80	2.3	80	75	4	193	29	27	9	33	1.88
798840--798877	20	1.9	20	94	0	67	34	10	21	34	1.87
801359--801608	79	3.2	78	86	4	358	29	24	10	35	1.89
801467--801813	129	2.7	129	81	5	346	28	24	11	35	1.90
801546--801660	50	2.3	51	77	6	117	27	21	10	40	1.86
805541--805577	2	18.0	2	94	5	65	48	0	2	48	1.15
806088--806131	2	22.0	2	100	0	88	0	50	0	50	1.00
808665--808705	16	2.6	16	84	7	57	41	34	7	17	1.77
808686--808759	32	2.4	31	82	10	91	39	25	16	18	1.91
808751--808813	32	2.0	32	93	0	108	41	22	15	20	1.90
808724--808813	16	5.8	16	66	14	55	40	22	16	21	1.92
809627--809666	18	2.2	18	100	0	80	45	0	5	50	1.23
809881--809955	16	4.7	16	73	6	71	41	33	14	10	1.81
809881--809955	32	2.3	32	83	0	87	41	33	14	10	1.81
810202--810257	23	2.5	22	82	8	67	19	5	10	64	1.44
810246--810334	20	4.5	21	76	18	77	30	1	2	66	1.11
810261--810291	16	2.0	15	93	6	53	29	0	0	70	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
810672--810740	28	2.5	28	86	11	90	56	1	0	42	1.08
811675--811853	91	2.0	91	92	2	297	42	7	7	42	1.61
812029--812055	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
818357--818451	19	5.7	18	72	27	93	33	12	17	35	1.88
818376--818465	13	6.0	13	71	26	63	34	14	16	34	1.89
818355--818464	32	3.4	32	97	0	202	34	13	17	34	1.89
818354--818528	64	2.8	62	81	11	187	36	13	17	33	1.88
818475--818516	21	2.0	21	95	4	77	42	9	16	30	1.80
818871--818895	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
818852--818959	32	3.2	32	80	15	128	34	11	18	36	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9