genome.fa.s148.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold148
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1464219

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
818884--818951	19	3.6	19	98	2	129	32	11	19	36	1.88
819016--819164	52	2.9	51	85	2	208	35	19	16	28	1.94
824571--824914	51	6.6	51	72	14	220	29	27	11	30	1.92
824694--824914	51	4.3	50	82	6	228	29	26	11	31	1.92
824696--824914	102	2.1	102	83	3	260	30	26	10	31	1.91
824903--824972	28	2.5	28	83	0	86	22	35	17	24	1.95
824927--825286	79	4.6	79	91	2	406	25	28	15	30	1.96
828348--828410	26	2.3	27	72	8	65	31	6	23	38	1.80
828785--828967	91	2.0	91	96	0	339	40	8	10	40	1.69
829154--829222	33	2.1	33	86	10	97	31	10	18	39	1.84
830574--830637	33	2.0	33	87	9	96	48	1	7	42	1.41
832618--832665	22	2.3	21	80	13	64	64	0	0	35	0.94
833231--833269	15	2.7	15	88	11	55	28	7	0	64	1.21
833447--833504	19	3.1	19	73	14	57	44	0	0	55	0.99
836479--836539	24	2.5	24	81	0	77	37	18	16	27	1.92
837986--838015	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
838428--838458	1	31.0	1	93	0	53	3	0	96	0	0.21
839119--839154	15	2.5	15	90	4	56	25	0	0	75	0.81
839203--839250	25	1.9	25	86	0	69	52	2	4	41	1.32
842248--842286	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
846547--846629	22	3.9	22	79	7	100	42	30	7	20	1.79
846740--846804	22	3.0	22	79	0	67	41	6	10	41	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
847053--847098	22	2.1	22	100	0	92	41	8	8	41	1.67
850326--850409	35	2.3	35	93	4	141	39	0	20	40	1.52
852409--852444	17	2.1	17	89	0	54	22	2	33	41	1.68
858470--858543	31	2.4	31	86	0	103	35	17	16	31	1.92
863062--863138	31	2.5	31	77	8	93	37	24	7	29	1.84
869653--869743	16	5.8	16	71	1	67	37	4	2	56	1.32
869923--869961	19	2.1	19	85	9	53	56	0	0	43	0.99
870159--870194	17	2.2	17	95	5	65	52	8	0	38	1.32
871165--871254	43	2.2	39	84	9	108	51	1	1	46	1.15
872995--873040	19	2.6	17	76	10	56	63	0	0	36	0.95
873004--873071	34	2.1	34	86	5	95	57	2	0	39	1.14
873004--873086	33	2.6	32	76	10	91	57	2	0	39	1.12
873073--873134	17	3.6	17	73	16	56	62	0	0	37	0.95
887324--887404	37	2.2	37	88	0	117	28	17	20	33	1.95
894189--894241	2	26.5	2	81	7	54	47	5	1	45	1.37
894588--894632	13	3.4	13	82	14	56	51	2	2	44	1.26
895765--895817	27	1.9	28	84	3	72	33	0	0	66	0.92
895784--895816	15	2.3	15	94	5	59	30	0	0	69	0.88
895780--895837	21	2.6	23	72	10	57	36	0	0	63	0.94
895783--895818	14	2.6	14	87	12	56	33	0	0	66	0.92
895764--895822	27	2.2	27	78	6	66	32	0	0	67	0.91
896210--896243	2	17.5	2	87	6	52	47	0	2	50	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
897534--897575	17	2.5	17	81	14	52	38	0	2	59	1.10
897645--897700	28	2.0	29	89	10	89	25	1	3	69	1.14
897674--897717	23	2.0	21	83	12	54	27	0	0	72	0.85
897642--897716	28	2.4	32	76	14	86	28	1	2	68	1.12
897725--897811	44	2.0	44	90	0	138	34	10	10	44	1.73
898206--898263	17	3.5	17	81	4	66	39	0	0	60	0.97
898206--898268	32	1.9	32	83	6	81	41	0	0	58	0.98
898211--898254	23	2.0	22	86	4	61	43	0	0	56	0.99
903572--903655	40	2.1	40	100	0	168	40	28	19	11	1.87
906349--906402	24	2.2	25	78	15	60	35	0	1	62	1.06
908524--908558	6	5.5	6	87	12	52	34	0	0	65	0.93
908524--908558	14	2.7	13	91	8	54	34	0	0	65	0.93
913297--913350	20	2.6	21	82	11	67	31	14	7	46	1.73
913882--913907	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
913864--913927	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
917393--917424	15	2.1	15	94	0	55	46	15	21	15	1.83
919502--919540	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
919652--919697	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
921148--921191	23	2.0	21	82	8	52	15	9	15	59	1.61
922098--922123	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
922080--922143	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
928041--928076	14	2.6	14	90	0	63	86	5	5	2	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
928924--928977	20	2.6	21	85	2	74	42	12	14	29	1.83
929025--929100	20	3.7	20	87	3	98	27	14	10	47	1.77
931567--931756	78	2.4	79	78	8	208	31	20	8	38	1.84
935583--935630	24	2.0	25	84	12	64	54	8	33	4	1.50
937537--937561	11	2.3	11	100	0	50	20	32	8	40	1.81
937675--937808	69	1.9	69	87	0	196	31	17	8	41	1.81
937677--937831	69	2.2	69	82	2	186	31	20	9	39	1.83
946008--946047	21	1.9	21	89	0	62	27	17	0	55	1.43
946008--946057	21	2.5	20	83	9	57	32	16	0	52	1.44
947735--947790	23	2.5	22	80	5	67	42	7	19	30	1.78
947746--947794	23	2.1	23	96	0	89	46	10	22	20	1.80
948453--948477	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
952359--952399	21	1.9	22	85	5	57	80	9	7	2	0.99
953667--954282	31	20.3	31	77	8	378	30	31	17	21	1.96
953618--953928	28	10.5	29	75	12	172	32	29	15	22	1.95
953621--954040	211	2.0	211	82	3	515	32	29	15	22	1.95
954178--954231	28	1.9	28	92	0	90	29	25	18	25	1.98
954399--954506	51	2.1	51	82	0	126	29	21	14	34	1.93
955200--955251	15	3.5	15	78	0	68	69	13	1	15	1.28
968831--969037	51	4.1	50	80	6	191	36	19	18	25	1.94
971790--971829	18	2.2	18	86	0	53	35	20	0	45	1.51
979322--979375	24	2.2	24	83	0	63	20	11	12	55	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
982547--982572	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
982642--982715	20	3.8	18	84	10	85	32	13	17	36	1.89
983583--983620	19	2.0	19	85	10	51	55	2	0	42	1.14
984174--984215	18	2.3	19	88	8	61	54	4	0	40	1.21
984223--984273	24	2.2	23	89	3	75	49	3	0	47	1.20
985823--985888	25	2.8	23	75	11	71	34	1	1	62	1.14
986508--986545	19	2.0	19	85	10	51	23	0	7	68	1.16
986777--986811	18	1.9	18	88	0	52	22	0	0	77	0.78
987699--987752	20	2.7	21	85	8	76	35	18	11	35	1.86
988744--988810	33	2.0	33	94	0	116	29	20	26	22	1.99
999217--999258	9	4.8	9	85	2	59	88	11	0	0	0.53
999218--999257	15	2.5	16	92	8	64	87	12	0	0	0.54
999505--999543	9	4.1	9	83	9	51	84	10	5	0	0.76
999508--999550	19	2.2	20	91	4	70	83	6	6	2	0.88
1000548--1000876	31	10.5	30	76	9	300	24	30	14	30	1.95
1000537--1000892	96	3.8	95	81	5	377	23	29	14	32	1.94
1000540--1000883	125	2.7	123	79	6	341	24	29	14	31	1.95
1000540--1000876	62	5.4	62	79	6	367	24	29	14	31	1.94
1000868--1001278	33	12.8	32	75	12	299	20	30	12	36	1.90
1000826--1000979	61	2.5	61	81	5	166	23	32	12	31	1.92
1000898--1000951	27	2.0	27	85	0	72	24	31	12	31	1.93
1000919--1001630	33	21.9	33	74	12	345	22	30	12	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1000919--1001272	67	5.4	66	77	9	316	21	30	12	36	1.90
1000918--1001169	100	2.5	101	84	5	336	21	31	10	36	1.88
1001083--1001277	60	3.2	59	74	15	180	21	30	13	35	1.91
1001308--1001391	28	3.0	28	94	0	141	35	32	16	15	1.90
1001386--1001630	34	7.3	32	77	10	197	20	29	11	38	1.88
1001372--1001630	100	2.6	100	77	10	278	21	30	11	36	1.89
1001386--1001565	67	2.7	66	82	4	227	19	27	12	40	1.88
1001637--1001819	52	3.6	52	86	7	245	25	25	17	32	1.97
1001781--1001945	39	4.0	39	71	14	132	28	26	20	24	1.99
1001734--1002677	88	10.6	87	78	8	830	26	26	18	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9