genome.fa.s168.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold168
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2098754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
782356--782429	18	4.3	18	73	23	61	37	0	0	62	0.96
785402--785479	39	2.0	40	82	7	97	48	0	0	51	1.00
786203--786281	36	2.2	36	84	8	99	51	0	2	45	1.14
786203--786281	38	2.1	36	84	9	97	51	0	2	45	1.14
787211--787250	8	4.9	8	84	6	53	72	0	0	27	0.85
787592--787630	18	2.2	18	90	0	60	56	0	0	43	0.99
792672--792700	8	3.6	8	100	0	58	20	24	27	27	1.99
797638--797711	37	2.0	38	86	2	105	56	2	0	40	1.13
797656--797714	19	3.2	19	72	11	59	57	1	0	40	1.09
800195--800233	20	2.0	20	90	5	62	46	5	30	17	1.70
802085--802164	38	2.1	38	100	0	160	47	5	10	37	1.59
808385--808431	15	3.1	16	76	14	55	51	0	2	46	1.13
808410--808475	24	2.9	22	75	20	55	50	1	3	45	1.26
808450--808539	27	3.1	27	78	15	67	57	3	1	37	1.22
808470--808524	17	3.3	17	72	18	53	60	3	0	36	1.15
808507--808548	11	3.9	11	81	3	50	64	0	4	30	1.14
809061--809105	22	2.0	22	82	0	54	48	2	0	48	1.13
809581--809666	26	3.2	27	79	11	97	59	0	4	36	1.18
809601--809666	23	2.4	27	74	25	68	60	0	4	34	1.17
809599--809676	28	2.9	27	79	7	86	58	1	5	34	1.28
809588--809680	28	3.5	26	72	18	75	60	1	4	34	1.24
810179--810229	22	2.2	23	80	16	61	50	1	0	47	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
810228--810275	21	2.2	22	85	3	62	45	0	6	47	1.27
813043--813266	63	3.6	63	76	11	183	48	24	5	21	1.71
813225--813398	54	3.0	54	81	14	204	52	19	6	21	1.67
813174--813398	117	1.9	117	87	2	326	52	19	5	22	1.67
813279--813406	64	2.0	62	92	3	211	53	18	6	21	1.66
813043--813407	181	2.0	185	82	8	442	50	22	5	21	1.69
816386--816428	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
816632--816666	17	2.1	17	89	5	54	31	0	0	68	0.90
817415--817453	19	2.1	19	100	0	78	20	20	0	58	1.39
818136--818193	28	2.0	29	83	6	73	48	0	0	51	1.00
818169--818217	19	2.4	21	80	10	57	48	0	0	51	1.00
820728--820821	20	5.1	20	66	21	53	57	0	0	42	0.98
823947--823988	20	2.1	20	86	0	57	50	9	11	28	1.70
824647--824689	16	2.6	16	88	3	59	62	11	0	25	1.29
824707--824740	8	4.0	8	88	11	50	58	2	0	38	1.13
825088--825131	20	2.2	20	84	12	54	70	2	0	27	0.99
827199--827284	19	4.3	19	76	17	77	59	2	2	36	1.23
827210--827296	19	4.4	19	77	16	79	56	3	1	39	1.24
827201--827279	42	1.9	40	84	7	104	58	2	2	36	1.25
827803--827841	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
828408--828447	21	1.9	21	90	10	64	60	0	0	40	0.97
828739--828802	26	2.4	27	82	10	80	43	1	1	53	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
828717--828825	23	4.7	22	72	10	67	44	1	0	53	1.17
828739--828793	25	2.2	26	83	9	69	41	1	1	54	1.21
828965--829006	22	1.9	22	90	9	68	40	0	0	59	0.97
828974--829043	28	2.5	28	72	9	72	51	0	0	48	1.00
829320--829345	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
837176--837205	13	2.2	14	94	5	53	50	6	0	43	1.28
837422--837455	9	3.6	9	85	14	50	26	0	0	73	0.83
837425--837538	26	4.2	28	69	19	66	36	0	0	62	1.02
837466--837599	20	7.1	19	72	23	97	41	0	0	57	1.04
837451--837501	19	2.8	18	85	11	68	41	0	0	58	0.98
837426--837568	10	15.1	10	67	25	64	37	0	0	61	1.01
837437--837561	18	7.1	18	74	17	86	36	0	0	62	1.01
837599--837633	18	1.9	18	88	0	52	57	0	0	42	0.99
837722--837796	19	3.9	19	73	5	71	62	0	0	37	0.95
837942--837985	10	4.4	10	80	8	54	43	0	0	56	0.99
838530--838559	16	1.9	15	93	6	51	33	0	20	46	1.51
838916--838956	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
839149--839189	22	1.9	22	85	5	57	48	2	2	46	1.28
839252--839291	20	2.1	19	90	4	62	52	5	2	40	1.37
839430--839474	24	1.9	23	81	4	54	31	6	2	60	1.35
839983--840026	23	2.0	23	81	4	54	50	0	4	45	1.22
840923--840953	3	10.3	3	92	0	53	29	0	3	67	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
847407--847435	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
856866--856936	36	2.0	36	94	0	124	38	12	14	35	1.84
862575--862623	24	2.0	24	92	0	80	44	0	0	55	0.99
862584--862647	24	2.7	23	77	15	60	43	1	0	54	1.09
862749--862809	8	8.1	8	73	23	53	36	1	0	62	1.05
863702--863737	13	2.8	14	88	12	51	30	0	0	69	0.89
863704--863795	25	3.6	25	73	16	71	43	0	0	56	0.99
864378--864404	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
865415--865463	26	1.9	26	83	4	64	40	2	2	55	1.23
865541--865567	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
865903--865946	10	4.4	10	83	11	54	52	0	9	38	1.33
865903--865946	19	2.2	19	84	8	52	52	0	9	38	1.33
866706--866752	20	2.3	20	85	7	60	40	2	2	55	1.24
866807--866860	16	3.5	15	75	9	56	62	3	0	33	1.12
867386--867419	3	11.3	3	100	0	68	64	0	35	0	0.94
867566--867606	3	13.7	3	84	0	55	63	0	36	0	0.95
874696--874739	15	3.0	15	86	3	54	65	2	2	29	1.16
875190--875224	7	4.9	7	96	3	61	71	0	0	28	0.86
875517--875564	25	1.9	25	86	0	69	64	0	0	35	0.94
875641--875686	13	3.5	13	80	14	51	63	0	6	30	1.20
876513--876554	13	3.2	13	80	12	50	0	26	0	73	0.83
876512--876552	21	2.0	21	90	0	64	0	26	0	73	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
876509--876567	26	2.4	25	81	13	68	1	22	0	76	0.88
877067--877135	21	3.5	20	68	9	52	43	2	0	53	1.15
877067--877146	40	2.0	40	92	2	135	48	2	0	48	1.14
877660--877700	7	5.7	7	91	2	64	51	2	0	46	1.14
883879--883919	21	1.9	22	95	5	75	51	29	4	14	1.63
885322--885380	16	3.6	16	76	17	59	67	0	3	28	1.06
885336--885412	16	4.8	16	70	9	59	63	0	0	36	0.95
885732--885790	18	3.4	17	75	11	57	38	0	0	61	0.96
885711--885804	30	3.1	29	79	11	84	42	0	0	57	0.98
886822--886868	18	2.3	20	86	13	62	42	0	0	57	0.98
886833--886878	22	2.1	21	84	11	58	41	0	0	58	0.98
887115--887157	20	2.2	20	87	8	61	39	0	0	60	0.97
887134--887188	28	2.0	28	82	7	67	54	0	0	45	0.99
887686--887717	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
892239--892280	17	2.5	17	80	7	50	42	2	4	50	1.36
892887--892949	2	31.5	2	93	0	108	49	3	0	47	1.17
895614--895647	3	11.3	3	93	0	59	64	2	0	32	1.08
900959--901054	34	2.9	34	71	6	88	59	0	0	40	0.97
901446--901485	19	2.1	19	86	9	55	47	0	0	52	1.00
903618--903657	18	2.0	21	86	13	59	55	0	0	45	0.99
903618--903658	20	2.0	20	86	9	57	56	0	0	43	0.99
904660--904701	21	2.0	22	90	4	68	52	4	0	42	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
908127--908191	34	2.0	32	84	6	85	35	1	1	61	1.15
908453--908502	18	2.7	18	81	6	55	68	2	6	24	1.23
910513--910553	17	2.5	17	88	7	59	46	2	0	51	1.14
911060--911092	14	2.3	15	89	5	50	27	3	3	66	1.21
916348--916419	27	2.7	27	82	4	83	29	6	16	47	1.73
918099--918132	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
918735--918768	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
928319--928521	102	2.0	102	92	1	336	31	15	23	29	1.95
928992--929021	14	2.1	14	100	0	60	30	6	20	43	1.77
929100--929128	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16