genome.fa.s168.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold168
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2098754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130812--130864	21	2.7	20	77	8	56	60	0	0	39	0.97
130905--130954	13	3.9	13	72	15	50	42	2	0	56	1.11
130945--131020	11	6.6	11	72	14	55	56	0	1	42	1.07
132000--132041	14	2.9	15	83	13	52	40	0	0	59	0.97
132002--132035	15	2.3	15	90	10	52	32	0	0	67	0.91
131992--132035	16	2.8	16	86	6	54	34	0	0	65	0.93
132146--132197	26	2.0	27	84	3	70	51	1	0	46	1.12
132307--132363	2	30.0	2	80	16	68	49	0	1	49	1.11
132307--132363	9	6.4	9	75	16	57	49	0	1	49	1.11
132310--132370	18	3.4	18	81	4	70	50	1	1	45	1.21
132487--133185	89	7.9	88	85	2	776	36	13	17	32	1.89
132501--133185	178	3.8	177	84	4	865	36	13	17	31	1.89
132483--133184	357	2.0	356	86	1	985	37	13	17	32	1.88
134439--134628	7	26.4	7	69	18	90	44	2	3	50	1.32
134439--134628	2	104.5	2	69	25	102	44	2	3	50	1.32
134439--134511	5	13.8	5	72	16	58	39	1	4	54	1.28
134439--134584	64	2.3	64	81	9	156	40	2	4	53	1.32
134567--134628	9	6.9	9	79	20	76	56	3	0	40	1.15
134570--134623	11	4.6	11	78	13	63	55	3	0	40	1.17
135065--135114	17	3.0	16	77	8	55	38	0	0	62	0.96
135098--135131	14	2.4	14	90	5	50	47	0	0	52	1.00
135894--135945	8	6.2	8	81	16	61	76	0	0	23	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135886--135938	24	2.2	24	90	6	81	75	0	0	24	0.80
135892--135952	18	3.3	18	84	6	70	75	0	0	24	0.80
135867--135952	27	3.0	29	75	14	90	72	1	1	25	0.99
135867--135945	26	3.0	24	76	23	70	72	1	1	25	1.00
135904--135956	13	4.0	13	82	4	61	75	0	0	24	0.80
135893--135955	14	4.3	14	74	21	58	77	0	0	22	0.76
136355--136431	37	2.1	37	87	4	111	45	29	7	16	1.76
136440--136495	28	2.0	28	92	0	94	39	28	21	10	1.87
136595--136841	61	4.0	61	90	1	377	45	31	20	2	1.66
136611--136841	123	1.9	123	93	0	399	45	30	20	3	1.66
136609--136877	61	4.4	63	84	6	306	46	29	20	4	1.69
139484--139519	18	2.1	18	94	5	65	52	0	2	44	1.15
141051--141103	27	2.0	27	85	7	72	56	5	1	35	1.34
146837--146868	16	2.0	16	93	0	55	28	0	0	71	0.86
147352--147419	21	3.2	21	75	20	79	60	0	0	39	0.97
147544--147568	12	2.1	12	100	0	50	0	8	0	92	0.40
149176--149216	15	2.7	15	84	0	55	21	36	2	39	1.67
150860--150890	2	15.5	2	93	0	53	54	0	0	45	0.99
154110--154154	2	23.0	2	82	13	58	53	0	2	44	1.13
154110--154154	15	3.0	15	87	6	65	53	0	2	44	1.13
154323--154364	17	2.4	18	80	7	52	35	0	0	64	0.94
154392--154477	20	4.3	22	72	19	64	55	1	0	43	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155294--155333	21	2.0	21	85	5	55	40	0	0	60	0.97
155698--155722	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
155923--156024	53	2.0	51	83	11	127	36	0	1	60	1.14
155926--156061	11	12.3	11	69	18	86	34	0	2	62	1.13
155994--156061	12	5.8	12	81	6	77	30	0	1	67	0.99
155978--156061	35	2.4	35	86	7	109	33	1	1	64	1.09
155922--156058	23	5.6	24	73	17	95	35	0	2	62	1.13
155979--156079	23	4.3	23	75	9	80	32	0	2	63	1.16
156977--157178	26	7.3	26	78	16	210	46	0	0	53	1.00
157056--157134	16	5.4	16	67	29	59	50	0	0	49	1.00
156996--157153	27	5.6	29	78	16	147	48	0	0	51	1.00
157022--157175	27	5.2	32	76	16	147	46	0	0	53	1.00
157022--157158	57	2.4	57	98	1	265	48	0	0	51	1.00
157154--157198	20	2.2	20	80	0	54	35	2	0	62	1.08
161889--161943	14	3.9	15	72	11	53	32	14	18	34	1.91
163038--163067	13	2.3	13	100	0	60	43	0	0	56	0.99
165440--165497	29	2.0	30	86	10	84	51	6	0	41	1.28
175387--175416	14	2.1	14	93	0	51	33	0	0	66	0.92
175442--175514	22	3.3	23	77	12	73	61	0	0	38	0.96
175461--175562	34	3.1	32	77	17	102	56	2	0	40	1.14
175452--175516	8	8.8	8	72	16	50	63	0	0	36	0.95
175461--175562	31	3.1	31	78	17	100	56	2	0	40	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177206--177264	7	8.7	7	80	14	70	79	0	0	20	0.73
177205--177258	26	2.1	25	96	3	99	79	0	0	20	0.73
177206--177269	33	2.0	33	87	9	96	78	1	0	20	0.84
177742--177789	9	4.9	10	80	12	55	66	0	0	33	0.92
177742--177793	19	2.7	19	75	13	61	65	0	0	34	0.93
177755--177810	23	2.5	22	86	11	71	66	0	1	32	1.03
177755--177826	23	3.2	22	81	14	69	59	1	1	37	1.15
180078--180132	24	2.3	23	81	3	65	65	0	1	32	1.03
180411--180460	15	3.2	15	88	8	73	50	0	0	50	1.00
181046--181099	16	3.5	15	82	7	63	51	3	3	40	1.37
181408--181491	31	2.6	33	80	14	95	54	11	0	33	1.37
189494--189544	25	2.0	25	85	7	68	52	0	0	47	1.00
189570--189602	16	2.1	16	94	5	59	27	0	0	72	0.85
189942--190024	33	2.5	32	80	7	87	42	0	3	54	1.18
190011--190058	11	4.7	11	75	17	50	29	0	0	70	0.87
190005--190066	19	3.2	19	88	4	79	25	1	1	70	1.05
190017--190066	10	5.0	10	80	7	57	26	2	0	72	0.96
191405--191457	27	2.0	26	82	14	63	54	0	3	41	1.18
191428--191497	16	4.3	16	72	20	56	57	1	0	41	1.08
191428--191526	32	3.1	33	84	8	109	57	1	0	41	1.05
191440--191507	16	4.2	17	77	17	65	57	1	0	41	1.08
191915--191952	20	1.9	20	88	0	58	0	26	2	71	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
192326--192374	16	3.0	16	80	11	55	38	0	0	61	0.96
192329--192370	14	3.0	15	80	13	54	38	0	0	61	0.96
193331--193421	47	1.9	47	88	0	137	26	6	7	59	1.50
196161--196199	14	2.8	13	88	11	51	51	0	5	43	1.24
197369--197432	31	2.1	31	91	5	103	42	6	12	39	1.68
199071--199119	11	4.2	12	73	21	50	59	0	2	38	1.09
199600--199633	14	2.3	15	90	5	52	35	2	2	58	1.28
199600--199633	15	2.3	15	90	5	52	35	2	2	58	1.28
200419--200471	20	2.6	20	74	14	54	64	0	1	33	1.05
201409--201437	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
202418--202456	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
204727--204751	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
205283--205334	27	2.0	26	84	3	68	46	1	3	48	1.31
205988--206039	19	2.6	21	79	11	56	59	0	0	40	0.97
207484--207531	17	2.8	17	83	3	60	62	2	0	35	1.07
208055--208083	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
208408--208469	17	3.5	17	82	8	88	50	0	1	48	1.10
208420--208509	29	3.0	29	83	8	101	53	0	1	45	1.07
208811--208854	22	2.0	22	100	0	88	40	18	22	18	1.91
214356--214391	17	2.1	17	90	10	56	33	0	2	63	1.08
215201--215244	13	3.5	12	76	11	52	50	0	2	47	1.13
215488--215545	26	2.2	26	78	6	64	34	5	3	56	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216757--216798	22	2.0	22	85	4	59	16	4	11	66	1.40
217497--217566	30	2.3	29	80	11	77	42	1	5	50	1.35
217728--217783	16	3.4	16	79	16	62	51	1	0	46	1.11
218116--218167	12	4.4	12	76	11	54	48	0	0	51	1.00
218093--218197	18	5.7	18	73	15	72	41	0	1	56	1.10
218547--218591	2	22.5	2	100	0	90	0	48	0	51	1.00
220621--221113	253	2.0	246	94	2	869	26	12	29	32	1.92
224058--224124	23	3.0	22	77	18	75	68	0	0	31	0.90
224059--224119	11	5.2	12	76	20	67	68	0	0	31	0.89
224062--224147	36	2.5	33	78	12	91	62	0	0	37	0.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16