genome.fa.s172.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold172
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1975206

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
775--819	10	4.8	10	77	22	53	82	0	11	6	0.84
774--816	17	2.6	17	86	13	63	81	0	11	6	0.87
2122--2185	33	1.9	34	84	12	89	20	18	15	45	1.86
2584--3244	89	7.4	89	79	4	654	28	27	14	29	1.95
2584--3257	267	2.5	267	82	5	749	28	27	14	29	1.96
3460--3970	36	14.4	36	78	7	472	22	24	11	41	1.86
3460--3959	71	7.0	72	79	8	442	22	24	11	41	1.86
3460--3970	35	14.4	35	76	8	266	22	24	11	41	1.86
3460--3959	177	2.8	177	81	5	607	22	24	11	41	1.86
4039--4644	81	7.4	81	76	6	460	18	24	16	41	1.89
4039--4580	41	13.3	41	68	8	174	18	24	15	41	1.89
4039--4624	246	2.4	245	82	5	688	18	23	15	42	1.89
4039--4580	163	3.3	165	76	6	426	18	24	15	41	1.89
4900--5194	43	7.0	41	65	10	123	18	25	13	42	1.87
4925--5045	43	2.9	42	75	3	136	16	23	16	42	1.88
4912--5194	84	3.4	84	79	5	313	18	25	13	42	1.87
5772--5811	20	2.0	21	85	14	57	40	2	10	47	1.50
6301--6696	166	2.4	167	78	7	403	28	11	11	48	1.75
8380--8960	155	3.8	155	80	3	546	24	16	19	39	1.92
11136--11186	20	2.5	21	78	15	63	37	11	21	29	1.89
11307--11408	49	2.1	49	96	1	188	36	17	9	36	1.83
14551--14605	22	2.5	23	82	8	69	12	16	0	70	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16931--16986	20	2.8	20	86	0	76	35	12	12	39	1.81
22528--23014	155	3.2	154	78	4	509	39	20	16	24	1.92
29227--29254	11	2.5	11	100	0	56	21	25	0	53	1.46
37348--37434	41	2.1	43	95	4	160	27	13	9	49	1.73
39798--39891	34	2.8	35	73	10	88	48	5	1	44	1.32
40468--40736	134	2.0	134	88	1	405	35	14	15	34	1.89
40777--40889	24	4.7	24	85	0	127	27	19	7	45	1.78
40779--40897	48	2.5	48	85	1	148	26	19	8	45	1.79
41715--41749	18	1.9	18	88	0	52	48	0	5	45	1.26
44084--44292	97	2.1	98	81	7	230	30	12	28	28	1.93
46508--46584	20	3.8	20	79	6	84	41	12	14	31	1.83
46460--46631	91	1.9	90	92	1	290	44	12	15	28	1.82
46600--46648	20	2.2	21	82	13	55	46	10	12	30	1.74
48552--48589	18	2.1	19	85	5	51	26	5	0	68	1.11
50023--50086	20	3.2	20	70	24	62	48	15	4	31	1.66
51497--51634	35	3.9	35	78	8	93	62	7	21	7	1.49
51746--51797	22	2.4	21	87	3	68	59	25	7	7	1.51
67414--67654	89	2.7	90	82	2	297	26	23	17	32	1.96
68279--68820	42	13.0	42	76	6	368	15	26	17	40	1.89
68281--68678	125	3.2	125	78	7	353	16	27	16	38	1.90
68393--68707	167	1.9	168	81	7	381	16	28	15	39	1.89
68281--68782	209	2.4	207	81	4	544	15	27	16	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69341--69382	19	2.1	21	91	8	70	80	0	0	19	0.70
69345--69382	16	2.4	16	86	13	60	81	0	0	18	0.69
69345--69382	8	4.8	8	87	9	51	81	0	0	18	0.69
69639--69774	71	1.9	70	88	8	206	61	6	22	8	1.48
69639--69774	35	3.9	35	88	7	197	61	6	22	8	1.48
77793--77819	13	2.1	13	100	0	54	22	18	14	44	1.86
77873--77937	33	2.0	32	82	11	78	33	16	16	32	1.92
78247--78271	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
78879--78904	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
78861--78924	32	2.0	33	87	3	94	42	14	14	29	1.84
81897--81923	13	2.1	13	100	0	54	22	18	14	44	1.86
90802--90852	20	2.5	21	83	3	68	35	17	7	39	1.79
91811--91891	37	2.2	37	84	2	101	27	13	24	34	1.93
91877--92607	31	23.5	31	74	14	377	29	17	22	29	1.97
91873--92610	63	11.9	60	76	11	394	29	17	22	30	1.97
92253--92369	37	3.2	37	81	2	146	29	17	22	30	1.96
91951--92610	60	10.6	62	76	11	295	29	18	22	29	1.97
93804--94215	149	2.8	147	77	8	388	41	17	16	24	1.89
95207--95265	13	4.0	13	73	26	55	42	15	13	28	1.85
95189--95265	33	2.4	33	93	2	129	41	15	14	28	1.86
95424--95453	15	2.0	15	100	0	60	46	13	13	26	1.80
99327--99357	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101438--101475	13	2.9	13	92	0	58	36	18	13	31	1.89
101587--101632	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
103246--103294	20	2.4	20	93	3	80	30	4	20	44	1.70
104044--104069	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
104026--104090	32	2.0	32	87	6	94	43	15	13	27	1.85
105184--105555	165	2.3	163	80	5	392	50	8	9	31	1.63
106541--106706	85	2.0	85	82	2	208	49	13	19	17	1.80
106862--107520	35	19.1	35	79	8	584	43	11	22	23	1.84
107135--107225	27	3.1	27	75	21	94	41	9	24	24	1.85
106862--107502	340	1.9	340	82	1	802	43	10	21	23	1.84
108792--109014	87	2.5	89	80	7	233	44	12	19	24	1.84
114675--114705	13	2.4	13	94	0	53	38	16	9	35	1.81
116270--116301	15	2.1	15	100	0	64	25	15	31	28	1.96
117221--117272	20	2.6	20	90	6	79	34	17	13	34	1.89
118924--118955	3	10.7	3	93	0	55	34	3	34	28	1.73
122128--122183	26	2.2	26	83	6	69	55	5	16	23	1.61
122134--122185	26	2.0	26	88	7	79	50	3	19	26	1.65
126992--127077	43	2.0	43	88	2	129	25	25	17	31	1.97
127031--127327	52	5.8	50	72	7	188	25	25	16	32	1.96
127030--127216	100	1.9	100	81	6	227	26	26	14	32	1.95
127126--127348	104	2.1	104	85	3	288	23	25	15	34	1.95
130508--130538	13	2.4	13	94	0	53	38	16	9	35	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132103--132134	15	2.1	15	100	0	64	25	15	31	28	1.96
133054--133105	20	2.6	20	90	6	79	34	17	13	34	1.89
134757--134788	3	10.7	3	93	0	55	34	3	34	28	1.73
137961--138016	26	2.2	26	83	6	69	55	5	16	23	1.61
137967--138018	26	2.0	26	88	7	79	50	3	19	26	1.65
142848--142914	21	3.1	21	62	26	50	26	25	16	31	1.96
142829--142914	43	2.0	43	90	2	138	25	26	17	30	1.97
142868--143275	52	7.9	50	69	9	196	24	24	16	34	1.95
142867--143053	100	1.9	100	82	6	236	26	26	14	32	1.95
143016--143267	105	2.4	104	85	3	337	23	25	17	33	1.96
143999--144128	51	2.5	51	85	4	163	30	14	13	41	1.85
148943--149363	149	2.8	149	83	2	447	42	20	16	21	1.89
150770--150820	23	2.3	23	86	3	68	13	11	3	70	1.29
150937--151323	29	13.4	29	78	4	381	26	16	27	29	1.97
150935--151328	115	3.4	113	83	4	434	26	16	27	29	1.97
152285--152351	33	2.0	33	88	0	98	32	5	20	40	1.77
156464--156512	21	2.3	21	96	0	89	38	20	4	36	1.72
157742--157817	20	3.8	20	72	8	55	38	9	18	34	1.83
157892--157941	20	2.5	20	93	6	84	36	12	6	46	1.66
159482--159922	52	8.3	52	73	9	275	39	15	22	22	1.91
159658--160226	165	3.4	167	76	6	559	38	16	22	22	1.92
159916--160016	52	1.9	53	87	2	150	37	17	23	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159482--160354	332	2.7	323	78	8	838	39	16	22	22	1.92
160158--160345	52	3.6	51	73	6	153	38	17	20	23	1.92
160397--161195	32	25.2	31	78	8	611	20	16	32	30	1.95
160397--161195	95	8.4	95	76	10	602	20	16	32	30	1.95
161165--161451	68	4.5	61	76	13	170	33	11	30	24	1.90
161165--161291	61	2.0	63	84	3	168	30	11	32	25	1.91
161235--161424	34	5.7	33	83	5	229	35	11	28	23	1.90
174931--174996	35	1.9	35	93	3	116	30	22	13	33	1.93
175545--175608	33	2.0	32	84	3	83	43	15	12	28	1.83
177032--177205	77	2.2	78	87	1	251	31	14	13	40	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11