genome.fa.s172.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold172
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1975206

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  6  of  11  ( 1205 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
727761--728620	197	4.4	196	89	2	1267	29	31	17	22	1.96
729551--729608	20	2.9	20	89	5	82	32	15	13	37	1.87
733429--733484	19	2.9	19	91	2	85	35	16	17	30	1.92
733469--733495	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
733450--733512	32	1.9	33	87	9	94	41	14	15	28	1.87
734059--734101	11	4.3	10	80	19	54	11	0	13	74	1.07
736882--736962	14	6.0	13	77	18	69	45	0	0	54	0.99
736878--736960	32	2.8	29	77	15	96	46	0	0	53	1.00
736881--736961	8	10.5	8	70	17	55	46	0	0	53	1.00
744833--744932	46	2.2	46	94	3	175	16	33	22	29	1.95
747797--747834	2	19.0	2	100	0	76	0	50	0	50	1.00
747834--747859	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
754574--755362	389	2.0	392	92	2	1323	33	21	17	28	1.96
755736--755761	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
755716--755779	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
758307--758344	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
762261--762305	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
764510--764535	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
764490--764553	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
765300--765325	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
770183--770969	164	4.8	166	86	3	1065	29	10	7	52	1.63
770266--771128	164	5.2	164	82	6	505	29	11	7	51	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
772405--772856	162	2.8	162	90	1	701	33	11	13	40	1.81
773145--773675	155	3.4	153	85	5	674	24	16	18	39	1.91
773145--773747	155	3.9	153	82	4	645	24	17	19	39	1.92
777375--777399	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
777489--777513	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
777471--777533	32	1.9	32	87	3	90	36	15	17	30	1.91
779922--779948	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
779935--779985	19	2.7	19	100	0	102	31	11	19	37	1.88
780015--780069	20	2.8	20	88	5	76	32	16	12	38	1.86
790473--790497	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
791209--791359	53	2.7	55	72	10	146	34	14	25	25	1.94
791259--791746	49	9.8	49	79	7	457	33	17	24	24	1.96
791263--791749	102	4.8	102	82	5	546	33	17	24	24	1.96
791458--791746	145	2.0	141	87	2	407	32	17	24	24	1.97
791778--792080	34	8.6	35	79	9	271	34	12	32	20	1.90
791845--792028	71	2.6	71	95	0	323	35	10	34	19	1.86
795703--795756	20	2.7	20	88	5	74	33	16	12	37	1.87
805984--806153	80	2.1	80	86	4	236	37	12	21	28	1.90
806004--806641	80	8.1	80	79	8	400	36	13	23	26	1.92
806118--806739	78	7.9	79	80	6	586	35	13	23	27	1.93
806134--806720	233	2.5	236	79	9	597	35	14	24	26	1.93
807760--807832	20	3.6	20	81	3	101	36	13	17	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
807777--807853	21	3.7	21	79	6	95	44	11	15	28	1.82
807760--807853	41	2.3	41	96	3	172	40	12	17	29	1.86
807892--807917	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
811980--812010	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
814025--814101	20	3.6	21	72	16	68	25	12	16	44	1.84
814090--814127	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
814248--814294	21	2.3	21	79	20	55	34	23	4	38	1.74
814250--814292	20	2.2	19	84	16	52	32	23	4	39	1.75
815921--815982	31	2.0	31	100	0	124	25	3	25	45	1.69
816600--816672	20	3.6	20	81	3	101	36	13	17	31	1.89
816617--816693	21	3.7	21	79	6	95	44	11	15	28	1.82
816600--816693	41	2.3	41	96	3	172	40	12	17	29	1.86
819918--819985	35	2.0	34	88	2	100	38	16	22	23	1.93
819976--820123	43	3.5	42	80	5	129	44	10	25	19	1.83
820024--820690	168	4.0	167	87	3	874	40	13	26	20	1.88
819959--820686	42	17.4	39	73	14	376	39	13	26	20	1.89
819959--820692	335	2.2	334	84	2	995	39	13	26	20	1.89
820655--821182	182	2.9	183	87	2	738	31	19	25	23	1.98
820655--821182	62	8.6	61	89	1	702	31	19	25	23	1.98
824423--824497	20	3.8	20	82	7	89	41	12	14	32	1.83
825181--825380	48	4.2	48	81	1	226	36	16	26	21	1.94
825456--826408	28	32.8	28	79	8	769	22	17	30	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
826235--826637	27	14.6	28	81	2	370	28	14	32	25	1.94
826277--826640	191	1.9	192	84	5	486	29	14	31	24	1.94
827612--827816	79	2.6	79	89	1	322	27	15	29	26	1.96
827768--827843	27	2.8	28	87	2	100	18	21	36	23	1.95
830258--830299	21	2.0	21	95	0	75	30	19	7	42	1.78
830316--830367	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
830324--830386	19	3.7	18	76	24	73	36	17	12	33	1.88
830316--830388	32	2.3	32	97	0	137	35	17	12	34	1.88
830355--830416	19	3.2	19	71	13	54	27	14	14	43	1.84
831110--831345	42	5.5	41	80	12	235	40	15	25	18	1.90
831186--831341	46	3.6	45	79	10	137	40	14	25	19	1.90
831110--831347	131	1.8	132	91	2	399	40	15	25	18	1.90
831321--831526	55	3.6	58	85	9	246	23	21	28	25	1.99
831334--831735	210	1.9	210	89	3	630	25	20	28	25	1.99
831543--831836	55	5.3	55	84	6	351	23	22	27	26	1.99
831633--831718	27	3.1	27	62	9	66	23	23	26	26	2.00
831543--831836	109	2.6	110	84	4	376	23	22	27	26	1.99
831320--832476	319	3.5	320	78	12	1084	26	20	28	25	1.99
831846--831971	60	2.1	61	88	7	186	25	18	31	24	1.97
831708--832125	154	2.7	152	89	5	605	25	20	29	24	1.99
832010--832631	61	10.4	61	83	7	615	27	19	26	26	1.99
832010--832630	121	5.2	119	82	9	658	27	19	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
832010--832631	231	2.6	234	79	11	640	27	19	26	26	1.99
838055--838215	42	3.8	42	94	0	268	9	45	2	42	1.49
838088--838205	12	10.9	11	75	16	72	10	47	2	39	1.51
838083--838185	9	12.1	9	69	12	65	10	44	2	41	1.54
845529--845763	79	3.0	79	88	4	332	31	12	28	28	1.93
848146--848173	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
848160--848201	21	2.0	21	100	0	84	28	19	9	42	1.82
848226--848284	19	3.4	19	65	26	58	38	18	11	30	1.87
848218--848322	32	3.3	32	94	0	183	37	19	11	32	1.87
848277--848301	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
848258--848320	19	3.6	19	72	24	66	36	19	12	31	1.89
848289--848350	19	3.2	19	71	13	54	27	14	14	43	1.84
848592--848751	27	5.9	27	83	2	203	26	14	34	25	1.94
848595--848757	55	2.9	55	87	2	238	28	14	33	23	1.94
848606--848784	82	2.1	85	88	3	265	30	14	30	24	1.95
857181--857258	20	3.9	20	80	6	95	41	11	14	33	1.81
857782--858142	61	5.9	62	83	3	453	31	20	24	23	1.98
858092--858190	48	2.0	49	88	1	146	30	19	25	25	1.98
859469--859525	24	2.5	22	83	13	64	5	14	7	73	1.21
864508--865198	158	4.4	157	77	11	623	32	13	26	27	1.94
864520--865217	235	3.0	234	80	7	752	32	13	25	28	1.93
864520--865217	79	8.9	78	77	10	563	32	13	25	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
867586--867696	46	2.3	49	90	7	174	44	15	14	26	1.84
868987--869057	20	3.6	20	86	7	92	39	15	15	29	1.88
877500--877524	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
877480--877544	33	2.0	33	87	0	94	32	18	15	33	1.92
878640--878665	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
878622--878685	32	2.0	33	87	3	94	42	14	15	28	1.86
880882--880926	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
884775--884869	20	4.6	19	75	16	75	26	14	15	43	1.86
884858--884882	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
884820--884875	18	3.0	18	86	5	67	25	14	14	46	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11