genome.fa.s172.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold172
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1975206

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  2  of  11  ( 1205 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
179885--179909	13	1.9	13	100	0	50	40	24	12	24	1.88
182196--182237	21	2.0	21	95	0	75	26	28	0	45	1.54
187276--187406	52	2.5	52	89	0	208	31	15	17	35	1.91
187276--187426	52	2.9	51	85	3	196	32	15	17	34	1.91
187415--187439	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
187480--187546	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
187502--187526	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
188575--189036	43	10.1	44	79	14	483	29	17	26	26	1.98
188667--188734	21	3.2	21	63	19	50	29	16	27	26	1.97
188520--189030	92	5.5	91	94	3	810	29	17	26	26	1.97
188519--189030	183	2.8	185	92	3	827	30	17	26	26	1.97
189122--189352	34	6.8	34	87	2	322	32	12	34	21	1.90
189077--189360	102	2.8	97	84	8	342	32	11	34	22	1.90
189077--189450	34	11.4	32	79	11	296	31	13	33	22	1.92
189094--189500	34	12.6	31	80	13	208	31	13	32	22	1.93
189332--189504	32	5.5	30	87	7	202	27	17	31	23	1.97
191990--192045	19	2.9	19	91	2	85	35	16	17	30	1.92
192711--192900	78	2.4	77	88	2	290	33	20	7	37	1.82
198432--198466	15	2.3	15	95	0	61	28	28	0	42	1.56
199970--200022	20	2.7	20	90	0	88	41	16	9	32	1.81
203451--203491	3	13.7	3	92	0	64	26	34	2	36	1.70
204757--204828	34	2.1	35	84	2	92	56	9	13	19	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205179--205242	32	2.0	33	87	3	94	40	14	15	29	1.86
213012--213042	8	3.9	8	95	0	53	54	0	0	45	0.99
213363--213419	28	2.0	28	83	6	71	49	15	1	33	1.55
213372--213439	28	2.4	29	80	7	77	48	16	2	32	1.61
213829--213867	16	2.4	16	95	0	69	12	10	20	56	1.65
215340--215392	28	2.0	26	85	10	72	58	5	5	30	1.44
220650--220820	87	1.9	87	82	8	209	36	9	20	33	1.86
220753--220979	87	2.6	87	80	2	249	37	9	18	34	1.83
223358--223405	20	2.4	20	92	0	78	39	14	8	37	1.76
225258--225531	133	2.1	134	92	3	455	36	13	18	31	1.89
226715--226754	17	2.5	15	88	11	62	77	0	2	20	0.88
226709--226759	14	3.6	14	79	12	59	70	0	7	21	1.12
227415--227453	20	2.0	20	100	0	78	25	10	17	46	1.80
227530--227556	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
227609--227659	20	2.5	20	93	0	93	39	9	13	37	1.78
235231--235273	19	2.3	18	75	17	52	53	0	11	34	1.37
235236--235275	20	2.0	20	90	4	64	52	0	12	35	1.39
238876--238920	24	1.9	23	86	4	63	44	17	6	31	1.75
248538--248591	20	2.7	20	88	0	81	50	11	11	27	1.72
249332--249585	129	2.0	129	100	0	508	35	13	26	24	1.93
249654--250108	101	4.6	101	82	9	449	32	18	24	25	1.97
249555--250218	49	13.8	49	73	10	467	31	17	25	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
249753--250218	188	2.5	188	92	1	763	31	17	25	25	1.97
249940--250218	48	5.9	48	73	12	254	30	17	25	26	1.97
250215--250369	33	4.6	33	78	4	159	34	13	32	18	1.90
250215--250359	34	4.4	34	79	5	154	36	13	32	17	1.89
250348--250432	30	2.9	29	82	3	109	22	16	28	32	1.95
250801--250882	37	2.2	37	97	0	155	46	13	14	25	1.81
251908--251954	21	2.2	21	85	7	60	4	0	12	82	0.80
251937--251966	11	2.7	11	89	0	51	0	0	13	86	0.57
251925--251966	12	3.4	12	90	3	66	0	0	14	85	0.59
251908--251966	23	2.7	21	75	17	57	3	0	13	83	0.78
273633--273714	1	82.0	1	75	0	56	85	8	6	0	0.74
273632--273711	20	4.0	19	82	8	79	83	10	6	0	0.80
273667--273726	15	4.1	15	89	4	86	83	1	15	0	0.73
273674--273726	22	2.5	21	84	6	72	83	0	16	0	0.66
273667--273713	7	6.6	7	92	4	76	87	2	10	0	0.63
274710--275298	61	9.6	60	83	2	620	25	27	19	27	1.99
275350--275478	45	2.8	45	84	9	140	19	24	12	43	1.85
275368--275478	45	2.4	46	85	4	145	22	24	13	39	1.90
275474--275598	42	3.1	40	78	8	137	20	27	11	40	1.86
276162--276216	20	2.8	20	88	0	83	27	12	12	47	1.78
278627--278697	28	2.5	28	88	0	106	25	33	16	23	1.96
278730--278803	28	2.6	28	82	0	103	25	29	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
278547--278874	107	3.1	105	84	5	383	27	27	14	30	1.96
278759--279011	79	3.2	78	87	2	321	29	26	13	31	1.93
278945--279052	50	2.2	50	80	9	114	30	23	12	34	1.91
278865--279142	128	2.2	129	83	4	346	29	24	12	33	1.92
278786--279183	207	1.9	209	82	8	499	29	25	12	32	1.93
278994--279146	79	1.9	79	84	6	204	29	22	13	34	1.92
280469--280493	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
281148--281199	23	2.2	24	90	6	81	42	21	1	34	1.64
281508--281574	33	2.0	33	88	0	98	26	16	31	25	1.96
289218--289242	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
289198--289260	33	1.9	33	87	12	94	31	17	15	34	1.92
293455--293493	20	1.9	21	89	5	62	35	20	23	20	1.96
293483--293553	20	3.6	19	80	3	70	33	15	12	38	1.85
294984--295037	20	2.7	20	83	8	65	33	11	16	38	1.84
294933--295084	71	2.2	71	90	1	234	28	16	14	40	1.87
297177--297407	97	2.4	97	75	3	214	27	25	15	31	1.95
308534--308569	18	2.0	18	100	0	72	27	22	16	33	1.95
310273--310836	28	19.6	28	82	6	576	29	30	16	23	1.96
310273--310836	86	6.5	84	82	6	571	29	30	16	23	1.96
310761--310859	32	3.1	33	78	10	116	27	28	17	27	1.97
311217--311253	17	2.2	17	95	0	65	86	5	2	5	0.78
311910--311984	30	2.7	27	81	8	87	32	16	12	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
314208--314427	97	2.3	98	82	8	261	27	28	12	31	1.93
316376--316401	3	8.7	3	100	0	52	34	0	34	30	1.58
316583--316640	24	2.4	24	97	0	107	56	6	22	13	1.61
321991--322063	19	3.7	19	85	3	92	35	12	16	35	1.86
322093--322147	20	2.8	20	88	5	76	32	16	12	38	1.86
325597--325668	28	2.6	27	84	8	83	23	18	36	22	1.95
325656--325825	52	3.3	51	80	4	198	31	11	27	28	1.92
325757--325981	79	2.9	79	84	5	280	31	14	28	26	1.95
325920--326037	51	2.4	50	84	12	147	33	11	24	30	1.91
327843--327872	11	2.8	11	95	5	53	0	0	23	76	0.78
328406--328431	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
328471--328538	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
328493--328517	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
328474--328536	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
328574--328651	21	3.7	21	87	1	111	35	15	12	35	1.86
329367--330157	59	14.0	55	85	6	701	24	20	28	26	1.99
329501--329704	55	4.0	46	80	16	165	19	22	29	28	1.98
329391--329704	157	2.0	157	91	1	504	20	21	29	28	1.98
329548--330183	59	10.9	59	89	2	753	25	21	27	25	1.99
331169--331216	13	3.9	12	82	17	55	0	6	10	83	0.81
331167--331219	18	2.9	19	81	10	67	0	5	9	84	0.76
341676--341795	51	2.4	51	95	0	222	28	15	28	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
341778--341849	28	2.6	28	86	0	90	22	19	36	22	1.95
341860--342006	51	2.8	51	88	2	204	32	12	27	27	1.92
341938--342113	80	2.2	80	84	5	232	31	15	27	25	1.96
342070--342141	27	2.6	28	84	4	92	26	19	29	25	1.99
342128--342240	51	2.3	48	83	10	131	34	12	23	30	1.91
344047--344076	10	3.1	10	95	4	53	0	0	23	76	0.78
344611--344636	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
344590--344656	33	2.0	33	88	0	98	43	14	16	25	1.86
344676--344743	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
344698--344722	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11